各种密查得来的证据，都清晰地指向郑芝龙的海盗舰队。首先，浙、闽一带均有白莲教秘密活动，锦衣卫已经成功派人打入了一些分舵的内部。现在一条消息在白莲教中疯传：他们的“弘光爷”和“护国大法师”已经成功脱险，东渡台湾，“定都”魍港。又封郑芝龙为“水陆五军大都督”，麾下精兵十万，不日即将大举反攻，要教众不要灰心，务必做好准备，全力配合云云。
再者，郑芝龙的公开身份为福州总兵，他虽然做贼心虚从不登陆，但他的二弟郑芝虎却一直在福州，出任福建都司副指挥使。名虽如此，实际上郑芝虎是在替他哥哥处理福建一带的陆上事务，比如组织走私货源、打点官府、招募水手等。当地官员得了郑芝虎的好处，自是对郑氏的走私及海盗行为置若罔闻。
可是福州锦衣卫近日密报，郑芝虎突然失踪了，他在福州的豪华府邸也人去楼空，值钱的东西全打包带走了，家眷也不知去向。但锦衣卫还是设法找到了几个曾在郑府做过活的下人，他们都说郑芝虎可能是要举家搬到海外，具体的他们这些做下人的也不敢多问。
第三，浙江温州府有一艘渔船，曾经在海上碰到了这支舰队。当时这支舰队看到渔船二话不说，几炮就将其击沉，大概是为了灭口。但他们没想到的是，渔船上有一个渔民水性极好，硬是从距海岸线数十里之遥的大海中游了回来。
他以为碰到了倭寇，赶紧去官府报官。过了两三天，官府见没有动静，认为他胡说八道，还把他打了一顿板子。可锦衣卫却闻讯找到此人，从他的口中得知，这支舰队里最大的那艘船上，打出了黄龙旗、白莲旗和黑色旭日旗。
这黄龙旗、白莲旗，正是叛军的旗号；而黑色旭日旗，则是郑芝龙的独门标记。因为他在日本发迹，对日本情有独钟，连旗子也模仿日本的旭日旗，但故意弄成黑色，以示肃杀。舰队上的人可能想在大海中抖抖威风，也不怕泄密，没想到被人窥见。
综合以上信息已可判明，突入长江接应朱由崧等人逃走的就是郑芝龙。至于这么做的目的也不难分析，郑芝龙本就是海盗，投机性极大，接受朝廷招安不过是权宜之计，朝廷也并不信任他。朱由崧的叛军惨败之后，郑芝龙把他接到台湾，自认为凭借着强大的海上实力，可以偏安于岛上。而朱由崧则只能倚重郑芝龙，这样郑芝龙摇身一变，就成了“开国功臣”。
这样一来，一个巨大的难题就摆在朱由检面前：怎么办？
其实朱由检早就想收拾郑芝龙了。于公，郑芝龙盘踞于东南海上大肆走私、海盗，不但对海上贸易影响极大，而且严重威胁着大明安全。郑芝龙不除，则台湾无法收复，贸易线无法打通，朱由检所构想的对外开放格局也就无从谈起。
于私，郑芝龙身为武林六大世家之一的郑氏家主，企图通过联姻的方式兼并戚家军，让其弟郑芝豹迎娶戚美凤，却被朱由检搅黄，郑芝豹恼羞成怒之下竟然踹断了朱由检一条腿，并且劫持朱由检、戚美凤、李贞妍出海，从而引发了后面的一系列事件。这夺妻、断腿之仇，朱由检想起来就恨得咬牙切齿，怎能不报？所以这一仗，是一定要打的！
可是，要消灭郑芝龙谈何容易。这家伙在海上纵横数十年，大小战舰不下百艘，更有八千料的旗舰，而且均配有从荷兰人、西班牙人那里买来的先进火炮。他的手下不但有精通武艺的郑氏弟子，还有从日本招募的浪人、东南亚招募的西方水手，战斗力不但远胜明军沿海的普通水师，就是北海舰队亦处于下风，甚至荷兰人、西班牙人也不愿与之发生正面冲突。
现在如果立刻攻打郑芝龙，能有多少胜算？海战与陆战不同，人和智谋的作用不大，主要就看双方的实力对比。而且海战基本上是一战定胜负，负者在短时间内再无翻盘机会。既然现在郑芝龙还没有公然宣布反叛，老人家说过“不打无准备之仗”，朱由检决定还是慎重些，做好充分的准备再动手。
知己知彼，百战不殆。朱由检立即用飞鸽传书密诏几个人进京：
一是北海舰队的戚显宗、郑允浩，朱由检让他们走海路到山海关等候。
二是在湖南抗击叛军的朱聿键、朱由榔两位藩王，以及统领湘兵的曾孟学。朱由检想亲眼看看这两位在历史上赫赫有名的人物，另外也想得到一些洪承畴的消息，这个老东西至今下落不明，也是朱由检的一块心病。
三是在平叛之战中立下大功的黄得功和翁玉，他们对白莲教水军的情况颇为熟悉，也会有些帮助。
之所以用密诏，一是为了保密，避免郑芝龙有所察觉；二是为了节省时间；三是还涉及到两位藩王，如果用明诏的话，又会引来一堆麻烦。
戚显宗和郑允浩最快，他们留下北海舰队主力在长江口警戒，乘一艘小型战舰，仅用了两天就抵达山海关。其他人则在接诏以后骑快马兼程进京，最远的二位藩王从湖南衡州出发，仅用了八天也就到了，倒让朱由检有些刮目相看。
朱由检最先接见的是两位藩王。他特意选择畅春园的正殿九经三事殿，以示郑重之意。
借着行君臣之礼的时间，朱由检仔细观察二人。这两位藩王还十分年轻，唐王朱聿键不过二十五岁，安任王朱由榔今年才十三岁，脸上稚气未脱；二人虽然恭敬，身上还是显出一种年轻人特有的活力。朱由检见过秦王朱谊漶、福王朱常洵、蜀王朱至澍，这几人无不是沉湎酒色、老气横秋，一副混吃等死的模样。相比之下，朱由检还是更喜欢眼前的两个年轻人。
不过朱由检才刚说了句“为唐王、安仁王赐座”，二人却同时跪倒奏道：“臣等身犯重罪，何敢受座！”