一北上与南下之争
1935年6月中旬，中共中央和中央红军与红四方面军在懋功胜利会师，两支部队总兵力约10万人。同日，在懋功县城召开了胜利会师庆祝大会，两军指战员兴高采烈，欢欣鼓舞。然而，就在广大干部战士欢庆会师的大喜日子里，红四方面军主要领导人张国焘与党中央之间，在红军前进方向和战略方针上，却出现了越来越大的分歧。
中共中央根据华北事变后，全国抗日民主运动已走向新的高潮，华北已成为抗日斗争前线的形势，主张红军继续北上，建立川陕甘革命根据地，以便在北方建立抗日的前进阵地，领导和推进全国抗日民主运动。但张国焘依仗人多枪多，向党中央闹独立。他过高地估计敌人的力量，看不到革命发展的趋势，主张红军向边远地区实行总退却，提出向川、康地区退却或南下的意见。为了解决这一重大战略方针问题，党中央于6月26日在懋功北部的两河口召开政治局会议。会上，周恩来代表中共中央和中革军委作了报告，到会同志表示同意周恩来的报告。根据会议精神，政治局于28日作出了《关于一、四方面军会合后战略方针的决定》，指出：“我们的战略方针是集中主力向北进攻，在运动战中大量消灭敌人，首先取得甘肃南部，以创造川陕甘苏区根据地，使中国苏维埃运动放在更巩固更广大的基础上，以争取中国西北各省以至全中国的胜利。”还指出：“为了实现这一战略方针，在战役上必须首先集中主力消灭与打击胡宗南军，夺取松潘与控制松潘以北地区，使主力能够胜利的向甘南前进。”“为了实现这一战略方针，必须坚决反对避免战争退却逃跑，以及保守偷安停止不动的倾向。这些右倾机会主义的动摇，是目前创造新苏区的斗争中的主要危险。”会上经过讨论，张国焘勉强同意毛泽东、周恩来等多数人关于北上的意见。中革军委根据这次会议确定的战略方针和作战部署，制定了松潘战役计划。会后，张国焘回到理县的住地后，立即致电中央，仍坚持南下，并在部队中散布不信任中央的言论，策动他的支持者向中央提出改组军委和红军总司令部的名单，竟然提出要张国焘任“军委主席”，并给予“独断决行”的大权。中共中央坚决拒绝了张国焘等人的无理要求，但为了照顾红军的团结，于6月29日任命张国焘为中革军委副主席，徐向前、陈昌浩为军委委员，7月18日决定把原由周恩来担任的红军总政治委员职务让给张国焘。张国焘勉强同意四方面军向松潘西部的毛儿盖前进。
这期间，四方面军总指挥徐向前积极主张做好两军的团结工作。他看到一方面军兵力消耗大，老干部保存多，就从大局出发，建议从一方面军抽调一批干部到四方面军工作，同时从四方面军抽调了3个团的兵力补充一方面军。张国焘也点名要叶剑英等一批领导干部和参谋人员去四方面军。党中央决定派叶剑英、李卓然等到四方面军工作。
二红军前敌总指挥部参谋长
7月21至22日，党中央在黑水芦花召开政治局会议（即芦花会议），与张国焘进一步会商，着重讨论红四方面军行动问题。张国焘、徐向前在会上汇报了红四方面军从鄂豫皖到川陕苏区的历史，与会同志充分肯定了红四方面军的各项工作成绩，赞扬了红四方面军广大指战员英勇善战的精神。同时也严肃地批评了张国焘的严重错误。
同一天，中革军委决定以原四方面军总指挥部为红军前敌总指挥部，徐向前兼总指挥，陈昌浩兼政治委员，并应四方面军领导要求，任命叶剑英为参谋长。
叶剑英接到命令后，向毛泽东、朱德、周恩来等告别，几位领导人同他进行了亲切谈话。随后，他带领红军总司令部机关的李荣、毕占云、吕继熙（吕黎平）、赖光勋、陈茂生等10余名作战参谋和机要干部，立即从黑水出发，去毛儿盖红军前敌总指挥部报到。
叶剑英到指挥部后，抓紧实施机关的思想建设和组织建设，同时积极准备攻打松潘。然而，由于张国焘的阻挠破坏和其他原因，使红军在毛儿盖地区耽误了一个多月，失去了占领松潘的机会。敌人在这一个多月内，完成了对红军围追堵截的部署。8月3日，中共中央被迫放弃松潘战役计划，决定改经草地北上。据此，红军总部制定了《夏洮战役计划》，将一、四方面军编为左、右两路军，以一方面军的第五军、第三十二军，四方面军的第九军、第三十一军、第三十三军为左路军，在朱德、张国焘、刘伯承率领下，从卓克基出发，经阿坝北进；以一方面军的第一军、第三军，四方面军的第四军、第三十军为右路军，在徐向前、陈昌浩、叶剑英率领下，从毛儿盖出发，经班佑北上阿西。党中央、中革军委随右路军行动。
在党中央一再催促下，张国焘才于8月初来到毛儿盖。他一到，就向中央发难，反对北上。中共中央不得已，于8月4日至6日再次在毛儿盖附近的沙窝召开政治局会议，讨论中央红军和四方面军会合后的形势与任务，继续解决组织问题。
张闻天在会上作了报告旷会议通过了《中央关于一、四方面军会合后的政治形势与任务的决议》，重申了党中央两河口会议决定的战略方针“是正确的”。针对张国焘反对党中央和破坏红军团结的活动，决议明确指出：要“加强党的绝对领导；提高党中央在红军中的威信”，“一、四方面军的兄弟团结，是完成创造川陕甘苏区，建立中华苏维埃共和国的历史任务的必要条件。一切有意无意的破坏一、四方面军团结一致的倾向，都是对红军有害，对敌人有利的”。会议还讨论了组织问题。当时，张国焘以“提拔工农干部”为借口，提出再增加红四方面军干部9人当政治局委员（当时中央政治局委员只有8人），企图从根本上改变中共中央领导成份。会议拒绝了张国焘的无理要求，但是为加强党中央的领导，增进中央红军与红四方面军的团结，决定增补徐向前、陈昌浩、周纯全为中央委员，何畏、李先念、傅钟为候补中央委员，陈昌浩、周纯全为中央政治局委员。会议还决定：恢复红一方面军总部，由周恩来任司令员兼政治委员，陈昌浩任中国工农红军总政治部主任，周纯全为副主任。
沙窝会议之后，叶剑英召开总指挥部直属单位会议，传达党中央的决议，具体布置过草地的思想动员和物资准备工作，并要作战科提出行动路线的意见。当时，叶剑英忙得不可开交，他白天组织部队到处征粮，收购青稞，晚间还要同大家一起炒麦磨面，准备干粮。
在征粮的过程中，有的部队遭到敌人骑兵袭击。叶剑英分析骑兵的特点，提出了对骑兵的几种打法，并亲自到部队讲解打骑兵的要领，解决了当时在战术上以我之步兵战胜敌之骑兵这一大难题。
从毛儿盖地区北上，必须经过一望无际、渺无人烟的茫茫大草原。为了查明与找到过草地的捷径，以减少损失，缩短路程，叶剑英到三十军讲完打骑兵的战术要领后，在程世才军长帮助下找到了一位姓李的向导。他亲自向老李做调查，然后，迅速从三十军回到前敌总指挥部汇报情况，并提出愿率一部分兵力先行开路。毛泽东听取叶剑英汇报后，马上召集会议，进一步研究右路军北上的具体路线，最后肯定了右路军经草地到班佑，然后走拉卜愣的行军路线，并决定叶剑英率两个团先行开路。
三过草地的开路先锋
8月18日，叶剑英带着向导老李，率领三十军二六四、二六五团向草地进发，为右路军开路。程世才、李先念率领的三十军主力跟随前进。
叶剑英走后的第二天，党中央政治局在毛儿盖开会，会议由毛泽东作关于夏洮战役行动方针的报告，通过了《关于目前战略方针之补充决定》，要求红军主力速占以岷州为中心的洮河流域地区（主要是河东岸），尔后向东进攻，以便取得陕甘之广大地区为根据地。并指出张国焘提出的以红军主力西渡黄河，深入青海、宁夏、新疆的错误主张，是“一种危险的退却方针。”会后，党中央和右路军其余3个军亦先后经草地北进。
茫茫草地，气候多变。荒无人烟，浊沼横潦。战士们走在烂草淤积的沼泽里，踏着一窝一窝的草蔸前进，偶尔失足，踩进淤泥中，就会向下陷去，越陷越深，以至没顶。
叶剑英抱病带领部队行军，和大家肩并肩、手牵手走在沼泽地里。别人休息了，他还要召开干部会，了解行军中的情况和问题，要求各单位加强政治思想工作，以顽强的毅力克服困难。同时，还要向前敌总指挥部报告敌情、地形、宿营地点以及大部队行军需要注意的事项等。
一天晚上，部队在沼泽地年朵坝宿营。只见满天乌云翻滚，顿时倾盆大雨直灌下来。因为没有帐篷，没有栖身之处，大家或蹲或坐，紧靠在一起，忍着饥寒，苦捱苦撑。程世才回忆说，那天夜里，我们和叶剑英坐在一块大石头上，全身都湿透了。冻得直打寒颤。有些同志不声不响地在饥寒中倒下去了。叶剑英看到这种情景，就鼓动士气，给大家讲故事，领唱《国际歌》。高亢的歌声响彻夜空，使大家振奋起来。第二天早晨，天气晴朗，碧空无云，同志们集合在一块湿草地上，埋葬了战友的尸体。叶剑英领着大家伫立默哀片刻，以坚定的语气说：“我们活下来的人，要想着牺牲的同志。我们一定要走出草地，争取胜利！”
在草地走了三四天以后，带的干粮都吃完了。叶剑英就同大家一起找野菜，吃野菜。有人吃了中毒，浑身浮肿，躺在草地上，永远起不来了，部队减员越来越多。
部队又经过几天艰苦行军，好不容易来到了大草地北端的班佑。班佑，被大家想象成为“草原的天堂”，其实不过是二三十户游牧藏民的集居地。在这个小寨里并没有像样的房屋，有的只是用树棍拱起屋架，外面涂以牦牛粪的“牛屎房子”。
叶剑英和程世才等经过草地能住进这样简陋的房子，比起风餐露宿已经好得多了。他和大家生起火来，烤烤湿衣服，吃点炒面，睡上一觉，已经感到很满足了。多少年以后，他忆起“牛屎房子”的生活，还津津乐道。
班佑靠大路边，是敌人骑兵经常出没的地方。叶剑英在进班佑前一天，先头部队与敌骑兵相遇，打了一仗。进班佑后，敌人3000多骑兵又来向二六五团驻地进攻。叶剑英当机立断，与程世才一起指挥部队迅速占据有利地形，用密集火力阻击敌人。同时，命令二六四团增援，打退了敌骑兵的进攻。
在这次战斗中，缴获了敌军许多马匹。第二天，程世才派出两个营的部队去“打粮”，又从敌骑兵手中夺得了几匹马和一些牛羊。叶剑英向程世才建议，把战利品分出一部分送给党中央机关和后续部队。后来，秦邦宪见到叶剑英、程世才，感激地说：“你们送来一头牛，让我们饱餐了一顿，这是过草地后，我们得到的最好礼物！”
叶剑英抓紧在班佑小住的时间，继续找向导老李和当地藏民调查去甘南的行军路线。待毛泽东、周恩来、徐向前、陈昌浩等陆续到达班佑后，他向毛泽东等报告了先遣部队一路情况和下一步部队行动的意见。他建议说，按照原计划去拉卜愣，还要走4天的草地，一路上会遇到许多敌人骑兵，不好对付；如果从班佑这里向东北转弯，越过巴西，占领包座，很快就可以到达甘南了。毛泽东翻看地图，又征求周恩来等人的意见，点头说，剑英的意见很好，我们就决定从这里转弯。此后，右路军即从班佑改道，向巴西、包座、俄界前进。叶剑英成功地完成了开路先锋的任务。
右路军到达班佑地区后，根据叶剑英带先遣部队侦察到的情报，获悉胡宗南部第四十九师已从松潘北上向包座地区急进，企图与驻守在求吉寺、钦多的敌第一师康庄团相配合，堵截红军北上。根据中央的部署，叶剑英协助徐向前、陈昌浩，在班佑制定了以第三十军全部和第四军一部歼灭企图堵截红军的包座之敌的作战计划。8月29日，红军向大戒寺和求吉寺发起攻击。经过两天多的激烈战斗，于31日歼敌1个师约5000余人，俘敌800余人，取得了重大胜利。
包座战斗是在部队经过一星期的草地行军，缺乏粮食，体力疲劳，又与敌人骑兵作战之后翻山越岭的情况下，在没有居民点的一片原始森林地带进行的。徐向前、陈昌浩、叶剑英在下包座、钦多之间的未巴山上亲自指挥了这一战斗。红三十军与红四军在战斗中英勇顽强，不怕牺牲，机智歼敌，充分体现了徐向前倡导的狠、硬、快、猛、活的优良战斗作风。这次战斗的胜利，打开了通向甘南的大门，为红军北上创造了有利条件。因此，受到了。中共中央、毛泽东的高度赞扬。
前敌总指挥部于8月末经班佑、下巴西，胜利进驻古城潘州。中共中央和军委直属单位随后亦进驻潘州及其附近的上、下巴西和牙弄、阿西茸一带。红三军亦同时进抵上述地区，红一军则已向俄界进军。
四挫败张国焘的阴谋
当时的敌情是，蒋介石的主力尚在四川，位于松潘、漳腊地区的胡宗南部因其四十九师被歼，不敢再孤军北上。东北军于学忠部尚在两当、徽县地域，甘南兵力十分空虚。如果已占领阿坝地区的左路军能按原计划迅速北上，一定能够顺利进行夏洮战役，占领甘南，打开一个新的大好局面。
可是，张国焘的个人野心继续膨胀，处处同中共中央离心离德。他率领左路军到达阿坝之后，就按兵不动，拒不执行中央要左路军迅速出班佑向右路军靠拢、全力向洮河以东发展的指示。相反，他继续坚持要左右两路军全力出洮河以西，企图越黄河深入到青海、新疆等边远地区的主张。中央三令五申，一再催促他率部出墨洼（今麦洼）、班佑，同巴西地区的右路军会合。在这种情况下，张国焘才勉强率部向东挪动，但又借口“噶曲河水涨大，上下三十里均无涉点”，停止东进，拒绝向右路军靠拢。
9月3日，张国焘致电徐向前、陈昌浩并转呈中央，提出改变北上方针，主张南下，要求“右路军即乘胜匮击松潘敌，左路军备粮后亦向松潘进”，“茫茫草地，前进不能”，强令已经东进至墨洼附近的左路军先头部队第五军返回阿坝。据欧阳毅回忆，朱德和刘伯承对此坚决反对，并亲自到河边派人测试河水的深浅，认为部队完全可以过河，多次提出要部队按原定计划同已抵班佑、巴西的右路军会合，共同北上。但张国焘不予理睬。9月5日，他命令当时尚在松岗、党坝、卓克基等地的车路军部队停止北上，就地“筹粮待命”。