从本体的角度证明灵魂与肉体的区别
笛卡尔不仅从怀疑的角度证明灵魂和肉体是有区别的，而且还分别从灵魂和肉体本身来证明它们之间是有区别的。也即，笛卡尔认为灵魂和肉体从本性上来讲是属于不同类型的。这就是所谓的“从本体的角度证明灵魂与肉体的区别”。具体来讲可以从以下几个方面分析这一内容：
首先，从灵魂和肉体本身的角度来看，它们是完全不同甚至是互相对立的。笛卡尔认为，灵魂和肉体是两个互不相干的实体，它们的属性和样式都是绝对不同的。不仅从属性的角度来看它们是不同的（精神的属性是思维，物体的属性是广延），而且从样式和行为的角度来看它们也是绝对不同的。例如笛卡尔说，“在肉体的概念里面不包含任何属于精神上的东西；反过来，在精神的概念里面也不包含任何属于肉体的东西，”“一些我们称之为物体性的行为，如大小、形状、运动以及一些其他凡是可以被我们领会为不占有任何空间的东西，我们把寓于这些行为中的实体称为物体；相对地，有一些其他的行为，我们称之为理智的，如理解、意愿、想象或者感觉等等，所有这些，在它们不能不有思维或者知觉，或者领会和认识这一点都是共同的；它们寓于其中的实体，我们把它叫做在思维的东西，或者精神。”笛卡尔在这些内容中表述得非常清楚，在他看来，理智性的行为和物体性的行为之间是有着巨大的差别的，或者说，它们的属性思维和广延没有任何关系。所以，灵魂和肉体从本身作为实体的角度来看也是不同的。
其次，灵魂和肉体都可以脱离对方而单独存在。笛卡尔说，“精神可以不依靠大脑而行为，因为，毫无疑问，当问题在于做一种纯智力活动时，大脑一点用处也没有，只有在感觉或者想象的过程中，它才有用处。”可见，在笛卡尔看来，精神和肉体并不依赖对方的存在而存在，也就是说，精神可以脱离大脑的存在而存在，大脑也可以不用思考而存在。一方面，大脑是一个纯物质性的器官，而精神活动或者纯智力活动是纯智力的，物质性的大脑和纯智力的活动没有任何关系。另一方面，物质性的大脑的物质性的活动和纯智力的活动也没有任何关系，大脑的物质性活动（如大脑中的血液循环）并不依赖于精神的活动而活动。
再次，肉体是可分的，灵魂是不可分的。笛卡尔说，“肉体永远是可分的，而精神永远是不可分的。”在笛卡尔看来，凡是物质性的东西，有广延的东西，哪怕是从来没有遇见过的最渺小的东西，它也是可以再分的。但是，灵魂，我们所理解的灵魂，假如一个再伟大的灵魂，我们也不能理解它是可以分成几半或者几份。正如笛卡尔说，“我在精神里分不出什么部分来，我把我自己领会为一个单一的、完整的东西，而且尽管整个精神和整个肉体结合在一起，可是当一只脚或者一只胳膊或别的什么部分从我的肉体截去的时候，肯定从我的精神上并没有截去什么东西。愿望、感觉、领会等功能真正说来也不能是精神的一些部分，因为精神是全部从事于愿望、感觉、领会等功能。”
最后，肉体是可以灭亡的，而精神或者灵魂是不朽的。笛卡尔认为，“在一般意义下，物体是一种实体，因此它也是不死亡的，但是人的肉体就其有别于其他物体这一点来说，它不过是由一些形状改变和其他类似的一些偶性组合而成的，——仅仅由于它的某些部分的形状改变，它就不再是同一的肉体了。”通过这一论述，笛卡尔告诉我们，一切上帝创造的实体，从本质上讲是不可灭的，除了上帝消灭它。但是，肉体是很容易灭亡的，只要身体的某一部分发生改变，它也就不再是原来的肉体了。但是与此相反的灵魂并不如此，灵魂是一个单一的实体，不是像肉体一样是由一些偶性的组合而成的。因此，灵魂是不朽的，是不会死亡的。例如，笛卡尔说，“人的精神或者灵魂，从按期能够被自然哲学所认识的程度来讲，是不死的。”
从认识论的角度证明灵魂与肉体的区别
关于从认识论角度来证明“灵魂与肉体的区别”，笛卡尔有一段著名的论述。笛卡尔说，实际上我们都知道，凡是我们能清楚分明地领会到的东西，上帝都能在第一时间内读懂我们的“领会”，然后创造出我们本身所能领会到的东西。所以说，对于我们来讲，如果我们要确定一个东西和另一个东西不同，我们只要能够做到把一个东西和另一个东西清楚分明地区别开来就完全可以了，因为它们本身就是可以分开放置的，至少全能的上帝能把它们分开放置。而深究到底是什么样的力量把它们分开的，这就没有任何必要了。我们只要能意识到它们是可以分开的就足够了。也就是说，从我们可以清楚分明地领会到自己的存在，并且能同时领会到自己除了是一个纯粹思维的存在体之外，没有任何别的东西是能和我们的本性或者本质联系在一起的，我们就可以得出这样的结论：“我”的本质实际上就在于“我”是一个纯粹思维的实体，即使很可能存在一个同时和“我”这个纯粹思维的实体关系密切的肉体，但是这个肉体本身不影响“我思维”的这一实质。这也就是说，“我”一方面有一个清楚分明的“我”自己存在的观念，另一方面，我又有一个与“我思维”这一存在紧密联系在一起的肉体。从这里可以看出，“我思维”的“我”和肉身的“我”是有区别的，“思维”的我可以脱离肉体而单独存在。
这就是笛卡尔根据认识本身发展的先后顺序，对“灵魂和肉体”或者“精神和物质”之间的区别的证明。
另外，对这一证明过程，笛卡尔还从几何学的角度作了证明：
1我们所能清楚分明地领会到的东西很可能是上帝按照我们所领会到的那样创造出来的；
2我能清楚分明地领会到一个不带有肉体的精神的实体；
3我能清楚分明地领会到一个不带有精神的广延的肉体——我能把“不带有肉体的精神的实体”和“不带有精神的广延的肉体”区分开来；
4精神和物质，灵魂和肉体既然可以区别开来理解，那么它们是有区别的。
从认识论证明灵魂和肉体之间的区别在哲学史上占有相当重要的地位。人们之所以把笛卡尔的“从认识论证明上帝存在”的观点看得很重，是因为笛卡尔在这里才真正意义上证明了上帝的存在。而在这以前，笛卡尔只是从事物的本质上进行分析，认为灵魂和肉体很可能存在区别或者确实是不同的，并没有从实质上讲明灵魂和肉体的区别。而在这里，笛卡尔在真正意义上证明，灵魂和肉体，精神和物质是真正地、绝对地实实在在有区别的。这体现了笛卡尔从简单到复杂，从抽象到具体的论证方法。
四、灵魂与肉体统一
笛卡尔在论述“灵魂与肉体的区别”时，把灵魂与肉体完全对立起来，认为灵魂与肉体是互不相同的两个实体。当然，这也是笛卡尔第一哲学的本来目的，笛卡尔为了这个目的作了很多极端的论述。但是，笛卡尔在漫漫的研究过程中发现，灵魂与肉体不能绝对的对立。于是，笛卡尔又从多个角度证明了“灵魂和肉体是相互统一的”这一观点。笛卡尔认为，灵魂和肉体虽然是区别的，但也是统一的：感觉就是灵魂和肉体相互统一的最好的证明，例如疼痛、饥饿、干渴以及其他的感觉都是灵魂和肉体结合的最好的明证；灵魂和肉体是全面地结合在一起的，不可分割的，它们结合的方式如同重力和物体的结合方式一样；灵魂与肉体虽然是全面地结合在一起的，但是精神主要处于肉体的大脑之中，并且只是处于大脑之中的一个小腺体之中。