“武藏”号离开特鲁克前往东京时，舰上的绝大部分人员还并不知道山本的死，有关山本遇难的消息依然还是保密的。虽然舰上大部分官兵并不知道战舰为何前去东京，但有相当一部分人开始产生了怀疑。因为舰上长官室附近的通道被禁止通行，有人无意中还看到了身上缠着绷带的宇垣参谋长，也有人看到了白色的骨灰盒，还有一些人在长官室周围嗅到了烧香的味儿。
在这种情况下，舰长经请示得到允许之后，命副舰长加藤宪吉大佐召集全舰官兵传达了山本等遇难身亡一事。
日本首相东条英机与轴心国德国和意大利代表在一起。5月21日，也就是“武藏”号抵达东京湾的当天下午，日军大本营向国民公布了山本遇难身亡的消息，全文是这样写的：
联合舰队司令长官海军大将山本五十六，本年4月于前线，在同敌人作战的飞机上指挥全面作战中，不幸壮烈牺牲。遵圣上亲命，接替他职务的是海军大将古贺峰一，已前往联合舰队就任。
同日，情报局发布的公告称：追授山本大勋位、功一级、正三位、元帅称号（勋：日本授予为国建立功勋者的称号，分一至八位并有正、从，共十六等；功：日本授予陆海军军人的金质勋章等级，最高者为功一级，最低者为功七级。位：对建立功勋和功绩者授予的荣誉官阶，从一位至八位，并有下、从之分，共十六等），按国葬规格进行安葬。海军方面还请求加赐山本以“男爵”称号，但未获批准。
5月23日，停泊在木更津海面的“武藏”舰上，全员行动，从一大早就开始了大清扫，然后，在舰上举行了告别仪式。上午11时30分，山本的骨灰盒被移至特意前来接运的驱逐舰“夕云”号上，由“秋云”号驱逐舰随从护航送往横须贺。临行时，联合舰队旗舰“武藏”上的全体官兵列队甲板，举行了隆重的送别仪式。
骨灰盒由渡边安次捧着。
山本的嗣子义正和堀悌吉等人在横须贺港码头上，恭候山本遗骨的到来。“夕云”舰到达后，他们接过骨灰盒，来到横须贺火车站，登上了开往东京的专列。
下午2时43分，列车抵达东京车站。有200多人前来车站迎候。其中，有奉命赶来的诚英一郎侍从武官、各宫室代表，有山本的遗孀礼子等家属，还有政府和军界的要人。列车停在站内第4站台第4道线路上。东条、岛田、永野等政界、军界要人列队恭候在月台上。近卫文磨也特意赶来迎候。站在家属行列中的山本的次女正子，见到从车上捧下来的父亲的骨灰盒，便忍不住地用手帕掩面哭泣起来。骨灰盒被暂时安放在站内的贵宾接待室里，前来的人们一一参拜完后，便送上了在站外等候的汽车。以海军省首席副官柳泽大佐所乘坐的汽车为先导，车队整齐地离开了车站，经皇宫的樱田门，过海军省，很快到达芝区的水交社。骨灰盒被安放在山本非常熟悉的水交社侧馆中预先设置好的祭坛上。
山本的死，使海军的官兵们，包括普通国民在内，都沉浸在极度的悲痛之中，可谓举国上下如丧考妣。他们不能不为战争的前途而感到忧虑和不安。他的死还震动了当时日本国内的文人学士，他们挥笔为这位法西斯战将写下了大量悼念陛的诗歌。
米内光政得到海军省“山本已战死在战场上”的通知时，正在和后来小矶米内内阁中任海军政务次官的政友会成员绫部健太郎谈话。据说，米内光政在得知这一消息后，刷地流下了眼泪，他顾不得去擦，痛苦地闭着双眼对绫部说：
“作为山本本人来说，也许他愿意这样死去，他或许感到满足了。然而，不论是日本还是海军，却失去了一个不该失去的栋梁。”
对美国来说，击落山本座机的价值，不仅仅在于使对方失去了一个高级指挥官，而更重要的是给日本国民，特别是日本海军全体官兵的心理上以巨大打击。
山本的国葬仪式是在1943年的6月5日，这和9年前东乡平八郎大将的国葬仪式是同一天，这是特意安排的一一于东京日比谷公园的殡仪场举行。
国葬仪式正式开始后，首先到灵前吊唁的是天皇、皇后和皇太后所派命臣——德大寺侍从、小出事务官、两邑事务官等，接着是各族有关人士或他们所派来的代表。当脚穿草鞋，戴着眼镜，手持玉串（献神用的杨桐树小枝，有叶七八枚）的22岁的嗣子义正缓步来到灵前时，军乐队奏起海军仪礼曲《合生》的前八段乐曲，同时鸣枪三响，以示哀悼。
下午，有几万名普通市民前来参谒、吊唁。吊唁结束后，装有山本一部分骨灰的骨灰盒被用车送往小金井的多磨墓地，安葬在东乡平八郎墓的旁边。
山本的姐姐高桥嘉寿子，这时已经78岁了，腰背已明显弯曲。她在亲友的陪同下，于举行国葬仪式前四天的6月1日来到了东京。临来时，她特意带了两个大包袱，里面多为食量大的弟弟所最喜欢吃的东西。国葬结束后一周左右，她带着弟媳礼子和两个外甥返回了老家长冈。到这时，她的精神才稍微有些放松，情绪也有所缓和。她抱着装有弟弟另一部分骨灰的骨灰盒，嘴里不时地自语道：
“小五十，我们回家了。这回，姐姐再也不离开你了．始终守护在你的身旁。”
送回长冈的骨灰，被安葬在名为长兴寺的禅寺内。山本五十六的墓在3．6米见方的围墙围括中，和其养祖父山本带刀的墓在一起，这里是山本家族的坟茔地。
大洋日落
1945年7月17日至8月2日，在柏林郊外的波茨坦举行了美、英、苏三国首脑会议。7月26日，《波茨坦公告》发表。这是反法西斯盟国敦促日本无条件投降的公告，规定了战后处理日本问题的根本方针。
日本政府于7月27日晨收听到公告后，立即召开最高战争指导会议，研究对策。阿南惟几陆相等人坚决拒绝接受公告，并迫使铃木首相于28日发表无视公告的谈话。8月6日和9日，为了迫使日本在苏联参战前向美军投降，抵消中国及亚洲各国人民抗战的国际影响，美国在广岛和长崎相继投掷原子弹，炸死炸伤数10万人。8月8日，苏联参加对日战争。苏军分三路向中国东北和朝鲜北部挺进，同时还从库页岛北部向南发起进攻，苏军的太平洋舰队也投入战斗。
此时，中国、朝鲜及东南亚各国人民对日本侵略者展开了总反攻。8月9日，毛泽东发出《对日寇的最后一战》的号令，号召一切抗日力量举行全国规模的大反攻。在大反攻中，共歼敌伪军23万余人，收复国土3l万多平方公里，攻克敌占城市190多座。在朝鲜，朝鲜人民革命军转入反攻，和苏军并肩作战，解放南阳、雄基、罗津、清津、罗南、元山等地。朝鲜人民则奋起袭击日帝宪警官厅，积极支持军队作战。朝鲜人民经过15年的抗日武装斗争，终于光复了自己的国家。在越南，8月13日越南独立同盟总部发出总起义命令，向日军发动全面反攻。8月16日，召开越南全国人民代表大会，选出越南民族解放委员会，胡志明任主席。9月2日，河内举行有50万人参加的群众大会，胡志明在会上宣布越南民主共和国成立。老挝、柬埔寨人民也相继举行起义，驱逐日本侵略者，宣布国家独立。
强大的美军航母编队。在盟军和亚洲各国人民奋勇打击下走投无路的日本帝国主义，于1945年8月9日上午召开最高战争指导会议，就是否接受《波茨坦公告》问题再次进行争论。铃木贯太郎首相认为，“从周围的形势看，不能不接受波茨坦公告”。东乡茂德外相也表示，“此际只有把维护国体的绝对条件作为保留条件，其他的不作为条件”。阿南惟几陆相、梅津美治郎陆军参谋总长、丰田贞次郎海军军令部长此时也不敢完全拒绝公告，但提出了接受公告的4个条件。同日下午召开临时内阁会议，进行了7个小时的争论，但意见仍不一致。当天深夜又在皇宫防空洞召开御前会议，继续讨论。最后于10日2时半由裕仁天皇作出决断，采纳首相及外相意见。10日晨7时，日本通过瑞士、瑞典向美、英、苏、中等国发出接受公告的照会，但附加了一项谅解，即“基于……联合公告所举的条件中不包括变更天皇统治国家大权的要求的理解，帝国政府接受上项公告”。对此，英、中、苏、美通过瑞士答复说，“自投降之时刻起，日本天皇及日本政府统治国家之权利，即须听从盟国最高统帅之命令”。这就暗示同意保存天皇制和日本政府。于是天皇决定发出投降诏书。
14日夜，日本通过瑞士向美、英、中、苏四国发出通告。15日裕仁天皇广播结束战争的《诏书》，宣布投降，第二次世界大战就此全部结束。
日本导演“独立”闹剧
1942年5月日本全部占领菲律宾后，为了更好地掠夺菲律宾，扶植亲日傀儡政府上台，导演了一出允许菲律宾“独立”的闹剧。1943年5月5日，日本首相东条英机亲自到菲律宾向政界人士传达“独立”想法，得到了菲律宾亲日分子的热烈响应。同时，日本国内的法西斯分子也认为菲律宾的“独立”有利于日本更好地对其进行控制。同年10月14日，菲律宾宣布成立“独立”的菲律宾政府，日本扶植下的“劳雷尔傀儡政权”正式成立了。
盟军集结重兵登陆西西里岛
为了保证同盟国地地中海航线畅通，并迫使意大利投降，1943年7月，盟军在意大利西西里岛进行了一次大规模的登陆作战。集结总兵力达47.8万人，舰艇约2.600艘（登陆运输舰艇约2.100艘，其他战斗舰艇约500艘），飞机约4，000架。同年8月，盟军进入西西里岛东北重镇墨西拿，占领了全岛。盟军伤亡约2万人，德、意军伤亡和被俘约16万人，此役，盟军达到了预期目的，为以后的登陆作战提供了有益的经验。
意大利向盟国举起白旗
1942至1943年间，意大利军队在苏德战场、北非战场的惨败，使意大利人民的反战情绪日趋高涨，军队士气低落，人心涣散。为此，意统治集团内部决定抛弃墨索里尼，退出大战。1943年7月25日，墨索里尼被拘禁。当日晚．意大利国王命令巴多里奥组织新内阁。同年9月29日，盟军代表艾森豪威尔将军与意大利代表巴多里奥元帅签署了《意大利投降书》。意大利的投降．标志着法西斯轴心国的解体和反法西斯联盟的一次重大胜利。
盟军在西欧开辟第二战场
1944年6~7月，盟军在法国北部的诺曼底地区进行了战略性的登陆作战，此次此役是霸王作战的重要组成部分，目的是夺取集团军群登陆场，为开辟欧洲第二战场，发展对西欧的进攻，配合苏德战场最后击败纳粹德国创造条件。战役从6月6日登陆开始，到7月24日胜利结束，德军大败。期间，盟军伤亡12.2万人，德军伤亡和被俘11.4万人，这次战役，对美英盟军在西欧展开大规模进攻，加速纳粹德国的崩溃以及决定欧洲战后形势，起了重大作用。
中美英在开罗制定联合对日作战计划
为了加强反法西斯同盟国之间在军事和政治上的协调行动，协商制定联合对日作战计划和解决远东问题，1943年11月，中、美、英三国政府首脑在开罗举行会议。参加会议的有美国总统罗斯福、英国首相丘吉尔和中国国民党政府主席蒋介石，会议签署了《中美英三国开罗宣言》，简称《开罗宣言》。宣言宣称：将坚持长期作战以迫使日本无条件投降，此次会议签署的《开罗宣言》，成为确定日本侵略罪行及战后处理日本问题的重要国际文件。
苏联将在适当时机参加对日作战
为了加强合作和协调对德、日作战问题，1943年11月28日~12月1日，苏美英三国政府首脑斯大林、罗期福和丘吉尔以及他们的外长和顾问，在伊朗首都德黑兰举行了一次重要的国际会议。三国一致同意，战败之后的德国必须由盟军分区占领，苏联在适当时机参加对日作战等。此外，三国领导人还就1944年5月在西欧开辟第二战场的问题达成了协议，此次会议的召开，对第二次世界大战的进程产生了重要影响。
日本东条英机内阁垮台
1942年夏天开始，整个亚洲和欧洲的战场形势对日本极为不利。由于战争的节节失利，日本帝国主义统治集团内部矛盾激化。而多年高额的军费支出，使日本的国民经济面临崩溃的边缘。饱受战争之苦的日本人民，对政府的痛恨和不满日益加深。1944年7月．在一片反对声中，好战的东条内阁垮台，小矶国昭出面组阁。在以东条英机为首的日本法西斯头子“决战到底”的狂妄鼓吹下，新上台的小矶内阁继续推行着血腥的战争政策。
丘吉尔与斯大林订立秘密口头协议
1944年10月初，英国首相丘吉尔访问苏联。丘吉尔在莫斯科与苏联领导人斯大林举行了会议，美国驻苏大使哈里曼作为观察员出席了会议。此间．英苏两国领导人达成了巴尔干“百分比”的秘密口头协议．即希腊为英国的势力范围：保加利亚、罗马尼亚为苏联的势力范围：南斯拉夫和匈牙利一半为英国的势力范围，一半为苏联的势力范围。这一协议反映出明显的强权政治和秘密外交的色彩。