公元1557年，倭寇进犯乐清、瑞安、临海等地，戚继光率军前往救援，但因为道路隔绝而没有来得及，朝廷也因此不治戚继光的罪。而后，汪直余党作乱于岑港，戚继光与俞大猷两军会合，前往围攻。但很长时间都没有攻下来，于是朝廷将戚继光、俞大猷等人全部罢免，让其戴罪杀敌。驻守在岑港的倭寇抵御不住戚继光与俞大猷的进攻，于是打算逃走。
公元1558年（嘉靖三十七年），倭寇造好了大船，准备驾船夜遁，俞大猷和戚继光趁机发动进攻，击沉倭寇大船，余党向闽南逃窜。从岑港逃走的倭寇又在台州烧杀抢掠，给事中罗嘉宾等人弹劾戚继光故意放走岑港的倭寇，有通倭的嫌疑。正要准备治罪，戚继光却因平定汪直的功劳而复官，戚继光守卫守台、金、严三郡。
戚继光到浙江赴任后，发现卫所的将士作战能力一般，而金华、义乌的人比较彪悍，于是戚继光前往招募了三千人，在戚继光的指导训练下，将其练成一支精锐的部队，后称“戚家军”。戚继光根据南方多沼泽的地理特点制定阵法，又给他的部队配备火器、兵械、战舰等装备，戚家军因此闻名天下。
公元1561年（嘉靖四十年），倭寇大举进攻桃渚、圻头等地，戚继光率军扼守桃渚，于龙山大破倭寇，戚继光一路追杀至雁门岭。倭寇遁走之后，趁虚袭击台州，戚继光一马当先手刃倭寇首领，余党走投无路，全部坠入瓜陵江淹死。而圻头倭寇竟又来侵犯台州，戚继光率军于仙居将其全歼。台州大捷后，戚继光官升三等。而后，闽、广一带的倭寇流入江西一带作乱，总督胡宗宪无法平定，于是让戚继光来增援，戚继光率军于上坊巢将其击破，倭寇奔走建宁，戚继光引军回浙江。
公元1562年（嘉靖四十一年），倭寇进犯福建，并联合福宁、连江等地的倭寇，先后攻陷寿宁、政和、宁德等地，从广东南澳方面侵略的倭寇联合福清、长乐的倭寇攻陷玄钟所，并进犯龙岩、松溪、大田、古田、莆田等地。
倭寇声势浩大，当地官军不敢进攻，于是胡宗宪传令让戚继光带兵剿贼。戚继光领命后引兵先进攻横屿，横屿四面水路险隘不易通行，戚继光命将士们每人手持一束稻草，填壕而进，大破横屿倭寇，斩首两千二百余级。而后，戚继光乘胜追击，杀至福清，捣毁牛田，端了倭寇巢穴。倭寇余党慌忙逃往兴化，戚继光也不停歇，一路狂追，又捣毁倭寇据点六十余营，斩首无数。
戚继光平定福建倭患后班师回浙江，行至福清，遇见少量倭寇从东营澳登入，戚继光率兵急攻，斩首二百人。经过几番战斗，闽广一带的倭寇几乎被戚继光杀光了。
戚继光回到浙江后，从日本国本土而来的新的倭寇又伺机侵略，他们人数日益壮大以后，袭击兴化，但围攻了好几个月都没有攻下来。而此时刘显派了八个人带着书信到兴化传达信息，被倭寇拦杀，倭寇就换上刘显使者的服饰骗开城门，趁机攻陷了兴化城。
倭寇攻陷兴化后，刘显率兵逼近兴化，但因为兵少，刘显不敢擅自攻城，却因此被弹劾，背负罪名。而福建总兵俞大猷也表示需要有大军合围。
公元1563年（嘉靖四十二年），朝廷以谭纶为右佥都御史，巡抚福建前来支援，而都指挥欧阳深却中了倭寇埋伏搏战而死，倭寇遂占据平海卫。4月，戚继光率领浙江兵前来支援。戚继光到后，谭纶立刻筹备对倭寇的总攻，先在各海道上环立栅栏阻断倭寇归路，而后谭纶以刘显为左军，俞大猷为右军，谭纶自领中军，以戚继光为先锋，围攻平海卫，一举告破，斩首两千余级，戚继光等率兵追击，倭寇道路不通，又被斩杀三千多人。于是刘显等复兴兴化。朝廷以戚继光先前横屿大战，录前后战功，以戚继光为都督同知，世荫千户，代替俞大猷为总兵。
公元1564年（嘉靖四十三年）2月，倭寇余党纠合一万多人围攻仙游，打了三天，戚继光率兵前往解围，倭寇败走，戚继光率军追击，追至王仓坪，斩首百余级，不少人都坠于悬崖摔死。余党数千人逃走占据漳浦蔡丕岭。戚继光分五哨（古代军事编制单位）将士攀岩而上，与倭寇短兵相接，连俘带杀一百多人。剩下的倭寇劫掠渔船逃到海上，而后侵扰福宁，戚继光率领李超等前往将其击败，又乘胜追至永宁，杀死三百多人。
同年，潮州倭寇聚众两万，与海盗吴平互为掎角之势劫掠潮州，俞大猷率兵杀败倭寇，并将吴平招降，让吴平驻扎在梅岭。但不久之后，吴平纠合被明军击败的流散倭寇一万多人，伙同林道乾、曾一本先后在走马溪、泊浦澳登陆，洗劫南村堡和港口村。戚继光即刻率军前来围剿，吴平得知后放弃之前据守的梅岭，集合大船一百多艘，逃入南澳，并修筑大寨防御。
公元1565年（嘉靖四十四年），俞大猷率领水军，戚继光率领步兵，二人合力围剿吴平，吴平破败，孤身逃往凤凰山。
公元1567年（隆庆元年），给事中吴时来向穆宗上疏，建议让戚继光、俞大猷等人训练蓟门一带的士兵，但朝议后决定只任命戚继光即可。于是朝廷任戚继光为神机营副将。当时谭纶刚刚在辽、蓟一带募集了三万步兵，又在浙江招募了三千士兵，请求让戚继光对其训练，得到了穆宗的许可。
公元1568年（隆庆二年），明穆宗让戚继光训练蓟州、昌平、保定等地的士兵，总兵官以下的官员都受戚继光的节制。戚继光到任后，时蓟州有总兵郭琥，而戚继光为总理，无法统一号令，于是朝廷将郭琥调走，以戚继光为总兵官，镇守蓟州、永平、山海等地。又以戚继光前破吴平有功，进封为右都督。时北蛮子侵略青山口，戚继光引兵将其击退。
公元1573年（万历元年），北蛮小王子与董狐狸谋划进犯，向明朝廷索要赏赐遭到拒绝，于是二人在喜峰口烧杀抢掠，戚继光得知后率兵前往平乱，差点活捉董狐狸。同年夏，董狐狸侵略桃林，被戚继光击退。而后董狐狸的侄子董长昂侵犯界岭，又被击败。董狐狸多次侵扰边境不但没有占到便宜，反而损失惨重，于是献关求赏，朝廷答应其按年给予赏赐。
公元1574年（万历二年），董长昂又入侵边境但无法从关口攻入，于是逼着他的叔父董长秃寇犯边境。戚继光领兵将其击败并活捉董长秃。董狐狸与董长昂率领宗族三百人来到戚继光关前请罪，董狐狸穿素服大哭请求赦免董长秃。戚继光与部下商议后决定接受其投降，董狐狸于是将劫掠的百姓放回，并发誓不再反叛。自此董狐狸与董长昂再也不敢侵犯蓟门。
戚继光镇守的蓟门固若金汤，北蛮子无法攻入，于是转而进犯辽东，戚继光率兵增援，协助辽东守将李成梁将其击退。朝廷封戚继光为太子太保，又进封少保。
公元1582年（万历十年），朝廷里内阁首辅张居正病逝，给事中张鼎思趁机上言戚继光不应该放在北方，于是戚继光被朝廷调往广东。
公元1585年（万历十三年），给事中张希皋再次弹劾戚继光，戚继光因此遭到罢免，回乡后病故。
郑观应曾说过：“古之为将者，经文纬武，谋勇双全；能得人，能知人，能爱人，能制人；省天时之机，察地理之要，顺人和之情，详安危之势。凡古今之得失治乱，阵法之变化周密，兵家之虚实奇正，器械之精粗巧拙，无不洞识。如春秋时之孙武、李牧，汉之韩信、马援、班超、诸葛亮，唐之李靖、郭子仪、李光弼，宋之宗泽、岳飞，明之戚继光、俞大猷等诸名将，无不通书史，晓兵法，知地利，精器械，与今之泰西各国讲求将才者无异。”