但当他把这个打算和父母说了之后，便遭到了吴琨夫妇的激烈反对。他的父亲吴琨说大明朝根基牢固，不会这么快就走向灭亡的，虽然北京失陷、中原沦丧，但仍有半壁江山，只要以长江天险作为屏障，以江南的几十万兵马作为后盾，足可抵挡南下的李自成部队，所以最多也就是导致历史上曾多次出现过的南北对峙的局面出现。这样一说，吴伟业本来就不坚定的决心马上就动摇了，再加上妻妾的苦苦挽留，最终吴伟业取消了和王翰的出家之约。
和吴伟业的瞻前顾后、犹犹豫豫不同，王翰后来果真独自一人削发受戒，做了和尚，取名为愿云，拜松江府的具德和尚为师。吴伟业后来见了愿云和尚心里自是十分愧疚。
就这样，吴伟业在明朝明亡后，本有两次可以保全名节的机会，但他又都和这两次机会失之交臂，而此时他自己也不知道接下来等着他的是什么。
入主南京詹事府
就在北京陷落后不久，明朝的旧臣们就在南京拥立福王朱由崧为新帝，建立弘光小朝廷。此时尚在太仓家中的吴伟业就已经对这个新成立的小朝廷中激烈的政治斗争有所耳闻，祸害明末的党派斗争又延续到了南明小朝廷，并且斗争的双方仍然是阉党余孽与东林、复社士子。复社文人也希望马士英等人能以国家前途为重，不要再起门户纷争，但这也只是他们的一厢情愿罢了。
只是令吴伟业惊讶的是，这个小朝廷居然又想起了已经归隐林下几年的自己，并重新将自己起用。
清顺治元年（1644）五月底，正在旧学庵中读书的吴伟业接到了南京弘光朝廷的圣旨：“着吴伟业从速赴京，任少詹事之职。钦此！”
接到圣旨后的吴伟业是有喜有忧，喜的是朝廷能够积极延揽人才，似乎有重振大明河山的决心；忧的是据说这位新登基的小皇帝其昏庸不亚于他的父亲，国难大头，立了个如此昏君，也许半壁江山也会保不住。更何况这刚刚组织起来的小朝廷内部就已经是纷争不断，各派势力水火不容了。这样，吴伟业又犹豫了，自己在崇祯朝经历的党争还历历在目，自己好不容易才逃出那个是非圈，过了几年的安稳日子，如今如果盲目应召，一不小心又让自己陷入一场纷乱之中，到时候就是再想拔脚也难了。
送走传旨的天使之后，吴伟业跟家人说出了自己心中的矛盾，并征求父亲和两个弟弟的意见，一家人商议后始终觉得还是不要着急应召，别把自己从一个泥潭扔进了另一个泥潭。就这样，吴伟业给南京朝廷上了一道言辞恳切的《辞职疏》，以自己有病在身、体力不支为由，向朝廷请辞，他实际上持的是观望的态度。
但不久之后，已经接受朝廷征召的好友陈子龙就带着吏部的公文亲自来到吴伟业家中催促其上任了。陈子龙此次前来，给他从南京带来了一些令人振奋的消息：首先弘光朝廷内阁中东林人士占了大半，而宰辅便是素有威望的史可法史公；其次便是朝廷能够选贤任能，准备起用一大批正人君子，钱谦益、黄道周、刘宗周等人都在征召之列；再者就是实行了一系列御敌图强的措施，招募士兵，训练军队，一切似乎都是井然有序地在展开。所有这些让吴伟业看到了希望，听完陈子龙的介绍，他不由精神为之一振：“有此复兴良机，不能共襄大业，略尽绵薄之力，实在是愧对先帝的在天之灵。请卧子代我转告留都诸公，等我身上的病痊愈后，便立即赶到留都供职。”
过了这年的八月中秋，吴伟业终于登舟启程，踏上了去留都南京的路。初到南京，自然是受到朝中东林士人的热烈欢迎，可见吴伟业在他们当中还是享有很高的威望的。
但到了南京的吴伟业很快就发现事实不是那么回事。这个小朝廷内部是矛盾重重：江北四镇个个拥兵自重，朝廷不知如何驾驭；马士英玩弄权术，把史可法挤出南京，自己独揽大权；不久马士英、东林党人为了加强各自在朝中的势力，又纷纷提拔自己一派的官员，眼见党争又是一触即发。这些吴伟业看在眼里，急在心里。
前面提到吴伟业在南京任的是少詹事一职，这本是总管东宫内外事务的官，但弘光帝既没有皇后，更没有太子，所以詹事府形同虚设，吴伟业自然也就没有什么实质的事情可做了，因此他特别关注东林党人和马士英之间的矛盾。
只是这次东林党人又没有斗得过马士英一伙，很快阮大铖、蔡奕琛等被重新起用，而原本在朝中的东林士人张慎言、姜曰广、刘宗周等人一个个相继辞官离开，在南京，吴伟业越来越觉得孤单了。
吴伟业已经知道天下事“已不可为”，他又开始寻找机会回乡了，而蔡奕琛的入阁则直接促成了吴伟业离京回乡。
这天吴伟业无意间看到书案上朝廷刚送到的宫门抄：着蔡奕琛任吏部左侍郎……以上四臣即日到部视事，不得借故拖延。看到这个消息吴伟业不由得直冒冷汗。因为在此前马士英所提拔的阉党余孽虽然很多，但是和吴有个人恩怨的毕竟不多，所以吴伟业并不放在心上。但这个蔡奕琛在崇祯时期便和自己是死对头，他不会忘记自己在崇祯四年参劾他的事情，更不会忘记是复社人士参倒了薛国观而连累他被发配充军的深仇大恨。吴伟业料到，此次蔡奕琛被重新启用，而且出任朝廷要职，他必要找自己的麻烦，以报当年之仇。面对这种形势，能否全身而退，吴伟业自己的心里也没底。于是，他只好去找自己的好友钱谦益。
其实这个时候钱谦益自己的日子也并不好过，他虽竭力地依附马士英、阮大铖之流，但阮大铖并不买他的帐，在他对复社文人进行报复时钱谦益便是首当其冲。
就在这种忐忑不安中，吴伟业在南京过完了这年的元旦、元宵。元宵节过后，一道上谕果然传达下来，蔡奕琛升任东阁大学士，即日入阁办事。三天之后吴伟业就将自己的乞假养亲表呈给了弘光帝，弘光帝看是个无足轻重的少詹事告假回家养亲，并没有为难，立刻照准。得到皇帝的批复，吴伟业是一刻也不敢停留，一面命弟弟收拾行装，一面准备东归的船只，就连尚在南京的他的老相好卞赛赛都没来得及看，便匆匆登舟，离开了南京。此时的蔡奕琛因为刚刚升官，一连几天都忙着迎来送往、交际应酬，等到逐渐安稳下来他才得知吴伟业已经乞假回了太仓，知道这个消息后他是恨得咬牙切齿，深悔自己错过了复仇的大好机会。
之后蔡奕琛、阮大铖一伙还想以升任其为詹事府詹事来引诱吴伟业再次上钩，但吴伟业已经是脱钩之鱼，哪里肯再次上当？他连上两书最终把这个詹事给拒了。
就这样，吴伟业怀着满心希望从太仓去南京上任，一心想为恢复大明做点贡献，最后却又是在党争中惊魂甫定地回到了家乡，他想为国尽忠，但国家没有给他机会。
出仕清朝，他很无奈
从南京回来后，吴伟业一直在梅村别业家中，其间，他对江南人民的反清斗争也尤为关注。但是每次传来的总是一个又一个噩耗，好友钱谦益、陈名夏失节降清，史可法、陈子龙、夏允彝、黄道周、杨廷麟、吴易登相继殉国……亡国的悲哀、亡友的悲痛一次次撞击着他的心头，郁积其上久久不能散去，他想要排遣和宣泄，但却找不到解脱的方式。他不知道自己将要何去何从，而此时他也已经是江南东林士林中仅存的“硕果”了。