蔡元培反对注入式、填鸭式的教学，要求进行启发式教学，引起学生读书、学习的兴趣。他说“我们教书并不是象注水入瓶一样，注满了就算完事，最重要的是引起学生读书的兴味”(第303-304页)。第三，蔡元培提出：“夫完全人格，首在体育。体育最要之事为运动”
(第155页)，因为“健全的精神，宿于健全的身体”(第303页)，更重要的是各学校都提倡体育，“国民身体既强，临时授以‘军事智识’亦可执干戈以卫国家”(第379页)。
但蔡元培强调体育要讲科学，防止一味竞胜给人的心理、生理带来的不必要的损伤，“体育者，循生理上自然发达之趋势，而以有规则之人工补助之，使不致有所偏倚，“生徒之中，官能有钝锐之别，体力有强弱之差，惟求以各以本身为标准，使不致过惰而不及格，过激而转损其躯，此体育之本义也”(第88-89页)。第四，蔡元培把美育作为培养学生完全人格的重要手段，他指出：“美育者，应用美学之理论于教育，以陶养感情为目的者也”(第490页)，人在关键时刻，不顾祸福、不计生死，以满腔热情，勇往直前，那些与他人同乐同享、舍己为群的品德的形成，都要通过美育，因为美育可以陶冶活泼敏锐的性灵，养成高尚纯洁的人格。
至于美育如何实施，蔡元培提出：“照现在教育状况，可分为三个范围，一家庭教育，二学校教育，三社会教育。我们所说的美育当然也有这三个方面”(第343页)。
关于上述四育的关系，蔡元培反复强调要和谐发展、不可偏废，认为只有这样，才可能养成健全人格。他指出：“这四育是一样重要，不可放松一项”(第303页)。
(四)关于高等教育
蔡元培提出了一系列主张，影响深远的主要有：其一，他提出：
“大学以教授高深学术、养成硕学闳材，应国家需要为宗旨”(第页)。在就任北大校长时，他向北大师生明确提出三点要求：“抱定宗旨，砥砺德行，敬爱师友”(见《就任北京大学校长之演说》第页)，要求学生放弃对功名利禄的追求，孜孜于求学，以养成高深的学问。其二，在大学及学科设置上，蔡元培提出了“学为基本，术为支干”(第202页)的思想，认为“治学者可谓之‘大学’，治术者可谓之‘高等专门学校’。两者有性质之别，而不必有年限之差”(第页)，主张大学专设文理二科，其法、医、农、工、商等科别为独立之大学，因“文理二科，专属学理；其他各科，偏重致用”(第197页)。
其三，对于大学中的各家学说，“访世界各大学通例，循‘思想自由’原则，取兼容并包主义，无论何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不达自然淘汰运命者，虽彼此相反，而悉听其自由发展”(第231页)；“对于教员，以学诣为主”，(第231页)，不求全责备。在这种办学思想指导下，北大教师、学生自由争鸣，选课自由，形成了百家争鸣、欣欣向荣的新气象。但蔡元培提倡的“兼容并包”和“思想自由”并不是无所不包，无原则的放任自由。他不允许在大学里尊孔祀孔，不允许在大学里设经科，不允许在大学里开设宗教课，以传教为业的人，不能参与教育事业，“我的意思，是绝对的不愿以宗教参入教育的”(第337页)，对于滥竽充数的教员，不管是中国人还是“洋人”，他都摈弃不用。
(五)关于教育独立
“五四”运动前后，由于军阀割据、混战，政潮迭起，军阀政府将国家大部分经费用于军事开支，教育经费只占国家预算的很少一部分，就是预算内的经费，也常被侵占不能拨付，致使许多学校经费无着，濒临破产，引起教育界人士极大不满，教育界遂群起谋教育经费独立，形成了教育经费独立运动，随后这一运动进一步发展，提出了教育立法、教育行政独立的主张。为支持教育独立运动，蔡元培于1922年2月写下了《教育独立论》一文，(第334页)，文章的前一部分是属于教育哲学的议论，系统地阐述了他关于教育独立的见解，后一部分提出了实现教育独立的具体方案。其基本思想主要有以下三点：
第一，他认为“教育是帮助被教育的人，给他能发展自己的能力，完成他的人格，于人类文化上能尽一分子的责任，不是把被教育的人，造成一种特别器具，给抱有他种目的人去应用的。所以，教育事业当完全交与教育家，保有独立的资格，毫不受各派政党或各派教会的影响”。
第二，他主张教育脱离政党的控制，因为，“教育是要个性与群性平均发达的”，而政党则是要制造一种特别的群性，抹杀个性，“教育是求远效的；政党的政策是求近功的”，若把教育权也交与政党，政党更迭时，教育方针也就跟着改变，教育就没有成效了”。所以，教育事业不可不超然于各派政党以外。”
第三，蔡元培强调教育事业要超然于各派教会以外。因为，教育是进步的，教会是保守的；教育是公同的，一国的学生可以学习和利用他国的学术成果，没有什么界限，教会则派别甚多，“彼此谁真谁伪，永远没有定论”，所以各国宪法中都有“信仰自由”的一条。因此，不能把教育权交与教会，“教育事业不可不超然于各派教会以外”。
(六)关于以美育代宗教的主张
在1912年蔡元培就把美育作为新式教育方针的主要内容之一，但从1912年到1917年期间，并没有真正的实行。相反，由于辛亥革命的失败，政治上的复辟，在社会上尤其是文化教育界掀起了“尊孔拜教”的逆流。对此，蔡元培于1917年在北京神州学会讲演时，提出了“以美育代宗教说”的着名口号。他指出，由于刺激感情的原因，无论何等宗教，无不“扩张己教，攻去异教”(第170页)。为了避免“刺激感情之弊，而专尚陶冶感情之术，则莫如舍宗教而易以纯粹之美育”(第171页)，因为美具有普遍性，纯粹之美育，可以陶冶人们的感情，使之养成高尚纯洁之习惯，而消沮人我之见，利己损人之念。1930年蔡元培再次发表“以美育代宗教”的文章，阐述美育代宗教的理由：“一、美育是自由的，而宗教是强制的；二、美育是进步的，而宗教是保守的；三、美育是普及的，而宗教是有界的”(第484页)，因此，要以美育代替宗教。
《蔡元培教育论集》中的思想观点虽然涉及到教育领域的许多方面，但其中占主导地位的是他关于教育方针、教育目的主张，即他所倡导的德育、智育、体育、美育和谐全面发展，培养健全人格(完全人格的思想。蔡元培把这一思想主张作为教育方针有重要的意义：一是否定了2000多年来以德育为中心的儒学教育和清末以来“中学为体、西学为用”的教育方针，是资产阶级反对封建旧教育的重大胜利。二是这一思想包含了和谐、全面发展教育的主要内容，在一定程度上反映了培养人才的规律，是我国近代教育科学化道路上迈出的一大步。三是这一教育思想主张对我国当前端正教育思想、明确培养目标、纠正办学中的片面性具有重要的借鉴意义；其中蔡元培关于德育、智育、体育、美育的实施方法的精辟见解可以为今天的教育所采用。这一教育思想的不足就在于其理论基础即人性论主张、哲学观点具有某些抽象的、超阶级的、超越时代的唯心主义成分。
蔡元培关于教育独立的主张是就当时特殊的历史情况提出的，具有很强的针对性，对于推动当时教育界摆脱军阀政府的干扰和对教育的侵害起到了武装思想的作用；其中要求教育事业由教育家来领导主持，教育发展应遵循其自身发展的逻辑和规律，教育经费应有切实可靠的保障等主张，具有一定的合理性。不足之处在于教育独立的主张违背了教育与政治、经济相互依承、互相作用的规律，因而是片面、甚至是错误的。
蔡元培关于高等教育的主张具有较为普遍的价值，揭示了高等教育办学的一般规律，在当时起到了指导高等教育改革的作用，促进了我国高等教育事业的发展，有些见解对今天仍有启迪。