有一次，一个由议员组成的参观团前来参观“赤城”号。山本特意为他们安排观看飞行表演。两架战斗机不经编队，在空中做各种飞行动作，时而急速爬高，时而突然俯冲下降，彼此交相缠斗，动作敏捷，上下闪动。看到这种情况，有的参观者兴奋地说：“好看极了，像马戏团。”山本听后大为不悦，严肃地对他们说道：“各位先生，请不要把这种训练当成游戏。那急速的下降动作，会使飞行员肺部出血，缩短寿命的。人过了30岁，就不能再接受这样的训练了。我并不忍心让他们做这样高难度且有伤身体的危险动作，然而为了国家，我们不得不如此。”
第一次世界大战后，随着日英美三大海军强国海上军备竞赛的越来越公开化，日本海军当局在与美国进行竞赛时仍坚持传统的大炮巨舰主义战略。1934年10月，日本海军军令部确立“帝国海军第三次造舰补充计划”，决定建造装载460毫米大口径火炮、总吨位达7．2万吨的巨型战舰“大和”号、“武藏”号。本来日本同英美一样，对建造3．5万吨以上的军舰并无经验。华盛顿条约限定的主力舰最高吨位数是3．5万吨，现在日本却一下子要建造7万吨的军舰，如果想一想当时的造舰大国英国连造一艘5万吨级的军舰都很困难，就可想而知日本海军对扩军备战的决心到底有多大了。日本之所以要建造7万吨以上的军舰，其目的是：第一，460毫米大口径火炮的破坏力和威力远远大于已有的“陆奥”、“长门”舰上的主炮，装备这种大口径舰炮，能对抗数量上占优势的美国海军，第二，7．2万吨的巨型战列舰无法通过巴拿马运河，这样，在即将到来的造舰竞争中，如果美国也想建造和装备同样的巨型舰只的话，它必须考虑到在太平洋和大西洋海域中，要同时装备同样的舰只。然而一个国家要在两大海洋同时建造装备这样的舰只，国家的财政是负担不起的。应当说日本海军军令部的算盘打得够精明的，可是却遭到了山本的反对。
遇袭后的珍珠港在山本担任航空本部部长时，大量的研究工作已基本结束，舰政本部正在为最后是否建造这种新型战舰内部征求意见。山本坚决反对这项计划，他认为飞机在未来作战中的攻击力将大为增强，战舰不论建造得如何巨大，也无法抵抗日益发达的成群飞机的攻击，只要战舰浮在海上，就必然有被击沉的时候。在战斗中，超级战列舰来不及发射就会遭到自航空母舰起飞的成百架机动性、灵活性俱佳的飞机的猛烈攻击，到那时，超级战列舰将成为代价昂贵的无用的庞然大物。他建议以建造上述两舰的巨大费用来发展海军航空兵，只有这样，才能使日本海军的力量大大改观。
当时的舰政本部部长是中村良三大将，他极力压制山本的关于在未来海战中航空力量将起决定性作用的观点。他沿用第一次世界大战的经验认为，航空母舰和飞机固然重要，但毕竟只是舰队的辅助性武器，最后决战还要依靠主力战舰。当双方舰队在海上决战时，虽可利用飞机侦察敌情、实施鱼雷攻击，但只能削弱敌方战力，无法炸沉敌人舰队，最后胜负的关键还有赖于主力舰上的大炮。针对山本的反驳，他提出的唯一的理由是：“迄今为止，世界海战史上，还没有一艘战列舰被飞机击沉。我虽然不能绝对保证，但确实可以造出不易被击沉的军舰。”
山本的反对未能奏效。1937年，也就是在日本发动全面侵华战争的当年，“大和”、“武藏”正式投入建造。
具有讽刺意味的是，山本的预见后来成为现实。虽然制造者打算以这两艘战舰作为超级战列舰时代的开端，但战列舰时代已经过去。几年之后，这两艘各装备有9门460毫米口径大炮的巨型战列舰，还没有来得及在战斗中真正显示它的存在，便被美国的飞机击沉了。历史跟日本军国主义者开了一个不大不小的玩笑。
山本五十六的意见被忽视，绝不是山本在舰队派得势时仅有的一次。俗话说，道不同而谋不合。然而，倔强的山本在为大日本帝国扩张尽忠这一点上是坚定不移的，他并不为自己的意见是否被采纳而分心，抱着在其位谋其政的观点，仍然在自己的职权范围内想方设法加强日本海军飞机的研制和改进。他经常访问当时日本的两家大飞机制造厂——三菱和中岛，了解生产情况，及时解决他们提出的困难。日本在发动第二次世界大战的初期，飞机的生产量一度跃居世界第二位，不能不说与山本五十六这个战争贩子在这一时期的努力有着密切的关系。
腾升海天
1939年，世界处于和平与战争的十字路口。法西斯势力沉渣泛起之后，整个20世纪30年代矛盾都在不断激化酝酿，几乎所有的矛盾又都集中到了这一年，世界已经到了战争边缘。
面对即将到来的战争，各国列强为了不同的目的，从各自的利益出发都紧张地施展着浑身解数，力图在即将到来的战争中争取一个主动的角色。整个世界局势变得错综复杂、扑朔迷离。
远在东方的日本法西斯当时正深陷中华民族人民战争的汪洋大海，同时，日本与美英等国的矛盾也不断激化。日本法西斯蠢蠢欲动，战争的齿轮开始越转越快了。
就在第二次世界大战爆发的前两天，即1939年8月30日，山本五十六被任命为日本帝国海军联合舰队司令部长官。时任联合舰队司令的吉田善吾则离开舰队升任为海军大臣。在日本海军的构成中，海军省、军令部和联合舰队是三位一体，海军省负责海军军政，参与内阁有关决策；军令部是总参谋部，负责军令、作战计划与训练；联合舰队司令部则是执行机构，是负责实施指挥作战的最高机构。应当说，联合舰队司令一职是每一个日本海军军官一生中最为渴求的职务。
当天下午，身着白色海军军服的山本五十六，在日本东京的皇宫参加了天皇亲自任命他为海军联合舰队司令长官兼第1舰队司令长官的特任仪式，他由此登上了日本海军的最高顶峰，开始领导起世界上第三大舰队——日本帝国海军联合舰队。
不知是偶然的巧合，还是冥冥之中的安排，山本五十六是年接任联合舰队司令一职，正好56岁，与他父亲生他的那一年同岁。
山本在出任联合舰队司令长官后曾不无自豪地对他的同乡好友反町荣一说：“你以前曾想到过在旧长冈藩这块土地上，在长冈中学，在长冈社能出一个日本帝国海军联合舰队的司令长官吗？”
可见，当时山本五十六对于自己出任联合舰队司令是何等的踌躇满志。
山本五十六对日本国内对发展航空力量的漠然态度，涤为忧虑。8月31日中午时分，身着白色军礼服，左胸前佩带着一等瑞宝勋章的山本，在东京火车站站长的陪同下，走下了贵宾候车室的阶梯，前来为他送行的人们早已等候在那里。在送行的人群中有地位显赫的将军，一流新闻记者，山本的亲朋好友，还有那些来自新桥的千娇百媚的女流——使他夜不归宿的烟花女子们。送行的人群都站得井然有序。
看到这种送行的场面，山本五十六显然有些激动，他深情地向送行者们挥动着双手，走上了月台。
当时的东京火车站规模还很小，整个车站只有4座月台。第4号月台外侧的第8条铁道线上，临时增发的由东京开往神户，挂有各等车厢的特快列车“海鸥”号，徐徐驶进了车站，它和清晨开出的“燕”号都是连接京滨（东京，横滨）和阪神（大阪，神户）的有名列车。通常列车是不挂瞭望车厢的，今天，“海鸥”号专为山本加挂了一节嘹望车厢。而在车厢里，山本还藏着一位情人，她当然是山本最爱的河合千代子。
在月台上，山本回头郑重地给前来为他送行的人们行了一个举手礼（据说，这种举手礼后来在日本军界，甚至社会上广为流行，很有名气，以至于成了一种回敬的礼节），然后便跟在站长的后头，走向最后一节车厢，瞭望车的阶梯前铺设有红色的地毯。