第三，公民道德教育蔡元培认为，在“五育”之中“以公民道德为中坚”。实施军国民教育和实利主义教育固然可以强兵富国。然而，兵虽可强，若不加强公民道德教育，则可能“为私斗，为侵略，则奈何。”国虽可富，若不加强公民道德教育，就可能出现“知欺愚，强欺弱”，造成贫富悬殊，甚至酿成“资本家与劳动家血战之惨剧”。所以，军国民教育和实利主义教育“必须以道德为根本”，至于世界观教育和美育，也都是为了完成公民道德教育。总而言之，就教育本身说：“非为已往，非为现在，而专为将来”。正如俗话所说，十年树木，百年树人。所以“教育家必须有百世不迁之主义”，这就是公民道德教育。那么，蔡元培所说的公民道德是什么呢？他在《对于教育方针之意见》一文中有所阐述。他说：“何谓公民道德？曰：法兰西之革命也，所标揭者，曰自由、平等、亲爱。道德之要旨，尽于是矣”。他把资产阶级革命时期的口号与中国的孔孟之道联系起来，认为传统的义、恕、仁，“诚一切道德之根源，而公民道德教育之所有事者也”。是不是蔡元培提倡封建道德呢？不是的，他曾明确的表示“并不是照前人预定的格言做去就算数。有些人心目中，以为孔子或孟子所讲的，总是不差，照他们圣人的话实行去，便是有道德了；其实，这种见解是不对的。”
他认为道德观点是一种原理，“乃是在不论何时何地，照此做法，大家都能适宜的一种举措标准”，讲得明白一点，道德就是人们所公认的，应当共同遵守的行为规范，这种规范，根据时间、地点、民风习俗的变迁而变化。“所以现代人的道德，须合于现代的社会，决非数百年或千年以前之圣贤所能预为规定”的。这种对于道德概念的见解，有其合理的成分，即承认道德不是一成不变的，有其演化的过程，这正是他提倡新道德、反对旧道德的依据。应该承认，反对封建旧道德是他德育思想中的主流，另一方面这种见解有其缺欠，即他没有看到，也不敢承认道德的阶级属性。我们知道，在阶级社会中，不同的阶级有不同的道德观，互相对立的阶级常有相对立的道德立场。而蔡元培的公民道德企图追求一种超政治的道德，是不现实的。
关于道德教育的方法，他反对呆读死记道德格言，他说：“道德不是熟记几句格言，就可以了事的，要重在实行。”身体力行是他的道德教育重要原则，他号召青年学生“砥砺德行”，以身作则改变当时“风俗日偷，道德沦丧”等“败德毁行之事”，针对社会上的歪风邪气对青年的影响和毒害，在北京大学组织“进德会”，提倡不嫖、不赌、不娶妾、不吸烟、不饮酒等戒律，用以规范青年的行为，教育青年树立正确的人生观，养成优良的道德风尚。这些思想是有益的。但也应该指出，把道德教育作为改造社会的根本，无疑是片面的，也是不可能的。
第四，世界观教育蔡元培认为，军国民民教育，实利主义教育和公民道德教育，’
不外乎以现世人类幸福，培养“健全人格”为目的，没有超轶政治。
他说，这不是教育的极终目的。教育的极终目的应该使人达到最高的精神境界，即实体世界。实现这一目的，要靠超轶政治的世界观教育和美感教育。他自称，在教育当中，世界观教育和美育“鄙人尤所注重”。
蔡元培把世界分为“现象世界”和“实体世界”两方面，现象世界是相对的，受因果律所制约的，与空间、时间有不可分离的关系，是可以经验的，属于政治范围，以现世幸福为目的；实体世界是绝对的，不受因果律的制约，无空间、时间可言，离开经验全凭直观，它是超物质的、超政治的，在于摆脱现世幸福。这种实体世界是不可名言的，若强以为名，则可称为“意志”，但这种意志与现实生活中人们通常理解的意志不同，它是超乎物质的精神实体。所以，可以称之为“道”、“太极”、“神”、“黑暗之意识”、“无识之意志”、“盲瞽之意志”等等均可。他指出，“现象世界”与“实体世界”并不是互相冲突的，而是一个世界不同的两方面。教育的任务就是沟通现象世界与实体世界，“教育者，则立于现象世界，而有事于实体世界者也”。世界观教育就要完成这个任务的。
什么是世界观教育呢？他说：“消极方面，使对于现象世界，无厌弃而亦无执着；积极方面，使对于实体世界，非常渴慕而渐进于领悟，循思想自由言论自由之公例，不以一流派哲学一宗门之教义梏其心，而惟时时悬一无方体无始终之世界观以为鹄。如是之教育，吾无以名之，名之曰世界观教育”。按照蔡元培的意见，这种教育有两层意义：第一，人们对“现象世界”的事物，物质生活和人类幸福既不厌弃也不迷恋，对于最高精神境界的“实体世界”具有渴望追求的心理，以期达到思想自由、意志自由的“理想王国”，教育家则在使人们通过教育具有实体世界之观念。第二，就是“非有出世之思想者，不能善处世间事”。就是说，只有站在超于现象世界之高度才能判定现象世界的价值和处理现象世界的问题。
他认为，“人不能有生而无死”，“国不能有存而无亡”，“世界不能有成而无毁”。所以，人生若以现世幸福为目的，总有终结的一天，就没有什么意义了。假如蔡元培的思想是认为人不应以个人的幸福为人生的最终目的，而应有舍己为人，为大多数人谋幸福，这样的世界观无疑是正确的。但蔡元培认为，也不能“以最大多数的最大幸福”为最终目的。因为“最大多数者，积最少之数一人而成者也”。这也是属于现世幸福而非实体世界的观念。试想，如果既不要个人幸福，也不要最大多数人的最大幸福，还有什么“善处世间事”可言呢？那么蔡元培的主张是否与宗教象抛弃现世只求“来世”
一样呢？也不是的。他认为，“实体世界”存在于“现实世界”之中，应“以现象世界之幸福为其达于实体观念之作用”，这是其与宗教思想区别之点。
然而他又要求超轶政治，追求永恒的精神。这又与宗教思想合流了。这样他的思想就陷入了不可自拔的互相矛盾的混乱地步，最终不可避免地陷入唯心主义泥潭。
为了达到理想的“实体世界”，必须消除“人我之差别”与“幸福之营求”。所以，军国民教育、实利主义教育和公民道德教育都应努力教育人们“泯营求而忘人我”，为进入实体世界扫除障碍。仅仅这样还不够，还必须以美感教育作为由现象世界进入实体世界的津梁。
第五，美育蔡元培为美育下的定义是：“美育者，应用美学为之理论于教育，以陶养感情为目的者也”。美育是培养健全人格必不可少的内容。
蔡元培将美育作为从现象世界进入实体世界的桥梁。他说：
“美感者，合美丽与尊严而言之，介乎现象世界与实体世界之间，而为津梁”。在他看来，“纯粹之美育，所以陶养吾人之感情，使有高尚纯洁之习惯，而使人我之见、利己损人之思念，以渐消沮者也”。他举例说，人皆有爱、恶、惊、惧、喜、怒、悲、乐之情，这些现象一成为美术的资料，则自美感之外，一无杂念。如：“采莲煮豆，饮食之事也，而一入诗歌，则别成兴趣。火山赤舌，大风破舟，可骇可怖之景也，而一入图画，则转堪展玩。”这就是对于现象世界无厌弃亦无执着。所以他说：“人既脱离一切现象世界相对之感情，而浑然之美感，则即所谓造物为友，而已接触于实体世界之观念矣。”因此，“教育家欲由现象世界而引以达于实体世界之观点，不可不用美感之教育”。蔡元培在教育活动中十分重视美育。他在任教育总长时，领导厘订的新的教育宗旨里，美育是四育之一。1912年教育部颁布的“小学校令”和“中学校令”里都规定了图画、唱歌、手工等美育课程，在主持北京大学工作时，北大特开设《美学》、《美术史》等课，并亲自授课。还组织绘画、音乐、书法等研究会，让学生自由研究。在担任大学院长时，开办了音乐学院和艺术学院，并兼任西湖艺术院院长。特别是1922年在《教育杂志》发表了《美育实施的方法》一文，提出一个全面系统地实施美育的设想，按照他的理想从家庭教育、学校教育、社会教育三方面实施美育。他主张从胎教开始，国家在风景优美的地方为孕妇设胎教院，脱离都市的污染，院舍建筑要玲珑、别致，园中四时要种花木。儿童出生以后迁入公共育婴院，院中设备要优雅，成人语言动作都要合乎美的要求。儿童满三岁时入幼稚园，注重舞蹈、唱歌、手工等科，其它各科也应注意诱导儿童的美感。六岁入小学，有音乐、图画、运动、文学等美育课程。中学时代，美育课程可以复杂一点，而一切课程都要贯彻美育的精神，专门教育，可开办音乐学校、戏剧学校、美术学校等，高等学校的建筑和陈设都要合乎美的条件，并且可以经常组织音乐会、展览会、各种纪念会，以施行美育。社会上，要专设美育机关，如：美术馆、剧院、影戏馆、博物馆等，要利用一切建筑物、公园、道路、古迹等进行美育。应该指出，他所描绘的美育图案很周到，然而在当时的社会条件下不可能实现。但是，他确是中国近代提倡美育的教育家，而且对中国美育教育的实施有重大影响。