第二年，经过了一番准备之后，拓跋焘下达了灭佛的诏书，并且自称为灭佛圣人。斥责佛教是天下的毒瘤，是导致民变不断的罪魁祸首，下令拆毁寺庙、焚烧经典、所有的和尚全部坑杀，一个不留。一场大规模的灭佛运动开始了。
北魏政府的官员们接到这项诏书之后立即行动起来，捣毁寺庙，捉拿僧侣。全国范围内的僧人或被杀害，或者四散而逃，毫不夸张地说，就连一些秃子都受到了牵连无辜惨死，中国沙门经历了第一次大祸，很多历史性的建筑被毁灭。
皇太子拓跋晃本身就是个虔诚的佛教徒，在拓跋焘准备灭佛的过程中他曾经极力加以阻止，无奈拓跋焘已经认清了佛教的本质，认为佛教对自己的统治毫无益处，而且还在碍手碍脚，任何人的劝解也听不进去。不过拓跋晃还是尽了自己的全力来解救这些和尚，由于当时他正在“监国”，所以诏书到了他的手里之后，没有立刻发出去，而是让自己的手下快马加鞭地通知和尚们乔装逃走，所以各地的和尚大多有机会逃逸。
崔浩终于等到了这一天。
他一直都在等着这一天的到来，佛教的陨落预示着儒教即将兴盛，他可是着手大力地推进门阀制度，在北魏帝国建立儒家学校，希望将北魏建立成文人士大夫的乐土。虽然皇帝是胡人，但统治阶级全都变成汉人门阀。
他的所作所为，立即就引起了鲜卑贵族的极大不满。要知道，九品中正制的根本就是门阀制度，而门阀制度的形成完全依靠的就是儒家士大夫。所谓的九品中正制主要有三个内容：1、家世：即家庭出身和背景。指父祖辈的资历仕宦情况和爵位高低等。这些材料被称为簿世或簿阀，是中正官必须详细掌握的。2、行状：即个人品行才能的总评，相当于现在的品德评语。当时的总评一般都很简括，如天才英博、亮拔不群、德优能少等。3、定品：即确定品级。定品原则上依据的是行状，家世只作参考。但晋以后完全以家世来定品级。出身寒门者行状评语再高也只能定在下品；出身豪门者行状不佳亦能位列上品。于是就行成了当时“上品无寒门，下品无士族”的局面。
严格来说九品中正制根本不利于社会和谐，不但把大量的人才抛弃在政府之外，而且还养了无数的闲人，这些人终日无所事事，作威作福，而人民完全没有飞黄腾达和反抗的机会，日子久了心里一定会有怨恨。从骨子里说这种政策是反人性的。
但由于当时的社会原因，崔浩的思想还没有那么先进，他的初衷还是好的。他大力整饬品流，严格审查百姓的出身等级，积极地推动门阀制度的形成，原因只有一个，那就是希望社会安定。