历代徽州以兴学育士而闻名，人才济济，蜚声陇上。清代依然如故。
徽州有宣圣庙，为先圣孔子庙堂，即文庙也。宣圣是旧时皇帝对孔子的尊称。《旧唐书·礼东志》曰：“贞观十一年，诏尊孔子为宣父。”学庙，即孔子庙。旧时学宫皆祀孔子，故称。徽州宣圣庙与州学学宫同建于明洪武七年（1374）。大成殿是孔子大殿。《宋史·礼志八》曰：“崇宁初……诏辟雍文宣王殿以大成殿为名”。文宣王，孔子的封号。大成殿四周古柏苍翠，殿堂牌楼相映，有戟门、泮池、魁星门、崇圣祠、名宦祠等大规模坛庙建筑群。
清初，孔庙又有大的修复，并立石记之曰《重修圣庙记》。县邑令徐振鹏倡而率之。兵燹之后，无家可归者栖居庑宇之中，到处一片污秽。星移物换，垣颓甍穿，半就于圮。徐公来此，望之凄怆。“于是，鸠工选材，筮日兴工，不三月而落成。”“昔也湫如，今也焕然。昔也荡如，今也肃然。诚夫子之宫墙也哉。”这次重修，费金二百有余，皆节缩廉俸所为。大成殿，气势磅礴。单檐歇山顶，上覆琉璃筒瓦，东西面阔5间，通长21.5米，南北进深3间，长14.5米，为徽县古城之显赫景观。
徽州有明伦堂。明伦堂源于宋代理学家朱熹的学堂题额。朱熹是宋朝儒学集大成者。统治者把他提出的所谓“存天理，灭人欲”的教训，作为维护中央集权统治的思想武器。君主依此以统天下，人民依此以守秩序。而理学的施行，又必须依赖介于君民之间的“士”。诚如古人所言：“治天下在得人心，士为秀民，士心得，则民心得矣”。故而各朝皇帝不时诏令全国州县把崇教建学放在首位。朱熹担忧理学之道逐渐昏暗，遂为天下学堂题写“明伦”匾额，以尊其名，以着其义。实则把士的思想完全控制在四书五经和朱程理学的范围之内。“使人知父子则有亲，君臣则有义，夫妇则有别，长幼则有序，朋友则有信”，以“天地之大经，古今之达道，为生民立身之本，人君万化之源”，“使人人克明，人心以醇，风俗以厚，此圣人之教，所由不肃而成”。徽州之明伦堂，生员必读《四书》《五经》和《性理大全》，科举考试也依朱熹注《四书》及宋儒注《五经》命题。清康熙之后，在明伦堂悬挂皇帝颁发的十六条圣谕。其谕曰：一，敦孝悌以重人伦；二，笃宗族以昭穆雍；三，和乡堂以息论争；四，重农桑以足衣食；五，尚节俭以惜财用；六，隆学校以端士习；七，黜异端以崇正学；八，讲法律以警愚顽；九，明礼让以厚风俗；十，务本业以定民志；十一，训子弟以禁非为；十二，息诬告以全良善；十三，戒窝逃以免株连；十四，完钱粮以省催科；十五，联保甲以免盗贼；十六，解仇怨以重身命。并于每月朔望，令儒学教官传集学员宣读，务令遵守。违者责令教官并地方官详革治罪。
清代重建明伦堂。立于清嘉庆间的《重建明伦堂记》，道出了重建的缘由。明弘治年间，明伦堂建于旧基之西，堂之前建大成殿。嘉靖初，又立崇圣祠于明伦堂后之北麓。“是崇圣祠与大成殿相去远，而执不相联也，盖界于明伦堂矣。夫学官有朔、望宣讲之礼，有师儒晋谒之仪。明伦堂何以而于殿与祠之中？祠乃启圣神位所栖，反偏在堂后，制固未安。堂之东西无重门，前后为行人往来，岁月久则崇圣祠渐列于山径道路之旁。”徽县知县张伯魁来莅后，遂洁捐廉俸，撤除明伦堂，移崇圣祠于明伦堂旧基，筑墙以蔽之，又建明伦堂于学署，即明代之故基。此举深得邑绅士既诸弟子员的一片称赞，也圆满了“前人诚有其议而未能举之者”。
徽州犹有书院，建于钟楼山麓、庙学之侧。清康熙三十六年（1697），郭维宁任徽州知州，力请分立试场于徽州，于书院建岁试试院。旧时规定，每届乡试前，各省学政巡回所属州县举行岁试，岁试合格的生员才能应本省乡试。凡府州县的生员、增生、廪生皆须应考。据《徽山试院记》碑文载：“徽阳之有书院，创自明世宗朝。先是学使者按陇以西檄诸州邑士子就试南安（即陇西），既缘幅员辽阔，阅历弗及”，“及其后以阶、文诸州邑裹粮蹑跻，跋涉维艰，遂创书院于徽。”可见，明代徽山书院，已经是徽、成、两、阶、文诸州邑学子岁试之书院。清初，又恢复了南安试士之旧制，及后以南安试士甚远，于天水另立试场，徽、成、两三州邑去天水，而阶、文仍赴南安如故。阶、文州邑士子跋涉千里，裹足蹑跻，去南安赴试，且老者杖行，病者舆载，经历不堪之苦，故而力请省学政试事徽州。郭君来往奔走，捐俸规画，率吏督造，不扰于民，补葺旧存大堂，新建后堂号房等舍。此后，五州邑士子，皆来徽州就试。
清雍正间，徽州降州为县，学风有所不济，邑人多有所虑。乾隆十四年（1749），知县杜阴于原徽州寅宾馆址改建书院。二十六年（1761），知县李兆锦重修，并题名“凤山书院”。据《凤山书院记》碑文载：嘉庆九年（1804），进士出身的张伯魁莅任徽县知县，因见凤山书院几经兵燹，倾圮殆尽，“邑久无科目”，“于是捐廉俸，定程规，鸠工庀材，中建讲堂三楹，额仍题曰：敬业。余悉依旧规模，重建葺之。”书院告竣，“岁甲子，有砥行立品如程生显德，遂举于乡士。益争自濯磨，则书院之效可睹矣。”又据清道光间《创修凤山书院记》碑文载：壬寅夏，朱邑侯莅任兹土，以整饬文风为先务。朱邑侯以为，徽邑人心淳古，风俗庞厚。山川灵秀所钟英杰代出。历稽往哲，掇巍科，登显仕，炳耀史册，辉煌邑乘者累累。“近今科第寥寥，文风渐颓，岂灵秀所钟，日即于薄欤？亦书院未宏作育之故也。”合议将旧有书院改作公所，另择阔大地基北街之国初考院旧址，创修书院，兼修县试考棚。书院正中讲堂5楹，两廊书斋各6间，内斋各3间，院中牌坊1座，与考棚相望。考棚正中点名廨1座，左旁点名廨1间。居后左右号房各9间。外面大门1座，二门3间，中有书院院夫房各3间。县考三年一次，以试童生。