贫病交加的童年
孙思邈出生时，他家有十来亩薄地和3孔土窑洞，生活虽不富裕，也还能维持下去。但孙思邈却自幼多病，体质很弱，常常是治好了一种病又染上另一种病，有好几次差点去见阎王。为了治他的病，家产差不多都卖光了，父母也吃尽了苦头。
有一年，孙思邈得了一种叫“顿咳”的病，咳嗽起来，一声紧接着一声，咳得面红耳赤，涕泪交流，舌向外伸，头往前倾，额头上青筋怒涨，身体缩成一团，并有大量的稠痰咳出。体质强点儿的小孩咳过后能照常活动玩耍，但孙思邈体质太弱，咳过后，就像煮熟的面条，浑身没有一点劲儿。为了治好他的病，父亲背着他不知走过多少路，投过多少医。
公元585年，孙思邈的父亲背着他到十多里外的宝鉴山，去找一位叫令狐先生的医生给孙思邈看病。在他们回家的时候，太阳已经偏西了。父子俩刚走到半山腰，天便黑了。父亲左手抱着孙思邈，右手在前方摸索着一步步向前走。忽然父亲站住了，两只眼睛睁得圆鼓鼓的，却问道：“思邈，哪儿是路呀？路在哪儿？”
孙思邈一听愣住了，想了想，吓得哭了起来说：“爹，你怎么了？你是不是成了瞎子？”
“思邈，别哭。我不是成了瞎子，而是得了雀盲眼（夜盲症），天一黑，就什么也看不见了。”就这样，父亲背着孙思邈，按着儿子的指点，顺着坑坑洼洼的小路，深一脚浅一脚地回到了家。两年后，孙思邈的身体强壮了一些。一天，靠做木工挣钱的父亲替财主做柜子，孙思邈在旁边做帮手。父亲问他：“你长大了想干点什么？”
孙思邈犹豫了一下回答说：“我要当医生。”
“为什么？”
“我要把爹的‘雀盲眼’和娘的‘大脖子病’治好，把咱村所有病人的病都治好。”
父亲听了很高兴：“你要学医，就需要认字。明天，我就送你去上学。”
第二天一大早，父亲就把孙思邈送到了学校里。当时孙思邈只有7岁。他学习非常用功，每天能背1000多字的文章。教书先生非常喜欢他，不要他交分文学费。孙思邈也非常尊敬教书先生，经常向先生请教问题。
孙思邈12岁那年，教书先生不幸因病去世。孙思邈为此非常伤心，这更加坚定了他从医的信念。一天，磬玉山的张七伯请孙思邈的父亲去做药柜，孙思邈和父亲一块到了张家。张七伯家的院子里摆满了药材。孙思邈非常好奇地问这问那，张七伯都不厌其烦地一一解答。打这以后，孙思邈经常出入张七伯家，帮七伯晒药、炮制药，上山采药，同时向七伯学到了不少药材方面的知识。孙思邈对医药学的兴趣也越来越浓，求知欲也越来越强。
有一天，张七伯拿出一帙书送给孙思邈：“这是我年轻时舅舅送我的《黄帝内经》。我没上过学，认不了几个字，教不了你更多的东西，你把这书拿回去好好钻研吧！”孙思邈惊喜地接过书，作揖道谢，回到家里便如饥似渴地读起来。
走上行医之路
光阴似箭，一转眼，孙思邈长到了18岁。这一年他的婶婶得了一种病，身体日渐消瘦，只剩一身皮包骨。孙思邈根据张七伯的一个土方子，配了一瓶医治寄生虫病的药酒，送给绝望中的叔父。叔父半信半疑地叫婶婶喝了。没想到婶婶转危为安，又吃了孙思邈的几服汤药，就康复了。从此叔父高兴得逢人就夸奖孙思邈。这是孙思邈在行医之路上迈出的第一步，他也更加努力钻研医学。
后来经张七伯引荐，他到铜川县拜张七伯的舅舅为师，虚心求教，专心学医。一年后出师，回到村里正式行医。他一边行医，一边学习，取众家之长，医术进步很快。到他20岁时，就有一定的知名度了，连远在200里外的长安，也有人知道华原县孙家塬有一大奇才。
有一天，孙家塬上来了一队人，敲锣打鼓好不热闹。这队人浩浩荡荡走到孙思邈家窑洞门口，从轿子里下来一个头戴乌纱帽、身穿大红色锦袍、背一个黄缎包袱的官员。他面向窑门，放大嗓门喊道：“圣旨到，孙思邈接旨。”孙思邈闻声，不知出了什么事，慌忙出门，跪地接旨。等官员宣读完圣旨他明白了：原来是皇上下诏要他进京做官。
孙思邈自从立志学医以后，对仕途、权贵看得很轻，所以就百般推辞。官员见孙思邈执意不允，便悻悻起身告辞。使臣一行人走后，孙思邈想：州县衙门一定会三番五次催逼他进京，使他无法专心研究医学。于是他打定主意，到太白山隐居行医，遍访贤士。第二天，他便告别了妻子和乡亲，离乡背井去了太白山。
发现老鹳草
孙思邈来到太白山，居住在一个山洞里。离太白山脚下不远有一个小村庄。孙思邈经常到村里行医，为病人看病。他也经常上山采药，在洞中炮制。
有一天，孙思邈正在洞中制药，忽然听到洞外有人呻吟。孙思邈忙出洞一看，只见一位40多岁的中年男子坐在地上，面色蜡黄，两腮肿得像馒头一样，孙思邈忙上前询问。那人说：“我家住在岷江边，自幼以打鱼为生，经常在水里干活，天长日久，得了风湿病，四处求治无效，听村庄里的人说这山洞里住着一位神医……”孙思邈不等他说完，忙把他扶进洞里，仔细察看，发现这人病情果然严重。他精心为病人治疗，但始终不见有多大效果。
这一天，为了治好病人的病，孙思邈又拿着药锄，背上背篓上山找药。他忽然看见一只老鹳在山岩上啄食野草，心里一动，想到：老鹳常年栖息在江、河、池、沼等地，以鱼虾为食，为什么会飞到山岩上来专啄食野草。他又想到，许多飞禽走兽生了病都是自己到山上找药吃。老鹳常年在水中寻食，最容易感受风湿之气，难道这种草能治风湿病？他忙采了些带回山洞熬成药汁，自己尝了一些，顿觉全身上下格外舒畅。他就让病人服用，那人服第一剂药止了疼，服第二剂药消了肿，连服几剂后，身体完全康复。孙思邈查遍书籍，也未发现有关这种草药的记载。由于这种草发现于老鹳的啄食，因此孙思邈就命名为“老鹳草”，并认真研究了它的药性。
发现“阿是穴”
一天，一个邻居对孙思邈说：“青石村陈老大的病越来越重，看来活不了几天啦。”
孙思邈说：“我现在就去给他治。”
青石村离孙思邈住的地方有40余华里的山路，邻居们劝孙思邈，这一大把年纪，还是别去了。但孙思邈坚定地说：“我年纪虽然大了些，但身体还硬朗着哩。”说完，带了药囊、银针，拄上拐杖，毅然上了路。黄昏时分，孙思邈终于到了青石村，在一个破窑洞里找到了病人陈老大。
陈老大已经昏迷不醒，到了只有出气很少进气的地步。孙思邈马上对病人进行抢救。折腾了大半夜，病人终于醒了过来。但身体稍微一动，就像刀割一样，疼痛难忍。孙思邈安慰病人说：“不要紧，一会儿我给你扎几针就可以止疼，再吃几服药，病就好了。”说着他开始给病人扎针。针拔出来了，病人还是疼得浑身发抖。孙思邈又选了另外几个穴位扎了针，仍然无效。最后，能用的穴位都试过了，就是止不了痛。怎么办呢？孙思邈一时想不出办法来。他想：难道除了书中写的这些穴位就没有别的了吗？他考虑了一阵，问病人哪儿最疼。他按病人的指点，用手在病人身上边按边问：“是不是这儿？”病人摇摇头。换个部位按，病人还是摇头。孙思邈耐心地又按了好几处，病人一直在摇头。当他按到腿膝关节右上部一个部位时，病人突然说：“啊——是，是这儿。”
孙思邈从这个部位将针扎了进去。病人痛苦的表情渐渐消失了。他试着动了动身体对孙思邈说：“先生，你这一针真神呀，针一进，我浑身一麻，就不那么疼了。”他抬头瞧了瞧扎针的部位，惊奇地问：“这叫啥穴呀？”
孙思邈乐呵呵地说：“你刚才不是说‘啊——是’吗？叫‘阿是穴’好了。”从此，这种哪个部位疼，就在哪个部位进针的疗法，被孙思邈写进书里流传下来。这种穴位便被统称为“阿是穴”。
“龙穿洞”的传说
陕西省耀县城东的高山上，有一座贴石壁而建的大殿最为著名。殿内有一尊高大的塑像，圆脸含笑，长须垂胸，身着鲜艳的大红袍。塑像背后的石壁上，有一方圆四尺的圆形山洞，直通到山外的山脚下。这个塑像就是唐朝非常有名的医生孙思邈，背后的山洞叫作“龙穿洞”。
孙思邈的医术非常高明，名声传遍了天上地下。相传在孙思邈50岁那年，一天晚上，他正在专心读书，三更左右，有一条老龙变成一个身穿黄袍的高个子老头，来找孙思邈看病。孙思邈给他切了脉，觉得很奇怪，就试探地问老头：“你大概不是人吧？”
老头听了一点儿也不生气，反而问孙思邈：“那你说我是什么？”
孙思邈说：“你的脉起如腾云驾雾，落如倒海翻江，你应该是龙吧？”
老头听了哈哈大笑，翘起大拇指说：“你的脉切得真准，怪不得名声能传到天上。我的确是条老龙。半年前生了一种怪病，饿得发慌，但食道像被什么东西堵住了，吃不下东西。”
孙思邈说：“你的病我知道了，但我现在没有治你病的药，后天上午你用真身再来找我，我一定把你的病连根除掉。只是我们这里的人没见过龙，你会把他们吓着的，需要想个办法。”
老龙说：“没问题，你就在家等我好了。”
第三天，孙思邈吃过早饭，在院中等着老龙。突然，“嗵”的一声，院中石壁上出现了一个大洞，从洞中伸出一个龙头。原来老龙从后山的山脚下穿到了这里。孙思邈利用两根银针和一大桶“白瓣曲子汤”治好了老龙的病。老龙也在山中留下了一个有几里路深的“龙穿洞”。当然，这只是一个传说，但孙思邈在医学上的确是创下了不朽的业绩。
医方值千金
孙思邈在行医、采药过程中，搜集了大量的医书、医方和药物标本，同时积累了大量的行医心得。公元640年，60岁的孙思邈回到华原老家。
他住在磬玉山上，回忆自己的行医生涯。他曾遇到各种各样的病，但大多数是不太大的病。自己现在年纪大了，外出诊治不大方便，如果能写一本治疗常见病的医书送给百姓，让他们看了这书就能自己给自己治一些小病岂不是很方便吗？因此，他决定撰写一本《备急千金要方》（简称《千金要方》）。
在写书过程中，也经常出诊，每有心得或新的启示，他也都载入此书，不断对书中内容进行修改完善。公元652年的一天，孙思邈终于完成了《备急千金要方》。他的一家老小都挤在书房里，高兴万分。邻居们也纷纷进屋祝贺，争先恐后地翻阅着。
一位识字的大叔浏览新著后说：“老百姓家里要是有了它，一旦有了病人请不到医生，也能够很快地查出医治的方法，真是‘备急’的好书呀？书里的医方能值千金。”
孙思邈的儿子孙行说：“我父亲花费了12年心血撰写的这部书，就是为老百姓编写的，而不是为那些皇亲世家，他想通过这部书，把医学知识普及到民间去。”
《千金要方》共30卷，分232门，内容非常丰富，是我国最早的一部临床实用百科全书。孙思邈完成这部巨著后，并未满足，而是虚心向名医、行家请教，听取意见。他了解到书中尚有许多不足，深感不安。他打算再写一部书填补旧书的不足，并起名为《千金翼方》。
在他编写这部新著过程中，疾病慢慢地缠上了他。最后他不得不躺在病床上，由他口述，孙子孙溥代笔，祖孙俩共同编写。公元682年，孙思邈、孙溥祖孙俩两天两夜未合眼，终于完成了《千金翼方》共30卷，实现了他要填补《千金要方》不足的愿望。
孙思邈为了完成这两部巨著，付出了后半生的全部精力。在完成《千金翼方》之后，他计划再编写一部眼科专著——《银海精微》，但由于他病情越来越重，不能去实现这个宏伟计划了。公元682年，孙思邈最终未能战胜疾病，带着遗憾，离开了他的亲人，离开了他的病人，终年101岁。他高尚的医德风范，为后人树立了榜样，至今仍被怀念不忘。