1899年，逃往海外后的康有为支持唐才常组建“拥护光绪帝当政”的自立军，被张之洞倾力剿灭。年底，慈禧太后准备废了光绪帝，立端郡王载漪之子溥儒为“大阿哥”，定在明年元旦光绪帝行让位礼，改元“保庆”。转眼已到了二十世纪的千禧年，这一年对慈禧太后来说几乎是灭顶灾年。元旦前夕，先是各国公使放风不承认新皇帝，上海电报局总办经元善鼓动上海绅商名流千余人联合发出保皇通电公告，康有为和梁启超在国外联络号称十万之众，通电国内反对废立。更使慈禧太后不可思议的是，北京传来外国军舰集结北洋海面，我的国家的人民干涉内政，这都还可以理解的，可是我们自家国内的内政的事，外国人怎么能够可以这样干涉的呢？
慈禧想不通。庚子年刚到，她获悉河北、山东、东北等地义和团风起云涌，他们反对洋人洋教的横行霸道。义和团源自义和拳、梅花拳和大刀会（原属白莲教系统的八卦教分支，以“反清复明”为宗旨）等民间秘密结社团体，参加人员主要是贫苦的农民、落后的手工业者、无业游民和劳动群众。他们不满当地官员倚仗外国人、庇护传教士。慈禧认为义和团的想法与自己的想法相同，据《慈禧外记》说：
慈禧对端王载漪说：“洋人命运该绝，如鱼在釜中，予四十年来忍辱含垢，卧薪尝胆，以谋报复，如越王勾践之心，未尝一日忘之。予待洋人，不可谓不宽大，以前我不是请公使夫人到西苑游玩吗？现在全国一心，敌忾同仇，必能战胜无疑。”
慈禧是想利用义和团来杀杀外国人的气焰，来巩固封建统治。因此，她先派军机大臣、吏部尚书刚毅前往涿州察看义和团动静，刚毅回报说：“有个首领说他们实为教民欺压，团练学艺，只是为保身家之计，并不敢抗拒国家。”慈禧便决定采取招抚政策，从西苑门至皇宫西华门，“沿路排列拳民为护卫，太后赏银二千两”。承认义和团合法地位，默许他们进入北京。
义和团在北京大规模焚烧教堂，慈禧也不干涉。并派英年、载澜会同刚毅统率京师、天津一带团民，将直隶各州县被捕的团民一律释放，还发放粳米赏银。此举遭到李鸿章、刘揆一、张之洞等反对，但端王载漪为了早日使儿子溥侑登位，却十分支持。
于是，天津、山东义和团纷纷打出“奉旨义和团”和“扶清灭洋”的旗号。进入北京的义和团，围攻东交民巷的外国大使馆。
各国公使惊慌失措，一面急拍电令驻天津各领事馆，速派兵赴京。一面照会清政府，限令在短期内将义和团“剿除净尽”。
光绪二十五年五月十三日，八国联军正式组成。各国政府以“保护使馆”为由，陆续派军队进入北京、天津。《军机处寄出使俄国大臣杨儒电》称：“朝廷以时事颇迫，破格许之。各国统计到京洋兵不下五百人。此中国慎重邦交之证明也”；“自洋兵入城以后，未能专事护馆，有时上城放枪，致有伤人之事，甚或任意游行，几欲阑入东华门，被阻始止。于是兵民交愤，异口同声。匪徒乘隙横行，肆无忌惮”，围攻东交民巷（各国使馆区）；“乃有令各使臣暂避至津之事，正在彼此商议间，突有德使克林德晨赴总署途中被乱民伤害之案”，日本使馆书记生杉山彬也在此次丧生；“自出此案，乱民益挟骑虎之势。并护送使臣赴津之举，亦不便轻率从事矣”。
慈禧因屡次谕令总理大臣前往禁止攻击，并至各使馆会晤慰问，但“因枪炮互施，竞至无人敢往”。
五月二十日（6月16日），天津大沽口海面，集结了各国舰只28艘，各国舰队司令举行会议，一致决定要占领大沽炮台，由俄国海军中将希尔德兰德代表各国舰队向天津镇总兵罗荣光发出最后通牒，限次日凌晨2时交出大沽口炮台，否则武力夺取。罗荣光严词拒绝，经过激战，罗荣光“挺身自杀”，五月二十三日，大沽失陷。《天津通志》载：“联军900人在大沽登陆，炮舰驶入海河，津城各铺户闭市，贸易停顿”。慈禧接到消息，于当天午后召开第四次御前会议，光绪帝列席其中。慈禧向众人出示列强要她“归政照会”，照会称：
勒令皇太后归政（光绪皇帝）。
慈禧高声怒陈：“前，外人涉我内政，不容大清国废立，这也罢了；今，八国军队攻陷天津卫大沽炮台，意在联合逼哀家归政皇儿，岂有此理的耶！现，兵端已启，却非衅自我开。今日，哀家，为江山社稷计，不得已向嚣张的洋人宣战！宣战！”接着，颁定宣战诏书，由光绪钦定。《宣战诏书》有这么两句慷慨激昂的话：
与其苟且图存，遗羞万古，孰若大张挞伐，一决雌雄！
广有二十余省，人民多至四万万余兆，何难剪灭凶焰，张国之威！
当日，着许景澄照会各国使馆，限二十四小时内离京，政府派兵护送到天津。
二十四日，慈禧撇开光绪帝，独自召集中枢大臣会议，发布紧急谕诏，称洋兵聚集津沽，中外衅端已成，令各省督抚联络一气，共挽全局。
二十五日，清政府正式颁布宣战诏书。
即日，她向各省督抚招集“义民”组团，借御外侮。慈禧将这“宣战”与“招抚”的决定交由荣禄密传给两广总督李鸿章。然而，李已经与张之洞、刘揆一、袁世凯等正与英、法等国私下密商“东南互保”，李急告知盛宣怀，因盛是负责“互保”的联络人。盛乃督办铁路事务、东南众多企业的大股东，发生战事自然对他、对东南地区的民族资产阶级及封疆都大不利，也不希望义和团运动扩展到东南，引起列强的入侵和战乱，使他们的利益蒙受损失。而英国政府也很担心这场斗争会蔓延到英国势力范围内的长江流域，因此，盛会同东南实业巨头张謇与英国驻上海代理总领事华伦共同酝酿了互相保护的方略。
五月十八日，华伦致电国内，建议英政府尽快与清湖广、两江总督取得“谅解”，帮助他们在辖区内“尽力维持秩序”。外交大臣索尔兹伯里复电同意，授权他通知张之洞与刘揆一。张、刘获悉皆极愿意互相保护。张、刘是“东南互保”主盟，李鸿章也极力支持。正商议间，不料来了“宣战”谕令，盛宣怀恐因坏了互保谈判，便建议李、刘、张三人将此谕令隐匿不发。刘、张感到“东南互保”一事有关逆背宣战谕旨，。犹豫不决。急得盛宣怀赶紧派心腹沈瑜庆至南京请出师爷张謇向刘揆一“再为陈说”，劝他坚持互保宗旨。张謇便以“无朝廷不足成东南，因名分不够；无东南亦不足存朝廷，因财政粮饷出于此”相告刘，刘这才决意承当东南互保牵头人。沈曾植也说动汉口的张之洞。
张、刘还与李鸿章相约：“五月二十四日以后的上谕概不奉行。”
五月三十臼，“东南互保”在上海道余联沅会同各国驻上海领事召开共同会议、盛宣怀以两江、湖广地区公请帮办的身份出席，当日即在上海达成。
山东巡抚袁世凯得悉密电，也即刻仿照东南各省实行互保，在直鲁边界遍插“山东地界”，还标上英文字母；闽浙总督许应骥也于六月十八日与英、美、俄、日等六国订立《福建互保协定））。
历史上，如此周密的、庞大的、典型的抗旨现象，十分罕见。唯有一次是我们所熟知的是“烽火戏诸侯”的典故。
西周幽王得褒姒，立为后，十分宠爱。然而，褒姒不爱笑，幽王用各种方法逗她笑，她都不笑。幽王突发奇想，点烽火，击鼓告警，报省长们有敌寇来了，省长们看见烽火，都赶来救元首，但并没发现敌人，个个都像傻瓜一样仰头张望，满脸郁闷的熊样子，褒姒见状乐了，她大笑不止。幽王大悦，开心极了。之后，他又再燃烽火为警，但省长们不相信，就都不来了。
然而，慈禧并没有骗都督、巡抚们，摆在眼前的是八国联军已打进天津了，她也代表皇帝、代表国家和人民，向敌国宣战了。可是掌握现代化军队的将军们竞不响应，还与敌人签订“东南互保”协议，可想而知，慈禧的威信是没有的，汉官们只把她当做是个可以依赖的妇人，可以戏弄的妇人。
但若说她并不知道汉官们耍她，那也未必。我们在后面将会看到。
就在光绪二十六年五月三十（6月26日）这天，慈禧又向《各省督抚等电旨》，由军机处发出，电文极尽委屈，哀告有加，似乎她已察觉“东南互保”隐情：
奉旨：……亦不谅朝廷万不得已之苦衷矣。尔各督抚若内变如此之急，必有寝馈难安、奔问不遑者，尚肯作此一面语却！此乃天时人事相激相迫，遂成不能不战之势。尔各督抚勿再迟疑观望，迅速筹兵筹饷，力保疆土。如有疏失，惟各该督抚是问。钦此。
这电文等于是一张废纸。
有张纸，倒是义和团总领曹福田的纸，响应了慈禧，他于六月初一给进入天津租界的联军下了道《致各国战书》：
统带津、静、盐、庆义和神团曹，谨以大役布告六国（应为八国）本当扫平疆界，玉石俱焚，无论贤愚，付之一炬，奈津郡人烟稠密，百姓何苦，受此涂炭。尔笃自恃兵强，如不畏刀避剑，东有旷野，堪作战场，定准战期，雌雄立见，何必缩头隐颈，为苟全之计乎？殊不知破巢之下，可无完卵，神兵到一处，一概不留。尔等六国数十载之雄风，一时丧尽。如愿开战，定准战期。
这一爱国运动，慈禧高兴，她不赞同外国人干政，力主利用爱国的义和团与扶保光绪帝的列强抗争。血战到底。1900年5月，八国列强联军开进天津，天津宣布独立；12日，慈禧向列强宣战，通告各国使馆人员下旗归国。但到了7月20日，八国联军攻破北京东便门，次日，慈禧来不及梳洗，带着光绪帝、皇后隆裕等中央首要从德胜门逃出。《清宫词选》选了一首吴士鉴的咏叹诗：
宫车晓出凤城隈，
豆粥芜萎往事哀。
玉镜牙蓖浑忘却，
慈帏今夜驻怀来。
诗下有注释：据《两宫西狩记》：“是日二十一日，太后、皇上均坐车出德胜门，行至贯石，始由光裕驼行孝敬驼轿三乘，皇上与伦贝子同坐一乘，直至怀来县宣化县，两宫皇后、大阿哥始均坐轿。复因仓猝出宫，太后仅穿蓝布夏衫，头尚未梳，皇上则仅穿黑纱长衫及黑布战裙两条而已。铺盖行李均不及随带出京，三日夜间只睡火坑，既无被褥，复无替换衣服，饭更无人进奉，只以小米充饥。狼狈情形不堪言状。”