拿破仑指挥大兵团向前推进，他于12月15日离开波森，19日在华沙建立了大本营。26日，法军与俄军遭遇，打了第一仗，其地点在普尔塔斯克。12月29日，拿破仑在写给约瑟芬的信中说：
“亲爱的，我此刻正住在一间破谷仓里，只能给你写一二句话。我已击败了俄军并缴获了30门火炮及其辎重，还俘虏了6000人，但天气坏透了，大雨下个不停，而且泥深过膝……”
这封信对于普尔塔斯克之战来说，倒是一个十分简明扼要的描叙。拿破仑在那里一直待到月底才返回华沙过冬。
1807年元月，拿破仑率军从华沙北进。2月7日，由缪拉指挥的骑兵军和苏尔特的第四军在一个名叫普鲁希--艾劳的小镇追上了俄军。双方在此又爆发了一场激烈的战斗。结果双方都损失惨重：法军以8万人参战，损失1.5万人；俄军以7.3万人参战，损失1.8万人。此战之后，拿破仑利用休战时机重新整编了其疲惫不堪的军队，并巩固了他在所占领的德意志北部的地位。
到了6月4日，兵力已增至10万人的本尼格森开始向法军发动攻势。6月14日，双方在弗里德兰又进行了一场大战，结果交战双方都伤亡很大。俄军参战4.6万人，损失了1万人，法军8.6万人中损失了1.2万人。但拿破仑的近卫军和维克托军的主力，除其炮兵外，都未参战。俄军还有80门大炮落入法军手中。
同时，缪拉与苏尔特和达武也将莱斯托克的普鲁士军从艾劳往北一气撵到了柯尼斯堡，并在普鲁格河左岸扎住了阵脚。普军继续撤退，缪拉又继续追击，一直追到提尔希特。
弗里德兰会战又以法军获胜告终，这次会战意义是深远的。6月19日，本尼格森请求休战，拿破仑立即接受。因为他无意也无力深入俄国腹地，那时他的交通线伸得已很远，给养已难跟上。现在除涅曼河以北的梅梅尔地区外，他已占领了整个普鲁士领土。同时，他也急于同沙皇亚历山大达成协议以先发制人，对付奥地利可能的敌对行动。6月25日，拿破仑和亚历山大在涅曼河中游一只设有帐篷的木筏上举行会晤。塔列朗抵达但泽，也奉召参与拟订和平条款。经过14天的谈判，拿破仑终于在7月7日与沙皇签订了提尔西特和约，两天之后，又与普鲁士签订了和约，月底时，拿破仑返回巴黎。根据提尔西特条约，拿破仑重建了中欧和东欧。在普俄之间，他建立了一个华沙大公国作为缓冲国，由萨克森的傀儡国王弗里德里希·奥古斯塔统治。
七、二次婚姻
在和约签订期间，拿破仑曾在肖恩布鲁恩住了3个月。此间，几乎每天都有阅兵式或分队式。10月12日，拿破仑正从台阶往下走，一个衣冠楚楚的英俊青年以向皇帝呈送请愿书为名，想靠近他。卫兵把他拉到一边，从他的西装上衣里搜出了一把菜刀。他名叫施塔普斯，是埃尔富特某牧师的儿子，意欲行刺拿破仑。他跟许许多多年轻的德国人一样，把拿破仑视为他们祖国的独裁者。拿破仑亲自审问，想饶恕这位青年。
“要是我放了你，你会回到父母身边去，彻底放弃你的行动吗？”
“如果我们获得和平，我会回去的。可要是战争继续下去，那我决不罢休。”青年人答道。
拿破仑耸耸肩膀。结果，在维也纳响起缔结和约的钟声那一天。施塔普斯被军事法庭判处死刑。
这件行刺的事发生后，拿破仑突然想到他还没有一个合法的继承人，他不希望他的政治遗产法兰西帝国像亚历山大和查理大帝的帝国一样在其死后分裂。约瑟芬皇后已无生育能力致使他无后嗣可继承王位，他的兄弟们也都不适宜做他的继承人。
拿破仑曾经考虑把约瑟芬与前夫所生之女奥坦丝的儿子，也是拿破仑二弟路易之子立为皇储。称为“小拿破仑”。这种想法也是一种对约瑟芬妥协的产物。在相当长一段时间内，小拿破仑的存在成了缓和他与约瑟芬的矛盾并保持夫妇关系的一座桥梁。
但是，1807年5月，小拿破仑因患假膜性喉炎，医治无效而死去。噩耗传来，拿破仑无比震惊。虽然有人传说小拿破仑实际上是他与奥坦丝的儿子，但拿破仑确实是出于对约瑟芬的爱及对路易夫妇儿子的爱才维持自己的婚姻的。如今这惟一的寄托也消失了，谁来继承他亲手创建的波拿巴王朝呢？
尽管兄弟姐妹们纷纷把自己的子女推荐给他，但没有一个让拿破仑满意的。于是，他开始到处拈花惹草。拿破仑自己承认与波兰贵妇玛丽·瓦莱夫斯基夫人生了一个儿子，但这个儿子也是非婚生子，只能姓瓦莱夫斯基的姓。在等级森严的欧洲，拿破仑不可能与这个有夫之妇结婚生子。因此，这个儿子虽是亲骨肉，但是作为法兰西皇帝的接班人是绝对不可能的。
现在，他的惟一的选择即是休掉约瑟芬，再娶新妇。肖恩布鲁恩宫的行刺，瓦格拉姆战役中的流弹创伤更坚定了拿破仑的决心。
当拿破仑第一次突然对约瑟芬说。他必须和她离婚而另娶一位妻子时，她伤心得不省人事了。
拿破仑招来宫廷总管，命他把约瑟芬抬回她房里。皇帝举着蜡烛台，走在前面。由于楼梯太过狭窄，他便把烛台交给仆人，帮总管一起抬着自己的妻子，小心翼翼地将她安置在床上，情绪激动地离开了房间。但他刚刚出门，约瑟芬便睁开了眼睛，原来哭号和晕厥都是假装的。后来总管泄露此事称，他抱她下楼时，清楚地听到她低语，说他抱得太紧，弄疼她了。
但她的惊恐和悲痛则是千真万确，因为今天晚上，皇帝向她坦言，她不得不离开杜伊勒里宫，离开这座十年来一直由她管理掌控的宫殿。他也是迫于无奈，每个人都盼着他早死，国外有带尖刀的德意志人，国内有与英国人合谋的富歇。他急切地需要一个儿子，一个与王室公主生的儿子。他刚从美泉宫回来不久，便向约瑟芬摊了牌，也许这是一种变相的心理复仇，因为他始终不能让那位他深爱着的，怀着他骨肉的波兰美妇登上皇后的宝座。不过事实上，此时此刻他仍不知道谁将成为自己的新娘。
家庭会议时，母亲、妹妹和兄弟们，各个面色凝重，一语不发地围坐在桌边，约瑟芬也在其中。她甚至可以听到这些见证人心中无声的欢呼，他们终于如愿以偿，老女人要离开了。皇帝难以克制自己的情绪，用颤抖的声音说道，皇后无法再次生育，正是出于这个原因，他不得不与她离婚。“只有上帝知道，事情沦落至此，我是如何痛心……但为了法兰西民族的利益，我必须作出牺牲……十五年来，皇后让我拥有了一段美好幸福的生活，我也曾亲自为她加冕。我将永远保留她的皇后身份和头衔，而尤其重要的是，希望她永远视我为她最亲密的友人。”约瑟芬极力压制着自己的心情，让法官代她宣读了同意离婚的声明。
然后，所有人在离婚书上签了字，拿破仑则比平日签署国家公文时，更加用力、清晰地写上了自己的名字，并在下面画了道长线，格外与众不同。他以自己的男子气概，认真地解决了这件极其严肃的事情。紧靠他名字的右边，约瑟芬战战兢兢地签下了自己的名字，仿佛向他寻求着最后的保护。皇太后则签上了自己的M，像她儿子签N那样，并也画上了一条横线。
当晚，约瑟芬出人意料地来到拿破仑的房间，走到他床边，披头散发，痛哭流涕。第二天，她犹如悲痛的尼俄柏，被他搀扶着，送上了去马尔梅松宫的马车，临行前还自作聪明地请求梅内瓦尔，时常在皇帝面前提到她。
拿破仑独自去了特里亚农宫，当时那里还闲置着，没有人住。他仿佛是为自己最心爱的却永远分别的女人守灵一般，呆坐了三天，不理朝政，不口授任何命令，不读不写。十五年来由内在活力所推动前行的巨轮，在这三天里纹丝未动。此后，他去马尔梅松宫探望离婚的妻子，回来时写道：
“我今天看到你的情绪比我想象的还糟糕，我的朋友……你不应该忧伤痛苦到无法自拔，要多为自己的健康着想，我很替你担心。如果你还爱我，那就坚强、乐观起来。我对你的诚挚的友情毋庸置疑，你不幸福，我的幸福又从何谈起……回到杜伊勒里宫后，阵阵哀愁涌上心头，偌大的宫殿空荡寂寥，我亦感到孤单无助……再见，我亲爱的朋友，睡个好觉，再想想我对你的期望。”这个四十岁男人写的信，自然而然地流露出对十五年共同生活的依赖眷恋之情，但仍暗暗隐含着他的坚定决心。
接下来便是财产清算，他每年为她支付三百万法郎生活费，且额外送一件红宝石饰物。“这总共花费是四百万法郎，但我会另找人估价，以防被珠宝商欺骗……在马尔梅松宫的金库里应还有五十到六十万法郎，你可以用来添置银器和衣物。我为你订购了一套精美的瓷质餐具，他们将按照你的吩咐来设计样式，当然我也希望它非常漂亮……我今天上午看到你的侍从，他说你还在哭。而我进餐时也是独自一人……你到马尔梅松后真的失去了生活的勇气吗？那座宫殿仍是我们幸福生活的见证，这种感情不应随风而逝，至少就我而言是这样……我很想去探望你，但我首先要确定，你到底是个坚强的女子还是个只会以泪洗面的弱者。其实我自己也有些脆弱，且十分痛苦。再见约瑟芬，晚安。”
他再次陷入抑郁感伤之中。这封信忧愁的笔调，与当年那位司令从米兰写给巴黎不忠妻子的信如出一辙。那时是一曲激情澎湃的管弦乐，而现在，却是一首哀婉的大提琴独奏，久久回荡在冷寂的杜伊勒里大厅中。
不久，大宰相举办了一场化装舞会，宾客中有维也纳驻巴黎前任大使梅特涅的夫人。一个身穿绿色舞衣的男人，挽住了她的胳膊，把她拉到一旁。人们一眼便看出这是谁，尽管没有人能真正了解不带面具的拿破仑，但戴了面具的拿破仑，却极其容易辨认，这何尝不是一出世间天才的悲喜剧。几句玩笑之后，他问她，奥地利公主是否愿意与自己携手相伴。
“我不知道，陛下。”
“要是您处在公主的位置上，您愿意吗？”
“我想我肯定会拒绝！”维也纳夫人笑着答道。
“您可太伤人心了，给您丈夫写信问问，看他是什么意见。”
“您应该跟施瓦岑贝格亲王这件事，陛下，他才是现在的大使。”