康熙元年（1662），吴三桂消灭了桂王政权，不久鲁王死于金门，东葬台湾，继而抗清名将郑成功不幸病亡。这一连串的打击对黄宗羲是巨大的，这些也意味着他“鲁阳之望”的彻底破灭，对此，他唯有仰天长叹。
作为游侠的黄宗羲，是有着莫大的遗憾的。从三十六岁组织武装抗清到五十三岁厕身儒林，他将人生最重要的一段时间献给了抗清复明的大业，尽管这项事业的前途一片茫然。
厕身儒林，讲学著述
抗清复明无望，黄宗羲的身份发生了由“游侠”到“儒者”的转变，从此以后，他结合自己多年的曲折经历，总结明亡的历史教训，进而对整个封建社会的兴衰技能型全方位的关照和反思。授徒讲学和勤奋著述成为他晚年的主要活动。如果说上一时期黄宗羲是一个社会活动家、政治家，那么这一时期的他俨然是一个学者、一个教育家，而且作为学者和教育家的黄宗羲要比社会活动家的黄宗羲更为成功，也更为得意。
黄宗羲作为一个教育家可以追溯到他尚在躲避清廷追捕的时期，当时就已经有很多东林、复社子弟慕名前往黄的栖身之所，向其请教学问。而对待登门求教的年轻学子，他也总是倾心相授，毫无保留，同时还传授以学习的门径，从宏观上给予指导。他的渊博学识、独到见解以及独特的个人魅力，赢得了年轻学子的尊敬，他们是“遍求其书而读之”，从此以后，不论寒冬酷暑、刮风下雨，这些年轻人一年总要登门求教几次。
康熙二年（1663），黄宗羲经高斗魁牵线，来到语溪吕留良府上坐馆，为吕氏子侄传学发蒙。先是设馆于吕氏的梅花阁，后来又迁到了水生草堂，不久又迁到吕氏的私宅东庄。这段时间里，黄宗羲名义上是授徒吕留良之子吕葆中，实际上受其讲学影响的还有吕留良、吴之振、高斗魁、黄宗炎等人，他们这些昔日的抗清义士志趣相投，故时常聚会雅集、饮酒唱和，吕留良后来称这段时间是最为畅快的“文会时期”。也就是这时候，黄宗羲和吕留良两人之间建立了真诚而深厚的友谊，他们吟诗赋词，谈论时事，时而还抒发郁积心中的反清复明的政治志趣。只可惜好景未长，康熙六年之后，黄、吕两人出现矛盾，黄宗羲在语溪坐馆四年后，毅然离开了语溪，投奔他处。随后，两人关系又迅速恶化，甚至互为攻击对象，直至康熙十四年，两人关系最终彻底破裂，这个时候的黄、吕可以说水火不容，老死不相往来了。至于两人关系恶化的原因，也始终是一个谜，外界也有诸多猜测，这里就不细说了。有时候文人之间的关系就是很微妙。
和吕留良关系破裂、离开语溪之后，黄宗羲开始了他在宁波的讲学活动。在宁波甬上，黄宗羲讲授的主要就是他的老师刘宗周的《圣学宗要》和《子刘子学言》等书，收到了非常好的效果，在当时的甬上学界产生了重要反响。这年九月，黄宗羲又与同门的姜西辙、张奠夫、赵甸等人在绍兴恢复了证人书院讲会，重开“读书说道”之风。这证人书会正是由他们的老师刘宗周所创。
重新恢复后的证人书院，在黄宗羲和他的师友们的主持下，教学活动有条不紊地展开了。在平常的讲授过程中，黄宗羲也没有照搬先师的讲义和教学方法，而是以五经、史籍为基础和立足点，阐发自己对经史要义的理解和领悟，他在此间的讲稿后来编成《证人会语》一书。当时绍兴证人书院的讲学活动吸引了众多有识之士前来求学，可谓盛况空前。黄宗羲讲学的名声也是越传越远。
康熙十五年（1676）二月，应海宁知县许三礼的盛情邀请，黄宗羲又来到了海宁，主持海宁的讲学工作，他在这一讲又讲了五年。在海宁讲学的五年中，黄宗羲为当地培养了一批人才。这些黄门弟子中有的工于诗文，如查慎行；有的擅经学，如杨中讷；有的是有济世之才的循吏，如许三礼。这段时间，黄宗羲进一步发展了自己独立思考、自由思想的教学主张，可以说是一种典型的启发式教学，因而他的学生自然颇为受用。他还向学生们系统阐述了自己经世致用的思想，要求学生扩大知识面，对所学的东西要能结合实际，融汇贯通。
作为老师，黄宗羲在与门人交往的过程中，从来不以为师自居，搞什么师道尊严，而是以朋友相处，平易近人，因而更加受到后学们的尊敬。
黄宗羲的讲学活动一直持续到耄耋之年。他最后一次出席讲会活动是在康熙二十八年（1689）正月应余姚县令康如琏之邀在姚江书院进行的一次讲学，此时的黄宗羲已是八旬高龄。
诲人不倦是其讲学生涯的最好写照。
黄宗羲又是一个笔耕不辍、著述颇丰的学者。在其儒林时期，他写下了大量的学术研究作品，这些著述是黄宗羲以毕生的心血对中国传统文化，包括政治、思想、经济、历史、哲学、地理、教育、文学等进行全方位探索的结果。余秋雨就曾说过，黄宗羲“当之无愧而又平静厚实地取得了对近代以前的中国文化的大部分总结权”。
坚守节操，不仕新朝
清代自康熙皇帝起，随着其政权的日益巩固，社会经济的日益发展，以及反清势力的彻底剿灭，统治者开始对汉族的知识分子采取怀柔、笼络的政策。作为浙东地区一位颇有学术威望的遗老黄宗羲，自然就成了清廷拉拢的重点对象。
康熙十七年（1678），六十九岁的黄宗羲也以“博学鸿儒”为朝廷所诏征。当时的掌院学士叶方蔼先寄了一首诗给他，劝他出山，后来又找到黄的弟子陈锡嘏商议。好在陈锡嘏深知老师根本不愿意做清朝的官，如果硬要逼他出仕的话，说不定会造成不堪设想的后果，因而就在叶氏面前苦苦相劝，这样此事才姑且作罢。
时隔两年，即康熙十九年（1680），当时主持编修《明史》的朝廷史馆监修徐元文与大理评事李映碧又联合向康熙推荐七十一岁的黄宗羲。康熙当时立即命两江总督和浙江巡抚“以礼敦请”，应该说这种礼遇也是够可以的了。黄宗羲在这种善意礼请的情况下，又亲笔写信，以要给老母守丧、自己又年老多病为由，辞而不往。康熙也知道这种事情勉强不得，于是又下了一道旨，要求地方官将黄宗羲的所有论著和他搜集的明代史料都抄录一份送到京城史馆。
黄宗羲虽然绝对不会当清朝的官，但是对待修纂《明史》，他表现出了一个学者应有的风范。康熙十八年，他的得意门生万斯同就应徐元文之召到北京参加《明史》的修纂工作，对此，黄宗羲是十分支持的，同时他还把许多有用的资料交给万斯同。而这一次，他虽然又辞而不往，但他同意了自己的儿子黄百家进京修史。同时，由于他对史学研究的造诣极深，对史事也是了如指掌，所以每当朝廷在修史过程中遇到重大的问题时，史官们总要先通过书信向黄宗羲请教；有时甚至专门派人千里送稿以求审证修改。因而尽管黄宗羲没有直接参与《明史》的编修，但却不可否认地为《明史》的成书作出了不少贡献。
直至康熙二十九年（1690），黄宗羲已是八十一岁高龄，朝廷仍有意征聘之。当时康熙帝问大臣徐乾学：“国内有谁博学多闻，文章尔雅，可以充当顾问的？”徐回答说：“据臣所知，只有浙东的黄宗羲一人而已。我的弟弟曾经也推荐过他。”康熙帝听后当即表示：“可以将他召到京师来做我的顾问，我也不要他做官做事，他什么时候想回家我也可以立即派人送他回去。”徐乾学凭着对黄的了解，摇摇头说：“他年事已高，恐怕没有来意了。”康熙这才作罢，只好感叹道：“人才真是难得啊。”
五年之后，即康熙三十四年（1695），八十六岁的黄宗羲突然病重，这个时候他写了一份遗嘱，遗嘱上嘱咐家人说：“我死后，第二天就可以安葬，就用平时穿的衣服入殓就行。不作佛事，不作七七，凡纸旛、纸钱之类的一概不用，以后祭扫也不许杀牛羊。”他认为这些“礼俗”都是“流俗无礼之至”，必须“一概扫除”。从黄宗羲对后事的安排也可以看出他所一贯坚持的反封建迷信的进步思想。就在这年夏天的一天夜晚，黄宗羲溘然长逝，他最终也实现了当年立下的不仕新朝的政治誓言，保全了作为故明遗民的志气与节操。
回顾黄宗羲晚年的遗民生活，他没有在遭遇“国变”之后就逃亡“禅释”，超脱于现实生活之外；他也没有死守“华夷之辩”，以致与新朝水火不容、对抗到底；他更没有为求虚荣、富贵而在新朝中觅得一官半职。他走的是恪守遗民“不仕”原则，潜心于实学研究，全心投入对社会发展的探求之中的遗民之路，也正是这一条路让黄宗羲的身上散发出一个思想家、教育家、学者的迷人风采。