第一阶段的偈子曰心地随时说，菩提俱亦宁。事理俱无碍，当生即不生。”这跟达摩所传的《楞伽经》“佛语心为宗，无门为法门”是差不多一个意思，跟二祖慧可的“是心是佛”，五祖的“即心即佛”，六祖的“众生心就是佛心”一样，其目的是让人达到自信自立的心灵状态。马祖延续了这样一种禅宗的传统，前面已讲过怀让磨砖那则公案，怀让教育马祖的就是：“砖不可以磨为镜”，因此“坐”也不可能坐成佛，因为“心地含诸种，遇泽悉皆萌”，佛种在心里面，这就是“即心即佛”的道理了。人与一切事物没有根本的差别，心、佛、众生三者无差别，这也是大乘佛教的根本教义。马祖在他的列位师父的基础上，还提出了“理事无碍”，这是融合了“华严宗”的思想。…
第二阶段的禅法为“非心非佛”’在修行“即心即佛”时，一、些执迷不悟的修行者不仅不能断除烦恼障，而且又新增加了所知障，执着于方便施设的假名，迷恋于自己的“境界”，马祖因此应病取药，用“非心非佛”来引导修行者。如果说“即心即佛”是为了破除修行者向外求觅而鼓励其建立自我真心的一种方便法门，那么，“非心非佛”则是为了进一步破除修行者的知解执着的方法。有一则公案跟这个有关：
有僧问马祖和尚为什么说‘即心即佛’？”马祖说为止’小儿啼。”那僧问啼止时如何？”马祖说非心非佛。”僧说：
“要是把这两种都参会了，又将如何？”马祖说：“且教伊体会大道。，，
也就是说，“即心即佛”和“非心非佛”一样，是“心”是“佛”
是让人去破第一个执着，“非心非佛”是教人破除在这个过程中产生的新执着，但它们都不是真正的道理所在，人要先完成前面的两步，才能脱离凡夫境界，能够靠近佛家的大道了。在“即心即佛”的阶段，消除了“善”与“不善”、“圣”与“凡间”的对立，
一些自以为彻悟的人便误入歧途，过于崇拜自己心中的那个“佛”的力量，从自信自立走向了自尊自大，所以，必须要用否定性的“非心非佛”去破它。
据说大梅法常来向马祖学道，马祖说“即心即佛”，他便开悟了，之后在大梅山上讲学多年，马祖这边的人到了他那里，问他在讲什么，他说在讲“即心即佛”，于是人对他说：“现在马祖的禅法都变了，不再讲‘即心即佛’，改成4非心非佛’了。”大梅法常听了很是气愤，说：“这老头儿变来变去，哪天是个完？管他什么‘非心非佛’，我只认得‘即心即佛’！”而马祖最终听到法常的这一回答后，却是相当欣慰，说梅子熟也。”
这二人心心相印，都知道什么“即心即佛”、“非心非佛”不过是名相施设上的差别，如果大家仍然不解一片苦心，那就是法常所说的“这老汉惑乱人”了。在法常看来，既然所有言说只是方便，“即心即佛”、“非心非佛”也部是“虚妄假说”，没必要理会它“是”与“非”一~~这是用双重否定的方式，来显示心灵的自由无碍。这与马祖的本意是息息相通的。
到了第三阶段，才到了所谓的“教伊体会大道”的阶段。那么，这个经过千辛万苦、千呼万唤始岀来、高深莫测的“大道”是什么呢？谜底说出来有点跌人眼镜：它是“平常心是道”。
说来也简单，前面教人了那么多，只是“对迷说悟”而已。人在迷中，才需要悟，倘若根本不迷，则无所谓悟：迷悟之间，本来就是一个相对概念。经过了一场把法我两执打破的过程，人已经不再迷了，所以这时也不再需要开启他悟，他需要来体会平常心了。马祖说：“自性本来具足，但于善恶事中不滞，唤作修道人。”
“一切众生从无量劫来，不出法性三昧，长在法性三昧中。着衣吃饭言谈，只对六根运用，一切施为尽是法性。”原来道理竟然是这样简单，我们的一颗心就是自性充足的法性心，只是为一些邪见偏见所遮蔽。现在邪见没有了，要做些什么呢？穿衣、吃饭、言谈而巳，一切看起来跟过去没有什么差别，但是又是完全不同的，因为这时候已经到达“平常心是道”的境界了！过去在“随名逐相，迷情妄起，造种种业”，而此刻“纵饶说得河沙道理，其心亦不增，纵说不得，其心亦不减”，一颗心到达不为外物所移，不为一些“名相”扰动的境界。
马祖于贞元四年二月一日示灭，当他病中，院主来看望的时候，问他这几日觉得如何，马祖的回答是：“日面佛，月面佛。”后来人们对这句难解的话做出了诸多解释，比较经典的是雪窦禅师《颂古百则》：“日面佛，月面佛，五帝三皇是何物。二十年来曾苦辛，为君几下苍龙窟。”说的是马祖白天看见太阳的脸，觉得是一个佛；晚上看见月亮的脸，看见的世是佛，所以更觉众生平等，佛性长在前面“即心即佛“非心非佛”的修持一场，体味到几多苦辛，好不容易才证得这样一个结果。
马祖的三段修持在禅宗对子徒的教育中起到了极大作用，后来禅宗的发展，总是不离这三段。他门下弟子很多，其中入室弟子依《景德传灯录》记载有一百三十九人，依《祖堂集》有八十八人，各自弘化一方，其中，南泉普愿、西堂智藏、百丈怀海、药山惟们等，都沿着马祖的路各自有所发挥，成为对日后禅宗思想和道路的形成起到举足轻重作用的人物。
百丈立清规
在马祖的弟子当中，做出大成绩的不在少数，然而最不能不提的，却是这位百丈禅师。有句话叫做“马祖创丛林，百丈立清规”，他将他老师“平常心是道”的禅法，在实践中发挥到了一个相当成熟的地步，真正地建立了中国化、乡土化、自由清新的禅法。
百丈怀海禅师（公元720年一814年），福建人，俗姓王，早年在广东潮阳西山俵慧照禅师落发，又到衡山依法朗受具足戒，后又往庐江(安徽庐江县）浮槎寺阋藏。因听说马祖道一在南康（江西赣县）弘法，于是就前往参学，是道一门下首座，侍奉道一有六年，得到印可，与西堂智藏、南泉普愿同时人室，跟随马祖道一禅师学禅，时称“三大士”。后来，有檀越(施主）将他邀请到江西新吴县的大雄山另创“禅林”，怀海便在岩峦峻极、兀立千尺许的山岩上建了寺庙。此地山青水秀，风景独好，气象万千，作为景区自然是名胜，但作为长期居住之地，条件还是分外艰苦。
在禅宗初兴之时，百年传灯，时明时灭，“禅宗”是几个修道者苦苦支持着的一种信仰。而在弘忍之后，信徒日众广南宗”以下，影响渐广。但在唐朝中叶，即唐玄宗至唐宪宗之间，禅僧大多没有固定的住处，无独立的禅院，一般依律寺而居，于说法行道有诸多不便。马祖解决了这一难题，令“禅宗”的僧团发展起来，动辄就会有几十上百人的大寺，甚至有上千人的庞大教团，靠着马祖着实有效的接引方式，大家在一起扎实地修行禅法。
这时，单独的修道者演变成了一种组织化的行为，僧团的管理问题被提上了日程。
在僧团中，虽说大家都是苦心节欲的修道者，但毕竟都是肉体凡身，长期集体生活，其中必会发生大小事故，甚至还会有一些不和谐因素出现。规戒、限制禅院生活，乃是禅宗教团内部的必然要求，是当务之急。况且，后来两税法实行后，取消了对寺院和僧尼个人田产免税的规定，同时伴随着士族的衰落，寺院土地和劳动力来源都发生了困难，僧侣面临着如何适应社会变动而生存下去的严峻形势。当时佛教许多宗派，如“法相宗”、“天台宗”等由于贵族色彩太浓，解决生活能力差，理论又复杂，所以就不能适应社会形势的变化，迅速衰落了。如何让僧团在这样一种严峻的形势下很好地生活、发展下去，成了时代提供给百丈大师的一个难题。
经过一段时间的思考、探索，百丈于此时做出了一个很重要的决定：实行农禅并举。就是由僧人亲自下田劳动、收获衣食，将劳动生活作为僧团生活的一部分，僧人自己劳动获得口粮，就不再像过去那样完全依靠信众的施舍。这在无论是印度还是中国的佛教史上，都是一个开天辟地的创举。
但是，既然是创举，那就是没有先例的，更重要的是，因为佛教来源于印度，而印度的僧侣传统上是乞食为生的，将劳动视作贱民的行为，因此，佛教传统的戒律是反对劳动的，若从事劳动则被视为犯戒。怀海禅师清楚认识到“禅宗”面临的这种形势，决心实行改革，为“禅宗”发展扫清障碍。怀海禅师认为我们是修“大乘”法，不应被“小乘”戒律所束缚。后来有人建议：《瑜伽菩萨戒》和《璎珞经菩萨戒本》是“大乘”戒，那我们持这两种戒。而百丈禅师则认为这两种戒律虽属“大乘”，但却是佛陀根据印度情况而制定的戒律，我们不应生搬硬奋。
那么应该奉持什么样的戒律呢？百丈认为，必定不可以照搬印度的戒律，因为“不符合中国的国情”，中国人应当有一部自己的丛林戒律。百丈大师可以说是中唐时代的改革家了！他受了马祖大师那么多指教，怎会被“戒律”的名相所拘？由此也可看出禅宗大德“即心即佛”，打破陈规的行动力于是《百丈清规》应时而生。这是一部规定僧众在丛林中应该做什么和不应该做什么的戒律书，就好像是现在的“学生守则”，但是更为严肃，因为僧众必须严格地按照清规来生活，不可以有一点差错、纰漏。可惜《百丈清规》是什么样的，现在已经看不到了，现在所传的《敕修百丈清规》是在百丈禅师人灭后五百多年，由大寿圣禅寺的德辉和大龙翔集庆寺的太沂根据元朝顺帝的敕命撰写的。虽增添许多东西进去，但其精神与最早的《百丈清规》仍然是统一的。另外，我们现在仍可以从宋景德元年(公元1004年)翰林学士杨亿删定《景德传灯录》时为《百丈清规》作的序文中窥见到《百丈清规》原来的精神面貌。
百丈禅师规定，在禅寺中，要取消原先依律寺而居时，律寺的建筑格局，使禅寺成为真正的禅寺。如“不建佛殿，唯树法堂”，就是“禅宗”寺庙的创举。佛殿是供养渚佛菩萨等偶像的场所，建塑像耗资巨大，废除佛殿可减少开支，这是从经济上讲。另外从教义上讲，不建佛殿也是否定外在偶像，从而转向内心修持的过程：“禅宗”本来就是不受传统佛教束缚，有着不与其他宗派相雷同的独立不羁的性袼，不建佛殿，使慧能以来佛与众生平等的思想得以具体体现。“法堂”是禅众聚会集中讲法的地方，也是联系禅众思想纽带之赴。百丈规定，不管有多少禅众，也不管这人是刚来还是已经是很厉害的高僧了，或者就是灶下劈柴做饭的烧火僧，大家都一律进人法堂听讲，而听讲时各自的座位，按照戒腊多少(就是出家的年数）来安排，取消了一切尊卑之分。从这一条简单的规定中，百丈禅师的平民气质体现无遗。
《百丈清规》中还规定，一天吃两顿饭，人人有份，粥饭都是按自己的食量来取的，大家吃一样的东西，没有什么特例。而“普请也就是下田劳动，之所以叫做“普请”，也是因为人人有份，所有人人必须参加劳动，跟所有人必须吃饭的道理一样，也是没有任何特例的。睡眠的时候，大家用一样的“长连床”，即大通铺，有统一的挂衣服的地方，并规定大家要睡在床侧，并向右侧睡，即不能四仰八叉躺在床中间，影响他人休息，同时右侧睡眠有益于身体健康。对于违反规矩，甚至犯下过错的禅僧，最厉害的惩罚是用木棍打他一顿，把他赶出去，并且让他从偏门出去，别的戒行清净的僧众把他的衣服、用具一概烧掉，从此就当寺院里没有这个人。比如僧侣中有人偷大家的东西，那么他所得到的也就是这样一顿惩罚，不让他当和尚了而已，他不必担心被告官收监，这样的惩罚措施，真是严厉之中有仁慈。
到这里，我们可以发现，百丈怀海禅师在公元八九世纪建立的僧团，某种程度上具有一些共产主义的性质：人人平等，共同劳动，按需分配，人民普遍具有很高的道德情操，以自律代替了法律。也许，在佛家的看法中，孔子、释迦、耶稣，甚至特丽莎修女、西蒙娜I薇依、雷锋，这些道德高尚的圣哲或凡人，都一样是人类的楷模，也就是都到达了“佛”的境界。佛家的进步之处就在于此，它不像很多宗教那样，一切以一个虚幻的神灵为轴心，人们必须听从他的旨意，由他安排每个人的命运、荣享或惩罚，每个人只有听从他的调遣，才会被他降福，如果不信服他，品行再高尚的人也要被称作“异教徒”，要下“地狱”。在佛教中，尤其是“禅宗”这里，是众生平等、佛即是众生的。百丈禅师得到了这种精神的真传，可以说是一位彻悟的智者了！
当年百丈怀海在马祖座下学习的时候，发生过一件事，被“禅宗”的各种灯录记录，成为了一则有名的公案。今天读这则公案，所感到的并不是对禅家机锋相对、妙语横生的佩服，而是对马祖师徒自由洒脱、不挂一物、至情至性的心灵世界的深深感动。
那一回，怀海和马祖在路上，看见了一群野鸭子飞过。马祖问是什么？”怀海答广野鸭子。”马祖又说广到什么地方去了？”怀海说飞过去了。”马祖便反手把怀海的鼻子头使劲一拧，怀海失声叫出。马祖说还说飞过去了？”怀海猛然觉得有所悟。当天晚上，在侍者寮，人们看见怀海在那里哀哀大哭。看见的人问他怀海，你想你父母了？”他说广不是。”“有人骂你了？”“没有。”“那你哭什么？”怀海想了一回，说广我鼻子被师父扭得疼得要命。”那人便问广你和师父怎么了？”怀海说广你问师父去。”果然那人去问马祖：“海侍者出什么问题了，自己在那里哭呢。”马祖听过笑道广那是他开悟了。”那人不解，马祖说：“你自去问他。”这人便回到侍者寮，却看见怀海一人坐到床上，在那里呵呵大笑，笑得止不住。这人便问：“刚才见你哭，这会儿为什么又笑。”怀海忍笑说刚才哭，这会儿笑。”