事实上，在笛卡尔和毕克曼两人的交往中，最初笛卡尔的确从毕克曼那里了解到许多学术信息，笛卡尔也一度感激和欣赏毕克曼的学识。但在以后的交往中，随着研究的进一步深化，笛卡尔就不再能从毕克曼那里得到什么新的、有价值的东西了，聪明好学的笛卡尔是靠自己的努力写出《论代数》一书的，这一点，不但笛卡尔心里清楚，恐怕毕克曼心里也不糊涂。所以，两人中间出现这种不愉快，并不是笛卡尔的忘恩负义，的确是毕克曼做得有些过分了。
在尼德兰，还有一件事让笛卡尔不顺心。荷兰国内当时虽然无战事，但荷兰内部却陷入统一派和地方派、戈马尔派和阿尔明尼派的政教纷争当中。在教会内部，以莱顿大学教授雅克比·阿米尼为首的一方与弗兰兹·戈马尔为首的一方围绕绝对宿命论和上帝选择等问题展开激烈的辩论，戈马尔坚持加尔文主义，阿米尼则坚持人的自由意志原则，双方争论的结果导致新教的最终分裂。思想上的分歧很快波及政治层面，各政党很快与自己信念相一致的宗教派别相联系，拿骚的摩里斯—奥兰治亲王领导的君主派站在加尔文宗派一边，也参加了这场思想大会战。这或许也是作为知识分子的笛卡尔为“主子”效力的好时机，可笛卡尔不但没有这么去做，而且也没有按上司的意图参加这场论战，他始终保持清醒的头脑，使自己与这场争论保持距离。他很满意自己在布拉达时的状况，在科学研究中和与学者的交谈中不断地充实自己。他醉心于自己的写作，并没有给自己的“主人”提供辩论方面的“优质服务”，这多少也引起摩里斯的不快。不过，作为学者的摩里斯清楚笛卡尔的价值，当笛卡尔在数学上的成果在学术界引起赞誉时，摩里斯就把自己说成是笛卡尔的“经济人”，笛卡尔对此也很不满意，在此后的多次通信中都声称自己“不会与那些夸耀自己作品的人有更近的生意往来”。从这里我们可以看出笛卡尔作为知识分子的独立和自尊。
在30年战争爆发时，笛卡尔正在摩里斯的军队里服役，1619年4月，他离开了摩的军队，先后到丹麦、波兰、德国旅游。7月20日—9月9日，他在法兰克福参加了德国皇帝费迪南德二世的加冕典礼，然后到波兰的莫拉维，最后又回到德国。这年7月，他加入了巴伐利亚公爵马克西米连一世所领导的天主教联盟的军队，并参加了进攻波汉姆王军的战斗。11月，冬季来临，部队驻扎在德国边境的一个叫诺伊堡的村镇里，附近就是乌尔姆。由于没有战事，也就没有杂七杂八的事干扰，笛卡尔后来回忆到：“在那里，因为我找不见任何人消遣，同时，幸好没有任何挂念和欲念打扰我，我整天关在一间暖房里，在那儿我有足够的闲暇和我自己的思想打交道。”笛卡尔回忆中所说的暖房就在乌尔姆。
1614年11月10日，笛卡尔在参加完德皇加冕礼后经过长期旅途回到乌尔姆，由于旅途的劳累和理性的“狂热”，他就在这里的客店要了一个安静的房间，然后钻进“火炉”（北欧当地农民家里一种常用的设备，炉堂是空的），在里面沉思了一整天。像得到什么神灵的启示一样，他突然之间意识到，应该建立一种“普遍的数学”，也就是说，应该把数学方法推广到其他学科。晚上，他做了三个梦：
第一个梦，是个非常恐怖的梦。他梦见自己正走在大街上，他感到自己的身子总往右倾，这让他感觉到很别扭。他在有意识地调整自己的走路姿势，忽然一阵暴风雨袭来，倾盆大雨从天而降，一阵飓风把他吹得向左边旋转了三四圈，许多幽灵出现在他的面前，他吓得慌忙逃进教堂躲了起来。他被恶梦吓醒后，感到非常痛苦，他以为这是恶魔在勾引他，使他不能完成自己的任务。两小时过去了，他还是久久难以入睡，于是他就向上帝祈祷，祈求上帝支持他，并饶恕他的罪恶和缺点。祈祷使他减轻了痛苦，他又入睡并做了第二个梦。
第二个梦，笛卡尔听到震耳欲聋的雷声，他被这雷声惊吓而醒。醒来后，他觉得满屋子都是火星（笛卡尔经常半夜醒来，感觉到眼前星光闪烁，甚至连周围的东西也看得见）。笛卡尔心有余悸，但他很快又用哲学作出了符合自己的理解，他认为那雷声是“真理降临到他身上，来占有他的一种信号”。他通过哲学调整了自己的情绪，心里渐渐平静下来。
很快，他又在做第三个梦。他梦见房里的桌子上放着两本书，一本是辞典，另一本是他非常喜欢且多次读过的诗集。有意思的是，笛卡尔在梦中就试图解析这两件东西，他认为，辞典象征着各门学科的结合，而诗集则象征着哲学和智慧的统一。他先打开诗集，是用拉丁文写的，其中一首诗的开头是：“在生活中我要走什么路？”旁边还有一位陌生人让他注意一首以“Est etnon”开头的诗。笛卡尔回答说他也知道这首诗，他在梦中又一次解析这两首诗的开头句，第一首分明是一位有智慧的人的忠告或“道德神学”；第二首应该是毕泰戈拉的“是与否”，它表明人类知识和世俗科学中的真理和谬误。可当他伸手去拿桌上的诗集找给陌生人看时，诗集和辞典突然消逝了。他焦急地寻找着，等再发现它们时，辞典已经残缺不全了，他仍没有找到想要找的那首诗。于是他就告诉陌生人，他知道同一诗人写的另一首更为完美的诗，开头是：“我将走什么路……”可当陌生人让他拿过来看时，他还是找不着。他焦急地找啊找，在寻找的过程中，却意外地发现了一群小雕像。他情不自禁地说这东西造得多好啊！但没有一个是他认识的。刹那间，陌生人和书都消逝不见了。
从梦中醒来，笛卡尔意识到，这三个梦非同寻常，似乎是对他生活的总结和展望。其中前两个梦是对他过去生活的谴责，因为和所有的人一样，他过去的生活也有错误和过失；而后一个梦，则是对于未来生活的预示，是神赋予他的一种使命，他将努力完成这一伟大的事业。
1619—1621年，笛卡尔曾将此梦记述在《奥林匹克》的手稿中，手稿后来由笛卡尔的好友克莱色列尔保存。1675—1676年，莱布尼兹在访问巴黎时曾抄录了其中的一些段落，至今仍保留在汉诺威皇家图书馆。
20世纪初，研究笛卡尔问题的学者马克西姆·勒瓦曾就笛卡尔的梦向奥地利著名的精神分析创始人——弗洛伊德讨教，弗洛伊德致信马克西姆认为笛卡尔做的是“在上的梦”，也基本上同意笛卡尔对自己梦的解析，至于梦中出现的那些奇怪的、荒谬的现象，因为不能询问做梦者本人，也就不便发表什么评论。
一些心理学家对笛卡尔的梦大加发挥，认为笛卡尔在梦中对自己走路方式的警觉和纠正，预示着笛卡尔未来在生活方式和学术研究方面的小心谨慎。他总是如履薄冰地走着，并在不断地调整着自己与世俗世界之间的距离，使其能够与现实世界相协调，尽管他的内心正涌动着思想革命的浪潮。他们认为飓风和暴雨象征着外在世界对笛卡尔的威胁和迫害，飓风对笛卡尔未来的涡旋理论有一定的启示；教堂作为笛卡尔的避难所，说明笛卡尔与宗教之间难以割舍的关系。