签约了拜仁慕尼黑之后，克罗地亚锋霸总算是圆了自己的豪门梦了。
曼祖基奇在2012年欧洲杯后加盟拜仁，随队夺得1次欧冠冠军、2次德甲冠军、2次德国杯冠军、1次欧洲超级杯冠军和1次世俱杯冠军。
效力拜仁两个赛季里，曼祖基奇在德甲赛场出场54次打进33球，各项赛事则是出场88次打进48球，展现出极高的进球效率。
接下来的事情大家都知道，马里奥?曼祖基奇与拜仁慕尼黑现任主教练瓜迪奥拉直接闹翻了……原因就是，瓜迪奥拉的战术变革使得曼祖基奇在拜仁慕尼黑阵容中失去了主力位置，瓜迪奥拉不喜欢曼祖基奇这样的高中锋，他偏向于喜欢类似于托马斯?穆勒这种影子前锋，既可以串联中场，又可以后插上抢点的前锋球员。
马里奥?曼祖基奇其实也想过办法去适应瓜迪奥拉的战术变革，他甚至逼迫自己放弃自己最为擅长的高中锋打法，更多的回撤到中场拿球，辅助队友进攻，帮助队友串联中场，这一度的，也让这位克罗地亚高中锋失去了很多进球的好机会。
马里奥?曼祖基奇的变化并没有让他迎回自己在拜仁慕尼黑的首发主力位置，最终，曼祖基奇为了稳定的上场时间，他只能选择离开。
北京时间2014年7月10日晚，拜仁官网宣布马里奥?曼祖基奇正式加盟马德里竞技。马竞在其官网宣布，在和床单军团签署一份4年的合同！马里奥?曼祖基奇正式转战西甲，成为“匪帮”马竞的一员！
马德里竞技引进曼祖基奇绝非偶然，他们在引进曼祖基奇之前遗憾丢失了迭戈?科斯塔——DC大帝选择了伦敦的生活，选择了切尔西。
这也让迭戈?西蒙尼需要在转会市场上寻找一个能够代替迭戈?科斯塔的中锋，这样才能保证马德里竞技的战术体系继续在西甲走下去。
马里奥?曼祖基奇完成转会后，马竞在官网中写道：床单军团的新球员利用参加体检的机会参观了卡尔德隆球场以及马竞体育城。在接受完体检之后，曼祖基奇继续享受假期，在他结束假期来到球队报道后，曼祖基奇将正式亮相卡尔德隆球场。
曼祖基奇在接受采访时确认他非常喜欢新球队的“足球风格”，他还将马竞主帅西蒙尼描述成“一位非常出色的主教练”，并且还诚恳的向媒体表示：自己早就愿意跟迭戈?西蒙尼一起共事了，只是一直没机会，现在获得了跟迭戈?西蒙尼一起共事的机会，他一定会好好珍惜！
当然了，马里奥?曼祖基奇喜欢迭戈?西蒙尼的足球艺术还是有一定原因的，例如：他上一任相处的主教练瓜迪奥拉在战术风格上面，就不是他喜欢的那种强硬了。
正所谓：道不同不相为谋，在离开了拜仁慕尼黑后，马里奥?曼祖基奇也继伊布前不久“炮轰”瓜迪奥拉应对巴萨2009-10赛季欧冠半决赛失利负主要责任的言论，加入到了反瓜迪奥拉阵营。
在接受克罗地亚一家体育媒体采访时，记者问到未来是否愿意和瓜迪奥拉一起喝咖啡聊聊天时，曼朱季奇斩钉截铁地给予了否定回答。
这名目前效力于马竞的前锋说：“和瓜迪奥拉喝咖啡？这种事是不可能发生的。如果你觉得某人不好，直接无视他好了。瓜迪奥拉来到拜仁后，我逐渐认识到一切都跟以前不一样了，我在拜仁的日子到头儿了。我也曾经试着去适应，但很显然我在哪儿没有前途可言。所以，我决定离开拜仁，选择新的开始。“
关于瓜迪奥拉具体对曼祖基奇有什么偏见呢？
曼祖基奇继续说道：“我对瓜迪奥拉非常失望。他选择的交流方式让我感觉不到尊重，事实上在用我的问题上他一直没有跟我有过任何交流。德国杯决赛，他没有让我上场，在德甲最后阶段，他也没有使用我，也因此我没能获得德甲金靴。我把这看成是瓜迪奥拉对我缺乏尊重，倘若他当面跟我说你并不适合我的哲学诸如此类的话，我更能接受一点。这些年，我为拜仁全心全意付出，最终却获得如此的待遇，这让我接受不了。”
曼朱季奇借着批评瓜迪奥拉褒奖了率领拜仁夺得欧冠的海因克斯。“海因克斯是一位水平相当高的教练，而且他的人更值得尊敬。海因克斯几乎在各个方面都好过瓜迪奥拉。事实上，大家看看去年拜仁的战绩，再看看旁人是怎么说的，就会觉得海因克斯的确比瓜迪奥拉更好。”
曼祖基奇的言论同样被瓜迪奥拉一番反击。
据德国媒体《图片报》的消息称，瓜迪奥拉透露了自己和曼祖基奇的关系不和始于2013-2014赛季欧冠半决赛次回合拜仁输给皇马的比赛后。
在那场比赛后，拜仁主帅瓜迪奥拉在更衣室内发表了一番激情澎湃的演讲，将球队失败的责任全都揽在了自己的身上。据称在听到瓜迪奥拉的演讲后，瓜迪奥拉的爱将拉菲尼亚更是眼含热泪的与瓜帅拥抱。
像拉菲尼亚这种懂得“见风使舵”的球员自然能够获得主教练的更多的宠溺了，但并不是每一个人都会像拉菲尼亚那般，感动到“热泪盈眶”！
有一个球员对于瓜迪奥拉这番感天动地的演讲不为所动，他就是曼祖基奇。
据称曼祖基奇在瓜帅演讲结束后甚至还露出了轻蔑的笑容，这让心胸本来就算不上广阔的瓜迪奥拉很是不满。
而曼祖基奇在训练中的表现，也让瓜迪奥拉非常不满。
在当时的联赛下半程刚刚开始的时候，瓜迪奥拉就以“纪律原因”让曼祖基奇意外停赛。而接着曼祖基奇缺席德国杯的理由还是“纪律原因”。
要知道，在曼祖基奇被沃尔夫斯堡抛售的时候，就是因为他的训练态度让当时的球队主帅马加特非常不满。事实上，曼祖基奇在训练中时不时的会出现一些因为心情而偷懒的情况。
而据《图片报》的消息称，曼祖基奇在训练中常常露出不屑的笑容，这让瓜帅早已有所不满。
不仅在训练中会惹恼瓜迪奥拉，根据瓜迪奥拉自己透露，曼祖基奇在训练中的表现也让瓜迪奥拉非常纠结。
据称曼祖基奇在训练中经常动作过大，让拜仁的队友们承担了受伤的风险。
当时联赛下半程刚刚开始不久，曼祖基奇就在训练中飞铲施魏因斯泰格导致后者因伤离场。
正是这一系列的问题导致瓜迪奥拉放弃了曼祖基奇，虽然瓜迪奥拉曾经喊出过“我爱曼祖基奇”之类的话，但他最后还是决定出售球队本赛季的首席射手。