嘉靖三年（1524年）七月，世宗召见群臣于左顺门，命去除“本生皇考恭穆献皇帝”中的“本生”二字。这完全更改了嘉靖元年的诏谕，群臣惊诧异常，遂引发了反对皇帝过度尊崇亲生父亲的哭门事件。
杨廷和、蒋冕致仕离朝后，继续对抗的大多是年轻的官员和词臣，他们权势虽不及父辈，但人数众多，在气势、行动上也要比老臣更为激烈。
为了维护孝宗的礼法，礼部侍郎朱希周上疏，指出世宗更定皇考之举“不足取信于天下”。六部、九卿、詹事、翰林等官员，相继上疏抗争，都被世宗留中不发。为避免官员们纠缠，世宗宣布罢朝，退居到文华殿。尚书金献民、少卿徐文华见此情景，在群臣中倡言：“诸疏留中，必改孝宗为伯考。”杨廷和的儿子杨慎慷慨激昂：“国家养士百五十年，仗节死义，正在今日。”编修王元正、给事中张翀于是集朝内文武群臣于金水桥南，倡议道：“万世瞻仰，在此一举。今日有不力争者，共击之！”吏部右侍郎何孟春、少卿徐文华也相继号召，于是群臣俱赴左顺门跪伏，高呼太祖高皇帝和孝宗皇帝，力谏世宗考孝宗。
世宗闻知群臣在左顺门跪伏，数次令太监传谕，命群臣暂退。但是，群臣从辰时跪至午时，依然伏地不起。于是，世宗命锦衣卫将翰林学士丰熙等八人逮入诏狱，然而这并未能制止群臣的伏谏。杨慎、王元正撼门大哭，百官也伏哭不止，一时“声震阙庭”。朱厚熜大怒，命太监将跪伏官员的名字全部录下，对四品以上的官员俱夺去俸禄，五品以下的官员一律逮入狱中。次日，世宗余怒未息，将昨日所捕之人，各自予杖，当时受杖人数多达一百四十余人，受创过重死去的有十六人之多。张原当时即被杖死，杨慎等或被削职为民，或充戍边疆。这是明代士人以“道”抗“势”的举措中规模最大的一次，同时也是失败最为惨重的一次。这件事，当时被称为“大礼狱”。
世宗取得了绝对性的胜利。九月，定大礼，称孝宗为“皇伯考”，昭圣太后张氏为“皇伯母”；称恭穆献皇帝为“皇考”，章圣太后为“圣母”。并上册宝，将兴献皇帝主位自安陆迎至宫中，奉谒奉先、奉慈二殿。左顺门跪伏事件，以世宗的考生父不考孝宗而结束。至此，最终解决了“尊谁为父亲”的问题。
通过“大礼议”，世宗清除了以杨廷和为首的前朝旧臣的势力，终于完成了由一个藩王到真正主宰朝政，握有实权的皇帝的转变。通过“大礼议”，张璁等人气势极为嚣张，一大批以张璁为首的新贵迅速进入中央政权的核心。
直至嘉靖七年，对谏争大礼议的诸官还在进一步追夺。世宗所不能忘怀杨廷和的仍是“以定策国老自居，门生天子视朕”。尽管他对杨廷和的感情是比较复杂的，因为没有杨廷和的推举，他便不可能以外藩的身份登皇位君临天下；但是他决不能被轻视，甚至不能被任何人所限制，这是自太祖以来便形成的传统，已深深印刻在每一位朱氏皇族成员的心头，因此从这一角度他对杨廷和又充满了仇恨，所以才会咬牙切齿地说杨廷和“法当戮市”。已罢官的大学士杨廷和被斥责为“罪之魁”，削籍为民；已故尚书毛澄、林俊，各夺生前官职；大学士、尚书蒋冕和毛纪、乔宇、汪俊等虽已致仕退休，也被夺职；斥吏部右侍郎何孟春、吏部郎中夏良胜，俱发遣原籍为民。世宗还命礼部将此诏谕揭示承天门（即今天安门）下，以为诸司官员警省。
在世宗这方面，此次事件使他对文臣们产生了忌恨的情绪，以致在以后的生涯中很难与臣子们处于一种和谐融洽的政治关系中。“大礼议”过程中文官集团的分化及士大夫们所表现出来的投机或顽固心态，使他对于一般的官员们非常轻蔑，并失去与士大夫们对话的兴趣。更重要的是，通过此次事件，使他深深懂得了权力的重要，他所要做的，就是牢固地控制着权柄，并且永远高深莫测。世宗朱厚熜在位四十五年，时间之长，在明代十六帝中仅次于他的孙子神宗。四十五年的时间中，基本上有一半的时间他根本就不住在宫中，而是住在他专门用来炼丹、斋醮的西苑中。但是，他却从来没有放松过对政权的控制。对权力的过分迷恋又导致了他敏感多疑的心理，从而不相信任何人，在情感上成了名副其实的“孤家寡人”。所有上述这些影响，都决定了世宗一朝的政治格局，因而大礼议之争无疑是明朝最重要的政治事件之一。
朱佑杬被追尊为皇帝后，原有兴献王坟也相应按帝陵规制升级改建。嘉靖三年（1524年），兴献王坟正式更名为显陵。嘉靖六年（1527年）十二月，“命修显陵如天寿山七陵之制”，修葺宝城、宝顶并重建享殿，增建方城明楼、睿功圣德碑楼、大红门，并在龙风门前的神路两侧建置了望柱和十二对石像生等，开始大规模的改建。嘉靖十七年（1538年），朱厚熜的生母章圣皇太后病逝，次年七月同朱佑杬合葬在显陵新玄宫内。显陵于正德十四年（1519年）开始修建，直至嘉靖驾崩建设才停止，前后断断续续修了四十七年。耗资之巨令人瞠目，仅重修显陵旧邸就花了白银四十八万余两，约合当时四十万农民一年的口粮钱。一个藩王的墓在那场纷乱的大争论之后，在大张旗鼓的改建下，终于拥有了皇家的气派。
名家回眸
李洁非先生说，嘉靖从“大礼议”看到了自己的事业前景，而这种前景将超过时间的束缚成为永恒。人伦大礼，天地乾坤，有天地，然后有万物，然后有男女，有夫妇，有父子，有君臣，有上下，“然后礼仪有所错（区别）”。朝代有更迭始终，再伟大的君王，其事业在身后也终会有泯灭的一天。但是人伦之义，祖天述地，与日月同存。因此，嘉靖皇帝认为只有在立法上有所建树，才是真正的不朽。
他似乎悟通了一个道理：与其做一位特定时代的世俗主宰者而留名青史，不如铸造精神范式，架设思想灯塔，指引千秋万代。
变态的嘉靖政治
明朝皇帝无不崇尚方术，而嘉靖皇帝可能是其中最为痴迷的一个。
嘉靖皇帝生长于南方，自幼体弱多病，到北京后，偶感风寒就会咳喘交加。
为求祛病长生，他信奉道教，修玄炼丹，闹得声势浩大，成为影响明朝政治的重要因素。一些朝臣、道士谄媚奉承，积极参与嘉靖皇帝的修玄炼丹活动，博得龙颜大悦，官至卿相，于是出现了明朝历史上臭名昭着的“秋石尚书”与“青词宰相”。
要明白何谓“秋石尚书”，先须从秋石说起。据《本草纲目》载，秋石乃一种丹药，以童男或童女的尿加石膏炼成。因为提炼必在秋日，故名秋石。秋石药性温热，可以补肾，服食者务为淫欲之人。嘉靖皇帝身体本来就差，却又好色，听信道家“采阴补阳”之说，常常在宫中奸淫年幼宫女，如此这般，他怎能吃得消？最后只有靠丹药来补。
为了炼丹，嘉靖皇帝先后从湖北、江西、安徽等地聘请道士。这些来自南方的道士属于道教中的南宗，讲究修炼与服食并重，不同于北宗的全真派，专言清心寡欲的修炼之法。嘉靖皇帝以丹药求长生，故重南宗。道士中的炼丹高手有邵元节、陶仲文，两人所炼丹药曰“红铅”。此药用新生婴儿口中所含之血或少女初潮之经血，合以乳粉、乳香、秋石等烧炼而成。据说，红铅可壮阳气，嘉靖皇帝服食之后，很见效果。于是，邵、陶两人“俱挂大宗伯衔”，也就是享受尚书的待遇了。这两人可以说是方外的“秋石尚书”。
道士会炼丹，不是道士的文人也会炼丹。无锡人顾可学，进士出身，先因贪污公款，被革职闲居。当他看到嘉靖皇帝喜好丹药，便贿赂严嵩，自言能炼秋石，服之可以延年益寿。严嵩立刻把他推荐给皇帝。顾可学大受重用，初命为右通政，嘉靖二十四年（1545年）拜工部尚书，不久改礼部尚书，再加至太子太保，升迁神速。对于顾可学的丑陋行为，当时人编了一句顺口溜：“千场万场尿，教得一尚书。”京师民众每遇见顾可学从长安街经过，都喊他“尝尿官”、“秋石尚书”。
要知道，这“尝尿官”绝不是只有一个顾可学，严嵩也是名副其实的尝尿官。明人有诗为证：