以马青的迅速落网为起点，锦衣卫顺藤摸瓜，很快逮捕了潜伏在京师的十余名白莲教徒，一张窃取大明帝国最高军事机密的庞大而隐秘的网络渐渐开始浮出水面。
这些白莲教徒，有的本来就是京师人，有的是以做生意为掩护来到京师的。他们的目标并不仅限于军工厂，也包括低级官吏、京营官军，以及所有和官府有关的人群。当然他们不敢公然到军营、官府附近转悠，而是“苍蝇专叮有缝的蛋”，最擅长在酒楼、赌场、妓馆等藏污纳垢之处寻找合适的目标。
找到目标后，这些人先是投其所好，利用小恩小惠和对方混熟；然后以赌局、色局等手段，让对方入不敷出，甚至欠下巨额赌债；最后才会露出庐山真面目，套出真正想要的东西。而且只要落入圈套，就会越陷越深。像马青自知身犯重罪，几次提出要让他们协助逃到襄阳去，可是白莲教还想通过他窃取更多的先进技术，当然不肯助他逃走。
不过白莲教也失算了，他们没想到利用窃取的技术制造的手榴弹刚偷运进南京，这么快京师就展开缉查，连一天时间都没到，马青就落入法网。虽然这些人都是单线联系，但正所谓“人心似铁假似铁，官法如炉真如炉”，锦衣卫大刑伺候之下，就像一条线上的蚂蚱，上一个咬下一个，很快就被一网打尽。
朱由检对现代法律理念中的“禁止刑讯迫供”一直是有不同看法的。对于未犯罪或是仅犯了小罪的人来说，刑讯确实会造成屈打成招，甚至有审讯人员故意滥用刑罚，使好人蒙冤而真凶逍遥法外。但是，在刑讯中，屈打成招的到底占有多大比例，却是个值得深思的问题。
如果政府拥有无限的司法资源，当然在理论上可以不通过刑讯手段，而完全靠人证、物证、旁证等完整的证据链，不用嫌犯的口供亦可定罪。可是事实上这是不可能的，别说是当前这样的乱世，即使是前世号称司法制度最完备的美国，由于过于强调证据定罪，又有一帮无良律师为了赚钱，挖空心思为嫌疑人脱罪，审定一个案子往往要花费几年、甚至十几年的时间，消耗大量的司法资源。
表面上看起来，这在程序上是“公正”了，是确保了嫌疑人的“合法权益”。可是由此司法资源被大量消耗，大量罪犯得不到及时、应有的惩罚，政府无法把更多的资源投入到预防犯罪上，导致美国罪案频发，损害了更多的普通百姓的利益。
而刑讯手段虽然简单粗暴，却在大多数案件中行之有效，效率极高，在很大程度上节省了司法资源。尤其是一些惯犯、累犯和心理素质较好的罪犯，用俗话讲叫“滚刀肉”，不让他们受皮肉之苦，他们是绝对不会自承罪行的。这就是矛盾的两个方面，朱由检认为应该辩证地看，合理掌握平衡，才能兼顾公正与效率。刑讯本身不是问题，如何使用刑讯才是问题。
所以朱由检虽然早就打算对《大明律》进行重大改革，并已经在司法实践上废除了凌迟、腰斩等残酷刑罚，但是并不打算废除刑讯，而是要对刑讯进行规范，说白了就是做出严格的规定，在什么情况下可以使用刑讯、对什么对象使用何种刑讯强度。锦衣卫当然是朱由检改革措施的忠实执行者，严振纲早就制定了《锦衣卫北镇抚司刑讯暂行条律》，朱由检亲自御批生效。
在这个《条律》中，规定凡是刑讯，必须有三名以上的锦衣卫百户以上、而且并非上下级关系的官员同时在场，并且要在审讯记录上签名。根据嫌犯的性别、年龄、体质、所涉罪行严重程度、心理状况，对各种刑讯手段进行严格分类，挑选最合适的刑罚，强度由弱到强依次实施。如果所有刑讯手段使用过之后，嫌犯仍不肯招供，则必须上报镇抚使酌情处理，并且无论如何要确保嫌犯不能因为受刑而死亡，否则审讯者就得承担责任，轻则撤职，重则法办。
像这帮白莲教徒，属于窃取军事机密、危害国家安全的最高级别嫌犯，而且都是身强力壮的成年男子，有的还有武艺，锦衣卫自然是把各种最高级别的刑讯手段尽情往他们身上招呼。结果他们不但招供出了白莲教在京师他们这一条线上的所有教徒，还供出了他们的上线，也就是负责京师与白莲教总部联系的一名护法。这名护法居然是一名驿卒，靠着这个身份掩护，他可以自由地进出京师。
锦衣卫立即实施抓捕，正好这个驿卒刚回京师，一进驿站就被抓了个正着。严振纲亲自审讯，重点自然是手榴弹案。这家伙虽然嘴硬，但在被酷刑折磨了几个时辰之后，终于受刑不过招供了。因为他在白莲教内部级别较高，所以供出的内容也极有价值。据他所说，南京城内有一个举足轻重的大人物也是白莲教徒，偷运手榴弹进城，就是为了发动兵变，一举消灭关宁铁骑和王在晋、袁可立等人，举旗造反！
如此具有爆炸性的消息，严振纲岂敢怠慢，立即用飞鸽传书加绝密级密码急奏朱由检。与此同时，南京的急奏也送至开封，具言常胤绪包庇智信等事。
朱由检揽奏大惊，稍微一思量，便觉得这个所谓的“举足轻重的大人物”，十有八九可能是常胤绪。以他的显赫身份秘密加入白莲教，虽然有点匪夷所思，但在这个乱世之中，又有什么是不可能的。即使猜错了，但常胤绪对兵权明交暗夺，煽动卫所官军不听王在晋、袁可立号令，已经是严重的抗旨行为。
到了这个份上，已经不能再有丝毫的迟疑了。朱由检立即下旨，不管采取什么手段，要立即抓捕常胤绪。卫所官军是连乌合之众都不如，只要常胤绪一完，他们未必能掀起多大风浪来，更何况至少金吾四卫还是肯奉诏的。
王在晋和袁可立接到这份密诏之后，正商议该如何行动，突然有人来报：“顺国公常胤绪定于明日奉诏北上觐见圣上，今天在府中大排筵席，邀请二位大人前往！”