在作战过程中，防空兵力兵器要适时快速机动，在预设的防空阵地上，对巡航导弹实施隐蔽突然打击。由于巡航导弹的飞行路线是事先侦察、避开对方包括高炮火力的防空阵地等而选定的，一旦发射就难以改变，且雷达和地空导弹等防空兵器阵地又是巡航导弹袭击的重点目标（美军在1991年的海湾战争和1995年的波黑战争中使用巡航导弹攻击防空阵地的事实均已说明），因此，在作战过程中预设阵地，隐真示假，快速机动，不但可以在巡航导弹来袭的航路上，突然隐蔽地歼灭巡航导弹而且能够有效地避免巡航导弹的打击。
对活动目标，靠末端景象匹配的巡航导弹很难命中和摧毁。海湾战争期间，机动能力有限的“飞毛腿”导弹发射架没有一部被巡航导弹摧毁。机动作战的防空兵力兵器应以小高炮、高射机枪和单兵导弹分队为主，加强机动中的隐蔽和伪装。
科索沃战争中，南军针对巡航导弹巡航高度低、飞行速度慢、导弹外壳薄、来袭方向较为明确、攻击路线比较固定等特点，在准确分析判断巡航导弹来袭航路的基础上，从远距离开始由远而近设置多道地面侦察、观察哨，并以高炮、便携式防空导弹多层、多道设伏，对北约巡航导弹实施了快速、猛烈的火力拦击。北约从海上和空中发射的巡航导弹，是根据发射前电脑中所设定的飞经地域地形数据图来攻击目标的。在预先侦知敌方可能的空袭目标、时间后，在其飞行航路必经地段的有利地形上，提前部署机动性能好、火力密集猛烈的防空兵器，设伏拦截这些低空和低速飞行的导弹，打完了就转移，避免遭受敌火力报复。这种办法使北约的巡航导弹突防率很低，达到了该武器使用史上的最低纪录。由于海射巡航导弹低空进袭受地形条件的限制，南军抓住这一特点，利用本国多山易于隐蔽的有利条件，立足现有装备，尤其是注重挖掘高射炮拦截巡航导弹的作战潜能，根据北约巡航导弹发射平台以及保卫的重要目标，在巡航导弹来袭航路上，采取大纵深、多层次、集团式部署，沿敌巡航导弹航线预设多个伏击区域，形成带状、离散、绵密的火力网，突然拦截敌巡航导弹。在科索沃这场战争中，南军的高射炮成了巡航导弹的克星。南军以高射炮为主并配合使用便携式防空导弹，依靠目视观察，发现目标后迅速反应，据南军统计共拦截了约1/5的来袭巡航导弹。152
四、低空设障，拦阻毁歼
在巡航导弹可能来袭的空域，适当设置“空中雷场”和拦阻气球，组成一道道低空防护墙，当巡航导弹进入时，必然造成撞击毁歼。设置“空中雷场”和拦阻气球是一种既经济又方便的方法，作战时，可用火箭炮、高射炮、弹射器等多种发射装置发射，这些飘雷和气球进入空中，就会像“天女散花”一样，散布四周，低空飞行的巡航导弹根本无法规避。拦阻气球在第二次世界大战时是城市防空作战中常用的一种防御气球，而近年来一些发达国家的军队在此基础上加以改进，制成一种被称为“空中陷阱”的拦阻性能更先进的新型气球。这种新型气球具有更大的破坏力和迷惑力，用合成纤维材料制成，气球球面类似于角反射器的凹部，能反射很强的雷达波，可使敌机判错攻击目标。气球上还载有红外光源和电子干扰装置，用以诱骗和干扰敌方的导弹。这种新型气球平时可折叠密封，需要时气球充满氦气可迅速上升到300米内指定高度。气球的升力能使数根系在地面栓桩上的“凯夫拉”纤维绳索产生1000千克以上的拉力。布设空中气球造价不高且使用方便，若与防空火器系统相结合使用，则效果更为明显。
五、隐真示假，干扰诱骗
这一战法是指，利用伪装构工、人工布障、电子干扰等各种光电干扰技术手段，对巡航导弹在末端飞行阶段进行欺骗和干扰，使其判断错误，制导失灵，降低其使用效能。在战争中，对重要目标进行隐真示假，干扰诱骗巡航导弹，往往会收到意想不到的好效果。局部战争经验证明，在设有2~3倍的假阵地的情况下，敌视假为真的概率是60％~80%，防空部队发射阵地遭敌突击时的损失可降低50%~60%。海湾战争中，多国部队就曾多次出现制导武器载机找不到目标而携弹返回基地的情况。美军在对波黑的空袭战中，有3枚“战斧”式巡航导弹被塞族一方的假目标所迷惑，在燃料耗尽后，有2枚缓缓落在了巴尼亚卡山区的草坪上，另1枚滑进了塞族村民的渔塘中。这表明，用假目标迷惑敌巡航导弹是有效的。153
目前，巡航导弹大多采用惯性制导加上雷达末制导或红外末制导的制导系统。因此，在末制导段实施光电干扰十分有效。这可以从两个方面实现：其一是把目标信号或对比度降低到传感器系统无法鉴别的程度，也就是消除或降低目标的光电暴露特征，或者是使目标与背景在光电探测条件下一致，这就是所谓的“隐身和遮蔽”；其二是用假的或歪曲后的目标信号取代真实目标信号，也就是歪曲真实目标暴露征候，用假的目标信息欺骗敌方，使其产生错误的判断，这就是所谓的“假目标欺骗”。
六、对GPS进行干扰
巡航导弹末端制导主要靠内部雷达高度表和计算机这个“大脑”进行航迹偏差修正（即所谓的地形匹配制导），引导弹头攻击目标。其弹上雷达没有电子对抗能力，如果针对其弹上雷达进行电子干扰，就可以使其计算的实际高度出现偏差，发出错误指令，从而改变其飞行航路，偏离攻击目标，当其内部燃料耗尽时，只好自爆。从海湾战争中使用的AGM-86C，1993年装备的“战斧-3”和90年代中期装备的AGM-129B到21世纪初装备的“战斧-4”，都采用了GPS制导。这些精确制导导弹所用的GPS接收机的信噪比多为54dB。当它处于获取GPS信号阶段时，输出100毫瓦的全向天线GPS干扰机，就可能对16千米范围内使用GPS的巡航导弹和其他精确制导武器造成严重干扰；输出100瓦的全向天线GPS干扰机，可使1000千米范围内上述武器受到干扰。美军担忧“只要敌方装备了简易的干扰机，就很容易破坏美军利用精确制导武器进行外科手术式打击的能力”。可见采用干扰的方法对付巡航导弹将是一种非常有效的手段。据报道，俄罗斯一家公司已在市场上出售便携式GPS干扰机。北约轰炸中国驻南联盟大使馆使用的是美国新研制的“联合直接攻击弹药”（JDAM），其制导方式为惯性制导+GPS，命中精确度为10~12米以内。
七、严密防护，抗其硬击
这一战法是指，在积极拦击巡航导弹的同时，应采取积极有效的措施，对一些重要目标进行严密的防护；利用携带常规弹头的巡航导弹摧毁地下坚固目标能力比较低的特点，对指挥机关和通讯枢纽等一些重要目标，要修建防护工程，使之形成坚固的地下工事。必要时，可借助地形（如山洞）开设指挥和通讯机构，这样才能更有效地保存有生力量，抵抗巡航导弹的袭击。
在海湾战争中，以美国为首的多国部队以十多万架次飞机，进行了1个多月的空袭，只摧毁了伊拉克军事力量的25%~30%，其中很重要一点是伊方运用了坚固筑城技术，构筑了大量坚固的地下工事。战前，伊拉克在北部山区构筑了300多个地下导弹掩体，建设了规模宏伟的地下城，耗资高达40亿美元修建了数百座地下机库，在巴格达市建造了多处坚固的地下指挥所。据参加建设的日本建筑师称，伊军的防空工事有10%可经受住100万吨当量核弹头在近距离爆炸的袭击。科索沃战争中，以美国为首的北约对南联盟发射了大量的巡航导弹，企图一举消灭南联盟的军事力量，摧毁南联盟军民的战斗意志。尽管南联盟地面目标受到了较大损失，然而，却未能摧毁那些地下几米、十几米或数十米的地下工事，不要说一般的巡航导弹，就是最先进的钻地导弹，也难以发挥应有的毁伤作用。