第五章：他论述了有缘壁的礁或者说岸礁。 第四章：达尔文描述了珊瑚礁的成长。他广泛地论述珊瑚礁增长的有利条件，它们的生长速度和形成暗礁的珊瑚虫生活的深度有一个关键点，即这些珊瑚虫在低于最低限的深度中是不能茁壮生长的。
第五章：这是极具重要理论意义的一章。达尔文批判了昔日关于在喷火山口或在由沉积物变来的水下浅滩上形成大群岛的环礁的假设，提出自己的观点：堡礁是由岸礁形成的，而环礁是由堡礁形成的。这种形成，一方面通过陆地缓慢下沉；另一方面通过暗礁的珊瑚的增高来进行，其增高过程让珊瑚在阳光、氧气和水的运动这些有利的条件下生活。
第六章：这是本书的最后一章，达尔文论述的是珊瑚结构类型的分布情况。他用蓝色、浅蓝、红色的异常醒目的图来说明这个问题。
《珊瑚礁的构造和分布》一书是达尔文理想的开端，而且是一个辉煌的开端。它引起了科学家们的兴趣，人们也开始接受这个理论。莱尔对他的珊瑚礁理论给予高度的赞扬，尽管它驳斥了莱尔的环形岛理论。
1842年五六月间，达尔文在梅庄、希鲁斯伯里过了一段美好的日子。在这里用铅笔草草地勾画了他的相当完整的物种起源的理论概要。这个手稿后来藏在唐恩的一个楼梯下面的壁橱里。在达尔文死后14年被发现。
这个手稿非常有趣。达尔文的儿子弗朗西斯在纪念达尔文诞生一百周年时，把它加上自己的注解予以出版。
后来《物种起源》的所有章节、所有的基本思想和想法，都在这个概要中有所反映。
这个《一八四二年概要》是一个天才图画的草稿。草稿中有他未来书的“提纲”：
一、改变家养生物的各种原理。
二、把这些原理用于野生动物的可能性，以及类似家养种族的那些动植物的野生种族可能的起源。
三、迁居和反对这一论断（这样的种族实际上已经产生并形成了叫做物种的东西）的证据。
达尔文在纸上又勾画出生物发生变化的原因：
一、在外界环境影响下的变化。
二、由于这种环境的变化，器官锻炼与否所引起的变化。
三、不是直接靠外部环境，而是与繁殖有关的变化。
达尔文提出了人影响生物的两种方法。第一种是外部条件的直接影响，如营养对动物大小的影响；第二种是间接的条件影响。
通过《一八四二年概要》人们可以看到，通过自然选择的进化论，达尔文于1842年已经建立，并且基本的特点也完全提了出来。当时，他还没有同任何人谈论自己“异端的”进化思想。
到了1841年，达尔文的健康明显恶化。他周期性地感到胸闷、胸痛和晕眩，非常容易疲倦。伦敦中心区的环境显然对他很不适宜。这个地方喧嚣、嘈杂、多雾，以及那些频繁的社交活动，都使达尔文感到极不舒服。对于习惯在庄园或郊区过自由自在生活的达尔文夫妇来说，从伦敦搬到郊外是最好的选择。
1842年9月，达尔文夫妇在天文学家约翰·赫谢尔的建议下在贝克纳姆买下了唐恩庄园。
唐恩所在的村子是一个偏僻而又舒适的地方，环境幽静，森林茂密，盛开的栗树花，鸣啭不停的鸟声，翩翩起舞的彩蝶，还有那辽阔的田野，清澈的小河……在达尔文的心中，“这儿的环境就像孩童时的梅庄一样美好”。
唐恩村距伦敦大约有15英里，有几百居民，交通比较方便。当然，如果这段路全坐马车会使人厌烦，庆幸的是，新修的铁路却很顺畅。
1842年9月14日，达尔文夫妇带着两个孩子和仆人约瑟夫·柏斯劳，一起搬到唐恩村的新居。达尔文夫妇对整个唐恩庄园修缮一番，又请人把周围的杂草、灌木砍去，开辟了花园、菜园和试验地。从此，达尔文在这个幽静的环境里专心致志地从事研究和写作，直到他生命的最后一刻。他除了偶尔短期外出外，再也没有离开过这里。也许，只有在这些条件下，他才能够写作出许多使他享有盛名、产生巨大影响的博物学方面第一流的著作。
让埃玛高兴的是，现在达尔文的健康状况似乎好转了许多。在上高尔街经常发作的剧烈头痛和虚脱已不常出现了。
来到唐恩村以后，达尔文给自己规定了严格的作息时间。他清晨七点起床，在花园里散步，七点四十五分吃饭；一天分成三段时间工作：上午八点半到十一点半，下午一点半到四点，五点半到七点半，中间休息的时间散步或者听埃玛朗诵小说；晚饭后，不是听埃玛弹钢琴，就是和她下双陆棋，十点就寝。这份作息时间表，除了去伦敦开会、度假或由于疾病不能起床外，他整整地坚持了40年之久。连达尔文自己都说：“我的生活过得像钟表那样规则，当我生命告终的时候，我就会停在一个地方不动了。”
他在工作之时，什么人都不能打扰他。但孩子多了，要做到这点确实困难。贤妻良母的埃玛尽量让孩子们不打搅他，除了她自己和每天早晨打扫房间的仆人以外，家里任何人都不得进去。她还要求孩子们在父亲工作的时候必须悄无声息。
1842年秋天，达尔文开始撰写他在贝格尔号旅行时访问过的火山岛的地质方面的著作。著作应写成《贝格尔号航行地质学》的第二部《火山岛的地质考察》、第三卷《南美洲的地质考察》（第一卷即《现瑚礁的构造和分布》）。
《火山岛的地质考察》出版于1844年春末，包括七章内容：
（第一章）：关于圣地亚哥岛的地质情况。最低层是火山岩，中间层是第三纪初期延伸到海里的石灰石的水平层，最上层是晚期形成的熔岩。
（第二章）：关于亚速尔群岛中费尔南多德诺罗尼亚特塞腊岛的地质情况；塔希提岛、圣保罗岛的地质情况。
（第三章）：关于亚森松岛的地质情况。
（第四章）：关于圣赫勒拿岛的地质情况。
（第五章）：关于对其他地区火山情况的比较。
（第六章）：关于火山岛的一些新思想。粗面岩和玄武岩之间的差异。
（第七章）：关于火山岛的分布和火山现象。大多数海洋上的岛都是火山岛，这就提出了火山岛和火山现象的起源问题。
1842-1844年，达尔文孜孜不倦地从事物种问题的研究，在《一八四二年概要》的基础上，他写了新的概要，其份量比《一八四二年概要》大约增加了三倍，并仔细地进行了核订。特别扩大了有关自然选择和生物的地理分布那几节。
这个问题太重要了，达尔文越来越相信它的正确性。问题是，他的结论与大多数学者的意见看法相去甚远，他们和他的进化论思想格格不入，如果现在出版概要，他肯定会孤立无援，四面楚歌。
可是他的身体和健康状况在恶化，假若有一天他突然死去，那他的理论、他的思想、他的整个准备工作……天啊，太可怕了！
在给妻子埃玛的遗书中，他交待了他所依赖和信任的人，以及他事业的继承人。
他愿意让亨斯罗先生来出版他的概要，他希望莱尔先生来承担本书的编者，伦敦的福勃斯是第二个合适的编者，虎克博士是一个好人，司却克兰先生是一个可亲近的人……
其实，达尔文大可不必这样做，因为他才35岁，他将比他们所有的人活得都要久。
《一八八四年概要》大大增加了阐述自然选择的那一章的篇幅。遗传性的问题是复杂的，达尔文指出，并不是生物在一生中所获得的一切都能遗传下来。他接着指出由人类选择种畜的重要性和隔离的意义，即防止同不良个体和品种进行交配的作用。达尔文还指出采用选择的实际操作者在工作中的困难和细微之处，指出在很多代期间进行育种的必要性。
相对于《一八四二概要》，达尔文更为详细地指出对各种动物进行有步骤的选择的成绩。人不会创造出各种变化，只会进行合并和联合。人除了系统选择外，还存在着“不自觉的选择”，他引证了对野蛮人部族的观察来说明问题，在这个概要中，他把对“物种起源”起的某种作用也归之于杂交过程的本身。
《一八八四年概要》发挥了动物地理学。这一章几乎是重写的，包括三个部分：生物的现今分布情况，动物在过去的分布情况，列举出来的地理分布事实同他的理论相一致的程度。
《一八八四年概要》中有一个与众不同的思想：即冰川时期对于说明各个不同山峰上的高山植物区系断断续续的分布情况，对于说明它们同北极植物区系有相似之处，都具有很大的意义。