除屠杀和奸淫之外，日军还进行大规模的抢劫、破坏活动。日军进城后，大肆抢劫，大小店铺，无一幸免。大批的中国财物被日军用卡车拉走，或强迫中国人背负。全城所有私人住宅，都被日军抢劫一空。日军抢劫后，即将房子付之一炬，从中华门到内桥、从太平路到新街口以及夫子庙一带繁华区域，大火连天，几天不熄。据统计，全市1／3的房屋都被焚毁，瓦砾成山。对手无寸铁的中国平民，动辄搜身，如果搜不出值钱的东西，就将其杀死。日军还有计划地抢走了蟠龙里图书馆珍藏的大宗典籍、朝天宫院内埋藏的文物、寺庙里的大钟铁鼎等，致使许多中国国宝流入侵略者之手。
军在南京的兽行，是现代战争史上破天荒之残暴纪录，是现代文明史上最黑暗的一页。日军在南京的兽行，铁证如山，是任何人也无法篡改的。战后，南京大屠杀的一些主犯，得到了应有的惩罚。
华北伪政权建立
军攻陷北平、天津后，即物色汉奸，组织伪政权。1937年7月30日，伪北平治安维持会成立，汉奸江朝宗任委员长，冷家骥、潘毓桂等8人为常务委员，社会、金融、交通、文化、公安各界代表35人为委员，日军宪兵队长赤藤、冀察军事顾问笠井等为顾问。8月1日，汉奸高凌霨等在天津国民饭店成立伪天津治安维持会。8月6日，宣布就职。随后，日本派喜多诚一任北京（日军占领北平后改北平为北京）特务机关长，负责物色汉奸人选，建立统一的华北伪政权。经多方筹备，1937年12月14日，伪中华民国临时政府在北平宣布成立。
当天，伪中华民国临时政府公布了政府组织大纲。根据大纲规定，伪中华民国临时政府主席一职空缺，以表示要进一步收罗所谓第一流人物。伪政权仿西方三权分立制，设议政、行政、司法3个委员会，分掌立法、行政、司法的职权。议政委员会为伪政权最高立法机关，以汤尔和为委员长，王克敏、朱深、董康、王揖唐、齐燮元、江朝宗、高凌蔚为委员。司法委员会是伪政权最高司法机关，董康任委员长。伪政权的主体是行政委员会，它是伪政权最高行政机关，设委员长一人，由王克敏担任；下设秘书厅及行政、治安、教育、赈济、实业5部与建设总署：秘书长黎世衡，行政部总长王克敏，治安部总长齐燮元，教育部总长汤尔和，赈济部总长王揖唐，实业部总长王荫泰，建设总署督办殷同。1938年10月1日，行政委员会调整机构，裁行政、赈济部，新设内政部及赈务、防疫两委员会，原行政部之外务、交通、情报3局改行政委员会直辖。
伪政权仍沿袭中华民国年号，以北洋时期红、黄、蓝、白、黑五色旗为所谓国旗，以北京为首都。伪中华民国临时政府成立后，伪冀东防共自治政府和平、津及河北各伪治安维持会均解散。伪政府管辖区域，初以平、津为中心。后随着日军军事上的进展，逐渐扩展到河北、山东、山西、河南4省及北京、天津、青岛3市。地方机构除省、市、特别市、县等建制外，在省与县之间恢复了清代道级行政制。
伪中华民国临时政府成立后，日本政府通过与之签订《政治技术指导协定》及派遣顾问，对其进行全面控制，举凡重大施政措施、人事变动，没有日本人的点头，伪政权是无法决定的。伪中华民国临时政府是地地道道的傀儡政权。
伪中华民国临时政府成立后，宣称要清除国民党一党专制的积弊，施行为中华民族谋幸福的政治；经济上确立以农为本的农村政策，同时开发资源，发展生产；对日本以体现东亚道义的民族协和精神为基础，与邻邦友好相处，谋求真正的亲善合作；宣称绝对排除容共政策，进一步与防共各国相协力，确保东亚的固有和平。
面对华北伪政权的建立，南京国民政府于12月20日发表宣言，否认伪中华民国临时政府组织，称其"完全为日本之傀儡，其参加此次组织人等，自应依国法惩处，而组织之存在与其行为，既全在日本控制之下，自应由日本负责，而非寻常叛乱可比。日本此举显系侵犯中国主权与领土行政之完整"。同时，郑重声明："在日本军队占领之北平或其他地方，发现任何伪政治组织，皆为日本侵犯中国主权及行政完整之暴行，其一切行为，对内对外，当然无效。"国民政府还下令通缉汉奸汤尔和、王克敏、董康、齐燮元、王揖唐、朱琛等人。
在伪中华民国临时政府成立前，日本扶植蒙古上层分子，于10月27日在归绥（今呼和浩特）召开第二次蒙古大会，决定将蒙古军政府改为蒙古联盟自治政府。该政府由云王（云端旺楚克）任主席；德王（德穆楚克栋鲁普）任副主席兼政务院院长，掌握实权；李守信任蒙古军总司令；主席府秘书处长为丁我愚。设立参议会，作为咨询机构，参议会议长为吴鹤龄。政务院下设总务、财政、保安3部及各处，总务部长陶克陶，财政部长吉尔戛郎，保安部长王宗洛；政务院各处处长为：总务处长刘定一、内务处长李丹山、建设处长恩和阿木尔、法制处长玛哈希力、教育处长陶布新、外交处长照那苏图、会计处长张秉智、税务处长巴雅尔、司法处长卓里克图、警务处长昌都冷。伪蒙古联盟自治政府成立后，改归绥为厚和浩特，为伪联盟自治政府所在地。伪政府实权操纵在日本顾问手中，顾问部最高顾问为金井章次，次最高顾问为宇山兵士，总务部顾问为中岛万藏，财政部顾问为栉部正晖，保安部顾问为大园长喜。1938年7月1日，第三次蒙古大会召开，改组政府机构，除参议会外，另设政务委员会，作为咨询机构；政务院废除三部制，改为总务厅、民政部、财政部、畜产部、保安部。德王在云王死后继任主席兼政务院院长和政务委员会委员长，李守信升任副主席，顾问部最高顾问仍为金井章次。
11月22日，伪蒙古联盟自治政府与伪察南自治政府、伪晋北自治政府在张家口协商成立蒙疆联合委员会，以指导3个伪政权，但实际仅是个协商机构。广州、武汉失陷后，日本帝国主义计划成立一个类似伪满洲国的"蒙疆国"，使其脱离中国版图。经多方讨价还价，1939年7月28日，伪蒙古联盟自治政府、伪察北自治政府、伪晋北自治政府在张家口组成蒙疆联合自治政府。伪联合自治政府设主席府、参议府、政务院。根据日本军部内定，采用推举形式，由德穆楚克栋鲁普为主席，原察南、晋北两伪政权头目于品卿、夏恭为副主席，秘书长为村谷彦治郎；参议府议长吴鹤龄；政务院院长为卓特巴札普。
政务院下设7部1局：总务部长关口保，民政部长松津旺楚克，财政部长马永魁，产业部长杜运宇，交通部长金永昌，司法部长陶克陶，治安部长丁其昌，牧业总局局长郭尔卓尔札布。最高顾问为金井章次。伪蒙疆联合自治政府首府设于张家口，以黄、蓝、白、赤四色七条旗为伪政府旗帜。3个伪政权统一后，原察南、晋北自治政府改为直隶政务院的两个厅，原蒙古联盟自治政府所辖5个盟直隶政务院。各厅、蒙、市、旗长官安排，采用蒙汉分治制。另设蒙古军总司令部，李守信为总司令。1941年8月4日，伪蒙疆联合自治政府改为蒙古自治邦政府。
新四军成立
抗日战争爆发后，中共中央为使在南方八省坚持革命斗争的红军游击队取得合法地位，参加抗日战争，于1937年8月1日发生《关于南方各游击区域工作的指示》，分析了抗战开始后的国内形势，提出在保存与巩固革命武装、保障党的绝对领导的原则下，较大的红军部队，可与国民党附近驻军或地方政权进行谈判，改变番号与编制，以取得合法地位；小的地方性游击队、游击小组，可一律变为民团。根据中共中央指示，南方各红军游击队同国民党地方当局及当地驻军进行红军游击队改编问题的谈判。由于中共中央与各游击队领导人联络不便，接连出现一些偏差：先是闽粤边根据地何鸣部被当地国民党第一五七师以改编名义予以缴械，何鸣被捕；后又出现湘鄂赣根据地谈判代表同意国民党向其派遣副司令等高级军政人员的情况。针对以上偏向，中共中央向项英、陈毅等人提出红军游击队改编三点最低限度：队伍可以改编番号，但不允许国民党派人进来，要保持军队的独立性和党的绝对领导；要求与国民党军队同等待遇；各地队伍不集巾，不脱离根据地。红军游击队改编遂按此三原则紧锣密鼓地进行。7月下旬，当周恩来在上海会见由澳门归来请缨杀敌的北伐名将叶挺时，考虑到蒋介石有可能接受叶挺出任改编后的游击队领导人时，即提请叶挺出面改编游击队，叶挺欣然应允。
"八一三"事变后，中共中央向国民党提出了统一整编南方各地红军游击队、卉赴华中抗日敌后的建议。10月2日，国共两党达成协议，将在江西、福建、广东、湖南、湖北、河南、浙江、安徽等8省13个地区（琼崖除外）红军游击队，改编为国民革命军陆军新编第四军。叶挺为军长，项英为副军长，张云逸为参谋长，周子昆为副参谋长，袁国平为政治部主任，邓子恢为政治部副主任，归第三战区副司令长官顾祝同指挥；以皖南泾县及繁昌一带为游击根据地，对日实施游击战。
项英发表宣言，宣布为挽救国家的危亡，为求中华民族的独立解放，决定停止武装推翻国民政府的方针，停止土地革命，将游击队改编为抗日救国武装。各队接信后，立即集中听候改编。12月24日，叶挺与项英在汉口召开新四军干部大会。翌日，新四军军部在武汉挂牌成立。27日，国共两党达成协议，新四军不隶属八路军，隶所在战区直辖；军以下不设师、旅、纵队，直辖4个支队，在南方各地区只设留守处、办事处，部队全部开赴抗日前线。1937年底，叶挺赴延安，向中共中央请示新四军组建工作。1938年1月6日，新四军军部由汉口移驻南昌。2月，新四军军部命令长江以南各游击队向皖南岩寺集中，江北游击队向合肥、舒城、无为集中。4月，各地游击队大部集中到指定地点，新四军军部也迁至岩寺。
新四军由以下游击队改编而成：张鼎丞、邓子恢、谭震林等领导的闽西南游击队，叶飞领导的闽东游击队，傅秋涛领导的湘鄂赣游击队，黄道领导的闽北游击队，黄道、刘英领导的浙南游击队，钟得胜领导的闽赣边游击队，项英、陈毅等领导的粤赣边游击队和桂东游击队，关英、李步新领导的赣东北游击队，谭余保领导的湘赣边游击队，高敬亭、林维先领导的鄂豫皖游击队，周骏鸣领导的豫南游击队，李林领导的湘南游击队等。新四军组建后，全军编为4个支队，共1万余人。
第一支队，司令员陈毅，副司令员傅秋涛，参谋长胡发坚，政治部主任刘炎，副主任钟期光。下辖第一团、第二团，共2300余人。第一团由湘鄂赣边红军游击队编成，团长傅秋涛，副团长江渭清；第二团由湘赣边、粤赣、皖浙赣边等地红军游击队编成，团长张正坤，副团长刘培善。
第二支队，司令员张鼎丞，副司令员粟裕，参谋长罗忠毅，政治部主任王集成。下辖第三、第四团，共1800余人。第三团由闽南、闽赣边等地红军游击队编成，团长黄火星，副团长丘金声；第四团由闽西、闽南、浙南等地红军游击队编成，团长卢胜，副团长叶道之。
第三支队，司令员张云逸，副司令员谭震林，参谋长赵凌波，政治部主任胡荣，副主任曾昭铭。下辖第五、第六团，共2100余人。第五团由闽北红军游击队编成，团长饶守坤，副团长曾昭铭；第六团由闽东红军游击队编成，团长叶飞，副团长吴琨。
第四支队，司令员高敬亭，副司令员戴季英，参谋长林维先，政治部主任萧望东。下辖第七、第八、第九团和手枪团，共3100余人。第七、第九团及手枪团由鄂豫皖边红二十八军编成；第八团由豫南红军游击队编成。
除以上4个支队外，另有军部特务营等直属部队共900余人。
新四军的组建，标志着中共南方红军游击队取得合法地位。新四军组建后，随即向敌后挺进，推动了华东敌后抗日斗争的进行。