1860年，在美国总统大选中，林肯当选为美国总统。
就在林肯当选总统后不久，南方种植园的蓄奴主义者们发动了叛乱，宣布脱离联邦而独立，成立了所谓“南方邦联”，大种植园主杰弗逊·戴维斯为总统，他们声称“黑人不能和白人平等，黑人奴隶劳动是自然、正常的状态”。
1861年4月12日，南方邦联不宣而战。
面对危局，林肯当机立断，于4月15日发布募兵令，招募志愿军讨伐南方叛逆。志愿军士气高涨，作战勇敢，但由于指挥无方，第一仗就被南军打得大败。志愿军一直退到华盛顿城郊。
“一定要解放黑奴！”林肯下定决心。为了挽回败局，林表在1863年1月1日，发布了《解放令》。命令规定，从即日起，美国所有奴隶都成为自由人，受政府和军队保护，他们可以平等地参加各项工作，包括参加军队等等。美国人民兴高采烈，纷纷集会庆贺。
林肯清楚地知道只有消灭敌人的有生力量，才能取得最终的胜利。他起用了年轻有为的将领格兰特做一个方面军的统帅，直下密西西比河出海口，封锁南方的水路交通。
7月4日，林肯又任命格兰特为美军的全军统帅。兵分四路，四面围歼南军，务求一举扫平。
南军节节败退，于1865年4月9日全部投降。至此，整整四年的南北战争，以南军的彻底覆灭而胜利结束。
失败的南方种植主极端仇恨林肯，出于报复，他们花钱雇佣杀手。于1865年4月14日晚，在美国首都华盛顿第十大街的福特剧院里，将林肯枪杀。
4月19日，美国白宫举行了隆重的悼念林肯总统的仪式，人们怀着沉痛的心情赞颂这位总统为人诚信的同时，更怀念他为解放黑奴所做的丰功伟绩。马克思还代表第一国际给林肯以极高的评价，称他是一位英雄。
南北战争是继独立战争之后的美国第二次大战争，它对美国彻底废除奴隶制、加速资本主义的发展、进一步解放生产力和维护美国的独立统一，都有极其重要的历史意义。