四明山位于浙江宁波府和绍兴府之间，与天台山相连，方圆八百余里，四周高山环绕，峻岭起伏，地势非常险要，山中到处是密林和可拓垦的沃土，义军在此处安营，既可以防守，也可以耕种自给，因而自唐宋以来，此山一直是农民起义据险扼守的地方。黄宗羲以四明山为抗清根据地，率领自愿跟随他的五百余名战士，在四明山内外“流动迁居”（陈祖武《清代人物传稿》上编），并与四明山中的“大岚洞主”王诩和由湖州来的冯京第等人联合，发表了共同的抗清作战策略，其大意是：义师所以难以制胜，实由于各家不能团结，同时又由于富户所办的团练是为了保持个人利益的，往往引导清兵，自相残杀；如果我们的队伍，努力同心，注意敌人的形势，敌人势力过大的时候，我们就暂时躲避，一旦敌人力量懈怠，我们就集中力量勇猛地去攻击他们，这样是可以出奇制胜的。（黄宗羲《四明山寨记》）。
这个策略是比较正确的，它既指出了当时所有抗清武装力量不团结的弊病，又提出了正确的作战方针，从而使四明山中的军队作战目标明确，力量大大增强。
山居的这一时期，黄宗羲为了逃避清兵的追捕，变姓易名，将主要精力用在了历算研究上。《春秋日食历》、《授时历》。《故大统历》、《推法授时历》、《假如回回历》、《假如西历》、《假如气运算法》、《勾股图说》、《开方命算测图要义》等著作都是在这两年前后写成的。但是“曾经沧海难为水，除却巫山不是云”，黄宗羲仍无时无刻地在惦念着鲁王的下落，并时时筹划着要重新恢复鲁王政权，匡复明朝，尽展心中郁积之志。
顺治六年（1649年）六月，黄宗亲终于得到鲁王的消息，原来朱以海自绍兴逃出后，辗转浙闽沿海一带，后由福建到浙江，驻于台州（今临海）东面海边的健跳所。于是，黄宗益把四明山事务交于王翊，千里迢迢地渡海前往健跳所，到达后，被鲁王封为左副都御史。但这时的左副都御史只是一个空头衔，并没有什么实际的政权或兵权，带给黄宗羲的不过是一段短暂而艰苦的海上漂泊生活。在这大势将倾，发发可危之时，监国只不过是一些握有兵权的人——即所谓“悍帅”之流控制权柄，在政治上苟延残喘而已。所以，文官文臣诸如大学士沈高菜户已部尚书吴钟峦。兵部尚书李向中等，就根本没有什么分量，只是如同木偶一样紧跟着悍帅团团转。
黄宗羲曾提出舟山、崇明“相与首尾，窥伺长江，断其（清军）南北之援”的作战计划，但由于鲁王政权内拥有兵权的定西侯张名振勇而无谋且心胸狭窄，不能与当时同在舟山的文臣通力合作，致使大部分文臣处于闲置之地；再加上张名振又滥杀带兵将官，使原本就不多的军队愈发涣散，黄宗羲的这个计划自然没有实现的可能。面对如此现实，黄宗羲感慨至极：“觞余于鲸背之上，落日狂涛，凄然相对，但觉从古兴亡，交集此时，何处容腐儒道得一句！”（黄宗羲《思旧录》）此中的凄凉，足以催人泪下。但是，曲折的经历最能教育人，也最能给人以深刻的启迪和思索，正由于黄宗羲经历了这样的辛酸和愤懑，所以才促使他对封建政权的本质进行探讨和挖掘，从而在思索中有所发现，奠定了以后著述的思想基础。
在黄宗羲抗清失败的同时，清政府却已稳定了其在全国的统治，并注意安抚人民，消除隔膜，使国内的阶级矛盾有了较大的缓和，故而可以集中兵力对付鲁王政权。所以，鲁王政权的灭亡只在旦夕之间，黄宗羲非常清楚地认识到了这一结局的必然性。遂于同年八月，借口清兵要“录其家口”，“陈情监国”，“间行归家”。（全祖望《梨洲先生神道碑文》）但是黄宗羲不忍心坐视鲁王政权的覆亡，所以在返家以后，他仍然与四明山及海上抗清武装常相往来。在鲁王军队屡战屡败的情况下，当鲁王派使臣前去征召并让他与侍郎冯京第“乞师于日本”时，他还是毅然前往，借得洪武钱数十万，有力地支持了鲁王政权。（黄宗羲《日本乞师记》）。
不久黄宗羲与抗清武装有来往的事被人告发。清政府将他和四明山首领王诩等人的画像张贴通告，悬赏捉拿。形势变得非常危急，顺治七年（1650年）九月，侍郎冯京第兵败被捕，与之共事的黄宗炎同时被捕。黄宗羲闻讯，秘密赶到郭县，与高斗魁等人合谋组织营救，终于在行刑的前一天将黄宗炎救出。与此同时，清军加紧了对鲁王政权的军事进攻。顺治八年（1651年）七月，在叛将的引导下，清军作大包围的局势分三路进攻舟山。而鲁军瞬息万变恃舟山有蚊门天险可以高枕无忧，就孤注一掷地奉着鲁王用舟师由海道北伐吴淞，希图乘虚攻打清军后路，以解除舟山之日。不料吴涨防守得十分严紧，鲁军不能得手，相反，鲁军的大本营——弹丸大小的舟山却被清军一举攻克。鲁军溃散，鲁王虽被部下救走，但所部非死即散，鲁王政权从此瓦解。
政权虽然覆亡，黄宗泰却没有停止抗清活动。顺治十一年（1654年），鲁王所属定西侯张名振自海口派人与黄宗首联络，重议抗清事宜，但来人在大台被清政府抓获。这时，黄宗炎与冯京第旧部散而复合，并接受慈水寨主沈尔绪的资助，从事抗清活动，直至顺治十三年（1656年），事情败露，黄宗羲又被指控为祸首，遭到清政府指名追捕。
以后几年间，黄宗羲为了逃避官府缉拿，隐姓埋名，东徙西迁，在绍兴、杭州间辗转躲藏。“无年不避，避不一地”，就如同一个游侠一样。（黄宗羲《南雷文定·避地赋》）有一次，由于疲劳过度，他竟昏倒在沙滩上。他的亲属也因受株连而流离失所，八口之家在那个艰难的环境中病故了一半，家中房舍在一年内又两次遭受火灾。但所庆幸的是，黄宗羲自己在亲友的帮助下，终于没有落入清军手中，他曾为此深有感触地写道：“半生滨十死，两火际一年，”“八口旅人将去半，十年乱世尚无央”。（黄宗羲《南雷诗历》卷一）
顺治十八年（1661年），清军打败由郑成功。张煌言所拥立的永历政权，郑成功率残部败退至台湾，清朝完成了统一。在这种情况下，黄宗羲不得不承认并接受了现实，于是在冬天奉母从躲藏地安山龙虎山堂返回故居——浙江余姚黄竹浦，开始了下半生的著述生涯。他在顺治十六年（1659年）所作的《山居杂咏》诗中写道：“锋镝牢囚取次过，依然不废我弦歌。死犹未肯输心去，贫也岂能奈我何？”在另一首《王老峰顶万松坪同阁古古夜话限韵》诗中也写道：“身滨十死不言危，天山名山尚好奇。”（《年谱》）他不畏艰险困苦，克服“屋崩”、“粮绝”的天灾人祸，把“十死”置之度外，在争取自己的理想方面充满了无限自信，甚至可以说是踌躇满志的。
清朝统治者经过几十年的军事镇压和政治“安抚”，完全稳固了统治。这在广大的知识分子中引起不同的反应，有些人归附了清朝；有些人躲进了深山或者干脆削发为僧，进行着不同形式的消极抵抗；还有一些人清醒的看到了清王朝在全国的统治已经确立的事实，看清了因腐朽而终于覆灭的明王朝已不可能恢复重建，只是出于对祖国和民族的强烈责任感，他们总结历史上的经验教训，探讨经国济世的实学，整理和研究祖国的文化遗产，在一条新的道路上继续前进。这些人中，黄宗羲就是一个有代表性的人物。
三从《明夷待访录》的著述到
《明儒学案》的编撰顺治十八年（166年），清朝顺治帝去世，康熙皇帝即位。此后，清政府逐步采取了一系列缓和民族矛盾，发展社会生产的重大措施，清初社会开始转向安定和发展。此时黄宗滚已年过半百，近二十年的辛苦遭逢、颠沛流离，使他不觉“老冉冉其已至”。（黄宗羲《南雷文定·避地赋》）以顺治十八年（1661年）至康熙二年（1663年）间所陆续撰成的《易学象数论几》、《明夷待访录》为标志，黄宗羲开始了专门的著述和讲学生涯。在长达24年的著述生涯中，大体上可以以康熙七年（166年）为界分为两个时期。前一个阶段，黄宗羲主要是在整理自己抗清期间所积累的学术思想资料；而在后一个阶段里，他则把主要的精力用在了讲学和对经书的研究上。
我们应当看到，对于黄宗羲这样一个民族意识强烈。忧国忧民的封建士大夫来说，其哀莫大于亡国！明朝的覆亡，清朝的建立，尽管在今天看来只不过是封建社会的改朝换代，是我国东北地区一个文化落后但兵民强悍的少数民族统治者以武力统一了中国；但在当时的黄宗羲以及与他相类似的深明“夷夏之辨”的知识分子来说，则确确实实认为亡国了。他们虽曾拿起刀枪，与“夷狄”进行过殊死斗争，但终究挽救不了故国倾覆的命运，于是痛定思痛，作亡国教训的总结，不能不对“乱天下”的“夷狄”怀着深切的仇恨，所以，黄宗羲在抗清斗争失败后所写的第一部政治理论著作就是充满反清民族主义精神的《留书》。他在《留书》中发出的“情至之语”便是“自三代以后，乱天下者无如夷狄矣！”（《以留书·封建》）在这之后，黄宗羲在《行朝录》《弘光实录钞》、《海外恸哭记》、《西台恸哭记注》等许多历史著作和诗文中都深情地寄托了他的亡国之痛和故国之思，尤其是着力于表彰抗清志士冒死犯难、视死如归的崇高民族气节。例如，他为抗清名将张煌言写墓志铭时，一开头就深情地写道：
“语曰：慷慨赴死易，从容就义难。所谓慷慨从容者，非以一身较迟达也……就中险阻艰难，百挫千折，有进无退者，则文文山、张苍水两公为最烈”。（黄宗刘南雷杂著·兵部侍郎苍水张公墓志铭》）。
不仅对烈士如此，而且对始终能保持民族气节的“亡国之遗民”也同样深情地予以表彰。他在《谢时符先生墓志铭》中说：
“嗟夫！亡国之威，何代无之？使过宗周而不悯黍离，涉北山而不忧父母，感阴雨而不念故夫，闻山阳笛而不怀旧友，是无人心矣！故道民者，天地之元气也……只此忠义之心，维持不坠。”
黄宗羲对于“夷狄乱天下”的憎恨，对于抵抗“夷狄”的侵略和坚持不与“夷狄”政权合作精神的表彰，尽管有其历史局限性，却是中华民族几千年历史所培育出来的强烈爱国主义精神的体现。
黄宗羲自顺治二年（1645年）组织世忠营，开始投入武装斗争，其间的艰难和忧愤使他加深了对现实的理解和认识。对于他这样一个亲身经历、亲眼目睹了封建专制制度弊端痼疾，故作为深刻历史反思的启蒙思想家来说，恨莫过于专制！黄宗羲的父亲黄尊素以及明末一大批主张社会改革的正直官员和东林党人士，都惨死在君主专制的淫威之下，这自然是黄宗羲的切肤之痛。所以，经过长时间的痛定思痛和酝酿，于顺治十八年（1661年）完成了他的巨之一——《明夷待访录》初稿，次年十月“雨窗削笔”（黄宗羲《明夷待访录·序》）即补充修改完毕，并写了序言。这本被现代人称之为“奇书”、“怪书”和“中国的《社会契约论》”的《明夷待访录》，其书名标题用典古雅、寓意深刻，直接反映了作者的写作宗旨。“明夷”是《周易》六十四卦中第三十六卦的卦名，《易传》释“明”为日、释“夷”为灭，故“明夷”意谓日入地中，比喻贤人逢暗主而不能显其明智；“待访”二字出自“箕子之见访”，正如黄宗羲在《明夷待访录》自序中所云：“吾虽志矣，如箕子之见访或庶几焉！岂因夷之初旦，明而未触，遂秘其言也。”殷纣王的叔父箕子曾“被发佯狂为奴”，周武王释箕子之因并求教于箕子，正是贤臣遇明君而倡其政见的先例。黄宗羲以箕子自比，撰著兴邦治国的大作，期待圣君明主前来造访，充分说明《明夷待访录》一书如邓牧《伯牙琴》一样，是寄希望于未来的。（参见冯天瑜《明清文化史散论》《〈明夷待访录〉题义诠释》篇）。
《明夷待访录》分为原君、原臣、原法、置相、学校、取士、建都、方镇、四制、兵制、财计、胥吏、阉宦等13个部分（下文所引只注篇名而不注书名）。它是黄宗羲唯一的一部政治专著。是他结合自己几十年斗争实践对历史研究和明代政治所作的总结，也是中国学术史上一本具有划时代意义的巨著。“天下之治乱，不在一姓之兴亡，而在万民之忧乐。”这是贯穿于全书的指导思想。黄宗炭这个思想的形成，与当时的社会历史实际有紧密的联系，同时也是明末以来“明亡之思”的直接发展。明朝灭亡的历史，使人们初步看清了封建统治阶级的丑恶本质；清军攻占各地时的暴行，加深了人们对封建统治者残酷本性的认识。正当各地人民反抗清初残酷统治之时，腐朽的南明王朝反而成了抗清斗争的羁绊，这种鲜明的对比深深印入黄宗象的心中。明亡之际，儒生士大夫无不注目于这样一个问题：明朝灭亡的原因是什么？关于明朝灭亡的原因，清初学者的答案多种多样：或认为明亡于“流贼”之害；或认为阅党专权、朋党之争是“明宗社存亡之一大机关”（文秉《先拨始志·序》）；或认为明亡于科举失人才、将才（戴笠《怀陵流寇始终录·自序》）；或认为“宦官无制”、“外戚优逸”、“兵权过操”是导致明亡的主要因素（查继佐《罪惟录·帝纪总论》）；但更多的人则认为明王朝从根本上亡于“守令贪残”。“武臣骄蹇”等造成的政治腐败，这一看法首先来源于崇须皇帝“朕非亡国之君，诸臣皆亡国之臣”的无耻论调。针对这一论凋，学者莳菊逸民反诘道：“亡国之臣，谁使之处枢要。侪士途？”（莳菊逸民《明季见闻缉录·序》）锁录山人《明亡述略》则反其论而云：“兹烈帝承神宗熹宗之失德……而明之亡也决矣。”对崇祯帝的批判由此拉开序幕。批判的展开，必然要超越对某一君主罪过的清算而演化为对整个君主专制的批判，黄宗羲便是当时批判君主专制的主力健将。他超越崇帧一朝的时空局限，开始从整个君主制度和政治建置上去寻找朝代兴亡的内在原因。他认为，上古时代，“以天下为主，君为客”，国君不仅从属于天下百姓，而且也直接为百姓服务，所以，“凡君之所毕世经营者，为天下也”。而现在情形却颠倒了过来：“今也以君为主，天下为客。”君主们为了争夺天下，使用了各种残暴手段，“茶毒天下之肝脑，离散天下之子女”。目的就是为了“我（指皇帝）一人之产业”。及至夺到政权以后，又“敲剥天下之骨髓，离散天下之子女，以奉我一人之淫乐，视为当然”，并已妄想把皇帝的宝座传之“万世”，总之，以“天下利害之权皆出于我，我以天下之利尽归于己，以天下之害尽归于人”，这就是帝王们的所作所为。对此，黄宗羲愤然发问：“岂设君之道因如是乎？”（难道设立国君的目的本来就是这样的吗？）