明太祖朱元璋为避免后代争夺皇位骨肉相残。特地立下传位长子、长子死后传位长孙的制度。为巩固皇孙地位，他大肆杀戮功臣。但祸起萧墙之内，真正的威胁来自朱元璋封王建藩、派驻各地的儿子。建文帝即位，着手铲除诸王叔的势力，燕王朱棣趁机起兵。发动“靖难之役”。建文帝失败，下落不明，建文一朝的文献被全部删除。
建文帝朱允炆是明朝开国皇帝朱元璋之孙，他的父亲是朱元璋的长子、太子朱标。洪武二十五年（1392），太子朱标病死，明太祖为避免出现兄弟争位、自相残杀的惨剧，立朱标长子朱允炆为皇太孙。同时为巩固朱姓天下，明太祖学习汉高祖的做法，大封同姓王。洪武三年（1370），分封第一批皇子九人；洪武十一年（1378），分封第二批皇子五人；洪武二十四年（1391），分封第三批皇子十人为王，至此，朱元璋诸子全部被封为王。这些诸侯王驻守各地军事、经济重镇，其中九位分别镇守西起甘肃东到辽东的广阔区域，称为九边，实力不俗，其中尤其以驻守北京的燕王朱棣最有权势。他于洪武三年（1370）被封于军事要冲古燕国之地，招兵买马，铸钱养民，手握强大的军事武装。
皇太孙的叔叔们对他很不服气，但因父皇在上，隐忍不发。洪武三十一年（1398），明太祖无疾而终，他在遗嘱中称赞皇太孙处世聪敏，讲究孝道，叮嘱诸位大臣尽心辅佐，在封地的诸王驻守原地，不用赴京会葬。同年闰五月十八日，朱允炆继承皇位，改元建文元年，史称建文帝。建文帝以太祖遗诏为由，禁止诸位王叔入京，燕王朱棣已到淮安，闻令只能转回北京。传言有人想挑拨皇帝与诸位王叔的关系，诸王议论纷纷，惶恐不安，开始操练兵马，准备兴师问罪。建文帝求教于心腹大臣兵部尚书齐泰和侍读黄子澄，决定逐步削除诸王武装，翦除燕王羽翼，最后集中力量消灭燕王。
洪武三十一年（1398）六月，建文帝实行削藩，他首先废除燕王同母弟周王的王位，贬为平民，发配到遥远的云南。一年之内，建文帝相继废除周王、代王、岷王、湘王、齐王，燕王不安于位，私下积极备战；
燕王确实有取皇侄之天下而代之的野心，他手下兵多将广，武器精良，更有个足智多谋的高僧兼能臣的姚广孝，为他出谋划策。明太祖周年祭，燕王派三个儿子朱高炽、朱高煦、朱高燧到南京参加典礼，尚未返回北京，考虑到儿子的安危，燕王不敢轻举妄动。他写信给建文帝，以自己生病为由，请求放还儿子。建文帝的智囊之一黄子澄认为放还燕王三子，可以消除燕王的疑心，而后出其不意一举擒之。燕王没想到儿子能如此顺利地返回北京，喜出望外，认为是上天庇佑。建文帝的错误决定彻底消除了燕王的后顾之忧。
洪武三十一年（1398）十一月，建文帝派工部侍郎张昺任北平布政使司，谢贵、张信掌管都指挥使司，控制燕地兵权，监督燕王行动。建文元年（1399）三月，燕王府小官倪谅告发燕王府将领于谅、周铎，两人被押到南京正法，建文帝下旨斥责燕王不法。燕王为掩人耳目，假装得了疯病，在大庭广众屡屡出丑，但这一招没有取得预期的效果，由于燕王府长史葛诚告密，张昺等人了解了全部内幕。建文帝决定抢在燕王之前动手。在这关键时刻，张信投向燕王，泄露了朝廷的全部计划。七月四日，燕王借口身体康复，摆下“鸿门宴”大宴宾客，就在酒席间擒杀张呙、谢贵以及告密的卢振、葛诚，燕王花三天时间平定了北京城，以清除皇帝身边的奸臣齐泰、黄子澄为由，打出靖难的旗帜，废除建文帝的年号，续称洪武三十二年，设立完备的中央机构，靖难之役正式开始。二十四日，建文帝以“伐燕”诏告天下，他把军务全权委托黄子澄、齐泰。由于明太祖大肆杀戮功臣，中央军事力量已大为削弱，战争伊始就节节败退。虽然战场上硝烟弥漫，建文帝却醉心于在深宫和老师方孝孺探讨周代礼制，按《周礼》更改官制，搞得朝廷上下不宁。
经过四年战争，燕王获得全胜，建文四年（1402）六月十三日，燕王统领大军浩浩荡荡开进南京金川门。当燕王来到皇宫时，宫中已是一片火海，建文帝也不知去向。同时，建文帝所使用的宝玺也一起消失。正史记载建文帝在宫中起火时自焚而死。以后成为明成祖的燕王朱棣在给朝鲜国王的诏书中说：“不期建文为权奸逼胁，阖宫自焚。”但是，太监在火后余烬中反复搜检，只找到马皇后与太子朱文奎的遗骸，无法验证建文帝的生死。若建文已死，必定有陵，燕王也曾做过祭奠的表面文章。但后人不知陵在何处，连明代皇帝也搞不清楚，明末崇祯帝就曾说过：“建文无陵，从何处祭？”
另一种说法认为在南京城破之时，建文帝曾想自杀，但在其亲信劝说下，剃掉长发，穿上僧衣，从地道逃出了皇宫，浪迹江湖。明成祖死后，他回到京城，被迎入西内，死后葬于京郊西山。朱棣登位后，也感到建文帝的存在对他的皇位是一种威胁，因此多次派心腹大臣，四处查访。永乐年间的郑和下西洋的随行使团官员中，就有锦衣卫的人员，这显然有暗中察访建文帝的用意。一个事实是，明成祖曾向天下寺院颁布《僧道度牒疏》，将所有僧人重新造册登记，对僧人进行了一个总调查。从永乐五年（1407）起，还派人以寻访仙人张邋遢为名四处出巡，足迹遍及大江南北，前后二十余年。民间传说中，在许多地方留下了建文帝的踪迹与故事。有说建文帝逃到云贵地区，甚至辗转到南洋地区，直到现代，云南大理民间仍有人以惠帝（建文帝）为鼻祖。也有现代学者考证，当年建文帝出逃后，曾藏于江苏吴县鼋山普济寺内，后隐匿于穹窿山皇驾庵，于永乐二十一年（1423）病死于此，葬庵后小山坡上。至此，建文帝的最终下落一直成为历史之谜。野史与民间传说倾向于建文帝出逃说，反映了百姓对建文帝的同情；
燕王取得政权后，实施残酷的“瓜蔓抄”大肆杀伐，把忠于建文帝的大臣一网打尽，受刑最惨的是被诛连十族的方孝孺，全家九族包括师友被杀得一个不留。建文帝的三个弟弟，两个囚死于关押皇族罪犯的凤阳监狱，另一个因住宅失火而死。建文帝的次子被俘时还是婴孩，他被幽禁深宫五十五年，称“建庶人”，英宗天顺元年（1457）重获自由时已是六十老翁，不知世事，不辨牛马，状如白痴。
为了从历史上抹去建文朝，明成祖大规模地删改史书，废建文年号，改回明太祖洪武年号，即位后改元“永乐”，明太祖似乎回到人间重新执政了四年。清乾隆年间，建文帝被追封为恭闵惠皇帝。