显庆四年（公元659年）四月，命中注定的一刻到来了。此时，距离褚遂良死已有半年。
一个叫作李奉节的洛阳人，状告太子洗马（太子政事和文理方面的导师，从五品）韦季方、监察御史李巢私交权贵，有搞朋党之嫌。搞朋党就是意图谋反，案子很快被李治获悉，他命令许敬宗和辛茂将审理此案。许敬宗接手这个案子后，严刑逼迫韦季方供出幕后指使者。韦季方受不了许敬宗的刑讯逼供，自杀未果。
这么一来，许敬宗有文章可做了。许敬宗想：既然你背后没人指使，那么你为何要自杀呢？只有畏罪者才会自杀，这说明你罪大恶极，背后肯定有人指使。而背后那个人有可能是任何一个人，当然也有可能是长孙无忌！
许敬宗的假想，让武后也兴奋不已。许敬宗把长孙无忌列为头号嫌疑人，有他的政治目的。其一，他和武后的关系会更进一层，他们会从上下级关系，成为并肩作战的战友；其二，他除掉长孙无忌，也是替武后完成一桩久违的心愿，武后会从心底感激他，而他的政治前途将会无限光明。
这是许敬宗的主意，也是武后的心愿。在做这件事情之前，许敬宗已经和武后通过气，于是，许敬宗继续威逼没死的韦季方：“你跳进黄河也洗不清了，你背后的那个人就是长孙无忌，你承认也是他，不承认也是他，谁让你没事去自杀呢？”
韦季方百口难辩，任由许敬宗摆布。摆平了韦季方后，许敬宗就向李治报告：“韦季方和李巢谋反案背后的主谋是长孙无忌。”
李治听后很吃惊：“这怎么可能呢？”但他的语气随即就变了：“舅舅被小人离间，对我有所猜忌倒是有可能的，但不可能谋反啊！”李治的这句话，虽然表明了他不相信长孙无忌会谋反，但他相信了一个事实：舅舅被小人离间。也就是说他相信长孙无忌和小人有勾结。也就是说，许敬宗的话，他相信一半。
许敬宗继续道：“长孙无忌就是主谋，陛下就不要再有所疑虑，这样对我大唐不利。”
李治听了，泪流满面，他一声悲叹：“家门不幸，亲人们老是跟我过不去。以前高阳公主和房遗爱谋反，现在舅舅又谋反，我还有什么脸面见天下人呢？许爱卿，这事如果是真的，该如何是好？”
许敬宗进一步陈明这件事的危害：“长孙无忌和先帝一起打天下，还当了三十多年的首席宰相，威震天下，众望所归，他要是谋反，陛下您能拿他怎么办？”
李治命令许敬宗再好好审理这个案子，搞清楚真相。
许敬宗很是不解，但他很快就领悟了李治的用意：他无非是想借着这起案子，把那些一向妨碍他执政，以及反对他和武后的人一网打尽。
既然皇帝和皇后都想要看自己导演的这场好戏，那就成全他们吧。对于那些难以消灭的强大敌人，一定要寻求战友的帮助。谁是武后的亲密战友？当然是高宗李治。李治想要摆脱长孙无忌等人的控制，就把他们当作敌人来收拾。如果没有李治的帮助和打头阵，武后是很难消灭敌对势力的。
第二天一上朝，许敬宗就向高宗皇帝奏报：自己昨夜又审了一次韦季方，他承认和长孙无忌谋反，但他们两人是受韩瑗挑唆的。韩瑗曾对长孙无忌说：“当初您和柳奭、褚遂良、于志宁等人合谋立李忠为太子，现在李忠被废了，皇上也开始怀疑你们几位了，您该怎么办啊？长孙无忌听了这话后心里极度不安，这才和韦季方谋反。现在证据确凿，请陛下立即下令逮捕他们！”
听了这话，高宗李治哭了。他又一声悲叹：“舅舅就是谋反了，自己也决不能杀他，否则天下人和后世人，会说他这个皇帝会和亲戚不能和睦相处啊！这事就到此为止吧！”王子犯法与庶民同罪，舅舅犯法又怎么了？再说亲戚关系和国家法律孰重孰轻，他李治分得清，他只是在表演，在向世人，特别是向长孙无忌展示自己柔情、仁慈的一面。
许敬宗不管这些，他要完成他的使命。许敬宗在审判过程中与高宗皇帝有过两次谈话，经过谈话之后，长孙无忌谋反案才算真正成立。
可是高宗皇帝自始至终没有亲自提审长孙无忌，也不过问长孙无忌为什么要谋反，任由许敬宗诬陷栽赃。
许敬宗做了几个比喻：第一，将长孙无忌与房遗爱相比。这个比喻原来是皇帝提出来的，他说，皇室不幸，亲戚之中屡屡出现谋反事件，既有房遗爱的谋反事件，又有无忌的谋反事件。高宗皇帝说这样的话，已经意味着他同意了许敬宗的论点——长孙无忌的谋反事件是存在的。
但高宗皇帝又激动地表示，甚至流下眼泪，他说，长孙无忌是他舅舅，舅舅谋反，使他无颜面对天下父老。
许敬宗进行了暗驳。他说：“房遗爱与自己的媳妇谋反，岂得成事？”也就是说，长孙无忌谋反，成功的可能性是大的。
趁着高宗皇帝泪流满面的机会，许敬宗又提出第二个比喻，将长孙无忌与当年的宇文化及相提并论。他说：“陛下不见隋室乎？宇文化及的父亲是隋朝的宰相，宇文化及掌控禁军，隋炀帝用之不疑，结果灭大隋之人就是他。”然后话锋一转，又说，“隋朝之难将要重演，皇帝将被杀死。而要杀死皇帝之人，就是长孙无忌。”
这是第一天的谈话，皇帝并没有给出明确指示，而是指示“更诏审核”。皇帝之所以迟疑，是因为他考虑到他与长孙无忌之间的甥舅关系。
第二天，许敬宗又来向他汇报，说长孙无忌谋逆案，证据确凿。可高宗李治还是表示，决不杀吾舅。
于是许又做出第三个比喻，将长孙无忌与薄昭相比。薄昭，汉文帝的舅舅，因为杀人遭到连坐，文帝让百官到他面前哭，逼其自杀。许敬宗说：“长孙无忌就是薄昭这样的人，如果他比薄昭还要罪恶，那么皇上就会很危险了。今天，长孙无忌忘记了先帝对他的大恩大德，也舍弃了陛下您对他的浓浓亲情，却与小人勾结谋反，按律该灭五族啊。”
许敬宗的这几个比喻深深地震撼了李治，他终于做出决定，查办长孙无忌。唐高宗再度下诏，命李、许敬宗等五人重新审理长孙无忌谋反案。这是一项必须要完成的政治任务，无论采用何种手段和方式。它的最终结果只能有一个，将国舅长孙无忌打成不折不扣的叛国分子。
这句话等于皇帝完全认可了长孙无忌的谋反，但同时他还要做一番仁慈的表演。当年处理高阳公主谋反案中，高宗也说过类似的话：“荆王，朕之叔父；吴王，朕兄，欲免其死，可乎？”当年，长孙无忌没有答应高宗的请求；现在，许敬宗同样劝他大义灭亲。
许敬宗感叹地说，“仁慈只能用在仁慈者的身上，对长孙无忌这样凶恶的叛党，绝不能有一点仁慈之心。碰到这种大逆不道的事，要泾渭分明，大义灭亲。长孙无忌忘记两朝恩典，竟敢谋反，事到如今，陛下还犹豫什么？安危之际，间不容发，无忌乃是今日的奸雄，所谓王莽、司马懿者流，陛下若是一味拖延不决，为臣实在担心变生肘腋，到那时候后悔也来不及了！”
话说到这一步，高宗皇帝觉得该解决的问题都解决了，案情现在看起来脉络清晰，处罚理由充分，足可以让天下人心服口服，于是下令削去长孙无忌的太尉头衔和封地，给了他一个扬州都督的头衔，把他押解到黔州安置，也就是今天的重庆彭水县，当时是很偏僻的地方。
不过，唐高宗发话，长孙无忌毕竟是自己的亲舅舅，不忍心看着他受苦，因此仍按一品大臣的待遇供给饮食。
许敬宗一直把长孙无忌押送到离京城几十里路的地步，才收住了脚。他千叮咛万嘱咐，让押送的官员务必小心，务必把长孙无忌押到目的地。
就这样，长孙无忌独自一人，被突然押到黔州，幽禁起来，身边一个亲随都没有。虽然仍是一品官的饮食标准，但对骤然失去权势的长孙无忌来说，这一品官的丰厚的饮食标准又有什么意义？他哪里还有心思去品尝这满桌的鸡鸭鱼肉？
可是事情到此并没有彻底结束。对于武后来说，要巩固皇后的位置，必须对外重新进行优化组合，把反对她的人清除出去，把拥护她的人笼络到身边。而在打击反对派的问题上，她是分两步走的。一是清除反对派中的势力相对小的褚遂良、韩瑗、来济，把他们贬往地方。二是在外围组织已经被清理出去之后，再清除反对派中的核心力量长孙无忌。
这样做是为了慎重起见，避免一下子打击面过大，造成政局不稳，同时让反对派依然心存幻想，逐步丧失斗志，最后坐以待毙。现在，长孙无忌已经倒台，唐高宗和武后再没有什么顾及了。他们终于可以施展手脚了。
于是，长孙无忌谋反案的基调刚刚确立，许敬宗又奏：长孙无忌谋逆。
在没有经过任何审问的情况下，高宗就下诏免除了长孙无忌的太尉爵位，将其贬为扬州都督，并流放到黔州（今四川彭水县），仍享受正一品官员待遇。结局早就注定，要结案必须审案，所谓审案不过就是在既定罪名之下，折腾得犯罪分子身心皆崩溃，唯有一死，方能逃出升天。许敬宗派袁公瑜快马至黔州提审长孙无忌。
袁公瑜，曾经主张立武氏为后的六位翊赞功臣之一，又是告密致使裴行俭被贬出京的那位官场上的投机分子。19岁进入官场，一直在刑部当差，历任大理司直、大理寺丞等官职。
长孙无忌从京城到黔州，一路都有重兵护送，这既是李治的关照，也是他对长孙无忌的警戒。
扳倒长孙无忌，许敬宗紧接着向高宗李治奏报：长孙无忌这次谋反，是韩瑗、柳奭、褚遂良这些人煽动的。另外，柳奭还有毒鸩之罪，于志宁也是长孙无忌的党羽，他们都逃不了干系。
这样一来，所有当年未曾追随武后的元老重臣无一漏网，连一言不发、唯恐惹祸上身的于志宁也未能幸免，至此，这些人全部被免去了官爵。