击退廓尔喀后，清朝鉴于西藏地方弊端繁多，导致战乱频繁，于是决定大力整顿，乾隆五十八年（1793年）清朝颁行《藏内善后章程》29条。规定驻藏大臣监督办理西藏事务，其地位与达赖和班禅相等。《藏内善后章程》的颁布实施，标志着清朝对西藏统治的各项制度的完善，确保了西藏成为中国领土的一部分。（此上均摘自冯智《清朝用兵驻兵西藏制度的形成、发展和影响》）
9.立军机处，强帝独裁
努尔哈赤起兵时实行的是军民合一的八旗制度，政治权力集中于王公贵族，重大决策由贵族共同讨论决定，是为满洲议政王大臣会议。后皇太极于天聪五年（公元1631年）仿明朝制度设立六部，试图逐渐削弱满洲贵族权力，实行中央集权。
顺治七年（公元1650年），顺治皇帝对八旗制度进行改革，由自己亲自掌握正黄、镶黄、正白三旗，形成了"上三旗"和"下五旗"，改变了以前八旗由不同王公掌握的局面，同时加强上三旗的实力，满洲议政王大臣会议的权力有所削弱。
清朝设六部（吏、户、礼、兵、刑、工），各部长官称尚书，副长官称侍郎，以前尚书均由满人担任，顺治元年（公元1644年）规定尚书及侍郎满、汉各一。在六部之外和六部并立的中央行政机构有：大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺、国子监、钦天监、翰林院、太医院、理藩院、宗人府、詹事府、内务府、都察院。清朝官员等级分"九品十八级"，每等有正从之别，不在十八级以内的叫做未入流，在级别上附于从九品。
"康熙十六年（公元1677年）康熙皇帝设立南书房，起初是康熙帝为了与翰林院词臣们研讨学问，吟诗作画而设。因在乾清宫西南角特辟房舍故名南书房。由于南书房"非崇班贵檩、上所亲信者不得入"，所以它完全是由皇帝严密控制的一个核心机要机构，随时承旨出诏行令，这使南书房"权势日崇"。南书房地位的提高，是康熙帝削弱议政王大臣会议权力，同时将外朝内阁的某些职能移归内廷，实施高度集权的重要步骤。
雍正七年，用兵西北，以内阁在太和门外，恐泄露机密，始于隆宗门内设置军机房，选内阁中谨密者入值缮写，以为处理紧急军务之用。十年，改称"办理军机处"，简称"军机处"（赵翼《檐曝杂记》）。由于军机处本是一个非常的临时机构，自诞生之日起就摆脱了正式官僚体系的壅滞、繁琐的毛病，非常适合皇帝加强君权的意愿，所以，在准噶尔战事平定之后，按理应裁撤军机处，但结果非但不将其撤销，反而进一步扩大了军机处的权力，使其超越议政王大臣会议、内阁，成为最主要的政治核心。"（宋希斌《论清代军机处的创立及其正规化》）
乾隆初年，一度改称"总理处"，后又改称军机处。军机处的工作人员没有定员，最多的时候达到六至七人，由亲王、大学士、尚书、侍郎或京堂充任军机大臣，通称大军机。设首席军机大臣，或称领班军机大臣，一般由满族亲王或大学士担任。其他任职者按各人资历分别被任命为军机处行走、大臣上行走、大臣上学习行走等。
"军机大臣须每天值班，等候皇帝随时召见。另选内阁中书等官充军机章京，通称小军机，满汉各半，掌缮写谕旨、记载档案、查核奏议。整个军机处的职责则是：撰拟谕旨和处理奏折；议大政，议后提出处理意见，奏报皇帝裁夺；谳大狱，参与重大案件审拟；参与对重要官员的任免和考核；随侍皇帝出巡，奉旨出京查办事件等，用字寄上谕的名义对各地各部官员发布指令。"（张传玺主编：《简明中国古代史》）
军机处的办事效率很高。根据内阁制度，下属官员有事题奏，或皇帝颁发诏旨，都是经过层层机构，辗转交送，常常要花费很多时间。军机处则不然，一切均由大臣和章京通同办理，皇帝有谕，随时奉诏承办，而且必须当日事当日毕。
"在通常情况下，军机大臣每日早5点左右进宫应召觐见皇帝，有时一天召见数次，主要是承受谕旨，然后回堂拟写。起先由大臣亲自主稿，后来才改由章京起草，大臣拟定。经皇帝认可后，按照谕旨的性质分"明发上谕"和"廷寄上谕"两种形式向下传达。明发上谕指交内阁发抄，宣示天下。廷寄上谕因奏请而降旨，事属机密，由军机大臣直接密寄具奏人。廷寄需封入信函，交兵部加封，发驿驰递，根据事情的缓急，或马上飞递，即日行300里，或400里，或500里，或600里加急，一律由军机章京在封函上注明。封口及年月日处，加盖"办理军机处"银印。如遇特别机密紧要的密谕件，则由军机大臣自行缮写封固，上写"军机大臣密寄"。这一套廷寄制度，减少了很多中间环节，大大加快了办事速度。"（范文澜主编：《中国通史》）
军机处职掌着每日晋见皇帝，共商处理军国大事，并奉旨对各部门各地方负责官员发布指示的重要使命，因此它在清廷中具有举足轻重的地位。但是，军机处在清代初设阶段，由于无保密制度，造成清廷许多军国要事的严重泄密，其后果是可想而知的。这残酷的教训，使清军机处不得不对保密规制进行强行规定。据清吴振《养吉斋丛录》载：军机处自清朝嘉庆以后其保密规制始严，规定凡军机大臣只准在军机处输本日所奉谕旨，部院稿案不准在军机处输，司员不准至军机处启事，不许闲人窥视，王以下及文武大臣不准至军机处与军机大臣谈论。至于通谕王公大臣之事，在乾清门阶下传述，不许在军机处传述。并命科道官一人轮日至隆宗门内纠察。
与此同时，军机处所收到的各类奏折和皇帝批的谕旨，都有一整套严格的保密管理规定，每日奏折，于寅卯二时发下，由军机章京分送各军机大臣互阅。凡皇帝在奏折上批有"另有旨"、"即有旨"的奏折，由军机处章京贮于专门的保密黄匣中，交军机大臣捧入请旨，然后由军机大臣根据皇帝的旨意，命军机章京起草谕旨，经皇帝朱笔改定后，交各部院速议速办。为防止文件在传递过程中的失密，由军机处将文件密封后交兵部捷报处递往。
在文件的封袋上，分别规定右书（办理军机处封），左书（某处某官开拆），至于皇帝亲笔改定的谕旨，在封袋上，则居中大书（传谕某处某官开拆），其封口及书年月日处皆钤。除此之外，皆使领者（领取文件者）注明画押于簿中，谓之"交友"。这可谓保密责任到人了。
"清军机处还实行了严格的归档保密规定："值日章京……凡本日所奉谕旨，所递片单，均钞订成册，按日递添，月一换，谓之"清档"。凡发交之折片，由内阁等处交还及汇存本处者，每日为一束，每半月为一包……均责成章京检覆无讹，按季清档，月折及各种存贮要件，收入柜中，值日者亲手题封，谓之"封柜"。清军机处还设有专门的档案房，有专职的保密人员管理这些档案，由此而使军机处的保密工作做得非常之好，同时，为后代留下了许多难得的珍贵史料。"（蔡美彪主编《中国通史》）
军机处无正式衙署，其办公处所设于内廷隆宗门内，称为值房，无专职官员，全部工作由军机大臣主持，军机处的人数无定额，任期无限止。凡经皇帝选调到军机处任职的军机大臣，称"入值"。由皇帝指派满、汉各一员为首领，称为"揆首"、"领袖"。初期，凡应皇帝召见议商政务、承皇帝旨意起草谕旨以及寄给各官员之谕旨的署名等，均为领班军机大臣专责。
初入值军机处者，因资历或能力尚浅，则命在"军机大臣上学习行走"。加"学习"二字，意示见习，其地位低于一般。一两年后，再由领班的军机大臣奏请去其"学习"二字。各军机大臣之间，因资格、品位之高低而有差别，除视秩排班外，权力亦有不同。如：有的满洲军机大臣只准阅办满文奏报；新任之军机大臣不准阅办皇帝朱批过的奏报。这些等级差别，均不见有"则例"、"章制"，而是由皇帝亲定。
军机章京，俗称"小军机"，亦称"司员"。初期，军机章京无一定额数，由军机大臣在内阁中书等官中选调。乾隆时改由内阁、六部、理藩院等衙门取用。嘉庆四年（1799年）始，定军机章京分满、汉各两班，每班八人，共三十二人。各班设领班、帮领班章京各一员，由军机大臣于章京中择资深望重者任之。其后增设额外章京一二员，至光绪三十二年（1906年）确定汉军机章京额数为二十人。
军机章京亦为兼差，选用者必须为进士、举人、拔贡出身，年纪轻，办事练达，撰拟迅速，书写端正。其原职缺升至通政司副使、大理寺少卿官及三品，即调归本任。军机处选补章京，由各衙门开具履历保送，军机大臣亲加考试，合格者即带领引见，录用与否由皇帝决定。录取后，依次列名存记，俟缺出按单调取。军机章京向例不参加京察，其奖叙升转由军机大臣酌情保奏。
军机章京负责军机处的日常工作，如处理文书、记注档册、撰拟文稿等。值宿之章京，夜间遇有紧要事件，亦有单独被皇帝召见承旨撰书谕旨者；还可参与军机大臣所承办案件的审理等。
军机处内部的分工是按职掌设满屋和汉屋。满（汉）屋为其内部俗称，其对外行文时称满（汉）军机处，由满、汉章京分别任事。其职掌除分办满汉文之谕旨和奏折外，满屋掌在京旗营及各省驻防和西北两路军营官员的补放事务，负责内蒙古、外蒙古、藩部及喇嘛等朝贡时拟赏单，并掌管军机处本身的事务性工作；汉屋办理在京部院及各省文职官员、绿营武职官员的补放进单，王公内外大臣赏单及拟给外国朝贡使臣赏单，办理皇帝交下的应查、应办的事务以及负责军机处的对外联系、管理档案等工作。（《清史论丛》）
军机处的设立，让大清帝王真正"乾纲独断，事必躬亲"，进一步加强了清王朝封建君主专制制度，它成为清代皇帝直接控制下的全国行政之总汇。
清朝大事记
公元1626年（天命十一年）正月努尔哈赤统兵攻明宁远城，遭受起兵以来惟一的败仗，负重伤而归。
公元1628年(天聪二年)以征朝鲜凯旋，立纛拜天。自是出征班师祭纛以为常。
因多尔衮、多铎出征有功，赐多尔衮墨尔根代青称号，晋固山贝勒，赐多铎额尔克楚虎尔称号。
公元1633年(天聪七年)六月谕官民冠服遵制划一。
十月太宗皇太极率诸贝勒督厉众军，练习行阵，是为大阅之始。
公元1636年（崇德元年）
改国号大清，皇太极称帝，清朝建立
公元1638年(崇德三年)二月太宗亲征喀尔喀，以礼亲王代善、郑亲王济尔哈朗、睿亲王多尔衮等居守。六月始设理藩院，专门处理蒙古事务。七月定六部、理藩院、都察院等八衙门官制。
公元1642年(崇德七年)西藏达赖喇嘛遣使至盛京，太宗设宴款待。
公元1644年（顺治元年）山海关之战、潼关之战。
清入主中原，定都北京。南明福王、鲁王、唐王、桂王政权先后建立抗清。
公元1645年（顺治二年）
灭大顺政权、灭南明弘光政权、扬州之战。
公元1646年（顺治三年）灭大西政权。
公元1651年(顺治八年)八月，始行乡科取士。
公元1659年（顺治十六年）平云南之战。
公元1673年（康熙十二年）康煕帝下令削藩，三藩之乱起，至1681年被平定。
公元1676年（康熙十五年）平耿精忠之战、平王辅臣之战。
公元1680年（康熙十九年）平尚之信之战。
公元1683年（康熙二十二年）收复台湾，郑氏投降，全国统一。
公元1686年（康熙二十五年）雅克萨之战。
公元1689年（康熙二十八年）
中俄签订《尼布楚条约》，确立两国边界。
公元1690年（康熙二十九年）乌兰布通之战。
公元1697年（康熙三十六年）噶尔丹之叛乱。
公元1712年（康熙五十一年）清政府宣布此年以后滋生人丁"永不加赋"。
公元1782年（乾隆四十七年）
《四库全书》编成，分经、史、子、集四部。
公元1793年（乾隆五十八年）英使来华要求开放贸易被拒。
公元1796年（嘉庆元年）
川陕白莲教起事，至1805年平定。
公元1839年（道光十九年）林则徐于虎门销毁鸦片。次年，中英鸦片战争爆发(1840~1842)。
公元1842年（道光二十二年）中英签订《南京条约》，英占香港岛，开放五口通商。
公元1843年（道光二十三年）中英签订《五口通商章程》、《虎门条约》。洪秀全创立拜上帝会。
公元1844年（道光二十四年）中美《望厦条约》、中法《黄埔条约》订立。
公元1851年（咸丰元年）拜上帝会在广金田村起事，建号太平天国。
公元1853年（咸丰三年）
太平军攻入南京，改名天京，定为国都；并颁《天朝田亩制度》。
公元1856年（咸丰六年）太平天国内讧，渐趋败亡。
公元1858年（咸丰八年）
英法攻陷大沽，清廷与两国签订《天津条约》，又与俄签订《瑷珲条约》。
公元1859年（咸丰九年）英法联军再次入侵中国，攻陷北京。
公元1860年（咸丰十年）
中英、中法、中俄分别签订《北京条约》。
公元1861年(咸丰十一年)洋务运动(1861~1894)开始，创办军事工业、实业，编练陆海军，设西式学堂。
公元1864年（同治三年）洪秀全死，清军攻入南京，太平天国败亡。中俄签订《勘分西北界约记》。
公元1877年（光绪三年）
左宗棠占和阗，收复除伊犁地区外的新疆全部领土。随即上疏建议新疆改设行省。
公元1883（光绪九年）
中法战争(1883~1885)爆发，1885年两国签订《越南条约》，法占领越南。
公元1888年（光绪十四年）清廷建立北洋舰队，加强军备。
公元1894年（光绪二十年）
中日甲午战争(1894~1895)爆发。洋务运动于1895年宣告终结。孙中山在檀香山创立兴中会。
公元1895年（光绪二十一年）中日签订《马关条约》，割让台湾及辽东半岛。俄法德干涉还辽。
公元1896年（光绪二十二年）
《中俄密约》签订；此后列强纷纷在华租借港湾，划分势力范围。
公元1897年（光绪二十三年）德国强租胶州湾；沙俄占旅顺及大连。
公元1898年（光绪二十四年）
康有为等推动戊戌维新，慈禧太后发动政变。
公元1899年（光绪二十五年）义和团兴起，在山东各地杀教士、教民。
公元1900年（光绪二十六年）八国联军攻陷北京。兴中会惠州起义失败。
公元1901年（光绪二十七年）中外签订《辛丑条约》。清廷下令筹划新政。
公元1905年（光绪三十一年）
清政府罢科举，派五大臣出洋考察宪政。孙中山创立中国同盟会，提出三民主义。
公元1906年（光绪三十二年）清政府宣布"预备立宪"。
公元1908年（光绪三十四年）
光绪帝、慈禧太后先后去世；宣统帝即位。
1907年至1908年同盟会发动六次起事均失败。