似此国中扰乱不已，人人将受其害。数十年间，中国将无太平之日矣。他甚至认为，中国数百年来号称专制，其实专制并不完善。于是，就职伊始，便极力加强专制独裁统治。首先是破坏责任内阁。袁世凯就任民国临时大总统后，经其提名、参议院通过，任命僚属唐绍仪为内阁总理，唐绍仪提名各部总长。
10名阁员中有4名为同盟会员，尽管他们只占司法、教育、农林、工商4个被称为“冷衙门”的部门，然加上唐绍仪后来也加入了同盟会，此届内阁仍被人们称为“同盟会内阁”。袁世凯发现，责任内阁成了他施政的阻力与障碍，事事都要通过内阁，重大法令必须经国务员副署才能生效，原以为能言听计从的唐绍仪也发生了变化，主张与同盟会合作，强调遵守约法、对国家负责，发挥责任内阁的作用。于是，袁世凯故意架空唐绍仪，指使内务总长赵秉钧等不服从唐绍仪的领导，处处刁难排挤唐绍仪，直至使唐绍仪及同盟会国务员全体愤然辞职。教育总长蔡元培、司法总长王宠惠、农林总长宋教仁、署工商总长王正廷（总长陈其美未到任），于6月21日、22日两次联袂辞职，袁世凯不准。
7月初，四人又赴总统府向袁世凯面辞。
袁世凯道：“我代表四万万人挽留总长。”蔡元培答：“元培亦对四万万人之代表而辞职！”同盟会阁员坚辞，正合袁世凯心意，加之财政、交通总长也已辞职，袁世凯便任命亲信赵秉钧代理国务总理，采用威逼恐吓之法迫使参议院通过补充阁员名单。赵秉钧上任后，对公文概不批示，一切事务均直接请示袁世凯办理，责任内阁完全成为临时大总统袁世凯的附属机关。其次是镇压国民党。1912年，孙中山将所领导的同盟会改组为国民党，并试图组织政党内阁，对袁世凯的权力加以限制。因此，袁世凯把国民党视为实行集权的最大障碍，策动北洋军警干涉政治，逼迫国民党人退出内阁，裁减南方各省的革命军队。
国民党争取参众两院多数席位、组织政党内阁的活动中，宋教仁首当其冲。宋教仁字钝初，号渔父，湖南桃源人，是实际主持国民党的代理理事长（孙中山为理事长）。他认为共和国家必须实行政党内阁，国民党必须争取议会多数。在他和国民党人的共同努力下，参众两院的初选和复选，国民党获得占压倒多数的席位，成为国会中的第一大党。
1913年3月20日，宋教仁拟乘火车离沪北上，晚10时，在上海车站突遭凶徒枪击，因伤势过重抢救无效逝世，年仅三十二岁。
去世前，宋教仁口述致袁世凯遗电：愿大总统开诚心，布公道，竭力保障民权，俾国会确立不拔之宪法。宋教仁惨遭暗杀，震惊全国，强烈要求查拿凶手，国民党更深知此“非仅二三奸徒为之，而内幕中必有政治关系有力之人为之指使”，决定组织特别法庭处理宋教仁被杀一案，强烈要求严惩幕后指使人。
袁世凯起初故作“愕然”：“有此事乎？钝初，中国特出之人才也！再阅数年，经验宏富，总理一席固胜任愉快者。何物狂徒，施此毒手！”立即批准给予巨额优恤，并命查明宋教仁子数，派遣游学深造。但随着事态的发展，国民党人侦缉、掌握了大量证据，使宋教仁被杀案的真相昭然天下，原来暗杀宋教仁的主谋正是袁世凯和赵秉钧。
具体指挥者是上海帮会头子应桂馨，直接凶手是被裁而流亡上海的前滇军管带武士英。
一时间，激烈抨击袁世凯的舆论铺天盖地而来：
北京政府是“杀人政府”、“强盗政府”、“专制政府”、“背叛民国之政府”，“杀宋者袁，破坏民国者亦袁”！有的更入木三分地揭露袁世凯此举的真正目的在于“厉行专制”，为“变更国体”张本：以堂堂民国之大总统、国务总理而行此心狠手辣之暗杀，是则古今中外所未闻，而为人神所共愤，天地所不容者。夫袁赵之杀宋，志不仅在杀宋也，所以去平民政治与政党内阁之主张者，藉以放胆厉行专制，为变更国体而张本也。袁世凯恼羞成怒，决心武力消灭国民党。他公然践踏刚刚成立、国民党占多数席位的两院国会权力，在国民党公布宋教仁被杀案真相的4月26日当晚，命赵秉钧等违法与英、法、德、俄、日五国银行团签订了2500万英镑的“善后大借款”，作为发动战争的军费。
7月上旬，孙中山在上海召开国民党会议，决定发动“二次革命”，兴师讨袁。袁世凯当即派北洋军南下，迅速镇压了孙中山发动的“二次革命”，把北洋政府的势力伸向长江流域各省。暗杀宋教仁的一干凶手均无好下场。武士英当时即在狱中被毒杀灭口。应桂馨越狱，“二次革命”后回到北京向袁讨赏，被袁派人乱刀砍死。
赵秉钧因此发了几句牢骚，不几天突然七窍出血而亡。此是另话。再次是强迫国会选举他为正式大总统。袁世凯以若要取得外国承认、使国家免受瓜分之祸，必须先选出总统为由，首先强迫国会改变先订宪法、后选总统的程序，于1913年10月6日进行正式大总统选举。当天，袁世凯收买的便衣军警、地痞流氓数千人，打着“公民团”的旗帜包围了国会，高喊“今天不选出我们中意的大总统，你们就休想出会场一步”，在会场外面捣乱。
议员们从早上8时到晚上10时，忍饥挨饿，连选三次，最后屈服于袁世凯的武力，将袁世凯捧上正式大总统的宝座。据说，选举时袁世凯在办公处所十分紧张，不时打探消息，绕室彷徊，面笼严霜，直到最后揭晓勉强达于规定票数方颓然坐下。耐人寻味的是，新“选”出的民国正式大总统袁世凯，随即于10月9日给清逊帝溥仪呈上了一份明白宣示袁世凯与前清的政权授受关系的报告。这份报告使前清遗老重新燃起了复辟旧梦，使革命党人对袁世凯的下一步野心不寒而栗。
报告全文如下：中华民国大总统谨致书大清皇帝陛下：前于宣统三年十二月二十五日奉大清隆裕皇太后懿旨，将统治权公诸全国，定为共和立宪国体，命袁世凯以全权组织临时共和政府，合满汉蒙回藏五族完全领土为一大中华民国。旋经国民公举，为中华民国临时大总统。受任以来，两稳于兹，深虞险越。今幸内乱已平，大局安定，于中华民国二年十月六日经国民公举为正式大总统。国权实行统一，友邦皆已承认，于是年十月十日受任。凡我五族人民皆有进于文明、跻于太平之希望。此皆仰荷大清隆裕皇太后暨大清皇帝天下为公，唐虞揖让之盛轨，乃克臻此。我五族人民感戴兹德，如日月之照临，山河之涵育，久而弥昭，远而弥挚。维有董督国民，幸新治化，恪守优待条件，使民国巩固，五族协和，庶有以慰大清隆裕皇太后在天之灵。
用特报告，并祝万福。
再次是解散国会，废除《临时约法》。
11月4日，新任民国正式大总统袁世凯过河拆桥，下令解散国民党，非法收缴350余名国民党员、80余名前国民党员及跨党人员共计438名议员的证书、证章，使国会不足法定人数无法开会而名存实亡。宪法起草委员会20多名国民党议员被取消资格，加上辞职人员，也无从开议而宣告解散。
1914年1月10日，袁世凯正式下令解散国会。袁世凯所解散的国会系根据民国元年制定的《临时约法》产生。而《临时约法》被一些人认为具有“紧箍咒”作用，能够以议会制和责任内阁制限制袁世凯的权力。国会既已解散，袁世凯即着手废除《临时约法》。解散国会以前，袁世凯已成立了一个完全由他的亲信官僚、政客组成的“政治会议”，作为他的咨询机关。按照他的意旨，政治会议建议成立“约法会议”，制定一个适合他所需要的约法以代替《临时约法》。
1914年3月，袁世凯召开约法会议，并为这个会议规定了“约法增修大纲”。在他“国会专制，固不适宜，内阁集权亦多窒碍”，唯总统制最为有利的指导思想下，“约法增修大纲”的要点是：
1.取消议会制。“外交大权绝对归于大总统”，“官制官规制定权及官吏任免权”也都属于大总统，不需要经过议会。且大总统有权不经过议会“发布与法律同等效力之政令”，有权“以教令为临时财政处分”。
2.取消责任内阁制。不设国务总理，政府各部总长“均直隶于大总统”。
3.取消民主制，“关于人民的权利，其褫夺恢复等，得由大总统自由行之”。
根据此大纲，约法会议草草炮制出一个“字字皆袁氏手定”的所谓《中华民国约法》。新《约法》规定，“大总统总揽统治权”，凡一切内政、外交、军事、制定宪法和官制、任免大权，统由袁世凯独揽；撤销国务院，成立政事堂和陆海军大元帅统率办事处，由袁世凯独揽军政实权；成立一个类似议会、无权监督大总统而只能听命于大总统的“立法院”和一个名为“参政院”的咨询机关。1914年5月1日，袁世凯宣布废除具有民主主义精神、作为辛亥革命标志性成果的《临时约法》，代之以袁氏《中华民国约法》。
8月，参政院秉承袁世凯意旨，制定了《大总统选举法》（12月29日公布），规定大总统任期十年，可连选连任。选举大总统由参政院和立法院各推五十人进行，且参政院“认为政治上有必要时”，可以“议决现任大总统留任”而不用进行选举。更有一项奇特规定：继任大总统的确定，犹如清室的秘密立储，由现任大总统预先确定，写在“嘉禾金简”上，密藏于“金匮石室”中；到选举时，人们只能打开石室，取出金简，照单“选举”。所以当时舆论认为，袁世凯不但有终身任总统、终身独揽统治权的保证，而且由于有权指定继承人，还能够传位给自己的儿子。这样，除了一块“中华民国”的空招牌，袁世凯已和专制皇帝没有区别。
洪宪帝制
袁世凯从临时大总统到正式大总统，进而成为终身总统。传统观点以为，袁世凯的野心没有满足，利令智昏，竟然违背历史潮流，梦想恢复帝制。近年来一些学者认为，袁世凯既在其位，便要为所欲为，身体力行，贯彻他以中国国情唯宜实行君主立宪之思想，遂示意心腹爪牙四处活动，制造舆论，声言共和制度行不通，只有改为帝制，国家才能富强。帝国主义列强则希望袁世凯作为铁腕的独裁者加强对内控制，以便通过袁世凯扩大其在华的侵略势力。
1914年前后，英、美、德等国先后怂恿袁世凯称帝。日本也以支持袁世凯称帝为交换条件，夺取大量权益。而袁世凯为了去掉“民国”这一牌号也极力寻求帝国主义列强的支持，大肆出卖国家主权，为复辟帝制积极做准备。据不完全统计，袁世凯当权的几年里，和外国侵略者先后签订过100多个不平等的合同、协定和条约。
1914年8月，第一次世界大战爆发。欧洲列强无暇东顾。日本借口对德宣战，派遣军队登陆山东半岛，企图夺取德国在山东的侵略地位。袁世凯政府竟宣布“局外中立”，听任日本武装占领胶济铁路全线及青岛。
1915年1月18日，日本公使向袁世凯提出臭名昭著的“二十一条”。他一面恫吓袁世凯：中国革命党人与日本“政府外许多有钱有势的日本人保有十分密切的联系”，“除非中国政府给予友谊的明确证明，日本政府也许不可能阻止这些人在中国煽动骚乱”；一面引诱袁世凯：“如果总统现在接受这些要求”，“日本政府以后可能对袁总统提供帮助”，并露骨表示，“中国如欲改国体为复辟，则敝国必赞成”。
“二十一条”分为五号：第一号四条，中国政府承认日本享有德国在山东的一切权利，并加以扩大；第二号七条，要求将旅顺、大连租借期限及南满、安奉两铁路期限延长为九十九年，并承认日本在南满及内蒙东部的特殊权利；第三号两条，中日合办汉冶萍公司，未经公司同意，不准他人开采附近矿山；第四号一条，中国沿海港湾及岛屿，不得租借或割让给其他国家；第五号七条，要求中国政府聘用日本人为政治、财政、军事等顾问，中国警政及兵工厂由中日合办，将武昌至九江，南昌至杭州、潮州间之铁路建筑权给与日本，允许日本在福建省有投资修筑铁路及开采矿产的优先权。
这是把中国变成日本殖民地的无理要求，连曹汝霖都说：“日本这次提出‘二十一条’，包罗万象，集中大成，势力由东北、内蒙以至闽、浙，权利由建铁路、开矿产以至开商埠、内地杂居。甚至第五项要求政府机关设立日本顾问，两国用同一军械，警察由日本训练，小学用日本教师，日本僧人到内地传教。
凡此苛刻条件，思以雷霆之压力，一鼓而使我屈服。若使遂其所欲，直可亡国。”然袁世凯政府竟派出代表同日本公使进行秘密谈判。在谈判期间，日本以“换防”为名，增兵大连、青岛、塘沽等地，进行武力威胁。经过几个月的秘密谈判，5月7日，日本发出最后通牒，限48小时内答复。