利玛窦在南昌的名声与日俱增，来访和邀他赴宴的人也越来越多。万历25年（公元1597年）12月19日至29日，江西省举行乡试，各地来南昌的考生约4000人。听说南昌住着一位博学多才的西方奇人，学子们纷纷登门求教。正是因为利玛窦不惜花费时间和精力与各界人士交游，所以在离开南昌时，他所认识的朋友已遍布全国15个省中的10个省。为了使南昌成为耶稣会一个长久的传教点，利玛窦向巡抚陆万垓提出购房要求，经许可，在南昌购置了一幢房屋并于1596年迁入居住。
早在韶州时，利玛窦就结识了南礼部尚书王弘诲（hui）。西方的天文、历算曾引起王弘诲的极大兴趣，他表示日后要带利玛窦进北京参与修历。1598年7月，利玛窦、郭居静（Lazarus Cattaneo）等随王弘诲从南昌到了南京。在那里，利玛窦又结识了应天巡抚赵可怀，受到礼遇。同年9月，利玛窦等第一次到了北京，但因战事，不久又不得不返回南京。
王弘诲和利玛窦的亲密来往，大大提高了利玛窦的身份和声誉。在王弘诲的影响下，南京的许多重要官僚纷纷与利玛窦交游。这些人是利玛窦交游的第一种人。南京是明代人才荟萃之地，住有许多颇有影响的社会名流和著名学者，与利玛窦交游的第二种人多属这种类型，其中如医学家王肯堂、学者焦（hong）、思想家李贽（zhi）等。这些人对利玛窦推崇备至。
在搬进南京的新居之后，利玛窦决定展出贡物。消息传出，南京市民蜂拥而至，参观后，“个个目瞪口呆，他们简直不知道用什么词汇来形容这些贡品。”参观的人日益增多，教会驻地被挤得水泄不通，展览无法继续下去，利玛窦只好决定停展，结果引起观众不满，甚至发生了骚动。利玛窦凭借南京市民对他的敬慕，最终还是说服了观众。此次展览，赢得了人们对西方艺术和宗教的一致赞扬。
在南京取得的成绩，使利玛窦欢欣鼓舞。但他并不以此为满足，因为他的“最终目的是北京”。他知道，只有进了北京，取得了皇帝的敕准，他的传教活动才能在整个中国顺利展开。
第三时期全面收获 1601年1月（万历二十八年十二月），利玛窦一行在经历了一番周折之后，终于抵达了北京。通过一位太监，利玛窦把一份奏疏（臣子向帝王呈递的意见书）和若干贡物呈给神宗皇帝（名朱翊钧，公元1572年至1620年在位）。贡物引起了神宗皇帝的兴趣，利玛窦也受到礼遇。神宗皇帝因此准许利玛窦等居住北京并为他们提供活动费用。在北京，明朝廷的许多名卿重臣都成了利玛窦的座上宾。他们为利玛窦传教提供方便，替利玛窦传人的基督教作辩护，并抵制社会舆论对它的攻击。
除了与明朝廷的公卿重臣交游，利玛窦还注意与社会最底层的平民百姓接触。由于有神宗皇帝的敕赐，教会在当时的社会地位很高，教会寓所也如官府一般尊贵森严。利玛窦曾这样描述：“起初，一般人连教会房子的门槛几何都不敢抬头瞧一瞧，至于那些身份低贱的人更不用说了。”为了把基督“福音”传播到贫苦百姓中去，利玛窦决定打破这种森严，开放教会寓所，允许所有人来访，哪怕是最贫穷最低贱的人。这样做的结果是：许多穷苦百姓也纷纷皈依了基督教。
在与利玛窦交往的中国士大夫中，皈依了基督教并为西学在中国的传播做出了重要贡献的两个人物，一是徐光启，一是李之藻。
徐光启，上海人，自幼熟读儒家经典，1581年中秀才。1596年，他在韶州结识了耶稣会士郭居静；1600年路经南京时，第一次见到了利玛窦。1603年，徐光启再到南京，遇见葡萄牙神父罗如望（Johannesde Roeha），受其洗礼加人基督教，取圣名“保罗”（Paul）。次年，徐光启进北京参加会议，中进士，供职翰林院。徐光启与利玛窦的交游主要在1604年至1607年间，这三年，“他们一直在一起工作，翻译数学、水利学、天文学、地理学各类书籍”。其中最有意义、影响也最大的当然还是《几何原本》前六卷的翻译工作，除此之外，徐光启也致力于利玛窦的传教事业。
清人阮元等编著的《畴人传》中这样评价徐光启：“百利氏东来，得其天文、数学之传者，光启为最深。”利玛窦所著《畸人十篇》中有两篇是徐光启向利玛窦问道的对话，内中写道：徐光启“一直在寻求为人们所不注意的，如关于人的来世生活和人的灵魂不灭的特殊问题。因为不论中国的哪一宗教最终都否认灵魂不灭。”在这两篇对话中，利玛窦根据基督教神学关于灵魂不灭、天堂享乐、地狱修炼、禁欲主义等主要教务，对徐光启关心的问题作了解答。这些问题在徐光启看来都是“人生最急事”。
李之藻，浙江仁和（今杭州）人。1598年进士。1601年，李之藻在北京会见了利玛窦，因佩服其才学，从此潜心西学，并与利玛窦等人合译有《同文算指》、《圜容较义》、《名理探》和《圜有诠》等西方著作。在西方数学、地理学、逻辑学输入方面，贡献甚大。李之藻的西文名为李我存（Lingotsun），接受洗礼时用圣名良（Leo）。在《16世纪的中国——利玛窦1583年至1610年日记》中，利玛窦曾这样描写李之藻：“他年轻时，胸有抱负，要刻印他自己绘制的一幅精美的中国十五省地图。在他看来，这十五省就代表了全世界。当他发现利玛窦神父绘制的《世界地图》时，才大吃一惊。知道自己的地图是有限的。虽然他对《世界地图》并不完全理解，但他对科学采取老实的态度，所以能够很快吸收、理解。就这样他为了更好地学习地理学，和利玛窦神父交上了朋友，花费了全部的业余时间学习它。”由此可见，利玛窦的《世界地图》是他们之间友谊的纽带。
利玛窦领导的中国传教会在政治上得到神宗皇帝和某些朝臣的庇（hi）护，因此不管在组织上还是在经济上都有了基本保证。利玛窦利用北京是中国政治、经济、文化、交通中心这一有利条件，与来自全国各地的官员、考生、学者。商人进行广泛交游，从而取得了意想不到的成果，产生了广泛而深刻的影响，这应是衡量他在华传教取得全面收获的最重要的标志之一。
利玛窦在华传教取得全面收获的另一重要标志是：在他临死前，他领导的中国传教会已使2000多名中国人皈依了基督教。1608年8月24日，利玛窦在致马切拉答兄弟的信中说：“在中国许多学者中，已有两干多是基督教徒。”
1610年5月11日，利玛窦在北京逝世，终年59岁。经神宗皇帝批准，利玛窦被安葬于北京阜城门外二里沟村滕公栅栏儿，墓址在今车公庄大街路南6号院内。很快，利玛窦墓地成了帝京胜景之一。当时墓地前的大门上题有“钦赐”二字，《利玛窦墓志铭》镌（juan，雕刻）在碑面右侧，上面写着：“利先生，讳玛窦，号西泰，大西洋意大利亚国人。自幼人会真修，明万历壬午年航海首人中华衍教。万历庚子年来都。万历庚戌年卒。在世五十九年，在会四十二年。”
利玛窦入华，标志着“西学东渐”的开始；利玛窦逝世，却不是“西学东渐”的终结。“西学东渐”使明末清初的中国社会风气发生了很大变化，主要表现在：士大夫中，出现了议。学、传、用西学之风；在西学的影响、刺激下，学术界出现了一股以讲求实行、实证、实用、实效为主要特征的实学思潮，一些中国学者开始整理、发掘湮没已久的中国古代科技遗产；随着西方某些先进科学技术和“奇器”的输入，出现议办“洋务”的端倪，比如徐光启、李之藻等便提出了学习、应用西方技术，购买、制造西洋火器的主张。这些，也正是以利玛窦为代表的耶稣会士在中国历史上所起的主要作用。
遗憾的是，这一次的中西文化交流并没有成为中国走上科学发展道路的契机。在利玛窦逝世150多年之后的1773年，耶稣会正式解散，在中国的大部分西洋传教士被驱逐出境，西学东渐的细流最终也被截断。尽管如此，利玛窦给予中国天文学、中国数学、中国地理学乃至中国思想、语言、美术、音乐等各方面的影响却是不可抹煞的；作为中西文化的沟通者，作为中西文化交流的先驱，他的名字将永为中国人民所牢记。