土耳其见自己的领地埃及被法国人占领，十分恼怒，立即派兵朝埃及进发。1799年2月，拿破仑亲自率一万多人向叙利亚进军，迎击土耳其军队。
厄运从此开始了。
3月15日，装载攻城火炮的法国船只到达阿克尔海边，拿破仑立即下令攻击。不巧海上大雾迷漫，看不清前面的目标，法国船只一直冲入英国海军的怀抱中，英军不费吹灰之力便将船上的法军擒住了。船上的大炮也被土耳其人拿来对付法军了。
尽管没有大炮攻城，拿破仑还是包围了阿克尔城堡的城墙。法军围攻阿克尔城堡历时两个月，其间猛攻八次，均以失败而告终。由于损失惨重，满怀遗憾的拿破仑，不得不离开叙利亚，返回开罗。
撤退比进军时更加艰苦，因为这时已是5月末，这些地方酷热难当。士兵们既为难熬的干渴所折磨，又为火一般的烈日所暴晒，个个意志消沉。为了鼓舞士气，拿破仑不允许自己有任何特殊化。他的马匹早已让给了伤员，在返回的过程中，他一直步行，而且一直在队伍的最前面。这艰难而难忘的行军旅程，使士兵们对拿破仑的爱戴达到了极点。
回到开罗的法军，很快就巩固了自己的统治，在埃及站稳了脚跟。
但这时，从巴黎传来了一连串坏消息：在拿破仑远征埃及期间，奥地利又占领了意大利，法国国内四分五裂，而政府对此一筹莫展一筹莫展：一点也没有办法。。
听到消息的拿破仑暴跳如雷。
拿破仑没有丝毫犹豫，他把军队交给一位亲信之事，立即带领一批可靠之人，秘密乘船离开埃及，向法国驶去。
拿破仑要返回法国，必须经过地中海，而当时英国军舰控制着地中海，拿破仑随时都有可能被发现。为了躲开英国军舰，他们分批乘坐的小木船，只能在夜里悄悄地行驶，白天，他们则化装成渔民，躲在荒凉的小岛上，夜里又继续前进。
经过40多天的航行，于10月9日终于到达了法国南海岸的弗雷居斯镇。
拿破仑上岸后，满怀激情地高呼：
“法兰西，我的祖国，我回来了！”
拿破仑的突然到来，使沉静的弗雷唐斯小镇顿时沸腾起来。居民们涌向大街，欢迎他们心目中的英雄。有些退伍老兵热泪盈眶，举手高呼：“小伍长万岁！”
拿破仑回到法国的消息，像插上了翅膀，很快地传遍了全国各地。在拿破仑赶往巴黎的路途上，到处都有欢迎他的人群。这时，拿破仑的心已经飞回了巴黎，他只嫌马车跑得太慢，不时地催车夫快马加鞭。经过日夜兼程地赶路，拿破仑终于回到了他日夜思念的巴黎。
拿破仑在巴黎受到了前所末有的盛大欢迎。巴黎市民在街头载歌载舞通宵狂欢，为此市政府下令，放假三天。人们对拿破仑的热烈欢迎，使埋藏在他心底的掌握国家最高权力的念头，再一次浮现在他脑海中。
处在内外交困中的督政府面对眼前发生的敌兵压境、经济恶化、叛乱四起、人心浮动的局面无计可施。大资产阶级的统治受到了前所未有的威胁，督政府对他们来说是不中用了。大资产阶级在这时急需有一个强有力的政府扭转这动荡不安的局面，更需有一个英明果敢，强有力的铁腕人物来控制这个政府。这时，他们选中了拿破仑，财界大亨、军队将领、政府官员、社会名流络绎不绝地进出拿破仑的住地。
这些人的共同特点是善于观察政治气候，会看风使舵。他们认为督政府腐败、官员腐化，没有强有力的领袖人物，这个政府快完蛋了。塔列朗认为，在土伦、意大利屡建战功的拿破仑回到巴黎后也不会听从这个腐败无能的政府的调遣，拿破仑的前程将是无限光明的。塔列朗这时就下定了靠拢拿破仑的决心。
拿破仑在塔列朗的引荐下，结识了对督政府早已失去信心的督政官西哀耶士，两人一见如故。在短短的一个月中，就策划、演出了一场政变剧。
经过密谋，他们认为，最重要的是要搞垮已经失掉民心的5个督政府及由500人元老院组成的立法机构。为实现这一目标，由督政官西哀耶士提议，把500人和元老院由巴黎迁往圣克鲁。这就可以避免发动政变时，受到人民群众的围攻。另外，经西哀耶士游说，元老院任命拿破仑为巴黎卫戌司令，以应付叛乱的发生。因为，这时有人放出准备在巴黎发动叛乱的风声，巴黎的政治空气再度紧张起来。拿破仑就这样一步一步地取得对巴黎的控制权。
拿破仑认为，要想政变成功，还必须争取一些重要人物的支持，物别是军界的元老。他首先与握有军权的塞巴斯蒂尼和穆拉进行了秘谈，他们向拿破仑保证，到时候他们所指挥的军队一定支持拿破仑。
紧锣密鼓地筹划了近一个月，最后拿破仑决定于雾月17日（1799年11月7日）发动政变，后又推迟到第二天（18日）。这一天，督政府主席戈伊埃邀请拿破仑出席他举力的宴会。拿破仑为了稳住这位主席大人，不仅愉快地接受了邀请，而且还主动邀请主席夫妇于18日早晨8时共进早餐。被蒙在鼓里的戈伊埃，非常高兴地接受了拿破仑的邀请。
督政官巴拉斯以他特有的敏感发觉巴黎的气氛有些异常，于是派人四处打探消息。拿破仑立刻觉察到巴拉斯对他不放心，立即作出了稳住巴拉斯的决定。拿破仑派自己的亲信通知巴拉斯，17日晚间，拿破仑要来拜访巴拉斯，有要事相商。巴拉斯一颗悬着的心总算放了下来，他自信没有他的支持，谁也休想有什么惊人之举。
巴拉斯为欢迎拿破仑的到来，又邀请了28位显赫人物一同赴宴，显示一下他巴拉斯的威望。事情的发展是巴拉斯没有想到的，当宴会一切准备就绪，恭候客人时，就不见客人来。巴拉斯一直等到了第二天，拿破仑都没露面，另外28位客人也没露面。就在这时，塔列朗奉拿破仑之命来到巴拉斯住地，劝他尽快放弃职位。这时，巴拉斯向窗外一看，外面已经密密麻麻地布满了拿破仑的卫戍（shù）部队。巴拉斯顿时感到自己是那么孤立无援，只好在事先准备好的辞职报告上签下了自己的名字。它意味着共和国最高行政机构——督政府彻底垮台了。18日清晨7时，拿破仑发动的“雾月政变”就不费一兵一卒、一枪一弹取得了成功。拿破仑开始掌握了法国的国政大权。
拿破仑为了给自己发动的政变披上合法的外衣，就在政变发生的当天晚上，把抓回的30多名立法机构的成员集中在一起，在武力的胁迫下，让他们以最高立法机构的名义，宣布把共和国的最高权力交给以拿破仑为首的3位临时执政者，并宣布议会立即解散。这样，拿破仑就掌握了立法、行政、军事大权。后来公布的共和国宪法曾有如下的条文：执政任期为10年；第一执政享有全权，如：提出法律、公布法律、任免文武百官等；第二、第三执政仅有评议权。
1800年举行的公民投票承认了这部宪法，拿破仑的权力有了法律保证。同年2月7日，拿破仑以第一执政的身份，迁入杜伊勒里宫，成为法国的最高统治者。
拿破仑上台时，法国还处在第二次反法联军的包围中。经过八年战争的法国迫切需要和平，哪怕一个短暂的和平，一个喘息的机会。因此，拿破仑一上台，就立即建议反法联军的组织者英、奥、俄尽快停止战争，进行谈判，但均遭拒绝。
遭到拒绝的拿破仑决定用战争解决一切。他选中的第一个作战对象是奥地利，因为奥地利在反法同盟中承担主攻任务，并且对法军构成最大威胁。这时，奥军已占领意大利并企图从意大利进攻法国。
1800年4月，梅拉斯率领的奥军把意大利的法军截为两段，一支部队被迫向总部撤退，另一支被围困在热那亚要塞内，处境十分危险。被围困部队的将领马塞纳立即向拿破仑发出求援信。
拿破仑接到马塞纳的求援信后，并没有派兵前往救援，而只是告诉他，耐心守候。马塞纳接到第一执政命令后，气得大声咆哮起来，大骂拿破仑是个睁眼说瞎话的混蛋，岂不知拿破仑自有他的打算。
拿破仑不去顺应敌人的设想，去救援陷入困境的马塞纳部队，而设计了一个完全出乎敌人意料的作战方案。他决定从瑞士进入意大利，从后方突袭梅拉斯，夺取他的仓库，截断梅拉斯和奥地利的联系，迫使他在意大利孤军作战。梅拉斯的失败能使意大利的整个奥军覆灭，使法军重新赢得意大利。
拿破仑开始执行自己的计划。为了迷惑敌人，他决定制造假情报。他秘密地，但并不是完全不透风地在瑞士附近建立了一支预备队。结果许多外国间谍赶到那里。在一个月里，大约有3000到6000士兵到达那里，拿破仑也于5月6日检阅了这支部队。这些情报飞快地传到敌方。同时，在法国东南部，一支装备精良的预备队，正秘密而迅速地集中在瑞士边境。
5月13日，拿破仑到达瑞士边境，检阅了真正预备队后，决定立即翻越阿尔卑斯山。
由于道路条件恶劣，部队只能沿一条道行进。漫长的队伍犹如一条灰色的长蛇，在高山深谷中缓缓移动。到处是悬崖峭壁和深深的积雪，一不小心就会掉下悬崖摔个粉身碎骨。
6月1日，法军终于走出阿尔卑斯山区，在路上顺手收拾了一小股奥军后，直奔米兰，与另一队法军会合。
这时，梅拉斯还在坐等拿破仑的到来。当拿破仑在他意想之外的地点和方向出现，并且带着比他想像的要多得多的法军时，他大呼上当，急忙集中兵力，准备迎战法军。
6月4日，马塞纳军盼援不至，弹尽粮绝，不得不同奥军谈判，以守兵全部不解除武装为条件，退出该城。13日下午，法军的先头部队在马伦哥附近与奥军相遇，经过8小时的激烈战斗，奥军支持不住，向亚历山大里亚退却。由于天色已晚，敌情不明，法军停止了前进。
拿破仑于天黑之前赶到马伦哥。这时他还不能最终断定梅拉斯的真实意图，他担心奥军会随时向法军发动突然进攻。于是，他命令一名侦察兵立即查明前面河上的桥梁情况。没过多久，侦察兵回来报告说，河上仅有的一座桥梁已被炸毁。这一情报坚定了拿破仑的判断，他相信奥军已撤走。这一错误判断差点断送这次战役。
这天夜里，马伦哥平原死一般地寂静，这使拿破仑更加相信，梅拉斯已经溜之大吉了。于是14日清晨，他没有让后面部队立即赶上来，而是命令他们继续四方搜索，以阻止奥军逃窜。然而，就在这时，一场酝酿成熟的大战突然爆发了。
6月14日上午，驻在亚历山大里亚的奥军倾巢出动，像潮水般地涌过来。河上的桥梁不仅没有破坏，而且又出现了两座新浮桥。三路奥军并驾齐驱，从天而降，直扑法军阵地。拿破仑得知奥军发起了进攻，大吃一惊，他下令死守马伦哥，并急令还在后方搜索的军队迅速回援。
面对奥军的全力进攻，法军力不能挡，节节败退。奥军主将梅拉斯虽年过70，但毫不示弱，亲临战场，所乘战马连续有两匹被炮弹击毙，仍挥军猛击，终于攻下了马伦哥。法军四次反击，一度夺回阵地，但因寡不敌众，最后忍痛放弃马伦哥。
下午2时，法军溃败，马伦哥平原上布满了法军的尸体。整个部队一片混乱，许多人恐慌地呼喊：一切全完了。
梅拉斯认为大局已定，欣喜若狂，立即派兵向奥皇报捷。
面对败局，拿破仑极为镇定，他坚信战斗远未结束，如果后备部队能火速返回，法军仍有获胜希望。下午5时，正当溃败的法军与奥军的追击部队苦苦战斗、接近崩溃的时候，援军赶到了。拿破仑大喜，决定由退却转为攻击。
法军的反击开始了。援军带来的大炮朝敌人猛烈轰击。奥军没料到溃败的敌军还留有一手，顿时队形大乱。援军将领乘此时机，率领隐蔽在山后的法军猛扑过去，犹如一股势不可挡的洪流，奥军大惊失色，纷纷逃散。
不到半个小时，奥军便由一支神气十足的胜利之师，变为狼狈逃窜的乌合之众乌合之众：指无组织纪律的一群人。，他们有的被炮弹击中，当场毙命，有的被马刀砍倒，血肉横飞；更多的则是成批地跪在地上，举手投降。奥军的突然失败，导致全线溃败，他们被迫放弃了马伦哥，争相逃命。
马伦哥一役，法军反败为胜。梅拉斯的两个信使先后回到维也纳，在刚刚报告了马伦哥的全胜以后，又送回了惨败的消息，奥地利王室和维也纳人民先是欢天喜地，继而又垂头丧气，演出了一场引起莫大轰动的闹剧。
马伦哥战役后，拿破仑没有再战，他希望法国能够暂时实现和平，以稳固他刚刚建立起来的统治。他利用俄国在反法同盟中同英国的矛盾，首先同俄国握手言和，然后又迫使战败的奥地利，在停战协定上签了字。拿破仑在战场上和谈判桌上的胜利，使得反法同盟分崩离析分崩离析：形容集团、国家等分裂瓦解。，现在只剩下孤零零的英国了。英国既然已失去合作伙伴，也就顺水推舟送个人情，同法国达成了停战14个月的协议。
胜利与和平使拿破仑成为一个英雄。1802年5月，又通过投票决定，拿破仑成了终身执政，并有权指派继承人，这意味着拿破仑将永远雄居宝座，直到他死去。法国人民视拿破仑为胜利之神，似乎只要他在，法兰西的大厦就不会倒下。
虽然终身执政离皇帝只有一步之差，但是拿破仑还不满足，他希望的是当皇帝，那样的话，法国就是他一个人说了算。1804年，一位政府官员提出请愿，希望拿破仑能做皇帝，以保证法兰西的未来。喜上眉梢的拿破仑，冠冕堂皇冠冕堂皇（miǎn）：形容表面上庄严或正大的样子。地说：“这事情要付诸全国人民公决才好。”结果，法国人民以压倒优势的多数，拥护拿破仑为自己的皇帝。
登基的拿破仑很希望罗马教皇来为他加冕，他要以教会的批准和支持来巩固他的王朝。那时候，教会在一些国家享有至高无上的权力，一些国家的国王，都要由教皇来行使加冕礼，以示君权神授。
罗马教皇在听到这一消息后，极为恐惧和气愤。可怕的是，罗马处在拿破仑的军队威胁之下，巴黎不去是不行的；气的是，本应是他亲自到罗马教皇那里来加冕，现在却让教皇到巴黎为他加冕。经过短时间的考虑后，教皇决定满足拿破仑的要求。
拿破仑亲自在巴黎城郊迎接教皇的到来。当教皇的马车驶进圆形的广场上时，只见有一群猎人带着50条猎犬等在路口。见教皇的车队过来，其中一位离开人群。他身着猎装，足登靴子，端坐在猎马上。教皇定睛一看，原来是拿破仑。
拿破仑端坐在马上纹丝不动，教皇后来意识到自己必须下马了。教皇在适当的距离站好后，拿破仑才起身下马，向这个矮个子、黑头发的年迈老人走去，同他拥抱。
12月2日清晨，天刚朦朦亮，杜伊勒里宫的人就开始忙活起来。这一天是拿破仑的正式加冕日，整个宫中充满了节日的气氛。
9点钟，教皇的仪仗队离开了杜伊勒里宫，向巴黎圣母院驶去。一路上，数以万计的人跪在地上，无限崇拜地看着他，这情景就像是中国百姓看见了观世音一样。