然而，牛顿与蒙塔古是大约35年的老朋友，他曾于早几年协助蒙塔古起草遗嘱，并得到这位前任大臣作为纪念的一点小遗赠，种种迹象皆足以表明他在信中的措辞中所透露出的一家人的味道。再说，当凯瑟琳于两年后宣誓成为康杜伊特太太时，她所签署的结婚证明书上也表明了她当时的身份为未婚。
凯瑟琳与哈利法克斯男爵结过婚的说法，可以毫无疑虑地排除，不过几乎可以确定的是，她不是他法律上的妻子。当时所有知情的人都守口如瓶，这一点不足为奇，因为他们两人乃出身自不同的社会阶层。哈利法克斯是不可能正式迎娶凯瑟琳的，尽管她是牛顿的外甥女，但毕竟只是乡村牧师的女儿，而哈利法克斯男爵则是备受尊崇的蒙塔古伯爵一世的儿子。到了哈利法克斯死后，真相仍然被掩盖，原因是牛顿不愿因这层关系而蒙受难堪。凯瑟琳方面也是一样，在她的舅舅去世之后依然保守过去的秘密，为的是维护家族的名声，以及她丈夫康杜伊特的名誉。
牛顿对于这件事的经过必定曾经与闻，但是维多利亚时代的一些善意传记作家为了写出圣人传，把这些不甚光彩的事情都扫到地毯下面，将棘手的问题和牛顿搞炼金术的怪事，用相同手法处理，也就是故意忽略，因为这些事会引起太多的难堪。因此，连令人尊敬的20世纪历史学家希尔也表示，牛顿未曾牵涉这件他的外甥女和他密友之间的不正常关系，说他“只不过从未注意到而已”。
舅舅与外甥女之间的关系并未因此而破坏。蒙塔古死后，凯瑟琳回到牛顿家住了一阵子，所以我们可以相信，即使牛顿不曾饶恕这件婚外情，为了种种原因，他也很可能一直容忍下来。
作为一个虔诚的清教徒，牛顿应该很重视婚姻的神圣，不过他以往也曾经数度放松他坚持信仰的态度。早一些日子正当他和卢卡斯斗争之际，就曾捍卫酒醉的工人；为了调查伪币案件让调查员报销酒馆中的账单；更早在剑桥大学做研究生的时候，还曾经短暂沉迷于赌博和饮酒，但很快又恢复到斯巴达式的孤独生活。蒙塔古不但是牛顿最熟识、最要好的朋友之一，还是促成他出任造币厂厂长的权势人物，而他当时正值丧妻，凯瑟琳又未婚，在足够的理由之下，牛顿对于自己的道德规范给予了相当的回转空间。
曼纽尔在他充斥弗洛伊德观点的牛顿传记中指出，牛顿之所以容忍他的外甥女与哈利法克斯之间的关系，是因为那可以满足他内心深处的性欲需要。凯瑟琳是他母亲的外孙女，借由准许他的好朋友与她发生肉体关系，可看成是他恋母情结的代替，那是他自孩童时期遭受遗弃之后，一直深植于内心的潜意识。
无论我们是否信服弗洛伊德心理学，这种兜圈子论述的可靠性，就算以最低标准来衡量都成问题。牛顿的孩童时代诚然受到痛苦煎熬，但是他对付这痛苦的方法是攫取权力和掌控他人，他在科学上的动力是求知欲，在他的眼中，知识就是权力。同样地在官场上，牛顿打压弱者以争取权力，驱使他成为一位成功的官僚。显然，牛顿可以为了他所追求的更高使命而调整内心的道德标准。
主角越想保守秘密，谣言就传得越凶。英国最受尊重、最守规矩的数学家牛顿，他的外甥女与财政大臣之间的不正常关系，几乎在他们两个一见面就成为茶余饭后的闲谈材料。谣言随着关系的延续越来越夸张，被各怀鬼胎的各方人士毫无顾忌地宣扬。
皇家天文学家弗拉姆斯蒂德在哈利法克斯男爵去世前后，正与牛顿进行一场恶斗（详情见第十二章），他公开讥笑前财政大臣的遗嘱受益人。在致朋友的一封信中，他说：“如果传言属实，哈利法克斯的遗产值15万英镑的话，从中他赠与巴顿夫人（即牛顿爵士的外甥女）的5000英镑、一栋房子连土地，外加珠宝、银器、金钱和家具等，价值共达2万英镑，甚至超过，所有这些赠与，仅为了酬谢她‘出色的谈吐’。”
甚至连伏尔泰，这位牛顿科学的伟大变节者，也忍不住加入嚼舌行列。他一方面跑遍欧洲大陆传播牛顿力学，另一方面却又散布牛顿的谣言。而宣扬苹果下落故事的人，正是这位伏尔泰先生。他也应该对一些狠毒又毫无依据的谣言负责，因为他居然说牛顿是因为蒙塔古和凯瑟琳之间的关系，才取得造币厂的官位：我年轻的时候以为牛顿是因他伟大的功绩而获得财富的，我理所当然地认为宫廷和伦敦市是因敬佩而任命他为造币厂总监的。非也，乃因伊萨克·牛顿有一位美貌的外甥女——康杜伊特夫人，她尽全力去讨好财政大臣哈利法克斯爵士，若是没有一位美貌的外甥女，什么微积分、万有引力，统统都没用。这段叙述中，每一句话都是荒谬的。牛顿是被任命造币厂的厂长，不是总监，一直到1699年尼尔去世之后，他才继任为总监。牛顿与哈利法克斯男爵是有了十几年的友谊之后，才担任造币厂厂长的，而他们两人在17世纪90年代的初期，就一起为牛顿争取一个巩固的社会地位。而且最重要的一点，牛顿得到厂长的任命时，哈利法克斯和凯瑟琳绝对还未见过面。
我们相信伏尔泰是被一本很没格调的书所误导的，那是专门影射真人实事的小说，名为《欧洲旧事》，是1710年面市的书，作者是一个极端的托利党人政治作家，叫做曼利（1663~1724）。曼利的父亲是一个保王党人，而她自己非常厌恶辉格党人的统治，尤其痛恨哈利法克斯。她写了一系列略微加以掩饰的指桑骂槐的书，受到大众的欢迎，说穿了，她只是把一些极端的怪念头伪装成故事罢了。
她早年写过一本书，名为《几位高贵男女的举止和秘史》，但书一出版她就被捕了，被控以诽谤罪且不准保释。后来获释之后，她继续写出这本更加讽刺性的《欧洲旧事》。最为伤害牛顿的，是曼利在她的新书中编造一个配角，使用一首哈利法克斯男爵的打油诗来嘲弄她书中主角的淫乱，甚至在索引中，还特别列明主角为“芭蒂卡——伊萨克·牛顿的外甥女”和“索吉亚——哈×法×斯男爵”。
在书中较前面有一段描写芭蒂卡和索吉亚在一起饮酒作乐的情节，然后另有一位人物叙述索吉亚如何形容他对芭蒂卡的爱：
“我的索吉亚爵爷，”我继续说，渐渐地靠近他，“我想，在这有如天堂般的幸福中，爵爷您不可能是她惟一的爱人，那会使妩媚的芭蒂卡受不了的。没有您在身旁，她能活一天吗？一小时吗？”“你说得我眼睛充满泪水，亲爱的伯爵，”这位英雄饮泣着说，“她是个叛徒，是个口是心非的婊子，但是我深深地爱着她，我已经为她挥霍了无数的金钱，并且还为她知名的父亲，谋得一个官职。”
在另外一节里，曼利又利用非英雄人物的索吉亚，从他嘴里说出关于凯瑟琳更难听的话：她还另有盘算，并且越来越异想天开，她要我娶她，不然我就不能再拥有她。真的，“她一向是个骄傲的荡妇”……他告诉我的，如同把自己刺死一般的痛苦。他觉得她过于狡黠，决定不娶她。当然，真实的哈利法克斯绝对不是圣人，他喝酒、赌博、玩女人，并很容易就接受由职权带来的馈赠和欢乐。他与上议院大臣萨默斯，于1701年因渎职罪受到弹劾，不过后来又被宣判无罪。然而曼利把他描写成一个荒诞的卡通人物，那是为了政治而设计的。至于凯瑟琳的真正性格，却缺乏可据以准确分析的资料可查。如果斯威夫特的书信可以作为参考的话，那么她应当算是个时髦而且解放的女性，但是若指称她勾引哈利法克斯、利用他来达到目的，且她著名的舅舅也和她一样的话，那是完全没有事实根据的胡言。
另一则同样荒诞却也十分有趣的说法，指称牛顿于18世纪初和一位诺里斯夫人有过罗曼蒂克的关系。这种猜测起自一封求婚信，据说该文件是康杜伊特从牛顿的原稿抄录下来的。文件的顶端写着：“致诺里斯夫人的一封信的副本”，以及有另一种笔迹注着“由伊萨克·牛顿爵士致……的一封信”。这情况看起来是康杜伊特发现一封牛顿手写的求婚信，便将它抄录下来，但是旁加说明是写于牛顿之手的字，则是后来被神秘地加上去的。
诺里斯夫人是牛顿的朋友，曾经做过几次寡妇。她的第三任丈夫诺里斯爵士牛顿在还是三一学院教授时即已认识，他于1702年去世。她就是本章前面牛顿给他的外甥女信中提到的那位“诺里斯夫人”。
如果牛顿真向她求过婚，那么关于他们之间的关系为何没有其他证据留下，这是很奇怪的事。若牛顿的求婚是很明显地被拒绝的话，也很奇怪，因为当时的牛顿，是个既富有又著名的人物。这位世界闻名的数学家、后来的造币厂总监，与那位神秘的诺里斯夫人之间，会有些什么牵连呢？而一向行事低调的牛顿，又掩饰得了多少他们之间可能存在的关系呢？我们只能百思不得其解了。
六、政治权力下滑
当这些罗曼蒂克的喜剧陆续演出的时候，牛顿的事业有了新的进展。事实上于1699年12月23日（牛顿57岁生日之前两天）尼尔去世之前，这位造币厂的厂长除了名衔之外，已经攫取了总监的全部权力与责任了，因此他要继任总监是一点问题都没有，只是技术性问题。终于，牛顿得到了蒙塔古原来承诺他的年薪500英镑，此外他又可以赚取佣金，但佣金的计算是看造币厂能敲出多少个硬币为准。然而到了1700年的时候，钱币的需求量剧降。因此，很可笑的是，尼尔在总监任内无所事事捞进来的钱，比努力奉公的牛顿要多得多呢。
同时，在伦敦塔城墙之外，政治情况也迅速在改变。有了新的造币厂总监身份的牛顿，逐渐清楚了自己在社会和政治上取得更高地位的野心。
他的第一个行动是代表剑桥大学竞选国会议员。1701年11月，牛顿再度获选进入国会，三个星期之后他辞去卢卡斯讲座教授的职务，切断了他一向珍惜的与学术界的联系。
但牛顿又一次在威斯敏斯特这个地方毫无建树，显然他只把国会看成攫取更大社会影响力的工具而已。辉格党仍然执政，议员拥有的权力与尊崇带给他更多机会。在他担任第一任议员期间，英国那时还是传统国会的年代。他是一位受尊敬的学者，在大学里担任教授，而这次他已经是有地位的政府官员，除了骄人的工作成就之外，还有与权贵相交的关系及友谊。牛顿最大的资产仍是他不衰的学术声望，若加上小心经营的政治影响力，那么，建立一座无人能攻的跳台，并从那里跳到更高的权力之峰，也是指日可待的。
至少，那是一个计划。可是十分不幸地，牛顿最新的政治进展受到了挫折，他的盟友威廉三世于1702年3月崩殂，继承王位的安妮却不认同辉格党的路线。牛顿向来对政治潮流保持警觉，立刻意识到这个变化可能对他的前途产生影响，甚至担心他造币厂的官位是否保得住。
虽然牛顿在1700年12月23日担任总监一周年时与政府签订了协议，但他还是害怕他那突然变得不合时宜的政治观点可能使自己受到排挤。1702年5月，国会遭安妮女王解散，牛顿也就不再竞选连任，情愿采取较低的姿态应变。
这可能是牛顿的政治行动中决断最精明的一次。安妮女王是一个固执的宗教传统主义者，在那次选举中，全部辉格派的领袖都落选了，这一点也不意外。一夜之间，托利党占据全部权力，以前曾是威廉最亲信的萨默斯，和曾任财政大臣的哈利法克斯男爵等重要人物，统统被逐到政治的荒野中（虽然哈利法克斯只是暂时丧失政治权力）。
七、皇家学会会长
1687年，牛顿曾将自己所著的《原理》一书献给英国皇家学会，当他迁居伦敦时，对此已忘得一干二净。在牛顿定居伦敦的最初几年里，皇家学会正处于低潮。17世纪70年代，学会会员曾一度达到200余人；而今，会员几乎不足100人。学会每次会议，几乎总是闲谈，毫无科学性可言，与40年前学会刚成立时，简直不能相提并论。
1703年3月，胡克去世，这为牛顿当选皇家学会会长清除了障碍。11月30日圣安德鲁节这一天，他顺利地当选为皇家学会会长。
牛顿当选会长后不到两年，安娜女王便亲临剑桥，授封他为爵士。于是，造币厂厂长、皇家学会会长——牛顿爵士成了名噪一时的风云人物。牛顿对饰有纹章的外套很上心，表明他同样意识到自己已是非同寻常的人物了。早在他被选为学会会长的前一年，就由内勒为他绘制了一幅画像。而他一当选为会长，又由查尔斯·杰维斯再次为他绘制了一幅画像。如今，被授封为爵士的牛顿又分别由詹姆斯·桑希尔爵士和威廉·甘地为他绘制了两幅画像。
牛顿当选为会长后，学会在12月8日召开了第一次会议，可当时牛顿并没有参加。直到12月15日，他才出现在会场上，之后即执掌了帅印。他把在造币厂所表现的品质以及管理才能带到了皇家学会。
牛顿非常清楚，学会当时的问题在于会议议题缺乏严肃的内容。于是，他就任会长后，便本着解决这一问题的原则，制定了一项“皇家学会建设规划”。该规划声称：“自然哲学的目的在于发现自然界的结构和作用，并尽可能地将其归结为一些普遍的法则和定律——用观察和实验来建立这些法则，从而导出事物的原因和结果……”有了这一目标的指导，学会便很容易确定两个乃至三四个擅长于哲学主要学科的专家，并给以他们一定的资助，而他们也一定会积极参加学会所召开的周会。接着，牛顿又确定了自然哲学的5门主要学科，为每门学科任命一名示范员，并给以一定的资助。这5门学科为：数学与力学；天文学与光学；动物学（按我们今天所称）；解剖学与生理学；植物学以及化学。他还明确指出，学会只任命那些在各门学科中享有盛名的学者。在实际操作中，牛顿建议延续学会成立时就有的一个设置——实验管理员，以保证每周的例会上有实实在在的内容。
牛顿很快付诸于行动，让弗朗西斯·霍克斯比接替胡克。