郑观应到轮船招商局两年，局内的业务平稳上升，原先濒死的招商局看起来又有了生机和活力。而在这两年中，郑观应并没有什么大的实权，李鸿章似乎是要考察他的工作能力，没有给他什么实际的官职。两年后，李鸿章正式任命郑观应为轮船招商局的总办，没想到郑观应却一口回绝了。
郑观应拒绝接受任命的表面原因，是因他管理经营的上海机器织布局破产，已无心气再接受大的委任。而真正的原因在于，他在招商局呆了两年，将招商局内部的各种关系看得很透，官督商办说起来好听，商方负责赢利，官方负责监督，可实际上官方控制很严，商人发展很难。他在一封给唐廷枢的信里道出了自己的心声：招商局虽说是官督商办，可各个总办、会办、帮办都是由北洋大臣任命的。虽然如今李公任北洋大臣，器重我，支持我的工作，可李公总不会永远担任北洋大臣，掌握实权。我恐怕将来招商局有了起色的时候，北洋大臣已经是张公、王公、赵公了，他们可不会像李公那样信任我们，听了别人的谗言，很容易不问是非就轻易把我们扒拉到一边了，那我们这么多年不是白干了吗？再说像我们这种人，每天只知道干活，说话办事也不懂避嫌，又不会干溜须拍马的行当，一旦有个好歹，连个援助的人都没有啊！
就在郑观应犹豫着干不干的时候，盛宣怀回来了。盛宣怀回来的直接原因是徐润在上海金融倒账风潮中破了产，盛宣怀受李鸿章指派来招商局查处整顿。查处完毕，盛宣怀调任天津海关道，但没有放手轮船招商局。他坚持“非商办不能谋其利，非官督不能防其弊”的新认识，坚持自己的官督商办。盛宣怀的官督商办与以前不同的是设了由他自己担任的官方的督办，取消了以前商方的总办，几个会办也都带有官的性质，看起来更像是官督官办。幸好盛宣怀本人有钱，有强烈的商人倾向，对上述的缺陷起了一定的弥补作用。
既任督办，盛宣怀决心“借鉴补救前人的错误，逐渐恢复招商局的宏图”。
第一是清理账目。以前招商局账目不清，无法考核。盛宣怀命令把前后账目划清归类，并且实行账目公开，不论过多少年之后，每笔账目多了还是少了，多了因为什么原因，少了花到哪里都能一目了然。
第二是赎回典卖给旗昌洋行的招商局船产。中法战争爆发后，为保住招商局，盛宣怀把船产卖给了美国旗昌洋行。卖出去容易，赎回来难。出卖船产时，契约上只写明了卖出的条款，忘了提买回的事，旗昌洋行趁机想把船产据为己有。盛宣怀费了九牛二虎之力才迫使旗昌洋行同意招商局以原价把船产收回。招商局刚刚复兴，万事都需银两，盛宣怀决定向汇丰银行借款30万镑。汇丰提出了很多苛刻条件，盛宣怀在大的方面据理力争，不至关紧要的方面都表示接受。他之所以如此是对招商局的发展充满信心，后来的结果也证明盛宣怀是正确的，招商局的经营发展良好，汇丰的苛刻条件大都没有实现。
另外，盛宣怀高喊“官督商办”的口号，也并非只是为了强调自己这个督办的权利。在当时的条件下，官方确切地说就是李鸿章的参与，给轮船招商局带来了许多实惠和优惠，没有这些关照，招商局根本就不能存在这么久，并且断断续续一直在发展。李鸿章也说：“每当此局危急的时刻，都是官方出面维持，或是投入资金，或是减免关税，才使得招商局日见起色。”
招商局最大的客户就是国家，为国家运输漕粮是招商局的重要任务。可是每次运输米粮到湖北，回来的时候总是空船而归，按照规定，空船过各关口的时候和满载的船收税是一样的。李鸿章下令，在他所管辖的北洋范围内的三个关口，招商局的空船免去二成的关税。尽管免去二成，空船而归还是不合算，李鸿章又网开一面，规定湖北运往外地的茶叶，如果是搭载招商局的轮船，每百斤茶叶只交六钱银子的出口税就行了，如果再进口则不必交税。这项优惠只适用于轮船招商局的船只，其他船只不可享受。在中法战争期间，外国公司为了挤垮轮船招商局，一起压低船运费用，他们所开的低价实际上是赔本的。李鸿章允许招商局在为国家运输漕粮的时候，可以把价格略微抬高，比外国公司高一点，以保证不亏本。轮船招商局从建立至此时，亏欠官债和洋债加起来将近二百万两。如今虽然经济好转，但官债洋债一起归还还是有困难的，于是官债可以先不还，先还洋债，以免多交利息。至于官债嘛，都是一家人就把利息免了吧，等洋债还完了再说……所有这些优惠在轮船招商局的发展和恢复中都是必不可少的，这就是盛宣怀一定要坚持官督商办、坚持跟着李鸿章走的好处。他把这种关系叫做“宣怀在下面坚持，老师（李鸿章）在上面批准”！
招商局在盛宣怀接管以前就雇有一些洋技师，他自己在办理其他洋务的经历中也认识到聘请洋技师是十分必要的，可问题在于局里原来的洋技师多而且滥，分工不明，约束不严，极难管理。盛宣怀当上督办后，拿这些人开刀整顿局里的风气。比方说他查出总大车罗贝一点本事也没有，就派尉霞当总大车，而且还兼任船主，一人负责两份工作。盛宣怀没有因为尉霞是老外给他面子，规定他同样有几个月的考察期，考察期间只给工钱，不签合同，如果考察不合格，立即开除出局！一旦通过考察，盛宣怀就给予外员同样的信任。有人说许多人对尉霞有微词，盛宣怀不以为然：“好多事务都由尉霞一人调动，没有流言倒奇怪了！”盛宣怀还规定洋人不准饮酒，如果发现醉鬼立即开除。经过他的调教，招商局的洋员数量少了，工作效率提高了，每年节省下来的洋工资就近万两！
在盛宣怀和李鸿章的努力下，轮船招商局不但还清了洋债，而且还清了国债。可好日子没过几天，危机又来了，以前和太古、怡和两个老对手所签的齐价合同到期。本应谈判续约，太古、怡和却毫无诚意，并联合起来展开了跌价竞争，排挤招商局。盛宣怀制定了“对外表现出姑且与他们应酬的样子，内部则抓紧招揽客货生意，准备同他们决斗到底”的战略方针。
太古首先在汉口展开攻势，运费从七八折降到五六折，接着是三四折，最后竟跌到一折、五厘的低度！怡和也不甘示弱，跟着跌到了一折。如此优惠的价格简直乐疯了客户，他们蜂拥而至太古、怡和去运输货物，招商局的门庭登时冷落下来。盛宣怀面对压力镇静分析了各方面的情况，认为不可能所有的业务都跑到太古、怡和，总会有因航线不合适等原因的客户到我们这里来，招商局的折扣只打到三点五到四折，只要有生意来，我们就座看太古的一折、半折能坚持到什么时候。他还注意到太古和怡和之间不是铁板一块，太古一直就看不起怡和，而怡和负气对太古不能相让。盛宣怀决定利用二者之间的矛盾，联合怡和对付太古。他始终坚信，做生意以赢利为主，没有哪一家公司会离开“利”空谈“义”。太古的折扣以排挤招商局为主，谈不上赢利，绝对坚持不了多长时间。他总结商战的经验说：“能战然后能守，能守然后能和，没有不能战不能守就和的道理。古人说得好，只有势均力敌才有和谈的基础，如果我们事事迁就，委曲求全以求和好，他们见我们底虚了，必定要提出许多非分要求，那样我们就势必吃亏才能求得和议。”
最后的结果是太古、怡和坐到了谈判桌前，与招商局再一次签订齐价合同。齐价合同签订后，招商局的赢利猛增了二十多倍，以后更是逐年稳步上升。轮船招商局经过官商的共同维持、李鸿章和盛宣怀的共同努力，终于在自己的国家站稳了脚跟，和外国轮船公司争利了，这正是李鸿章开办民用企业的目的。
李鸿章对盛宣怀的工作很满意，然而他更满意的还是自己首创的“官督商办”企业形式的成功。