最初到中国沿海的西方船只不是军舰，而是商船。清政府开辟唯一的通商口岸一一广州，创办一个半官方的外贸机构一一十三行，代表中国政府与西方商人交易，引起要求自由经商的商人的强烈不满，西方人通过鸦片战争的炮火打碎了这一制度。
鸦片战争之前，除了葡萄牙人成功立足于澳门，西方国家尝试用各种方法，建立与中国的永久自由贸易关系，都没有获得成功。随着中外贸易的增长，一种新的外贸方式一一洋行制度应运而生。洋行是广州专营对外贸易的机构，又称为洋货行、洋行、十三行、公行等。
康熙二十三年（1684），清政府统一台湾，解决了来自海上的军事威胁，考虑到闽、粤沿海居民的民生，于次年宣布开放海禁，划定广州、泉州、宁波、松江为对外贸易口岸，设立四个海关，负责管理对外贸易。由于广州的外贸额居于国内首位，因此粤海关是四个贸易口岸中最重要的一个。清政府在粤海关特别设置海关专职监督，多由满人内务府官员担任，由皇帝直接派遣，官职高于其他三个海关。清政府有意扶植广州口岸，规定广东海关征收洋船税收减去“十之二”。西方国家急需更广大的市场，选择了经济中心华东，陆续到定海、宁波等地贸易，引起了清政府的警惕，乾隆二十二年（1757），政府出于海防需要，撤销闽、浙、松江三个关口，只准外国商船在广州一地贸易。
康熙二十四年（1684），清政府在设立粤海关的同时，设立十三行专营外贸。十三行的雏形出现于明代中叶，牙行及牙行经纪人代政府收税，也为中外商人居间贸易，属于半官半商性质。十三行是官方指定的经营外贸的中间商，广州成为唯一的通商口岸之后，广州十三行也就成为独占中国外贸业务的垄断组织。在清代前期广州的外贸中，洋行依靠政府赋予的特权，几乎垄断了广州的进出口贸易。
专营外贸且具有法定垄断地位的十三行，是在康熙二十五年（1686）严格区分华洋贸易牙行之后才产生。康熙二十五年（1686），两广总督吴兴祚、广东巡抚李士桢和粤海关监督宜尔格图共同商议，发布《分别住行货税》的文告，规定“如来广东省本地兴贩，一切落地货物，分为住税、报章皆投金丝行，赴税课司纳税；其外洋贩来货物，及出海贸易货物，分为行税，报章皆投洋货行，候出海时，洋商自赴关部纳税。”把国内贸易与海外贸易分别归人“金丝行”和“洋货行”，从事外贸的商人从牙行商人中分离出来，单独设立洋货行，简称洋行。一般散商不能随意经营外贸，如果有殷实的商人愿充洋货行，要具帖请地方官批准。
广东十三行是这些经营进出口贸易机构“洋货行”或“外洋行”的总称，并不是洋行数目必有十三家。乾隆五十二年（1787）仅四家，是最少的一年，最多的乾隆二十二年（1757）有二十六家，恰巧为十三家的只有嘉庆十八年（1813）和道光十七年（1837）两年。据梁嘉彬的《广东十三行考》，道光十七年广东十三家洋行分别是：怡和、广利、同孚、东兴、天宝、兴泰、中和、顺泰、仁和、同顺、孚泰、东昌、安昌十三家。这此商人称“行商”或“洋商”，他们向官府缴纳几万两银子的费用，由官府发给执照和代行管理外国有的纹章。由于需要的周转资金巨大，充当洋商必须家产殷实。因为是代表政府主持外贸事务，这些商人具有半官半商的双重身份，所以也被统称为“官商”，封一个“官”字称号，如伍绍荣称“伍浩官”、卢继光称“卢茂官”等。
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直到康熙五十九年（1720），洋行制度未发生大的变化。为保护自己的利益，十一月二十六日，行商们成立行会组织公行，成立十三人的公行团体。其职责主要承担与外商洋行交易货物，议定价格，是国家经营外贸的代理或称为包办者，享有外贸独占权。
当时公行既没有法定领袖，时散时聚，不便于经商，外商屡次要求取消公行。但海关监督与广东提督为便于管理，积极支持公行。海关监督下令公行以外所有的闲散商人不得与外国商人接触，若是与外商做瓷器贸易须向公行缴纳百分之二十的货价，茶叶生意缴纳百分之四十，直接损害了公行以外的散商的权益，公行制引起外商与散商的一致反对。因为在初始阶段洋行组织并不严密，承办外贸时各自为政，互相争夺，压价竞争，使外商坐收渔翁之利。康熙六十年（1721）公行解散。
乾隆二十五年（1760），行商潘振成等九家呈请设立公行，专办对西欧的贸易，建立外洋行。清政府批准这一请求，粤海关监督选择殷实诚实之家一二人，总办洋行事务，将总商姓名报部备案，公行正式被承认为对外贸易机构。但公行痼疾难医，引起外商强烈不满。乾隆三十五年（1770），潘振成收受英国东印度公司十万两白银的贿赂，转而收买两广总督李侍尧和粤海关监督，此后进出口贸易仍由各洋商分行各办。各行商之间低价竞争又随之而起，乾隆四十五年（1780），发生行商亏损欠债，两年后，清政府复设立公行，以杜绝中间商人之间的恶性竞争，保证海关税收。从此，公行这一制度延续到道光二十二年（1842）《南京条约》签订之前，公行再未解散。
清政府以后颁布了一系列法规，对中外商人的管理越来越严密。乾隆二十四年（1759），广州总督李侍尧订立《约束外商五事》，经皇帝批准颁布执行。乾隆四十二年（1777），广东巡抚兼粤海关监督李湖颁布《防夷四查》，嘉庆十四年（1809）颁布《民夷交易章程》，道光十一年颁布《防范夷人章程》。
这些法令主要包括，外商不得在广州以外的地方贸易，只有两个例外，葡萄牙人可以在澳门交易，西班牙人可在厦门交易：外商不能与政府官员接触，外商的申诉只能由行商代向官府转达。政府限制一些关系国计民生的大宗货物的出口及鸦片、武器的货物的进口。外商在华贸易期间，可以暂住西洋风格、悬挂外国国旗的广州夷馆，即行商划出行地的一部分租赁给外商，这些夷馆又称为行，因为正好是十三家，所以称“十三行”，但并非洋行的十三行。外商到广州，先投行，住在该行所设立夷馆内，外贸活动即在夷馆内进行，外商不得擅自出入，不得带妇女入馆。行商对外商的一切行为直接负责。乾隆末年，外商被允许每月三次到指定花园游玩。外商不得在广州过冬，在澳门过冬的外商人数受到严格限制。
行商承担与外商的进出口贸易，代外商缴纳关税。乾隆十年（1745），两广总督兼粤海关总督策楞实行保商制度，即要求外国商船进港后须找到一名保商作保，保商负责外商及船员的一切，如缴纳税款，确定进出口货物的价格，而后由行商分担销售与采购。另外，清政府要求行商之间互保，共同完成税饷。
因行商有赖于官府所给予的垄断地位，因此也不得不忍受官府的各项摊派与勒索，如每年代两广总督、广东巡抚、粤海关采办各类进贡洋货，赔垫货款。乾隆五十一年（1786）行商每年缴纳常贡五万五千两，嘉庆六年（1801）增至九万五千两，另外皇帝大寿、镇压叛乱等各种临时摊派。殷实的行商不许退出公行，财力不济的会被革退。行商不仅可能因外商拖欠，导致资金无法周转，也常常无法应付政府的勒索。
有的行商勾结外商从事贩卖鸦片等不法贸易，或利用垄断地位经营，因此成为巨富，如伍绍荣拥有家产二千六百万元以上，被西方人称为世界第一大富翁。
散商因资金少，无后台，只能经营茶丝土布以外的小宗商品，乾隆四十五年（1780）规定为皮靴、漆器、瓷器、牙雕、刺绣、扇子、草帽等八种，必须由行商作保。外商的散商也必须经行商报关、由行商抽取手续费才能出口，散商经营自由灵活，力量逐渐强大。清政府不得不准许散商经营重要的大宗物品。外商对垄断外贸制度极端不满，终于通过战争得到解决，道光二十二年（1842）中英《南京条约》第五条规定：“凡大英商民在粤贸易，向例全归额设行商，亦称公行者承办。今大皇帝准以嗣后不必仍旧向例，乃凡有英商等赴各该口贸易者，勿论与何商交易，均听其便。”垄断外贸至此结束。
咸丰六年（1856），英军再攻广州，守城兵勇，愤而火烧十三行夷馆，十三行化成焦土。