1961年4月，叶剑英在广州主持召开中央军委条令验收会议，由军委条令验收委员会验收三本条令：《合成军队战斗条令概则》、《连以下步兵战斗条令》、《空军飞行条令》。会前，林彪对条令本来是肯定的。但会议一开始，他就变了调，妄图全盘否定。他暗中组织一个班子，重新编写条令，强行塞进他的私货。结果使会议出现了大的争论，造成思想混乱，拖延了时间。在这种情况下，叶剑英亲自进行大量艰苦细致工作，说服到会的同志，坚持以毛泽东思想为指针，结合实际进行审修并验收条令。凡是合理的正确的意见，尽量吸收进来，使条令日臻完善。在会议总结时，他针对林彪妄图推翻原稿的阴谋，对上述几本条令作了充分肯定，指出：“大家都承认原稿是一个很好的基础。这个看法是对的，不看到这一点是不完全的。”他联系条令的主要内容，进一步说明条令是中国人民及其军队同国内外敌人打了几十年仗的基本经验总结，并同国际上一些军队的条令加以比较，肯定我们的条令是有特色的。
在叶剑英亲自主持下，经过军事科学院和全军共同努力、反复修改的《合成军队战斗条令概则》、《合成步兵战斗条令》、《合成军队军师战斗条令》、《合成军队团营战斗条令》以及《内务条令》、《纪律条令》、《队列条令》、《政治工作条例》等，从1961年至1964年先后经军委批准颁发全军试行。但叶剑英并未满足，他认为编写军队战斗条令和其他条令、条例是人民解放军军事科学研究一项经常的长期的重要工作，并对进一步编写各种条令工作做了新的部署，要求各种条令能够统一配套，争取早日完成。
四摸索符合科研规律的研究方法
研究军事科学需要有科学的方法。叶剑英一贯重视军事科研的方法问题，他曾多次引用毛泽东关于“桥”和“船”的比喻，来说明掌握正确的科研方法的重要性。1959年1月，他在全军科学研究工作会议开幕式上说：“我们要用科学的方法，马列主义、辩证唯物论和历史唯物论的思想方法，自然科学试验的方法，来整理我们几十年斗争的经验，整理成为科学。”他在长时期领导军事科学院工作中，同大家一起逐步摸索和总结出一套符合军事科学研究规律的、行之有效的研究方法。他强调最根本的是要树立实事求是的科学态度，掌握联系实际、联系群众的方法。
（一）“不孤不空”。叶剑英反复告诫大家，研究机关有两怕：一怕孤立，孤立起来研究；二怕空洞，连篇累牍，没有物质的东西。他指出：“研究军事学术最根本的方法是不断深入实际，密切联系群众。学术研究是为了谋求真理。真理来自实践。离开了实践，离开了群众，把自己封在，象牙塔’里去研究学术，那就会变成‘无的放矢’、‘闭门造车’的老学究，对革命非但无益，甚至是有害的。”他要求一切做研究工作的同志必须严格地遵循毛主席的教导，深入到军队训练实践和各项战备实践中去，去开发军事科学理论的源泉。
（二）“上山采药”。叶剑英劝导大家要重视各方面知识的积累，收集资料。他说，资料是学术研究的基础。资料主要来源是实际，书本则是次要的。我们要以李时珍上山采药写《本草纲目》的精神深入到连队的士兵群众、下级干部中间去收集资料。同时，要有目的地收集整理历史的现实的有关研究资料。只有充分占有资料，才能发现问题，说话才能有根据。否则所研究的东西就失去了实际意义，变成无源之水、无本之木，而只是主观空想的东西了。
（三）深钻探宝。叶剑英形象地说：“从事研究工作，就好比地质学家的钻探一样，从一点上深入，针对一点，深入钻研下去，取得我们所需要的宝藏。钻，就是对占有的大量资料加以‘去粗取精、去伪存真、由此及彼、由表及里’，进行综合分析研究。不仅一个问题一个问题、一个侧面一个侧面地去钻，还必须以毛泽东思想为指针，有选择地进行分析研究。把问题一个一个地排列起来，找出关键，否则就会陷入复杂的资料迷雾中，一无所得。”他强调不能孤立地钻，要“一抓，二钻、三产”。“抓”，就是抓资料，这是钻的前提；“产”，就是创造新产品，这是钻的结果。要把调查研究、刻苦钻研、加工制造几个环节结合起来。并要切实把好学术成品质量的关。
（四）发扬学术民主。叶剑英强调指出，学术民主、学术争鸣是开展科学研究工作的必要条件。在学术研究上要贯彻群众路线，造成一种钻研学术的空气。如何处理好学术研究中的民主与集中的关系？他主张“七分民主，三分集中”，要有“科学研究的民主”’“坚持真理的集中”。他参加讨论学术问题时，总是耐心听取各种意见，耳听手记。对那些有价值的意见，注意吸收采纳，并给以鼓励。对于有争论的问题，他主张作“冷处理”，要求女家查资料，找根据，用事实说话，以理服人。他经常告诫身边的同志做到“守常应变”，坚持原则性，注意灵活性。
（五）“牵骡子过桥”。为解决学术研究和编写条令中遇到的困难，叶剑英专门组织了“学术组”，并请粟裕、廖汉生、李夫克等担任正副组长，负责领导。他风趣地用骡子过桥来打比方，说：“你们不是行过军吗？过桥时，所有的骡子都要过桥，可是中间有匹骡子死也不肯过桥，如果不把它拉开，让别的骡子走，一天也走不过去。所谓难题就是不肯过桥的骡子。不把它拉开，老在你们组里啃，十天半月也啃不烂。现在要把这些不肯过桥的骡子拉到粟裕，廖汉生同志那里去处理，其他的就好一一通过了”。他提出先把所有的难题集中，然后把有关这些难题的各种论点集中起来，进行讨论，以求得出一个比较正确的结论。通过这种办法，多年来积起来的难题，就逐步得到了解决。此外，叶剑英还指出，“有计划地生产”、“分工协作，合力攻关”、“建立‘找岔子’小组”、“开展学术比赛”等方法，有效地推动了军事科研工作的进展。
五建立军事技术直观教研馆
如何适应人民解放军合成军队建设发展的需要，迅速提高全军高级干部的现代军事科学技术水平，并将研究、生产、运用三者有机结合起来，促进军事技术的发展？叶剑英经过较长时间的考虑，提出在军事科学院建立一个包括各军兵种、各专业的技术教研馆。他设想，在这个馆里，把各军兵种最新的装备和样品摆起来，让全军各级干部和研究人员随时参观见学，有时间可以住下来学习研究，工作中遇到什么技术问题也可以来馆研究解决。1959年12月7日，叶剑英正式向军委提出建立军事技术直观教研馆的建议，得到了军委的批准。1963年，军事技术直观教研馆基本建成。教研馆总面积5．5万平方米，分10个所，即海军所、空军所、炮兵所、装甲兵所、工程兵所、通信所、防化所、军事交通所、后勤所和综合所等。筹办展出教具、器材1．3万件。1964年至1965年，接受了军委直属院校学员和其他师以上干部8批（包括部分外宾），共1618人的参观和见学任务，还组织了军师干部160人的集训，收到了良好的效果。参观、见学、集训的人员普遍反映，成立军事技术直观教研馆很有必要，这是加强战备的一项重要措施。通过在教研馆的学习，增加了军兵种的专业知识和组织协同动作的知识，开阔了眼界，看到了祖国国防工业建设的发展面貌，受到了鼓舞，增强了保卫祖国的信心。但是，这个深受全军广大干部欢迎的学习场所，后来在文化大革命中却被林彪一伙指令压缩军事科学院而砍掉了。
六发展中国无产阶级的先进军事科学
1971年，叶剑英在林彪叛逃的“九一三”事件后，主持中共中央军委日常工作，工作非常繁忙，但他仍然十分关心军事科学院，不断给予指示，赋予新的任务。有些重大任务，是在他的亲自领导下完成的。以撰写《批判林彪资产阶级军事路线的若干问题》为例，在短短3个多月的时间里，他就3次主持军委办公会议，讨论、审查、修改这个材料。在文件内容上，他逐段逐句逐字地推敲，反复修改。在文件的写法上，他也精心指导，严格把关。通过这个文件的产生过程，使军科的同志们再一次感受到了叶剑英忘我的工作精神和实事求是、一丝不苟的工作态度。
1978年3月，在军事科学院建院20周年之际，叶剑英和华国锋、邓小平、徐向前、聂荣臻以及中共中央、中央军委其他的领导人亲临视察，亲切地接见全院人员。叶剑英还特意撰写了题为《发展我国无产阶级的先进军事科学》的纪念文章。在这篇文章中，他日顾人民解放军历史，进一步阐述军事科学研究的重要性，再一次明确地提出了军事科学研究的任务和方针：“我们军事科学研究工作面临的根本任务，就是高举毛主席的伟大旗帜，完整地准确地学习和运用毛主席的军事思想，以毛泽东思想为指针，总结我军经验，认真研究敌人，有选择地吸取外国军事上的有益经验，探索现代条件下人民战争的指导规律，为国防建设、军队建设和未来反侵略战争的需要服务。”他号召军事科学战线的研究人员和全军指战员，要把加强军事科学研究，发展中国无产阶级的军事科学，作为准备打仗、实现国防现代化的一项迫切任务，作为承先启后、继往开来的一个重大责任。要把一切积极因素调动起来，实行领导与群众相结合，专业研究机关与广大指战负相结合，全军动手，建立和健全全军军事科学研究机构，培养又红又专的军事科学研究队伍。要充分发扬学术民主，制订军事科学研究的规划，促进军事科学研究的迅速发展，奋发努力，攀登军事科学高峰！
七关注全国经济建设和国防建设
叶剑英在开展全军科学研究工作的同时，还十分关注全国经济建设和国防建设。1959年初，他赴广东、海南考察，以欢快生动的笔触写下了《海南鸟》组诗，讴歌“海角天涯今异古，丰收处处秧歌舞”的“南岛韶华”风貌。他视察守备二十一师和西瑁州岛女民兵，鼓励战士、民兵“持枪南岛最南方，苦练勤操固国防”。他参观海南热带作物研究所和石碌铁矿，留下了“四‘十年前旧橡园，将来发展看无边”“石碌青山蕴铁藏，海南工业应提倡”的诗句。这一年，他重返延安、西安等故地，写下“一别延安二十年，延安已改旧时颜”“乡亲呼我最情真，枣子南瓜宴故人”的诗句。在西安参观了搪瓷厂，他鼓励转业到该厂的军人：“手转机轮歌奋进，戎场曾作健儿身，骨干责非轻。”
60年代初，他又去贵州、成都、广州、深圳、肇庆、新会、桂林、兴国、瑞金、上海等地视察，观看昆曲剧团、京昆剧团、广西刘三姐剧团演出，亲切地接见了俞振飞、岳美缇、张询澎、江干、若云、文德等演员，留下了“一笛横陈响太空、英雄高奏大江东。移宫换羽关时局，吹彻东方万古红。”“自拉自唱自抒情，怀满山歌万里行。唱到天涯鸡破晓，一轮红日庆升平”等名篇。他还作东北之行，到长春、哈尔滨、齐齐哈尔等地视察，专程看望大庆油田工人，“预祝高歌唱凯旋”，又登大兴安岭，探“苍苍林海”，提出“资源利用慎材艰”。他在内蒙古党委、军区领导同志引导下，从海拉尔到满洲里，进行了为时七天的呼伦贝尔大草原行，写下了《草原记游》（十首）。“铁道西驰向国门，连天芳草见羊群。”“莫道边城难奋起，人工湖水与云平。”“鲤跳龙门事已陈，乌兰湖畔一番新。”……这些奇妙诗句，情景相生，托兴高远，使边城新貌，鱼雁牛羊，北国莽莽草原风光，尽收眼底，给人以丰富的知趣、清丽的美感和欢快的鼓舞。1965年秋，叶剑英在大连开会，欣逢抗日战争胜利20周年，他手捧《论持久战》，回顾历史，面对现实，心潮起伏，欣然命笔，写下了“唱罢凯歌来灞上，集中全力破石头。一篇持久重新读，眼底吴钩看不休”的名句，热情赞颂了党和毛泽东的军事战略和敢于胜利的光辉思想。他从大连出海，巡视了海洋岛、长山列岛防务，高兴地为守岛官兵题词：“魏武挥鞭看沧海，岂知东海有长城。汪洋灭敌空潜快，岛岸坚防民与兵。”鼓励守卫海边防的战士和民兵，成为抵御强敌的“钢铁长城”，加强国防建设。