一重返军委参谋部
叶剑英刚刚踏上延安这块已经阔别五载的土地，一项艰巨的重任便落在了他的肩头。
1941年2月14日，中共中央书记处通告全军：“叶剑英同志已回延安，现任中共中央军事委员会参谋长，驻延安办公。”
从这一年开始，敌后抗战进入了最艰苦、最困难的时期。日军集中重兵疯狂进攻根据地，实行军事、政治、经济、文化的“总体战”，频繁进行大规模的“扫荡”，妄图隔绝各抗日根据地的联系，消灭抗日人民武装力量。国民党当局则继续执行消极抗日、积极反共的政策，不断对八路军、新四军和各抗日根据地进行军事进攻和经济封锁。同时，有相当一部分国民党正规军扯起“曲线救国”的破旗，公开投敌，充当伪军配合日军作战。在这种严重形势下，中共中央为打破敌顽夹击，战胜严重困难，制定了一系列正确的方针和政策，指引着中华民族的抗战巨舟，劈风斩浪，顽强向前。
叶剑英长期战斗在统战工作的岗位上，熟悉和了解敌、伪、顽、友等各方面情况，加上他本人的军事造诣和谋略才干，到统帅部工作以后，受到毛泽东等中央领导的器重，成为毛泽东、朱德指挥全国敌后抗战的得力助手。对叶剑英，朱德有过这样的评语：“我们队伍里这样的人才不是多了，而是太少了，要充分发挥他的作用！”叶剑英以高明干练的中共中央统帅部“参座”闻名于军内外，受到干部和群众的尊重和信赖。
此时，“皖南事变”的余波尚未平息。2月23日，叶剑英致函国民党谈判代表张冲，重申中国共产党对“皖南事变”和蒋介石1月17日命令的立场，并列举事实历数了国民党在“皖南事变”后，对中国共产党的政治压迫与军事进攻有增无减的种种行径。信中最后指出：“本党中央认为十二条办法如不能获得满意解决，各种政治压迫与军事进攻如不停止，则国共关系与时局危机，必将益形严重，一切空言延宕之办法，将毫无补于实际。”“倘能由贵党方面采纳十二条办法，使目前不幸事态转祸为福，则非仅两党之幸，民族国家实利赖之。”
4月29日，叶剑英陪同朱德与国民党驻延安联络参谋陈宏谟谈话，进一步指出，国共关系如要好转，国民党中央目前至少应采取下列办法：（一）停止逮捕共产党人员，停止反共军事行动和交通封锁；（二）继续发给十八集团军各月份经费并补充弹药；（三）新四军余部尚有八、九万人，应即整编；至于移防一节，如政治上有确实保证，自可商量，否则于情于理碍难遵命。30日，陈宏谟等电告军令部，由军令部提出核议意见，报何应钦。何答应研究解决。
设在延安城西北王家坪的中央军委，是中共中央指挥抗战的“大本营”，从这里发出的每一项指示，下达的每一个号令，无不牵动着各抗日根据地乃至全国的神经。叶剑英作为军委参谋长，深知自己肩上的份量，日夜思虑着如何给中央、军委当好参谋。他经常对参谋部的同志说，参谋部的工作非常重要，处理问题要特别谨慎，要遵照党中央和毛泽东主席的意图办事，照顾好上下左右关系，尤其要多考虑到下边部队的困难。他以身作则，带头学习贯彻党中央、毛泽东的指示，细致、周密地处理问题。那时军委总部有一个不成文的规定，就是一切工作节奏随着毛泽东转。毛泽东习惯于夜间工作，叶剑英也通宵达旦地坚守在岗位上。他工作十分忙碌，每天要办理几十件以至上百件中央军委上呈下达的文电。凡军委机要处来的电报，送谁，抄谁，都要经过他批发，急件随到随办。由他代军委起草的许多文电，都要呈毛泽东主席、朱德总司令审批后签发，大多由“毛、朱、王、叶”联名发出的。
为了给党中央和军委当好参谋，更有成效地指挥抗日战争，叶剑英十分重视从政治上、组织上和业务上加强参谋部的建设。原来军委只设一、二、三局，根据形势发展的需要，他亲自主持成立了四局，主管教育和行政。同时在各局实行精兵简政，提高了工作效率。
“作之君，作之师”，叶剑英奉此为铭，既作群众的领导，又当群众的老师。他遇事总是先作学生后作先生，学习十分刻苦。他弄来一大块青石板，架在窑洞门口当桌子，常坐在桌前读书写作。那时候生活条件差，晚上看书点根蜡烛就很不错了。他不但自己学，还规定学习时间和制度，组织有关的领导干部、机关干部一起学。学习的内容有马克思、恩格斯、列宁、斯大林和毛泽东的军事著作，特别是毛泽东的持久战的战略战术原则，同时学习苏联红军将帅的军事理论，学习孙中山和中国古代的军事理论。为了使干部能读懂原著，他还特意组织干部进修日语、俄语和自然科学知识，指定江右书、伍修权等教课，定期组织考试。他还不定期地给总部机关干部、延安军事院校作时事政治报告，用中共和苏共党史上的经验教训和自己的切身体会，教育大家认真学习马克思主义的政治、军事理论和哲学，强调把唯物辩证法正确地运用到军事领域中，作为研究、指导战争的唯一武器。他还非常关心中央警卫团的学习，亲自去讲课，帮助官兵提高文化水平和理沦水平。
1941年5月5日，在马克思诞辰123周年之际，叶剑英在延安在职干部纪念学习会上，作了题为《加紧学习马克思主义的政治与军事》的报告。他在报告中，首先引用恩格斯于1874年论及革命斗争形式问题时的阐述，即与政治、经济两种斗争并立的还有理论斗争，说明加强理论学习的重要性。然后他从分析孙中山领导中国民主革命和国民党几十年的军事活动开始，二直到中国共产党领导的国内革命战争和抗日战争，总结其中的经验教训，强调指出：“从理论上、技术上提高我们的战斗力，换一句话说，用马列主义的军事理论，用现代军队的技术知识来教育我们的军队，是非常重要的工作。”他语重心长地说：“一个革命的军事干部，必须学习马列主义的政治，犹之乎一个革命的政治干部，必须学习马列主义的军事一样。不懂马列主义，不能成为革命的军事家，等于不懂军事不能成为革命的战斗的政治家一样。……善于领导政治斗争的领袖，同时也善于领导军事斗争。革命的政治和军事的统一性，及军事对于政治的依从性。战争是政治的继续，已成为不可争辩的真理。”叶剑英从20年代初追随孙中山革命、投身革命军队算起。这时他已在中国现代军事领域中活动了整整20年，他的这篇饱含经验及哲理的报告，在当时产生了广泛的影响。这一年冬，叶剑英担任中央军委军事教育委员会委员和军事学院副院长（朱德为院长），为军事教育事业作出了更多的贡献。
二运筹谋划，持久抗战
科学分析抗日战争的形势，预见其发展进程，研究对敌斗争策略，是军委参谋部的一项重要任务。据柯柏年、罗青长、朱军等回忆，叶剑英经常教育总参谋部的同志要善于根据战争风云的变化，客观地观察形势，认识战争的发展趋势，正确地指导战争。他特意在一局作战室组成了一个研究时局和战略的班子，对国际国内敌、我、友各个方面的态势进行专门的研究，随时了解和掌握情况。并定期组织参谋人员综合分析各战区的情况，整理成《作战周报》，供军委首长参阅。他还经常邀请中央和各根据地、各战区的领导同志前来王家坪参加参谋部分析研究敌情和研讨战略的会议。朱德、贺龙、陈毅、徐向前、聂荣臻、陈赓、罗瑞卿等都参加过这种活动。大家在这种研讨会上提出的意见和建议，为军委制定战略和策略，起到了重要的作用。
1941年下半年，叶剑英与王稼祥根据毛泽东的指示，结合当时各根据地对敌斗争的实际，共同主持起草了《关于抗日根据地军事建设的指示》，经毛泽东、朱德审阅、修改后，于11月7日以中央军委名义正式下达。“指示”明确规定：每个根据地的军事机构均应包含主力军、地方军、人民武装（即不脱离生产的自卫队及民兵）3个部分。军事建设的中心注意力，应放在地方军及人民武装的扩大与巩固上。主力军应采取适当的精兵主义，其工作重心是提高其政治军事技术的质量。“指示”对地方军及军区的职责、自卫队及民兵的组织、活动方式以及军队与民兵的武器等问题，都提出了具体要求。
在贯彻落实军委指示的过程中，叶剑英十分注重整理和总结各根据地斗争经验。他同军委总部的同志一起，从群众的实践中，逐步摸索出根据地军民在困难时期对付敌人的办法。主要的有：（1）实行主力兵团地方化，地方兵团群众化，大力发展民兵，广泛开展游击战争；（2）采取内线与外线相结合，分散与集中相结合的作战方法，歼灭敌人的有生力量；（3）“敌进我进”，派遣短小精干的武装工作队深入敌后之敌后，发动群众，摧毁伪组织和伪政权；（4）争取与瓦解伪军，巩固与扩大地方武装（县大队、区小队、游击小组），恢复和扩大根据地等等。这些办法，为广大军民所掌握，变成强大的力量，使八路军、游击队在敌后站稳了脚跟，有力地打击了日本侵略者。
为了准确及时地获取情报，指挥战争，根据叶剑英的提议，中央军委于1941年10月29日，正式作出了《关于建立情报网的决定》，决定在十八集团军总部、各敌后根据地新四军，首先建立起10个情报网的联络基点。口十剑英对每个联络点抓得很紧，便各地同延安总部的情报联络渠道畅通无阻，保证了中央、军委准确及时地掌握情况、指挥作战。
在各地建立情报网的同时，叶剑英组织各根据地设立气象观察所，建立健全气象观察制度，不但保证了当时作战指挥的需要，也为根据地的气象观察和农业生产提供了方便条件。
为了及时反映敌、伪、友、我的军事动向和各方面情况，叶剑英组织总参谋部人员汇编《军委战况通报》、《作战室周报》等，每期都亲自审批。随着第二次世界大战形势的发展，他又在总参谋部成立了资料研究室，编辑《国际资料》，负责收集、整理各交战国的战况，研究外国军事动态和军事著作。毛泽东看了这些材料后很高兴，说这样做“大有帮助”，并且嘱托叶剑英对作战局和资料研究室的同志在生活上多加照顾。叶剑英非常重视通信联络工作，组织出版《通信战士》，并为之题词：“革命的马达在飞转，产生出解放人群的热，幸福的光。”总部的通信工作受到各战区的赞扬。有一次，胶东军区司令员许世友因与中央恢复了中断很长时间的电讯联络，高兴地派人专程到延安，送给中央一根黄璨璨的金条。毛泽东亲自把这根“进贡”的金条，奖给了总参谋部作战部门。
三科学预测苏德战争爆发后日军动向
1941年6月22日，苏德战争爆发。德军突然袭击，攻势猛烈，很快逼近列宁格勒，苏军处于极其被动的地位。在这种严重形势面前，中国战场上的日军会如何动作？八路军、新四军的战略方向应如何确定？这是关系到中国抗战和全世界反法西斯战争前途的一个值得认真思索的问题。叶剑英及时组织总参谋部人员进行讨论，召开时事座谈会（邀请当时在延安的日共党员野坂参三参加），分析了日军北进、南下的两种可能性，认为中共的战略思想和战争准备的重点应当放在对付日军南下方面。叶剑英将这个倾向性意见及时上报中央，以供决策参考。这时日本统治集团内部对南下与北进问题也存在着争论。9月6日，日本“御前会议”秘密地采纳大本营和政府联席会议制订的《帝国国策实施要领》，决定发动太平洋战争，“不惜对美（英、荷）一战”。后来战争的发展，特别是日本偷袭珍珠港事件证明，叶剑英对日军动向的分析预见是正确的，对中共中央制订有关方针决策起了重要作用。
这一年11月9日，叶剑英与李克农为重庆召开的国民党爱目志±张冲追悼会送挽联：“豺虎尚纵横，大局岂堪重破坏。巴渝多雾瘴，忠魂何忍早游离。”
这一年12月，中共中央决定在太行山抗日根据地，为刘伯承50诞辰举行庆祝活动，以表彰他的革命功绩，鼓舞敌后军民的士气。16日，叶剑英从延安特发来两首祝寿诗：
（一）
太行游击费纠缠，
撑住平辽半壁山。
遍体弹痕余只眼，
寿君高唱凯歌旋。
（二）
细柳营中寂不哗，
枪垣炮堵即吾家，
将军五十人称健，
斩得倭酋不自夸。
1942年，日军华北方面军对中共华北抗日各根据地进行更为残酷的“扫荡”和“蚕食”。为了消灭中共华北局和八路军总部机关和部队，从5月中旬开始，采取铁壁合围、捕捉奇袭等战法，对太岳、太行抗日根据地进行夏季“扫荡”。在反“扫荡”中，中共北方局机关和八路军遭日军合围，经奋勇战斗，虽突出重围，但八路军副参谋长左权于25日英勇牺牲。噩耗传来，叶剑英无限悲痛。为悼念和歌颂这位抗日英雄写下了《满江红》壮烈词章：“试看那，汉家旗帜。剩水残山容我主，穿沟破垒标奇迹”，“风起云飞怀战友，屋梁月落疑颜色。”左权牺牲后，彭德怀曾向中共中央提出，要文韬武略兼备的叶剑英来前方协助作战指挥。毛泽东和朱德、王稼祥经过研究，认为叶剑英不能离开军委，未能成行。
叶剑英在延安最高统帅部继续密切注视着苏德战场战局的发展。1942年7月，德国法西斯军队在苏德战场南翼实施突击，集中重兵进攻斯大林格勒。有些人被德国法西斯得逞于一时的表面现象所迷惑，看不出其外强中干的虚弱本质。叶剑英提醒大家观察战局要着眼于发展，透过现象看本质，对苏军转败为胜，要有充分的信心。果然，苏军于是年11月即在斯大林格勒粉碎了德军的进攻，转入反攻，次年2月取得了扭转整个苏德战争局势的巨大胜利。怎样估计这一胜利？是一般性的，还是带决定性的？当时延安各界对此众说纷纭，认识不一致。叶剑英再次组织总参谋部人员展开讨论，正确分析苏德战场上两军力量的对比及消长趋势。他得出结论说，这次胜利是整个苏德战争的转折点。他把这一意见亲自整理成书面材料上报党中央，受到了毛泽东和朱德的赞扬。
四打一场“政治宣传战”