在亚平宁半岛的北岸，利古里亚人频频袭击一些小船。罗马经过几年的努力，终于在这里站住了脚跟，并且把一部分利古里亚人放逐到意大利中部地区。可散布在亚得里亚海的伊利里亚海岸的众多小岛，仍然是那些抢劫过往船只的“野蛮民族”的老巢。他们擅长造船，经常骚扰意大利海岸。女王特塔统治的王国成了一个真正的“掠夺者的国家”。直至公元前219年罗马出兵，才结束了她的统治。
罗马人也受到克里特岛海盗的侵扰，公元前189年，有4000多罗马人被掳掠到了岛上。
从公元前2世纪开始，海盗们登上了西西里岛，他们劫掠罗马的船队，搞得东地中海地区鸡犬不宁。
在小亚细亚南面的西里西亚，有几伙猖獗的海盗隐藏在迷宫般的小岛上。他们还建起两座坚固的城堡，向罗马的领地挑战。他们同小亚细亚势力最强大的国王米特拉达梯六世结盟，恼怒的罗马多次派兵攻打海盗，但都不够彻底。
罗马的沿海城市也不断遭到海盗骚扰。海盗们劫掠周边岛屿，逼居民纳贡，把较富有的居民俘虏后再索取高额赎金，不交赎金就杀掉....或者卖为奴隶。他们甚至还袭击奥斯提港，重创港内的舰队。贪得无厌的海盗还登陆沿海地区，进行扫荡式的抢劫。
有一次，海盗进入罗马腹地，抓了两名大法官，索要巨额赎金。更厉害的一次是把年轻的凯撒也抓去了，最后在索取高额赎金之后，凯撒被放回并率军袭击海盗的老巢，这是后话。
海盗们对罗马的海上贸易商道也进行了极大的干扰。当时罗马的粮食要从埃及运送过来，但在运送过程中只有三分之一的粮食能够到达罗马，其余的均被海盗截获。而罗马的海上贸易也被海盗劫走大批。
除此之外，海盗们不但彼此之间联合起来抢劫，还贿赂罗马的贵族骑士，与他们串通一气。就这样，官盗结合，海盗活动更加变本加厉，一发不可收拾。
海盗猖獗的时候正是罗马内讧最为激烈的时候。罗马当时国内政局混乱，军人各自拥兵自重，互相厮杀；阶级斗争与争权夺利错综复杂，各地起义不断。海盗的频繁袭击更使罗马处在了生死存亡的紧要关头。猖狂的海盗曾一度围困罗马，劫掠罗马的粮道，使罗马陷入饥饿的恐慌之中。执掌多项大权的元老院不得不把军权交到少数军人手中来对付海盗，而这些军人则企图利用军权来建立军功，从而为自己赢得声望，博取政治利益，实现其个人的野心，其中最为突出的一个人便是庞培。
庞培是一个野心勃勃的军事家和政治家，公元前70年，他是罗马的执政官。他出身于一个骑士之家，从小受家庭的熏陶酷爱军事。庞培镇压过意大利人的起义，曾为苏拉的部将，协助苏拉残杀过马略分子。他野心勃勃，极力谋求国家的最高权力。海盗的猖獗为他提供了战机。他很想利用围剿海盗的行动来为自己的政治生涯增加筹码。当时他的野心受到了元老院的阻碍。元老院对他的独裁野心很警惕。公元前67年，属于骑士阶级的加比尼斯当上了罗马的保民官。庞培设法取得了他的支持。后来庞培又说服凯撒在元老院给他提供支持。在得到凯撒和加比尼斯的支持之后，庞培争取到了一个特别统帅的职位，这个职位使庞培获得围剿地中海海盗的全权。当时他的权利包括：宣布开战或媾和，宣布谁是敌人谁是朋友，还可以把意大利边界以外所有的军队收于麾下。同时元老院也授予庞培一支10万余人的军队，这支军队还拥有总数达270艘的庞大舰队，以及6000塔兰特的巨额军费。
庞培首先从提高军队的战斗力入手，因为这支10万余人的大军虽然作战素质优秀，但是却只限于陆上，在海上就等于被捆住了手脚。庞培面临的第一个问题是如何使惯于陆地作战的罗马士兵也能够在海上纵横驰骋。庞培一方面从被罗马征服的海上民族中征召有经验的水手，由于这类人才较多，征兵也进行得十分顺利；另一方面，为了补充舰船上的人员，庞培还征召了一批外国雇佣军，并付了极高的报酬来防止他们叛变。
在征召结束后，庞培又对这些士兵进行了一段时间的训练。庞培下一步的计划就是制定周密的战术计划，以便在短时间内迅速解决掉这些遍布附近岛屿和海域的海盗主力。因为元老院让他用三年左右的时间去肃清这些海盗。这是一项艰巨的任务，庞培必须得采取一定的战略战术，以期能够在短时间内完成任务。最终他决定采取重点出击和全面围剿相结合的方法，有步骤、分阶段地进行。庞培确定了“先西后东”的顺序，也就是先把西地中海的海盗消灭之后再把力量转移到东地中海地区。为此，庞培首先把西地中海划分为12个军事区，每一个军事区有一名指挥官负责。然后根据每个军事区内海盗力量的强弱配备不同的军事力量。其中几个主要的海盗活动中心是他征讨的重点对象。他本人亲自率队指挥非洲沿海的一系列军事行动。随后全面的围剿便开始了。在西班牙、高卢（今法国一带）、亚得里亚海、西西里、撒丁等地战斗都打响了。力量薄弱的海盗被最先消灭，而实力最强大，也最猖狂的爱琴海及小亚细亚沿岸海盗的剿灭战则是在消灭了这些海盗之后进行的。
经过40余天的战斗，西地中海一带，包括从意大利墨西拿海峡以西等广大海域到赫拉克勒斯的海盗都被肃清了。在东地中海，庞培用了同样的战术。海盗们接连败退，残余力量最终从罗马附近的公海上撤退，到一些狭窄的海湾深处躲藏起来，暂时销声匿迹了。庞培乘胜追击，在这些地方的出口处构筑了要塞，把海盗们的活动范围死死地限制住了。至此庞培围剿海盗的战斗取得了阶段性的胜利。罗马的海上贸易通道再次通畅，船只又可以自由地来往于各个港口，罗马的粮道也恢复了，运送粮食的船只能够安全地抵达罗马了。一直笼罩在罗马居民头上的恐慌慢慢散去，海盗对罗马的威胁逐渐被解除。
这场针对地中海海盗的围剿战争进行了三个月就取得了胜利。罗马军的战果累累：俘虏海盗2万余人，在战斗中被打死1万余人，一共歼剿了3万余人；缴获海盗的战船总数达400艘，被焚烧或击沉的船只约800艘，海盗云集的港口也被占领。终于，不可一世的海盗至此结束了辉煌时代。
但是庞培却并不肯罢手，为永绝后患，他的最后一步计划是：彻底消灭海盗，以防东山再起。为从内部瓦解海盗队伍，他在战前承诺：凡不战而降者皆可得到赦免。这个消息使海盗队伍分崩离析。本来在前一阶段的围剿中海盗就已经惶惶不可终日，这一承诺使队伍更加分化，战斗力也大大减弱。因此在这一阶段，除了在基里基亚遭遇到了抵抗之外，庞培在其他地方的剿灭战均十分顺利。
这场围剿战争前前后后共进行了三年。大规模的扫荡肃清了海盗的势力。战争结束后，为了巩固对占领地区的统治，庞培还在基里基亚驻扎了一段时间，并采取了一系列宽松的措施来善后。这些措施包括：赦免了许多海盗，将他们迁徙至陆地上，远离海岸以防再犯；还准许一部分人迁徙到伯罗奔尼撒半岛的北部地区，让他们改过自新，以其他方式重新开始生活。
与被消灭的海盗相反，通过这次战争，庞培的军事能力得到了验证，他的声名更加显赫，在罗马的权力也进一步增强。这也为他日后带队造反并被凯撒杀掉埋下了伏笔。