一、患上口腔癌
1923年4月的一个晚上，弗洛伊德使他的医生菲力斯·道西大吃一惊，他要求医生看他嘴里那“令人不快乐”的东西。他接着说：“你要准备好，会看见你不喜欢的东西。”
看一眼就够了，弗洛伊德患上了一种晚期的“口腔癌”！道西医生再看了一眼，认为病情严重，需要活体解剖，并且动手术除去染病的薄膜。他们很快就安排好了。道西医生写道：“我们一起坐车到医院，说好了手术完后他可以马上回家。但是他失血较多，情况紧急，所以必须在医院单人病房的床上休息，因为那时没有其他的舒适病房空着。”
不久以后，就开始放射线治疗了，这是一连串治疗和手术的开端，希望可以防止疾病的蔓延。1923年5月10日，弗洛伊德回复亚伯拉罕给他的生日祝贺信，他尚能写：“我又可以吃东西、工作和吸烟了！而我将试用你乐观的口号：祝你青春永驻，万年长青。”这封信代表着弗洛伊德面对挑战，努力不懈的精神。他一直到生命终了时，仍不屈不挠地表现出他真正的英雄本质。
巴德·格斯丁医生检查了开刀后的疤痕，认为他正在逐渐复原中。但是弗洛伊德对本地人不太信任，他觉得身体仍然不舒服。8月初，他去拉佛隆和女儿安娜会面。安娜劝他马上写信给在维也纳的菲力斯·道西医生。
道西立刻回了信，并且决定从维也纳出发，亲自去看弗洛伊德。他抵达拉佛隆后，马上发现癌细胞已经扩散，必须进行另一个更严重的手术。
可是再过几天，精神分析的核心小组会就要聚集在圣克力斯多佛。而因为弗洛伊德早先计划，要在8月底去罗马，现在产生了两个问题：第一，核心小组的成员，现在还不知道弗洛伊德的情况有多严重。他们会不会劝他接受手术（因为他看起来并不希望动手术）？第二，弗洛伊德应该照计划去罗马，还是立刻回维也纳？
很显然的，弗洛伊德没有接受动手术的劝告，就去了罗马。等他回到维也纳之后才知道自己的病情已经很严重，而等到许多年后，才有人告诉他核心小组决定不让他知道真正的情况。
那就是弗洛伊德等待动手术时，他接到一封信，使他感到很满足。有一位美国的精神分析师，带着一封史丹利·何尔的介绍信来拜访他。何尔在信中赞美弗洛伊德说：
“你的成就比现在任何一个精神分析家都要高超！事实上，历史将要证明，你对我们的贡献和达尔文对生物学的贡献相比较，有过之而无不及。我以为，如果你对那些叛离你的门徒宽容一点儿，也不会损及你崇高的学术地位。以我自己来说，你的工作一直是我过去15年来工作上的主要灵感泉源。它已经给予我对于精神生活上的崭新观念，你赐给我的，比任何人都要多。”
弗洛伊德读这封信时，等待着他的是复杂的大手术。事实上，问题牵涉得很广，外科医生发现必须先在一个尸体上实验，然后才能决定是否进行手术。事实上，需要动2次手术。第一个比较小的手术准备在10月4日进行，1周后再进行大手术。首先，嘴唇和面颊必须割开很大的一个口子，然后将整个上颚和染病处右边的软肉割除。
第二个手术进行了7个钟头，要经过局部麻醉和一些镇静作用。在10月底，弗洛伊德就已经回到了柏格街19号。
现在，弗洛伊德正在康复中，他希望最坏的情形赶快过去，可是还不到2个星期，他的希望就破灭了。11月12日，将先前割下的组织样品拿去化验的医生告诉他，疾病在继续恶化中。他们建议再动手术，弗洛伊德也同意了，于是就在当天下午开刀。
这次事情看来都很顺利，12月底以前，弗洛伊德回到家，显然在迅速的复原中。
尽管13年后，恶性的细胞才再度被发现，但是弗洛伊德的灾难却继续不断。他将会经历30多次的手术，以除去慢性发炎的地方和病变前的癌细胞组织。
二、带病工作
1924年，有人建议弗洛伊德说，精神分析应该在银幕上呈现给大众，他的反应却是恐惧和轻视。他不仅仅是恐惧他穷其一生之力所研究的成果会为了投大众之所好而变成低级趣味，他更不相信精神分析的理论能在银幕上解释清楚。
不到6个月，弗洛伊德获悉，德国最大的电影公司环球影片公司去找亚伯拉罕和沙克斯，想要他们指导如何制作关于精神分析的纪录影片。他们说得很明白，不论弗洛伊德或他的同事帮不帮忙，他们都决定拍这样的电影。
于是，一部叫做《灵魂的奥秘》的影片在1926年初发行，汉斯·沙克斯为看过电影的观众写了一篇论文。当《灵魂的奥秘》在德国各地上映时，弗洛伊德更加直接地牵涉到一个早年就潜伏在精神分析上的问题——外行人执行精神分析的问题。这种新的治疗方法应该只准合格的医生来执行或者也容许外行人参加。
在20世纪初，这问题几乎没有被认真地考虑过，在美国，知识分子普遍存在的意见是，只有医生可以执行精神分析，而在奥国，可以同时接受医生和外行人执业。其他的国家采取折中的办法，如伦敦的钟士、柏林的艾丁顿等人，他们相信可由外行人执业的原则，但觉得它的实施应该以某些限制来维护——特别是事先应该经过医生的推荐。
1925年贝德洪堡大会，允许五个欧洲学会和纽约精神分析学会加入国际训练委员会后，欧洲和美国之间看法的分歧，开始要正面冲突了。翌年，纽约州宣布外行人执行分析为非法，使一些弗洛伊德的助手大失所望。他们以外行人的身份来到美国，希望他们的服务受到鼓励，但发现事情却恰恰相反。
1929年在牛津召开的大会决议，诊断要和治疗分开，而且外行的分析师不能为病人提供意见，或直接替病人看病，除非那病人是由一个合格医药分析师介绍来的。更多的讨论继续于1932年的德国维斯巴登、1934年的瑞士卢塞尼及1938年的法国巴黎被提出。尽管双方都曾让步，但历次的大会都没有解决这个问题。到了第二次世界大战末，死亡和相继移民外国，使欧洲的精神分析学会的人数锐减，实际掌握发言权的变成了美国人。
尽管弗洛伊德被疾病和死亡的阴影逐渐束缚，而且不断有叛离的门徒，但他坚守他这一辈子的工作信心。他继续提醒大众，相信精神分析能治愈各种神经病现象是不正确的。早在1922年，他为《大英百科全书》所写的一篇长文中，就提出这个警告。现在他说：“只要有机体的因素仍然不能掌握，分析的许多地方就仍是在云里雾中。”几年后他的《可中止的与不可中止的分析》的文章，使他的编辑詹姆斯·史特齐承认：“这篇文章给人的印象是，他对精神分析治疗的效果感到悲观。”
在弗洛伊德的研究重点改变得非常清晰可见之前，他历经了许多次兴趣的改变。他写道：“我的兴趣，经过了一辈子迂回于自然科学、医学和精神治疗以后，回到长久以前就使我着迷的文化问题上。我更清楚地发现，人类历史事件、人类本质和文化发展间的互动、原始经验的沉积（最著名的例子是宗教）以及自我、本我和超我三者间动态冲突的反映，精神分析就是在研究它们。”
弗洛伊德新论文的第一篇是《幻觉的未来》，开始于1927年初，完成于秋天，在11月出版。论文中认为宗教本身是幻觉，而他知道，他势必再一次受到攻击。但是对他来说，这并不是新的经验，而且如果一个人在年轻时，就已经学会屹立于当代人的不同意之上，在他年老时，他知道不久后就要凌越于别人之上，那么批评又能对他怎么样？
在那篇论文中，弗洛伊德主张，他并没有增加什么反对宗教的声势，而他的表达只是“在那些伟大的前人的批评上，加了一些心理学的基础”。
《幻觉的未来》中的观念绝不是新的，它受到弗洛伊德30年来所发现的精神分析理论的支持。而这篇论文所引起的反应正是意料中的。在纽约，犹太人牧师纳桑·克勒斯道出了一般人的观念。他说：
“我们习惯于听一个人谈所有的主题，只因为他在某一方面做了一些令人注意的事。因为爱迪生知道电学，于是人们就要听他的神学意见；因为一个人在航空科学上有成就，就有人要求他谈宇宙万物的事。大家都赞美弗洛伊德这位精神分析家，但是我们没有理由也去尊敬他的宗教哲学！”
弗洛伊德总该有各种理由为《幻觉的未来》得到的反应高兴，但是，他至少曾对一个访客表示出不曾接受赞美的心情。
他以前的一个病人林拉佛果很热心地读了那篇论文，并写信给弗洛伊德，弗洛伊德就邀请他一聚。林拉佛果写道：
“话一进入正题，弗洛伊德就承认任何人的赞美都会带给创作者快乐。但是他接着在我的热心上浇冷水。他说：‘这是我最坏的一本书！它不是弗洛伊德的书。’你们绝想象不到我的诧异，我当即埋怨他的说法！但他仍继续说下去：‘那是一本老头子写的书。’哎！那时我差点昏倒了。他一字一句地加强语气道：‘此外，弗洛伊德现在已经死了！相信我，真正的弗洛伊德的确是一个伟人。我特别为你感到难过，因为你过去并不了解他！’”
弗洛伊德的阴阳怪气可能和身体有关，他不断地有身体上的麻烦而且不停地挣扎。
1929年夏天，当弗洛伊德又住在阿尔卑斯山时，他仍然爱山，仍然喜欢欣赏花草和风景。而为他看病的舒尔医生发现，“他所有的痛苦并没有大大减损他那种享受的能力。”但是他不能长途跋涉了，并且发现坐下来读书是很困难的事。他向朋友诉苦，说一个人总不能整天抽烟和打牌！他知道该怎么做。于是，他转而工作，因为“这么做，时间很快地就过去了”。
工作的成果是3万字的论文，完成于7月底，题目是《文明中的不快乐》，后来改名为《文明与其不满》。到了9月中，他不得不再去柏林治疗。他的女儿安娜照顾他，他尽情地享受了和他的两个儿子恩斯特与奥利佛家人共聚的时光。
弗洛伊德把精神分析运用在传记的写作上，写了一篇《汤姆斯·威尔逊——第二十八任美国总统》的论文。论文中他说威尔逊受到一种“父亲情结”的影响，以致在事业中的许多关键时刻里摇摆不定。事情的最高潮是他不能主宰巴黎和会，以及把“十四点原则”强加在不甘愿的欧洲各国上面。作为一种精神分析的研究，这本书是很有劝服力和娱乐性的，但是也引起了许多的争论。
1930年初，弗洛伊德希望《威尔逊》这本书的出版，能使出版社窘困的经济情形复苏。但在1932年初，出版的可能性仍然不大，他转向别的他认为有帮助的事情。那就是《新导论演讲词》，一共有7篇。
第一篇演讲是梦的理论的修正，大部分是较早的材料；第二篇谈梦和神秘学，透露精神分析至少可以解决一些通常被认为是玄学的事情。接下去的3篇谈到“超心理学”，比任何在战时的演说都复杂，文中介绍许多新的观念，以及来自“自我与本我”及“潜意识”的材料。
最后2篇归纳了弗洛伊德对医学以外的主题的观念，诸如“精神感应”、教育、宗教及共产主义等。
三、遭到威胁
1926年，弗洛伊德70岁生日时，奥地利官方首次承认弗洛伊德。奥地利广播系统发布了有关他的生平和工作的纪念演讲。他对于这次庆祝活动百感交集，他写信给打算来维也纳为他祝寿的女婿哈伯斯塔特道：“你不必因为听说我已经老了，而且身体也不太健康而惊讶。目前我在疗养院接受心脏治疗，他们说那并不严重，但是需要做这种治疗。他们答应我这个月就可以出院，但是我知道，我身上大大小小的病，将不容易继续做困难的工作了。”
尽管弗洛伊德怀疑自己的健康情形，但是他在七十大寿来临前那段日子里精神相当愉快。他写信给撒母耳说：
“我已经继续开始做一些工作。我每天花五六个小时为病人治疗。学生们和病人们都假装不知道我的病。我偶尔写些论文，我作品的全集已经完成了第一卷。现在我好像是一个名人，路经维也纳的作家和哲学家们都来看我、和我讨论。全世界的犹太人都以我为荣，把我和爱因斯坦相提并论。无论如何，我没有理由抱怨或恐惧地看着我自己的生命将结束。经过长时期的穷困后，我现在能毫无困难地赚钱了。”
弗洛伊德在格隆德西听到了自己获得歌德文学奖的消息。他对这项荣誉有着复杂的感情，那是诗人帕克伊特费了很大的劲，好不容易才说服歌德基金会通过提名的，奖金每年由德国的法兰克福市颁发。弗洛伊德告诉帕克伊特说：“我还没有被公开的荣誉宠坏，因此已习惯没有它们也过得下去。”
弗洛伊德对纳粹党的崛起，首先是出奇地沉默，当希特勒的胁迫从人们的噩梦变成现实后，他说了一句话：“谁能预料什么会成功，什么会有结果呢？”当局势越来越坏时，他的反应一半是充满哲学味道，一半是不相信。
事实上，有许多合理的原因使弗洛伊德应该为未来恐惧。至少从1873年的经济大危机开始，他就曾经体验到维也纳的反犹太人运动，而他也曾亲眼目睹1914年德国的侵略。在“团体心理学”中，他明白地显示出他深切了解乌合之众如何被野心家煽拨利用。
但是，当别人警告他将有“焚书”事件发生时，他似乎仍然不太在意。1933年5月10日，4万个柏林人，兴高采烈地看5000名佩着纳粹标识的学生在柏林歌剧院前焚烧2000本书，包括爱因斯坦、汤姆斯曼、雷马克、兹伟克以及弗洛伊德的书。弗洛伊德的书最后被扔进火堆，学生们高喊：“反对过分强调性生活的破坏心灵者，并且代表人类心灵的尊严把大坏蛋弗洛伊德的书送到火里埋葬！”
弗洛伊德对一位朋友说：“至少我的书已和最有名的作家的作品一起被烧了！”又对另一个人说：“人类的进步多么大！如果在中世纪，他们早就把我烧死了，现在他们只烧我的书就感到满意了。”之后回想起来，弗洛伊德的这句话显然是不祥的谶语。他的5个姐夫中，就有4人死在纳粹的集中营。
弗洛伊德不愿意把对他个人的威胁看得很严重，因此迟迟没有做任何逃避行动。1933年春天起，朋友们相信希特勒一有机会，就会吞并奥地利，于是纷纷请他出国到他们那里去避难，建议他移居瑞士、法国、英国或美国，甚至西班牙籍的诗人波维达和一群同情他的作家邀请他到阿根廷。对这些人的好意，他的回答都是一样的：“没有必要逃走，我不相信这里有任何的危险。”
弗洛伊德只有在1934年时，曾向兹伟克承认，最坏的事情可能会发生。不过他表示，自己将一直守在维也纳，除非希特勒的暴政真的来临。
他的态度受到好几方面的影响：第一，一个老年人自然不愿意连根拔起；第二，他觉得离开就好像是抛弃他的岗位；第三，他仍深爱着维也纳的一切。但是，渐渐地，他开始发现“世界正变成一个大监狱，而德国就是它最恶劣的囚房”。