一创建军事科学院
20世纪中期，随着现代科学技术的飞跃发展，军事科学领域出现了一系列新问题，世界各国都在努力加以研究和探讨。人民解放军在新中国建立以后，虽然已由单一兵种逐步转变为拥有一定现代化武器装备的诸军种、兵种合成军队，但在军事理论指导上还不能完全适应新形势的发展需要。叶剑英作为主管全军军事教育训练的军委领导人之一，清醒地认识到了这种形势，深感建立与发展人民解放军自己的军事科学，势在必行。他经过调查研究和深思熟虑，于1956年秋向军委和毛泽东主席提出建立军事科学院，全面系统地开展军事科学研究工作的建议。这一具有远见卓识的建议，立即得到了中央军委和毛泽东主席的批准。10月31日，叶剑英主持拟定了《军事科学院组织机构与建院方案》。12月4日，经幸委批准，成立军事科学院筹备委员会，由叶剑英任主任，黄克诚、张宗逊任副主任，彭绍辉、甘泗淇，洪学智、余秋里等任委员。
创办军事科学院，对人民解放军说来是个创举。叶剑英受命后，与筹委会的同志一起，立即着手调配干部，组织力量建院。在选择院址时，他亲自参加勘察。经过多方磋商，选定了香山附近环境幽静的一块地方作为院址，并与建筑专家反复商量，定下全院的布局和楼房设计。同时，他召开各种会议，研究制定军事科学院的组织规程和编制体制，明确军事科研任务和指导思想，并同有关机关协商，有计划地选调干部，以便于建院后能迅速开展研究工作。
1958年1月8日，总政治部批准组成军事科学院临时党委，叶剑英任临时党委书记，委员有宋时轮、彭绍辉、杨至诚。1月11日，叶剑英主持召开临时党委第一次会议。这次会议的重点是讨论军事科学院工作计划大纲。叶剑英对大纲中有关建院工作，如营房建设、组织建设、制度建设、班子配备、干部学习以及同驻外武官建立科学研究的联系等问题，发表了中肯的意见。他把即将成立的战理、战术、战史、外军等几个学术研究部比做是“几个大的车间”，明确要求各“车间”根据大纲拟订具体工作计划。他指出：“目前重点是战术，其次是战役、战史，最后才是战略。”他要求全院要深入研究马列主义的军事学说和毛泽东的军事著作，以此为武器解决战役、战术的研究以及编写战史等问题。并且强调军事科学院是“生产部门”，要出成品。他语重心长地说：“如果一年、两年没有出成品，或出的净是废品，别人就会认为搞这个机关没有必要，如果开张三年还搞不出成品或出一些废品，别人会考虑这个机关要改组。”
1958年3月15日，中国人民解放军军事科学院召开建院大会。院长兼政委叶剑英向全院人员讲话，首先提出军事科学院的性质是“学习、研究、生产的三者统一的机关。”接着，他着重说明用马列主义、毛泽东思想总结人民解放军经验，从事军事科学研究的极端重要性。指出，军事科学不同于自然科学，是研究战争的理论科学。世界上有很多理论，不一定都是科学，而马列主义的军事理论却是真正的科学。这种理论概括起来就是毛主席常说的战争的规律和战争指导规律。我们研究军事科学，就是要解决对战争规律的全面的系统的认识。针对当时军队内部有些人不重视总结自己经验的倾向，叶剑英深有感触地说：我们自己有经验没有？打了二三十年仗，经验多得很，一个小小的战斗，都包含有真理性。但是这些真理的颗粒还被埋藏着，埋藏在毛主席脑子里头，在元帅、兵团、军领导同志的脑子里头。为此，必须把各个负责同志脑子里的东西用什么方法搞出来。原料取出后又如何整理？要像国棉工厂那样，经过多道工序，把棉花织成布，变成成品。
叶剑英语重心长的讲话，使全院研究人员深受教育和鼓舞，但也有少数同志不安心搞研究工作。他反复耐心地进行思想教育，说：军事科学研究工作关系到未来战争的胜败，只要战争危险存在一天，就不能放松这项工作。大家要“安居乐业”，要有“工作在科学院，死在红山口”的长期打算。
二确定科研方向
为了把军事科学院办得更好，叶剑英向毛泽东主席报告了建院经过，并对军事科学研究工作的方针、任务、对象及方法步骤等一系列问题，作了请示。这个报告，可以说是一份军事科学院总的工作大纲，是为全院工作奠基定向的重要文献。
在报告中，叶剑英首先从部队作战、训练急待解决的问题出发，说明创建军事科学院的必要性和重要性。突出的两个问题是：其一，部队和学校训练所采用的各种条令均是从苏联翻译过来的，它不可能与我国我军情况完全相适应，如我国的经济条件、地形、气候，我军现有的装备、优良传统等等，与苏军有很大的差别。几年来，许多事例证明，完全采用苏联的一套，很难避免产生死搬硬套、削足就履的教条主义倾向。有的学院学员反映，教员上课很少举我军的战例。南京部队反映，他们部队在搜捕匪特的战斗动作中，竟完全采用正规的战斗方法，导致了不必要的伤亡。由此可以理解，编写适合我军的作战条令，已成为当务之急。其二，我军有丰富的战争经验，这是客观存在的历史事实，可是除了建军原则、军事路线、战争理论、战略问题，在毛主席的军事著作中作了系统的总结、丰富和发展了马克思列宁主义的军事理论外，在战役和战术方面尚缺乏全面的总结。目前如不抓紧时机，采取老少合作的方法，有计划、有步骤地研究和总结，因循下去，待老成的凋谢了，就会有失传之虞。
由此他进一步论证说：“军事科学上，不进则退，‘落后的总是要挨打的’。为了摆脱我军在现代战术和科学技术上的落后状态，为了适应未来战争的需要，将目前我军各军种、兵种、各高级院校已经分别建立起来的研究机构组织起来（一部分是自发性质的组织），以便统一规划，组织协作，交流经验，建立一个军事科学院，亦属必要。”
关于军事科学院应当遵循的工作方针，叶剑英在报告中初步拟定：以马列主义、毛泽东思想为指针，采取厚今薄古，学习、研究、生产三者相结合的方法，广泛地利用现代科学技术的成就，从我国、我军的实际情况出发，研究出适合我军在未来战争中所需要的战术、战役的指导思想及作战方法，编写出我军的作战条令和我军战史。
叶剑英在报告中进一步确定了工作步骤：第一步，从总结人民解放军经验开始，使干部了解人民解放军30年来光荣传统和丰富的战斗经验。第二步，从研究军队的具体情况入手，使研究人员完全熟悉我军情况；同时了解敌军的编制装备及作战特点，以便知己知彼，制定出适当的对策来。第三步，采取批判学习的态度研究苏军的各种条令，吸取其先进经验，编写出军队的作战条令。
叶剑英在报告中提出的上述各种意见，得到了毛泽东和其他中央领导同志的赞同。1958年7月间，毛泽东指示说：“我们应该集中一批有丰富经验和战斗经验的同志，搞出一本自己的战斗条令来。”这是毛泽东直接交给叶剑英的一项新的任务。
三建立全军的科研机构和队伍
为了完成毛泽东和中央军委交给的各项科研任务，叶剑英经过与军委领导人多次交谈，召集军科院党委多次开会务虚与务实，心里逐渐形成一个蓝图。1958年底，他在武汉主持召开了一次编写条令座谈会，参加会议的有粟裕、宋时轮、杨勇、杨得志、张宗逊、张爱萍、韩先楚、萧华、许光达、许世友、唐亮、廖汉生、陈再道、洪学智等军委各总部、各军兵种、各大军区的领导人。他虚心向大家请教，广泛征求意见。经过充分酝酿准备，1959年1月12日至28日，全军第一次科学研究工作会议在北京召开。彭德怀等军委领导人出席了会议。会上，叶剑英介绍了全军科学研究的组织状况和工作状况，充分肯定了过去几年的科研成果和经验，并提出全军科研工作要“统一规划、全军动手”，建立统一的组织机构和研究体系。建议在全军范围之内，成立一个军事科学研究委员会，各个主要军区和军种（海军、空军）成立分会，各兵种司令机关成立相应的军事科学研究部门。
要做到统一规划，全军动手，必须首先统一思想。叶剑英通过这次会议和以后连续召开的几个会议，不断解决指导思想上存在的问题。