但是，林彪当时是中共中央和中央军委的副主席，并主持军委的日常工作。叶剑英的处境非常困难，他所坚持的正确意见遭到反对。然而，历史是公正的裁判人。叶剑英建议推广的郭兴福教学法以及由此所掀起的全军群众性练兵热潮所取得的成就和成功经验，对人民解放军现代化建设所发挥的作用是永远抹煞不了的。
四领导全军院校工作
叶剑英在领导全军部队训练的同时，大力领导军队院校工作。他认为，建设一支优良的现代化的革命军队，干部训练是一个重要环节。现代战争既然需要大量的兵员，就必然需要大量的干部。科学技术的发展，部队装备的改善和战争情况的紧张、复杂，不仅需要大量具有高度政治觉悟和现代科学知识并善于组织指挥现代战争的军政干部，而且还需要大量又红又专的各种专业技术干部。培养干部是“百年树人”的工作，如果不培养、储备大量的干部，那么即使将来国家供给我们最新式的技术装备也是无法掌握的。为了满足建军和未来战争的需要，必须大办学校。
叶剑英身体力行，用很大的精力从事院校建设工作。他经常了解院校建设的情况，出席院校工作会议，深入院校第一线，亲自听教员讲课，进行讲评，对院校训练给予具体的指导。从1955年开始，他先后主持召开了14次小型院校工作座谈会，听取各方面的意见，着手制订全军院校培训干部的规划。以后又多次出席了全军院校工作会议。在全军院校政治教育教学改革会议上，叶剑英从十个方面回顾了“抗大”的基本经验：（一）有正确的方针；（二）有坚强的领导；（三）有良好的校风；（四）有正确的教学原则；（五）教学内容少而精；（六）学制短；（七）教学方法生动活泼；（八）重视教员队伍的建设；（九）十分重视政治教育；（十）自力更生、勤俭办校。他号召各院校“以‘抗大’做榜样，向‘抗大’这个目标前进”。他提出，办校中要贯彻毛泽东倡导的一切从实际出发的干部训练方针，坚持理论联系实际、直接为战争服务的办校方向。
叶剑英向各军事院校提出的一个根本要求，就是要把院校办成培养军事人才的基地，保证训练出合格的学员。他指出，所谓合格，除政治条件外，就是使培养出来的干部能够打仗，能够在原子、化学条件下组织全军的训练，能够运用新的指挥方法组织和实施指挥，并且在组织性、纪律性方面，成为部队的典范。为此他提出要从各个方面创造条件：首先必须加强军委各总部、各军种、各兵种对院校的领导；第二，必须责成各院校的党委和首长加强对本单位的训练工作的领导，党委书记一定要管训练；第三，提高教员质量，培养一支优秀的教员队伍；第四，选好课题，编好教材，改进教学方法；还有一点，必须提高学员的素质，保证选送的学员要符合标准。
为了培养出合乎规格的学员，叶剑英强调要加强德育、智育、体育的训练。他说：“现代战争中，指挥员要善于掌握新武器，能组织和发挥新武器的综合能力。不论陆、海、空军和防空军都要在同时、同地发挥综合的力量，以歼灭敌人。没有强健的体质，不能忍受现代战争昼夜连续的战斗活动；没有高度政治觉悟，不能忍受这样大的杀伤和破坏；没有现代知识，不能掌握和发挥新武器的综合力量，没有这些，就不能成为现代条件下的军官。”
经过几年实践，叶剑英在1959年12月21日召开的全军训练工作会议上，根据当时全军干部情况，提出三年全训干部的规划，即争取在1960年到1962年这个关键性的三年内，把全军未经学校训练的干部，轮训完毕，补齐缺额。
为了实现这个目标，叶剑英主张建立和完善教学体制。院校体制实行“三级制”，就是由士兵、军士晋升为尉官时，或在尉官：任职时期没有经过正规学校训练的干部（包括营以下指挥员和相应的参谋人员），必须入步兵学校受一次完成教育；由尉官晋升为校官，或在尉官、校官任职期间没有进过正规学校学习的干部；（包括正营以上、副师以下的指挥员或相应的参谋人员），必须入军事学院受一次完成教育；由校官晋升将官，或在将官、校官任职期间没有进过正规院校学习的干部（包括各军种、兵种正师以上的军政后干部、高级参谋人员和校以上的学术研究干部），必须入高等军事学院受一次完成训练。
在训练程式上，叶剑英提出“两股绳”，即军官训练分“完成”和“速成”两种，将普及与提高结合起来。“完成训练”采取“三级；制”的方法进行。“速成训练”，主要是根据战术、技术的发展，有重点地而且多样地解决干部在服役期间的深造与提高问题。其方法是采取轮训或集训。要求学习内容少而精，学习时间短而少（一年以内）。毕业后通常是留任原职。叶剑英主张各级各类院校都必须认真学习马列主义、毛泽东思想，特别是毛泽东军事思想。他提倡结合实际的学习方法，强调理解精神实质，学会正确运用。
在领导院校的工作中，叶剑英并不满足已经取得的成绩和经验，而是适应新的形势，不断革新前进。他要求全军各院校，围绕教学思想、教学制度、教学内容、教学方法、教学作风五个方面不断进行改革。1962年5月至7月，叶剑英先后对高等军事学院和军事学院的教学工作进行了检查。他于9月30日，向中央军委作了《关于改进高等军事学院和军事学院教学工作的报告》，针对“两院”教学工作中存在的主要问题，提出了改进意见。他建议进一步明确训练任务、内容和学制；加强教员工作，充分调动教员的积极性；在科学研究的基础上，逐步修改教材，提高教材质量；加强学术领导，严格教学要求，发扬教学民主，健全教学制度，等等。此报告于1963年1月经军委批准，转发全军执行。
为了进一步整顿院校，加强领导，叶剑英于1964年10月到长沙政治干部学校召开全军院校政治工作会议。10月22日，贺龙主持召开第四十九次军委常委会，专门研究院校工作问题。叶剑英汇报了这次院校工作现场会情况及院校整风的意见，得到贺龙的赞同。叶剑英在总结推广该校先进经验之后，又于11月上旬主持召开第十次全军院校会议，研究教育改革和院校整风问题。根据军委关于院校整风的决定，他亲自到一些院校调查研究。按照政治、指挥、技术、医务的系统，连续主持召开西安空军第四高级专科学校、全军工程技术院校教学改革现场会和北京全军院校政治教育教学改革会议，以及大连全军指挥院校教学改革会议，从各个方面提出了改进院校工作的意见。
正当叶剑英以他渊博的学识和丰富的办学经验，为军队院校建设、现代化建设大显身手的时机，林彪及其一伙则背后施放冷箭，加以干扰破坏。叶剑英在困境中，仍然排除干扰，坚持正确方向。当时林彪鼓吹“院校学制要缩短，军事学院一期三个月、五个月就行”。叶剑英针锋相对地提出，军事学院的学制，完成系至少两年，速成系至少一年。有一次，张震向叶剑英汇报这个问题，他听了后气愤地说：“我在黄埔军校时就管教育处，黄埔军校的教育计划是我拟订的，难道这个常识问题我还不懂吗？学制适当缩短一些不是不可以，问题是改成三个月、五个月一期，那就不叫培训，而是变成短训、轮训性质了。三、四个月时间，只能轮训一个课题。要培养出一个合格的军校学员，没有两年以上的时间是不行的。”为了抵制林彪的错误主张，叶剑英曾当着毛泽东的面据理力争，司惜未被采纳。林彪反革命集团覆灭后，邓小平适时提出把教育训练提高到战略地位，粉碎江青反革命集团后，又作出恢复军队原有院校的重大决策。叶剑英非常高兴。向张震说：这样做就好了！大砍院校，对军队训练工作破坏很大，今天要下决心把院校办好。他要求全军院校领导班子必须坚持革命化原则，搞好团结；院校体制要进行合理调整，任务要适当下放；在军事教学中要坚持学习毛泽东思想；要培养高质量的受部队欢迎的学员等等。所有这些对当年林彪的干扰破坏起到了一定的抵制作用，使得全军院校在一个时期里尚能保持正常的秩序，取得了新的成绩。
五元帅余事付讴歌
叶剑英在积极投入全军军事科研和教育训练的领导工作，致力于国防和军队现代化建设期间，还奉中央之命，从事外事活动和其他工作。1958年，他相继访问印度、波兰。1960年、1961年，他曾两次率中国党政代表团和军事友好代表团访问越南，写下了《重访河内》、《敬赠胡志明主席湘妃扇》等诗篇：“重访亲邻瞬隔年，中南光景倍增妍”，讴歌中越两国领袖和人民之间友谊长存。1963年，他随刘少奇主席访问朝鲜，填《水调歌头》词一首，祝愿“中朝友谊，鲜血凝成万代长”“放眼观天下，旭日耀东方”。
这一年12月，罗荣桓元帅不幸逝世。他以极其悲痛的情怀，写下两首悼诗：
（一）
毕生战斗明敌我，侪辈庄严一典型。
大业方兴公竟逝，哀歌声里起雷霆。
（二）
严明公正三军冠，苦学力行不尚言。
东海朝阳南山月，清辉漫洒在人间。
这一年，叶剑英怀着对毛泽东主席的深厚情感，专程访问了湖南韶山，热情歌颂衷心爱戴的导师，写下了“欲溯河源到星宿，韶山风物耐人思”的名句。
1964年秋，叶剑英在大连开会，有感于国际形势的动荡、苏联国情的演变，吟成一首七律《远望》：
忧患元元忆逝翁，红旗缥缈没遥空。
昏鸦三匝迷枯树，回雁兼程溯旧踪。
赤道雕弓能射虎，椰林匕首敢屠龙。
景升父子皆豚犬，旋转还凭革命功。
这首诗由董必武辗转传到北京，发表在1965年10月16日《光明日报》上。毛泽东看后十分欣赏，熟记在心。1965年年底毛岸青和邵华来看望他，便当场一字不错地默写给他们夫妇，并嘱咐他们向叶伯伯学习，好好干革命。后来，他们把毛泽东手书稿送给叶剑英，附信云：“父亲对伯伯是很尊敬的，对伯伯的诗也是十分喜爱的。”“父亲是那样喜爱伯伯这首诗，不仅把诗中旬句都记入脑海，而且连什么时候，刊登哪个报纸都记得。”可见，毛泽东对叶剑英诗词的熟悉和珍爱了。叶剑英在自己的诗词中不止一次地称毛泽东为导师，他热爱毛泽东的诗词，并在诗词创作中借鉴毛诗。毛泽东推崇中国古代诗词大家，但在通常情况下很少评论当代诗人，而对叶剑英却是很少的例外。他称赞叶诗“酣醇劲爽，形象亲切，律对精严”，他在给陈毅的谈诗信中，说“剑英善七律，董老善五律，你要学律诗，可向他们请教。”叶剑英和毛泽东之间存在着一种特殊的友谊，那就是“同声相应、同气相求”的深厚诗交。