黄继光的脾气十分的不好，杨应龙既然抗命，那他只好围剿。万历二十一年正月，他率三路军队来围剿杨应龙，杨应龙表示愿意跟他回重庆，当黄巡抚丧失了警惕后，杨应龙突然发动攻击，其中一路全军覆没，黄继光才当了一年的巡抚就被撤职。
杨应龙大胜一场，胆子更是大起来，准备进攻四川。万历二十二年三月，马上要准备去朝鲜的民族英雄邢玠受万历皇帝的命令来到四川，他给杨应龙摆事实讲道理，并举出了前不久被朝廷杀掉的哱拜的例子，意味深长地告诉杨应龙，到时候你想死都来不及啊。
杨应龙给邢玠写信，说，啊呀，我真是差一点失足啊。我错了！
该年五月初八日，杨应龙身穿囚服把自己绑起来到了和邢玠约好的地方，痛哭不已，认为自己不是东西。邢玠被感动了，跟万历皇帝说，我看此人当初只是一时糊涂。而且朝廷正在用人之时，国库也空，让他交点钱，并且把他儿子押在重庆当人质，再革了他的职也就算了。
万历皇帝当时正在关注朝鲜战争，对这样的处理方案还算满意，就同意了。临时在播州不远处的一个地方设立了一个官员，意思是让此官员担当治理播州的最高行政长官。
可猪都能看出来，杨应龙这是在耍花招。他看到邢玠带了那么多兵马来，肯定要假装屈服的。当邢玠一走，他更加变本加厉起来。原因很简单，他还掌握着播州的军队。
四川方面和那个新设置的长官只能睁一只眼闭一只眼，杨应龙见自己这么闹，都没有人管，索性演习一下当皇帝吧，他开始穿起了龙袍。不但如此，他当初答应给朝廷的钱一分也不给，正巧他被押在重庆的那个倒霉儿子忽然死了。他更有了借口，以不懂生理常识的口吻跟朝廷说，想要银子吗？把我儿子弄活。
万历皇帝生气了，他又听说杨应龙开始不断地袭击四川南部、贵州、湖广一带。可是当时朝鲜战事吃紧，万历皇帝有点顾得头顾不得屁股的意思，就对杨应龙的这种混蛋所为尽量压着。万历皇帝当时只想一件事：你给我等着！
万历二十七年二月，朝鲜战争胜局已定，万历皇帝拨白银让贵州巡抚江东之征剿杨应龙。这位巡抚所领官兵一遇到杨应龙的军队，就像耗子见了猫一样。结果全军覆灭。江东之跑回贵州屁股还没有坐热，就被罢官。
该年四月，朝鲜战争结束，万历皇帝马上调在朝鲜战争中表现十分出色的大将刘廷从朝鲜直接赶往四川。杨应龙先发制人，在官军到来之前，以八万兵力分头进犯四川，并且攻占了军事重地篡江。重庆急忙把他儿子又挖了出来归还了他。
万历皇帝得知此事后，大怒，将尚方宝剑交给前四川巡抚，现同兵部侍郎之职的李化龙，让他尽力行事。并告诉兵部，哪里还有兵，都给我调去播州。
过不久，大将刘廷赶到，万历二十八年初，李化龙开始部署对杨应龙的大反攻。杨应龙已经绝对不能避免死掉，只是时间早晚的问题。
李化龙将所有明军分为八路，大将军刘廷部被确定为夺取杨应龙占领的篡江。杨应龙知道此人是个不要命的主儿，所以派重兵防守刘廷。万历二十八年二月十五日，刘廷对杨应龙发动了总攻。他果然是个不要命的主儿，挥舞着大刀冲入敌阵，杨应龙的部下一声喊，四散而逃。
杨应龙只好逃回到老巢的前门——娄山关。他在娄山关前大肆布置了一番，刘廷追来，攻破。四月初，杨应龙率仅剩下的苗兵出城想与刘廷决一死战，刘廷不理他，用计将其歼灭大半。杨应龙又跑回自己的老巢，也是最后一道防线——海龙囤。
五月十八日，二十万明军将海龙囤围的水泄不通。八路大军连番进攻，如果不是恰好雨天，杨应龙恐怕会提前两天死掉。
到了六月初四，天晴了，李化龙下令二十万大军集体攻击。还是刘廷，身先士卒攻下了海龙囤外城，杨应龙实在弄不明白上辈子欠了刘廷什么，今世还得如此惨重。他当夜想要组织一批赶死队，但拿出了数千两银子也没有招募到一个人。
他不明白，在这个时候，人对自己的命看得比天下任何东西都重要。据历史记载，杨应龙这个时候搂着自己的妻子嚎啕大哭。他的泪痕未干，冤家李廷就带兵破城而入，杨应龙只好去死，跑进自己卧室，并点起了一把火。
距离八路大军来征剿他已经一百一十四天，他的两万兵士因为他的混帐所为而付出了年轻的生命。
该年年底，李化龙搬师回朝，押着被活捉的叛乱头目抵达京师。万历皇帝又来到午门城楼与大臣们遥遥相望，下了处死人犯的命令，并且还欣赏了一会。
其时，北京城的温度已达到零下，万历皇帝在凛冽的寒风中观看处死死囚的表演却一点也感觉不到冷。谁也搞不明白，朝廷正规公文已堆积如山在御案前，他却冒着被冻成感冒的危险来观看处决叛将的仪式。
所以，我们一定要相信一点，万历皇帝之所以要平鞑靼老人，之所以要出兵朝鲜，之所以要镇压杨应龙，除了对方的不文明所为外，皇上也有炫耀之心。不然，他不会接二两三地欣赏处决犯人的场面。
欣赏处决犯人的场面是万历朝最亮丽的一道风景，当万历皇帝在午门城楼上端坐，下面循序走过被打得死去活来的战犯，万历皇帝一声令下，或是人头落地，或是血肉横飞，在战犯们的惨叫声中或是掉到地上的人头脸上的可怖表情中，万历皇帝心满意足地走回深宫，从已经布满了灰尘的御案前走过。这种从容，恐怕也只有天朝上国的万历皇帝才有。
杨应龙家族在播州绵延了八百余年，如果不是他，杨氏家族还会更久地呆在那里。我们不得而知，杨应龙地下的祖宗听到这个消息后会是什么样的一种情形，而在阳世，播州从此再也不姓杨了。
镇压杨应龙，朝廷花了两百多万两白银。张居正改革所留下的七百多万两白银就这样被万历皇帝轻松地花掉了。
杨应龙的冤家刘廷在回到朝廷后，万历皇帝并没有赏赐这位功劳第一的大将军，反而以一点点小事将其免职。这是一个谜，至少到现在来讲，我们还不明白，万历皇帝为什么要这样对待刘廷。当初，这位大将军在朝鲜战场的优秀表现以及从朝鲜昼夜赶往播州的辛苦，人所共知。
万历皇帝更不可能不知道这位骁勇善战的刘大将军对朝廷的忠心程度，几年后，云南、四川叛乱再起，万历皇帝想了想满朝武将，一下子就想到了这位李大将军。
就在李廷被免职回到老家的时候，几乎是他一个人打下来的播州施行了改土归流政策，所谓改土归流，就是在少数民族聚集地委派明朝官员，建造兵营，兴办学校，编造户口。也就是说，撤消土司，由朝廷派官员直接管辖此地。
据说，把播州改土归流是万历一朝的盛事，实为唐宋以来一大伟绩。但是，如果我们透过这盛事的背后，就会看到这样一件事实：改土归流后的播州并没有宁静下来，后来四川南部的叛乱或多或少的跟播州有一点点关系。如果一定要说它是一壮举，那很可能是给后来入关的满清的改土归流提供了一个很好的范本。历史，就是这么被一群混蛋读成伟大与卑微的。
从当时的情况来看，杨应龙的武装无论如何也不可能与官兵——即使是四川方面的官兵相提并论。他虽然自己得意洋洋地认为，官兵的战斗力微不足道。那是因为当时四川方面不想把战事扩大，另外，进剿他的几个明朝官员饭桶了一点。他进攻四川攻下篡江也并没有万历皇帝想得那么严重。杨应龙本就是一卤莽武夫，史实表明，他得到篡江后，并没有好好治理。这样一个人，朝廷即使不去剿灭，他也会自动灭亡。在整个杨应龙集团内部，其实并不团结，开始有他的几个下属联合告他要反就是明证。万历皇帝不过是显示一下天朝国威，就花去了二百多万两白银，值得与不值得，无须赘言。
平叛鞑靼人哱拜，从万历皇帝开始不赞成用黄河水淹宁夏到最后鼓励用，可以看出，明朝军队的战斗力已经低到何许程度。这场平叛如果早这样打，其实根本就用不了那么长时间。也自然就花不了那么多白花花的银子。这期间自然有魏学曾的无能，但也有万历皇帝的玩耍之心。
第二场战争——抗倭援朝，无论从当时来讲，还是现在的角度来看，都是必须要打的。哪怕打到大明亡国，也坚决要打。万历皇帝在这场战争中表现出了大国君主的风范，不夜郎自大，又谨小慎微。和后来清朝的几位饭桶皇帝相比，万历皇帝几乎与神同等。从这一点来讲，万历皇帝是我们中华民族的英雄！
无论怎样，被后人称为三大征的这三场战役（战争）都取得了胜利，也让明帝国被周边少数民族或国家刮目相看。但是，国库的银子没有了。作为皇帝，万历皇帝自然要想办法把银子补回来，从哪里补？自然从老百姓身上。
明朝的老百姓和明朝的国库一样并不富裕，如果你总是向一个穷人要各种各样的钱，他要么去自杀，要么造反。但万历皇帝不知道这一点，他以为我为你们打了三个大胜仗，你们身为我的子民应该感到自豪，要你一点钱又算什么呢？
自豪不能当饭吃，老百姓深深地懂得这一点。万历皇帝可能也懂得这一点，所以，他就派出了一群太监去找钱，这群太监就是矿监税使。