元世祖中统元年（1260），全国设十路宣慰使，下设路、州、县，陇南州县属巩昌路所辖。至元七年（1270），并河池、永宁二县入徽州，徽州领两当县。并福津、将利二县入阶州。并同谷、天水二县入成州。长道县并入西和州。至元九年十月，复立文州。又设西固千户所。州设达鲁花赤、奥鲁、州尹、同知、判官等。达鲁花赤为镇守之官，以保障对被征服地区的控制，在行政官员州尹、同知之上，掌握最后裁定的权力。奥鲁掌管军需。州县设千户所或万户府，为军制之设。统兵七百以上称上千户所；五百以上称中千户所；三百以上称下千户所，各设达鲁花赤和千户一员。文州设万户府。巩昌路又设总帅府。元朝对州县在军事上的控制是很严密的。
元朝初年，征战不息，重兵在握，朝廷采取了诸多策略以休养生息。最主要的是发展交通，改进农村，救济贫困，重视文化诸项。皆在陇南见其大概。
发展交通，以活商贾。以钞票代行现钱，是元朝的重大贡献。改用钞票，便利了商贾，而发展交通，更为发达商贾提供了便利，政府税收军粮的运输也离不开交通。元世祖重视漕运的开通，疏浚运河，修治陆路，令全国推而广之。
世祖至元四年（1267）七月，发巩昌、凤翔、京兆等处流民1000户，修治陇蜀山路。陇南诸州战火中毁坏的桥梁、栈道，次第修治。
顺帝至元五年（1339），成州长官元帅武思信奉朝廷旨督修嘉陵江上游水陆道路，以使漕运军粮，公私皆便。自是漕运流通，行人不苦，粮道不绝。
劝课农桑，以兴农事。世祖命十路宣慰司选择通晓农事者充任劝农官。劝农事，立仓社，为农政之善举。仁宗时，诏令州县劝课桑农，勤者升迁，怠者黜降。陇南诸州县，凡50家立为一社，选择高年晓农事的老农立为社长，专以教劝农桑为务，奖勤罚懒，催其趁时耕作。农村活则农业活，在一定程度上调动了农民耕种的积极性。
大德元年（1297），买的知徽州达鲁花赤兼诸军奥鲁劝农事。战乱之后，兵食方急，民力凋耗，买的立贮储之法以示民众，民赖以安。
大德六年（1302），完颜朵立赤知徽州兼诸军奥鲁劝农事，铲弊除奸，兴废举治，民众颇有口碑。
大德中，张仲文任徽州管军参议元帅，劝农桑，建仓备荒，军民怀服。济贫赈灾，以渡灾荒。
至元二十一年（1284），世祖发文州镇戍新附军（原宋军）900人，立亚柏镇军屯，有屯户九百户，屯田268顷59亩。
至正二十五年（1365）五月，朱元璋兵攻陷襄阳路。侯卜延答失奉威顺王宽彻普化之命，自云南经四川返京，至成州，陕西平章政事李思齐阻之，使其屯田于成州。
凡闲田，募人开垦，免六年租税及一切杂役。
亲儒学，建学舍，鼓励入学。元世祖令农村每社立社学一所，选择通晓经书的人为学师，使子弟入学，学有所成者，申报官司照验。州县皆设学，派儒学学正和教授。
陇南重兵压境，管军将领俱多，元朝对番汉民族实行限禁、征讨和安抚政策。
至元十九年，严申汉人藏兵器之禁。二十三年，禁汉民持铁尺、手挝及杖之藏刃者。至大二年，申禁汉人执弓矢、兵杖。四年，申禁民间弹飞鸟、杀牛马羊当乳者。禁汉人持弓矢兵器田猎。顺帝至元年，禁汉人、南人、高丽人持兵器，凡有马者均入官。这些禁令不涉及蒙古人和色目人。
至元二十六年（1289）六月，巩昌府元帅汪惟和奏呈世祖：“近托汉人兵器，臣管内已禁绝，自今臣凡用兵器，乞取之安西官库。”世祖曰：“汝家不与他汉人比，弓矢不汝禁也，任汝执之。”次年，以元帅那怀麾下军四百人守文州，以防民变。
至大四年，吐蕃（地方文献记载为“土番”）攻掠礼店、文州，朝廷命总帅亦怜真等讨之。元贞五年，吐蕃杀掠阶州军民，朝廷遣脱脱会诸王铁木儿不花、只列等合兵讨之。大德元年，吐蕃又攻掠阶州，陕西行省平章脱列伯率兵进讨，西番皆平，留五百人戍守。大德五年，增兵阶、沙二州，以戍边患。泰定元年，吐蕃攻掠阶州，陕西行省发兵讨伐。次年，吐蕃攻掠扰乱地方，巩昌总帅府调兵抗御。至正十四年，阶州吐蕃反叛，朝廷派兵镇压。大德十年，徽州时民变起，杀掠地方。徽州管军千户卜老辅率京军平定之。至元时，卜朝英任徽州管军千户，与弟朝强俱有威名，吐蕃不敢犯。顺帝至元中，田守节任徽州管军元帅，守栗亭，吐蕃不敢犯境。延祐七年，吐蕃利族、阿俄等五族攻掠成谷，朝廷遣巩昌总帅以兵讨之。
礼店军民元帅府元帅国瑶以病不视事，国宝谓诸弟曰：“昔我先人，耀兵西陲，国大功既集，关陇虽宁而西戎未靖。此吾辈立功之秋也。”乃遣谢鼎与弟国能，持金帛说降吐蕃，吐蕃酋长勘拖孟迦随国宝入朝拜见皇帝。世祖授国宝三品印、蒙古汉军兼文州吐蕃万户府达鲁花赤，与勘拖孟迦皆赐金符。扶州（今南坪）诸羌未附，国宝宣上威德。呵哩禅波哩揭诸酋长皆归附，从国宝入觐。
至大年间，松、潘、迭、宕、威、茂州等处安抚使管内，西番、秃鲁卜、降胡、汉四种杂处未附，遣经历蔡懋昭往蛇谷龙迷招之，降其八部，户万八千，皆数百年负固顽犷之人，酋长令真巴等8人入朝拜见天子。令真巴谓其地邻接四川，未降者尚十余万。安托司官皆他郡人，不知蛮夷事宜，才至成都灌州，畏惧即返。朝廷遂改松、潘、迭、宕、威、茂等州安抚司为宣抚司，治迁茂州汶川县，移松州军千人镇遏之，以宣抚诸夷。后番人频频反叛，朝廷以镇压为主兼及安抚，皆归附之。泰定三年，阶州吐蕃攻掠地方。武靖王遣临洮路元盏盏招降。
元朝虽采取了诸多发展经济文化之策略，总体来看，人们的思想被禁锢，经济处于半停滞状况，是社会发展的低潮时期。