嘉佑三年，王安石终于来到了京城开封，这时他的官职是三司的度支判官。在这之后，他又进入馆阁，官至知制诰。他在做度支判官的时候，怀着满腔热情，给当时的仁宗皇帝上了《上仁宗皇帝言事书》，以此来针砭时弊，希望能够有所作为，但他这封包含了自己政治主张和改革建议的奏疏并没有得到皇帝和朝廷的重视。在后来的知制诰任命期间他也只是参与起草诏书并兼任纠察京城开封的刑事案件之职。嘉佑八年，王安石因服母丧辞官回到了江宁府。治平二年，朝廷下诏起复王安石，但他没有接受，而是选择了继续留在江宁。
神宗即位后，由于他做皇子时的幕僚韩维的推荐，他先是让王安石出任江宁知府，后又提拔他担任翰林学士兼侍讲之职。其实在神宗即位之前，他就对王安石和他的政治主张有所了解，他曾经读过王安石所写的《上仁宗皇帝言事书》，十分赞赏他的才华。
王安石和与他一起进翰林院的司马光相比，更刚强、更倔强。当时神宗下旨，升司马光为翰林学士，司马光以他不会写“四六文”推辞皇帝的赐官。神宗知道这显然是推辞，以司马光的文笔，四六文自然不在话下。
由于神宗的坚持，后来司马光也就接受了翰林学士的职位。对比来看，王安石起初曾被授予修起居注，他连写了14道奏章拒绝升官。后来小吏将任命的诏书送来，甚至跪下请他接下诏书，但倔强的王安石硬是把诏书给送了回来，二者相比可见王安石的倔强。
宋神宗一心想变法图强，在当时只有王安石是最好的人选。神宗准备让王安石出任宰执主持变法，却遭到了朝中老臣们的反对。韩琦、富弼、唐介、吕诲等人都认为，王安石的政治主张太过理想化，且他为人不够豁达，性格固执，处事又不够稳健，难以与人相处，帮助管理朝政尚可，但根本不适合做宰执大臣。
年轻的神宗有着似乎与其年龄不符的“小心谨慎”，他并没有直接听信韩琦等人之言，放弃起用王安石的想法，而是多次接见王安石，与他探讨治国之道。王安石的才华是惊人的，神宗后来称赞他是本朝的“圣人”，王安石一直以来的政敌司马光后来也有“介甫（王安石字）独负天下大名三十余年，才高而学富，难进而易退，远近之士识与不识，咸谓介甫不起则矣，起则太平可立致，生民咸被其泽矣”之言。
王安石受到神宗召见之后上《本朝百年无事札子》，全面总结并批评了宋朝前期的政局，经过多次的接见和探讨，神宗终于认同了王安石的政治主张。熙宁二年，王安石出任参知政事，北宋朝着名的熙宁变法即将拉开历史的帷幕。
变法伊始
新法的目的在于“富国强兵”，而他在宋神宗心中扎根的根本原因却在于军事。军事问题凝聚了宋以来100余年所有中原人的沧桑与苦痛，宋朝自幽燕之役、雍熙北伐以来就一直没能扭转令人感到屈辱的外战记录。
但神宗想要改变这个不堪的现状，是他公开承认宋太宗赵光义是死于契丹人的箭伤，在这之前，这是一个人人明白却不能说的“秘密”。宋神宗不想像真宗和仁宗两朝一样用金钱去买所谓的和平，更不愿与侵占自己国家领土，残害自己子民的边境异族“称兄道弟”，他心里清楚金钱不能买宋代万世的“和平”，他要在他的时代夺回燕云十六州，荡平西夏吐蕃，让宋朝拥有如汉唐一般的恢弘气象。
年轻的神宗曾经身穿战甲去后宫参见他的祖母曹太后，身为武将之后的曹太后见神宗如此装束状百感交集，顿时热泪盈眶，不能自已，可见屈辱的外交给宋朝带来多少的痛苦。
然而要打仗必须要有强大的财力支持，以神宗朝现在的经济状况根本无法支持收复边疆这样的大战。想要扭转当前的经济状况，为国库增收从而支持以后必然要开始的战争，办法如前面所提到的无非两种，一是开源，二是节流。当时大部分朝臣都是主节流之法，变法之前河朔地区发生重大的水灾，宰相曾公亮提议省免郊祀典礼时对大臣的赏赐，当时很多人都赞成这一点，就连当时的翰林学士司马光也不例外。而王安石却认为国用不足是理财不慎造成的结果，这样做只是杯水车薪，不能从根本上解决问题。王安石认为“善理财者，不加赋而国用足”，但这一观点遭到了许多臣子的反对。司马光认为王安石“不加赋而国用足”的说法只不过是变相抢夺民财，盘剥百姓，在他之前，武帝朝的桑弘羊就曾用过，后果低劣不堪，根本不值一提。
王安石“不加赋而国用足”的想法确实是超出了时代的限制，自然不被当时的时代所理解。王安石更认为法家的“经术”是用来治理社会的妙药良方，纵观前朝历史，以“法”治国而强盛起来的例子不在少数，迂腐之人不会用“术”，才会认为“术”是害人之物。宋神宗自幼好读《韩非子》，对法家“富国强兵”之术有浓厚的兴趣。一次，神宗向王安石询问如何才能治理好天下，王安石答曰：“择术为先。”他向神宗进言，希望 他效法尧舜，做一代明君，造福天下苍生。王安石的治国想法和他内心强大的抱负契合了。
“变风俗，立法度”是王安石认为的治国首要任务，“变风俗”，儒家学说最大的目的就是让风俗纯朴；“立法度”，儒家从来都是以笼统的仁义道德来“治国”，是从来瞧不起法家之“术”的。从现实角度来说，法家的学术是有重要的治世意义的，但在宋朝儒学盛行，甚至已经到了开始僵化的地步，普遍认为“韩非险薄，无足观”，法儒根本不相融，要以法家之术进行变法谈何容易？
况且变法涉及内容之深，开展过程之艰难都是难以估计的，处理每一个问题都必须小心谨慎，稍有不慎，就会满盘皆输。更重要的是如何才能让每一个官员和百姓都能理解新法并实实在在地去实施它。如若不然，神宗朝的变法将会像20多年前的庆历新政那样，有计划却实施不力，最后变得一无所成。
熙宁二年，宋神宗任富弼为首相，王安石为参知政事，开始变法。神宗这样的安排是有他的用意的。由于王安石和新法在当时并不得人心，神宗任富弼为首相，希望以他三朝老臣的威望来镇抚局势，安定人心，而变法的具体内容和实际操作都由王安石来领导完成。这样的安排不仅有助于朝局的稳定，新法的推行，也可以在一定程度上保护王安石，给新法推行一个良好的政治环境。
熙宁二年二月，神宗为变法特别设立了“制置三司条例司”。顾名思义，它以国家的财政总署三司省为根基，是专门制定户部、度支、盐铁三司的条例部门，由参知政事王安石和枢密院院事陈升之主持。在这之后，王安石又向神宗推荐了吕惠卿、章惇、蔡确、曾布、沈括等他认为对新法有帮助的人参与并协助变法。
这些人中较为着名的有后来的权相吕惠卿和领导平定荆湖叛乱的章惇。吕惠卿，字吉甫，生于公元1032年，泉州晋江人。他年轻时在真州做过推官，后被调进京城。一日，他和王安石偶然见面，两个人在政治上聊得非常投机，王安石因此推荐他进入变法集团，成为王安石变法的中坚力量。史书记载在熙宁变法推行的过程中，“事无大小，安石必与惠卿谋之”。后来吕惠卿极大地影响了变法，在历史上骂名不断，这或许也是王安石事先料想不到的。章惇，字子厚，福建浦城人，是吕惠卿的同乡，他也是在历史上颇有争议之人。
既然万事俱备，改革就指日可待了。然宋朝泱泱大国，国事千头万绪，改革将从何入手呢？俗话说“万事开头难”，只有选取了最稳定、最有效的突破点，迈出最稳健的一步，才能为日后新法的全方位展开铺平道路。
熙宁二年七月，经制置三司条例司议定，颁布了新法第一条法令——“均输法”。“均输法”的内容很简单，即由朝廷拨出五百万贯钱和三百万担米作为起始的周转经费，由发运使根据京师库藏和各地物资的实际情况来购买政府所需要的物资。与此同时，将各地多余物资由政府进行统一销售，这样不仅可以增加国库的收入，更可以有效地稳定物价，同时也减轻了农民肩上的负担。它既迅速地让皇帝、官员和百姓看到了新法的效果，又没有触动以农业为根基的中国古代国家最大的命脉。
那么“均输法”出台的原因又在哪里呢？
作为北宋王朝的国都，整个开封府的繁荣很大程度上都取决于周边小城镇、农村的供给，这是一个不变的道理，即使是现在社会也是如此。在太祖赵匡胤时期朝廷设立了发运司，由发运使来负责淮、浙、江、湖等六路的漕运，把全国各地的物资运往开封。但由于发运司作为一个执行机关 本身的权力不足，执行调运任务时受到各方面的牵制，供需得不到有效的调和，漕运也因此发生了混乱。往往开封府需要的东西运不来，不需要的又积压成山卖不出去，再加之地方对一些物资强制性地进行摊派，宋朝的百姓对此的压力都很大。
针对这个制度的弊端，“均输法”适时地出台了。在新的法令之下，发运司的权力大大增强了，具体来说就是现在由发运使亲自去了解开封和全国的物资状况，并由它来决定具体物资的运输，收上来的物资由朝廷向官员、市民等人发售。具体由原开封府度支判官、陕西转运副使薛向担任发运使，实施“均输法”。
“均输法”一颁布就引发了不少非议，这应该也是变法派事先就预料到了的。由于它由国家来承担物资的运送和销售，就在一定程度上打击了自由经济，触犯了商人的利益。宋朝的商业尤为发达，商人，尤其是大商人的利益和封建官僚以及贵族有着割舍不断的联系，商人的利益被触动，毫无疑问地也就在某种程度上影响了官僚贵族的享受。“自均输法实行，豪商大贾皆疑而不敢动。”苏轼之后，苏辙、冯京、谢景温等人不断地对“均输法”展开政治攻击，认为其扰乱秩序、法术不正，理应废除。而事实上，“均输法”确实有利于国家商业的稳定，更有利于国库的充盈，这和新法“富国强兵”的宗旨也是相吻合的，王安石等人在当时推出这个法令也是可以理解的。
详解“青苗法”
“青苗法”也称“常平新法”，简单来说，就是国家以储藏的粮食为成本，每年分两季向缺粮缺钱的农民发放贷款，并收取一定的利息。农民 所贷之款同夏秋两季所缴纳的农业税一起交还给朝廷。
北宋以前的隋唐两朝，盛行的是“常平仓”。就是由国家出面，在农作物丰收的时候出钱稳定市价收购，防止谷贱伤农；一旦灾年出现，国家就把收上来的谷子以较为低廉的价格卖给缺钱缺粮的农民。很显然，这是一项利国利民的好政策，毫无盈利性质，如果国家财力雄厚可以支撑，造福百姓，博取民心，又有哪位君主不愿意去做呢？有一利必有一弊，有这么多的好处，贪官污吏们又怎会甘心把这些粮食白白发放给毫无地位的平民百姓。由于官员的腐败，“常平仓”法的实施并不像预想的那么好，不少人利用这一政策为自己牟私利。在北宋的财政制度中，凡是考取功名的、出家为僧为尼的人和家庭都无需向朝廷缴纳税款，也无需服兵役等一系列徭役。如此一来，沉重的税务和徭役负担都加在了穷苦的农民身上，加上官员和富商勾结贪污，农民没有了粮只能向民间的高利贷借款，而在宋朝民间的高利贷利息居然已经到了高达月息六分，年息七十二分的程度。
“青苗法”的具体实施方法是将全国各地广惠仓、常平仓里的粮食都由朝廷收集上来，兑换成现钱，在河北、京东、淮南三路，分夏、秋两个季节，由国家出面把钱贷款给青黄不接的农民，让他们度过危难。在庄稼收成以后，加两成的利钱将这些所贷钱粮归还给朝廷。
北宋立国百余年来，农业、工商业和手工业都迅速发展，与此同时北宋政府长期实行“不抑兼并”的国策，大地主、大商人的势力日益膨胀，矛盾急剧上升，“青苗法”的出台必然会触动到地主、商人和官僚们的利益。不出所料，“青苗法”刚出台，又立即遭到了反对。反对派的官员认为平民百姓不善管理，就会见钱眼开，到时候朝廷贷给农民的款在收取的时候就会有很大的问题，而“常平仓”法施惠于民，百利而无一害，应继 续沿用。然而宋神宗一心想要收复失地，统一河山，本来国库已经入不敷出，再继续实行“常平仓”法，庞大的军费又从何而来呢？“青苗法”以国家的名义贷款给百姓，既可以帮助百姓度过危难又可以收取利息，对于国库增收有着不可估量的作用。况且“常平仓”法使得宋朝腐败加剧，兼并日益严重，“青苗法”的出台正好可以适当地缓解这一局面。
想法是好的，但“青苗法”在后来的实施过程中却出现了问题，很多事实也不断证明，往往一些好的想法都是在操作上出了问题才导致失败。
为了缓和当时的矛盾，经朝臣研究商讨，原定将在河北卖“度僧牒”的钱作为启动资本在陕西试行青苗法，不动用国家的粮食储备。但后来在具体实施过程中不仅动用了广惠仓、常平仓里的粮食，试行范围更是超越陕西，扩大到了河北、京东、淮南三路。而此时变法派与守旧派的对抗，骤然上升到水深火热的程度，守旧派认为王安石“大奸似忠，大诈似信，外示朴野，中藏奸诈……”
“青苗法”出台之后，变法派吕惠卿作为王安石的得力助手，被晋升为太子中允、崇政殿说书，能够直接和神宗每日讨论时政，交换关于新法的意见和看法。而这时首相富弼却以年老多病为由向神宗提出了辞官还乡，富弼是反对变法的，当初神宗任他为首相，为的就是用他的威望平息众怒，来缓解变法所受到的压力。富弼走后，王安石终于被推到了前台，反对派以前所未有的声势开始一轮又一轮地攻击变法，新法压力倍增。
一日，吕惠卿在崇政殿为神宗讲述“先王之法”，他认为事物一切都在变化发展，礼法也有一个不断完善的过程。根据《周礼》，“先王之法”中在每年正月的布法象魏，周王巡视天下，刑法轻重缓急的改变，这些都是“先王之法”的变化。如今实施新法，是时事所趋，且新法的推行于国于民都有利，并没有违反“先王之法”。而以司马光为首的反对派却认为吕惠卿这是曲解经义，“先王之法”从来都是不可变的，一旦改变必将受到上天的惩处。这显然是针对新法进行的辩论，只是以说《周礼》为幌子而已。接下来，司马光发动百官弹劾“制置三司条例司”，认为治国应以儒家之“德”来服众，不应贪图小利而放弃大义，以“奸邪”之法来迷惑君主，应该重效古人之法，废除新法。