周王朱[木肃]首先被逮，使得本来就心怀异图的朱棣抓紧时间招兵买马，挑选壮士为卫军，又四处召集异人术士。看来，朱棣也知道篡逆是十恶不恕大罪，勾引术士相人在身边无非是给自己以心理安慰，并对左右从人施以心理暗示。
明惠帝建文元年（公元1399年）五月，朝廷又因岷王朱[木遍]有“不法事”，废其为庶人。不久，湘王朱柏因私印钞票和擅自杀人，受到朝廷“切责”。朝廷还派使臣至湘王封地，勒令朱柏入京接受鞠审。
这位湘王朱柏性格倔强，对左右说：“我听说前代大臣下狱前，多自己引决自杀。孤家是高皇帝子，南面为王，岂能受辱于狱吏而求活呢！”于是，朱柏聚集诸子、嫔妃，紧闭宫门，阖宫自焚而死。
一不做，二不休。建文帝及朝臣下诏诏齐王朱赙进京，废为庶人，关进大狱。接着，下诏把代王朱桂也在大同软禁，废为庶人。
数月之间，针对诸藩王的大狱一起紧接一起，天下震动，目标直指燕王朱棣。但是，建文帝并未意识到他的行动实际上已经打草惊蛇，这样即引起了藩王们的岌岌自危，还使得燕王加紧做出准备。当朱允炆决定向朱棣开刀时，却为时以晚。燕王朱棣正发展势力，蓄势待发。
建文君臣已知悉燕王举动不寻常，并采取了一些措施提防朱棣。建文帝以防备北边蒙古为名，派武将戎守开平，并下令调征燕王所属卫兵出塞。其后，派工部侍郎张芮为北平左右政使，任谢贵为都指挥使，让他们俩充当内奸，随时就地侦伺这位王爷的动静。同时，朱棣的大舅子徐辉祖（功臣徐达之子）常常把从妹妹那里打听来的燕王信息密禀于建文帝，由此大见信用，被加封为太子太傅，与李景隆一起统管军队，随时准备发动图燕之举。
明惠帝建文元年（1399年）七月，朱棣在做了充分准备后，在姚广孝等人游说下以“清君侧”为名举兵起事，以“诛齐黄、清君侧”为名，挥师南下，争夺帝位，史称“靖难之役”。
建文帝部署兵力，奋力平叛。在最初的战斗中，朝廷的兵力占绝对优势。不过，由于大将李景隆的指挥不当，明军屡遭败绩。尽管燕军气势汹汹，并曾攻下城邑，但却旋得旋失，所以鏖战三年，燕军仅据北平、保定、永平三郡而已，战争出现僵持局面。
建文帝原本以为自己已经准备好了天罗地网，擒拿朱棣只是早晚的事，但他明显低估了燕王的能力。战争开始之前，建文帝以防边为名，调走了燕王的护卫士兵，又派出两位心腹到北平监视燕王的一举一动，宋忠统兵3万驻军开平，另在山海关、临清皆有军队协防，将燕王紧紧包围起来。只是，建文帝没有想到，朱棣统兵作战的经验远远超乎他的想象，临危不乱，先后荡平了周围的军队。
明惠帝建文元年（公元1399年）八月，建文帝命耿炳文带兵13万伐燕，兵败退守真定。九月，命李景隆带兵50万出征。李景隆只会纸上谈兵，没有实际作战经验，被朱棣打败。经过几次教训，建文帝终于醒悟到了李景隆的平庸，启用保卫济南的功臣盛庸为将，取得了东昌之役的胜利，但这也无法改变燕王势力逐渐增强的事实。
“靖难之役”历时三年，前期作战，朝延军队连连败藉。但自济南保卫战后，朝延军队主力屯驻德州，相机出击，以遏燕军。德州处在运河线上，南北交通便利，燕军自河北南下，始终处在德州的监控之下。燕军南攻时，朝延军队或自德州横出断其归路，或袭扰其补给线，或乘虚北攻。所以，虽以朱棣之善用兵，朝延军队再未出现过战争初期的那种大的挫败，燕军势力基本上被阻在山东以北。朱棣未克山东，故虽屡战屡胜，激战两年半，却始终未能打开局面。
在战争进行到后期的时候，这时一些被建文帝处罚的不法宦官向朱棣透露了京师空虚的情报，并表示愿充当燕军内应，朱棣正确分析了形势，只要建文帝在一天，地方军队就会抵抗一天，而且自己就是叛王。但如果一旦攻占南京，成为一国之君后，相信也没有多少人反对，因为大家都是持观望的态度。于是，朱棣改变以往攻城夺地的战略，率军直捣南京。李景隆和谷王打开金川门迎降，朱棣取得了“靖难之役”的最终胜利。
文治
儒雅好文，大开科举
从朱允炆的年号“建文”，就可以看出这个皇帝的具性特点。朱允炆颇有修养，儒雅好文。在朱允炆尚年幼的时候，有一次，朱元璋命儿孙们做对子，门前有仪仗，仪仗里有马匹，朱元璋给出一个上句让大家对，朱元璋上句说：风吹马尾千条线。朱允炆马上对出来“雨打羊毛一片毡。”非常工整。但是笔力不足，没有天子气概，极为软弱。旁边，他的四叔朱棣脱口而出：日照龙鳞万点金。气魄夺人，光芒四射，一派帝王气概。和朱允炆形成鲜明的对比。可以想得到：建文帝在安定的生活中成长，接受的是儒家学说的熏陶，缺少对现实的了解，所以为人多愁善感，而且他所重用的大臣也多是读书人。因此，朱允炆的执政生涯中难免有理想主义色彩。
明太祖洪武二十五年（公元1392年）十月，朱允炆被立为皇太孙。明太祖洪武二十九年（公元1396年），老皇帝朱元璋召集诸子于东宫参见朱允炆，行宫廷仪制，也就是让朱允炆的叔叔们拜见未来帝国的皇帝。厚道谦和的朱允炆内心很是不安，于东宫按朝廷礼仪受拜后，赶忙入内殿，以“家人礼”拜见诸叔。
当初，朱允炆的父亲皇太子朱标辅佐朱元璋处理公务时，由于其本性仁厚，“于刑狱多所减省”，救回不少人命，惹得天性好杀的朱元璋很不高兴。朱允炆为皇太孙时，辅佐老皇帝处理朝务，也“复佐以宽大”。由于当时武臣谋士几乎被朱元璋杀光了，朱元璋没有再对孙子发怒，一直“龙心甚悦”。朱允炆还根据《礼经》，参考历朝刑法，对洪武律令中特别不合理的七十三条重法予以删改，深得民心，“天下莫不颂德焉”。
朱允炆14岁时，他的父亲太子朱标患有重病，身上有个大肉瘤，苦不堪言。朱允炆尽心伺候，日夜守在身边。朱标去世后，朱允炆不食数日，悲哀异常，心如铁石的老皇帝朱元璋也哀不自胜，抚着孙儿的背，劝说道：“你真是孝顺呵！别这样悲哀不吃东西，会拖坏了身子骨，我还活着啊，让我怎么办！”朱允炆这才稍稍进食，收泪强忍哀痛，以使皇爷安心。朱标去世后，朱允炆将三个年幼的弟弟接到一起，对他们的饮食起居照顾得十分周到，并没有让他们觉得孤独。
朱元璋病逝前，脾气异常暴躁，许多人担心因此遭到牵连，都离得远远的，而朱允炆亲自服侍，常常整夜无法入睡，但他也没有一句怨言。
朱元璋用武力夺得天下，自然而然地形成了尚武轻文的局面。朱允炆有意结束其祖父尚武的政风，大力加强了文官在国家政事中的作用。初登大宝之时，朱允炆自己确定新年号为“建文”，与祖父的年号“洪武”形成鲜明的对照，从中可见朱允炆治国方略的改变。朱允炆还将六部尚书升为正一品，大开科举考试，并下诏要求荐举优通文学之士，授之官职。
明太祖洪武年间时，南京军事衙门大都督府的左右都督都是正一品，都督同知也是从一品，而六部尚书却只有正二品。《大明律》中明文规定文官不许封公侯，因此朱元璋的主要谋士刘基仅仅得封“诚意伯”，而武将得封公侯者甚多，称王者也不少。这种局面下，文官在议论朝政中的地位可想而知。
建文帝身边几个被委以重任的大臣也是饱读诗书的才子。兵部尚书齐泰，明太祖洪武十七年（公元1384年）应天府乡试第一，次年进士。太常寺卿兼翰林学士黄子澄，明太祖洪武十八年（公元1385年）会试第一，与齐泰同榜。翰林侍讲方孝孺是建文帝身边的主要谋士，幼时就以聪敏机警著称，后师从当代名儒宋濂，诗文为时人所推崇。据说，后来成祖朱棣入南京继帝位时，僧人姚广孝怕成祖杀方孝孺，为之求情，说杀了方孝孺天下读书的种子就绝了。正是因为建文帝所依赖的大臣多为这样的文人，所以人称新朝廷为“秀才朝廷”。
朱允炆接受方孝孺的建议，甚至要恢复西周时期的井田制度。朱允炆还使用一些《周礼》中的官名，依古制改革某些官职。中国古代的知识分子有着强烈的崇古情结，言必称三代，似乎那时的制度是完美的，那时的社会是理想的，今不如昔。从这一点不难发现，建文集团过重的文人气息，成为他最后失国的一个主要原因。
这种情况下，文人获得了比以前更高的政治地位，再也不用担心像洪武朝那样动辄以一言获罪的情况。因此，他们胆量也大了，对朝政敢于表达自己的意见，对建文帝忠心耿耿，这也是后来大批文臣甘愿为建文帝殉难的原因。
生平最得意之事
得天下民心
建国之初，太祖朱元璋以刚猛治国，乱世用重典，法外用刑情况严重。朱元璋认为：“法严则人知惧，惧则犯者少，故能保全民命。法宽则人慢，慢则犯者众，民命反不能保。”因而，屡兴大狱，杀的人很多；还使用了许多恐怖的刑罚，如抽筋、剥皮、阉割、凌迟等，因此有获罪的大臣跪求“臣罪当诛，谢主隆恩”，比较起来，能被砍头也成了幸运的事。
而朱允炆在当皇太孙时就已经意识到太祖用刑过猛，因此登基后力图改变这种情况。朱允炆在做皇太孙时就向祖父请求更定《大明律》。朱允炆以《大明律》与历朝法律作比较，认为《大明律》用刑过重，改正了其中量刑较重的部分律法。朱允炆当上皇帝以后，宣布“但布维新之政，永维宽猛之宜。”说要更新政治，在宽猛要适中，不要像朱元璋那样以猛治国，
朱允炆估皇帝以后，宽刑法。据说，当时刑部审问囚犯要比往常减少三分之二。
此外，朱允炆还减低赋税，救济灾民，关怀老弱。限制僧道占田，说庙里的和尚道士也都占土地，太多不行，一个人至多5亩，多的分给老百姓。朱元璋时期，江浙重赋是有名的，针对江浙赋役过重的情况，朱允炆特下诏“江浙赋独重，宜悉与减免，亩不得过一斗”。
可以说，朱允炆的一系列措施，改革了洪武时期的不少弊政，充分体现了他仁义礼乐化民的治国思想，给百姓、官吏都创造了一个宽松的环境，缓和了社会矛盾，对社会的安定产生了积极作用，一时政通人和。所以，后人有“四年宽政解严霜”之誉。四载宽政，阳光照雪了，霜雪都已经溶化了。所以，人们对朱允很是忠心，甘愿为他赴死。这样，朱允炆的建文一朝是很得民心的。
生平最痛心之事
皇位被夺
在“靖难之役”的初期，建文帝朱允炆是占据了一定的优势的，燕王朱棣初起兵时，燕军只据北平一隅之地，势小力弱，朝廷则在各方面都占压倒性优势。所以战争初期，朝廷拟以优势兵力，分进合击，将燕军围歼于北平。燕王朱棣采取内线作战，迅速即攻取了北平以北的居庸关、怀来、密云和以东的蓟州、遵化、永平（今河北卢龙）等州县，扫平了北平的外围，排除了后顾之忧，便于从容对付朝廷的问罪之师。由于朱元璋几次借故大杀功臣后，朝廷中已经没有几个能征惯战的武将了。所以，尽管耿炳文当时已经65岁了，也只能披挂出征。耿炳文和朱元璋一样，都是濠州人。当年，耿炳文驻守长兴10年，抵御张士诚的进攻，“大小数十战，战无不胜”。朱元璋十分满意，建国后封耿炳文为长兴侯，为一等功臣。建文帝朱允炆命耿炳文为主帅，有一举歼灭燕王之意。
建文元年八月，朝延至河北滹沱河地区。耿炳文驻军真定，派前锋9000人据守雄县。燕王朱棣探知清楚后，于八月十五日悄然来到雄县。正值中秋之夜，守城士兵饮酒赏月，放松了警惕。当发现燕兵时，燕王朱棣的军队已经攀上了城墙，守军仓促应战。这支部队是朝延军队的精锐，战斗力很强，直到第二天破晓之时，燕王朱棣才攻占县城，朝延军队全部力战而死。最终朝延军队不敌燕军铁骑，退守真定城，不再出战。耿炳文长于固守，而所率军兵多步兵；燕军多骑兵，擅长野战。燕王朱棣认为耿炳文是富有作战经验的老将，不好对付，担心时间一长，士气低落，遂围城三日后退回北平。
真定一战，朝延军队损失数万人马，但主力尚存。如果坚持固守策略，燕王朱棣还真没有什么好办法。然而，建文帝朱允炆听到耿炳文军败的消息，根据黄子澄的推荐，任李景隆为大将军，代替耿炳文对燕军作战，意图从速歼灭燕王朱棣。临阵换将本是兵法大忌，何况是以弱换强。当年秦赵长平之战，赵王不理解老将廉颇的固守战略，听信反间计，换了饱读兵书而一无用处的赵括上去，结果40万赵卒埋身长平，也为后世留下了纸上谈兵的笑柄。建文帝朱允炆此次换掉耿炳文，实为一大失策，也是以赵括换廉颇的样子，给燕王提供了战机。
李景隆接替耿炳文，合兵50万。李景隆是朱元璋的外甥李文忠的长子，长得高大威猛、仪表堂堂，喜读兵书，然而缺乏作战经验，是一个纸上谈兵的纨绔子弟。建文帝朱允炆将希望寄托在李景隆的身上，恩宠有加；而对于燕王朱棣来说，李景隆只是当年被秦军坑杀40万卒的赵括式人物。当燕王朱棣得知李景隆带兵时，喜不自禁。燕王朱棣认为李景隆“为将政令不修，纪律不整，上下异心，死生离志，败一也；今北地早寒，南卒衣褐者少，披触霜雪，手足皲瘃，甚有堕指之患，况马无宿稿，士无嬴粮，败二也；不量险易，深入趋利，败三也；贪而不止，智信不足，气盈而愎，仁勇俱无，威令不行，三军易挠，败四也；部曲喧哗，金鼓无节，好谀喜佞，专任小人，败五也”。这个分析虽然有燕王鼓舞士气的因素，但却是看到了李景隆的致命弱点。
李景隆放弃了耿炳文稳健的策略，率军直扑北平，分兵三处：一军攻打北平九门；一军攻打通州；自己驻扎郑村坝（北平东20里）。当时朱棣赴大宁寻求救兵，北平守备空虚。攻打北平的战斗十分激烈，正阳门情势岌岌可危。燕王妃徐氏亲率妇女登城，投掷石块，帮助守卫城门。主攻彰义门的瞿能父子骁勇善战，率领精骑一度攻入城内，然而李景隆却命令他等待大队人马，结果贻误战机，守军以水泼城，一夜成冰，第二天已经难以攀爬了。北平的守军并没有一味死守，而是在夜里不断派遣小股部队骚扰朝延军队，弄得朝延军队精疲力竭，人心不宁。