1992年2月26日，美国贸易代表确定，印度一直否定充分而有效的专利保护是不合理的，对美国的商业造成了负担或限制。美国贸易代表指出，印度专利法中存在着严重的问题，包括缺乏对于药品的产品专利的保护、保护期太短以及过于广泛的强制许可规定。美国贸易代表进一步认定，尽管现在还没有适当的报复措施，但采取措施还是必要的，因而指示跨部门的“贸易政策咨询委员会”（TradePolicyStaffCommittee）寻求适当的选择性措施。随后，美国贸易代表终止了对印度的“特别301条款”的调查。
在这一次的“特别301条款”调查中，印度除了在版权和商标保护方面对美国做出了一定的让步外，在专利方面未向美国作任何让步。最后，美国贸易代表不得不终止调查案，并且没有采取“301条款”所规定的贸易制裁措施。从表面上看，美国贸易代表对印度的此次调查，在专利方面是无功而返，似有无可奈何之势。但到了1992年4月29日，美国总统依据贸易法的有关规定，部分终止了印度依据“普惠制”的免税待遇。其理由是印度未对知识产权提供充分而有效的保护。虽然印度享有最惠国的关税待遇，但依据美国总统的命令，就所有来自印度的药品、化学产品和相关的产品，加征了大约6000万美元的关税。1992年6月，依据美国总统的决定，对于进口自印度的其他化学产品，美国贸易代表拒绝延长其依据“普惠制”的免税待遇，价值又达2000万美元。这样，由于美国取消了印度依据“普惠制”所享有的免税待遇，印度就其出口美国的药品、化学产品和相关的产品就损失了大约8000万美元。
1993年4月30日，美国贸易代表在当年度的“特别301条款”审查报告中，再次将印度确定为“重点外国”。由于印度的有关做法正受到“301条款”的制裁，没有必要发起新的调查。
美国贸易代表将继续依据贸易法“306条款”，监督印度政府采取措施，纠正知识产权保护和市场准入中的问题。
此时，关贸总协定乌拉圭回合有关TRIPS协议的谈判正在进行之中。美国认为，与印度争端的许多问题都可以在此框架中得以解决。例如，印度专利法中的专利保护范围和专利保护期，尤其是有关药品、化学产品及其生产方法的问题，都可以在很大的程度上依据TRIPS协议得以解决。又如，服务商标将得到保护，对使用外国商标的限制也将得以缓解。此外，过于宽泛的强制授权规定也将被取消。但在另一方面，美国又担心，尽管TRIPS协议将纠正印度知识产权法律制度中的许多不足，但TRIPS协议所允许的实施期却是世界贸易组织成立以后的5年到10年的时间。这似乎又给了印度以更长的时间，让它延续现有的制度。
1994年4月30日，美国贸易代表在当年度的“特别301条款”审查报告中，以印度在知识产权保护方面存在着极为严重的问题为由，将印度确定为“潜在的重点外国”，并给予印度60天的时间以改进其知识产权制度。否则，将正式确定印度为“重点外国”。1994年6月30日，美国贸易代表在审查了印度的有关情况后决定，不再将印度确定为“重点外国”，而是将其列入了“重点观察名单”。做出这一决定，是基于印度已经修订了版权法，并且愿意就知识产权保护问题立即与美国进行积极的和富有成效的磋商。做出这一决定，美国贸易代表似有不太情愿但又出于无奈的意味。
1994年6月在华盛顿、11月在新德里，1995年3月又在华盛顿，美国和印度的官员就版权、专利、商标等问题，包括TRIPS协议实施的问题进行了广泛的磋商。基于这些磋商，在1995年度和1996年度的“特别301条款”审查报告中，印度都被列入了“重点观察名单”而非“重点外国”。在此期间，印度完成了版权法的修订，制定了一部现代意义的版权法。印度还准备通过新的商标立法和专利立法，以完全实施TRIPS协议。
然而，美国与印度在专利保护上的争端并没有因此而结束。
相反，在药品和化学品的专利保护上，印度与美国的冲突甚至更为激烈。这一次，两国之间的冲突是在世界贸易组织的TRIPS协议和争端解决程序的框架内展开的。
依据TRIPS协议第70条之8的规定，在1995年1月1日世界贸易组织成立之前，如果有的成员还没有对药品和农业化学品提供产品专利的保护，则必须制定相应措施，让药品和农业化学品的发明者可以申请专利。这通常被称为“信箱”（mailbox）制度。而且，当有关的国家在TRIPS协议的过渡期内，最终提供了对于药品和农业化学品的产品专利保护时，还应当重新审查有关的“信箱”申请，对符合条件的给予自申请之日起20年的保护。这样，有关的申请者不仅可以通过“信箱”的规定就药品和农业化学产品获得过渡性的产品专利保护，而且可以在日后的重新审查中，为了“新颖性”和“非显而易见性”（创造性）审查的目的而享有最初的申请日。又据TRIPS协议第70条之9的规定，如果有关的申请者已经在其他世界贸易组织成员中获得产品专利并获准投放市场，而且在该成员（即没有提供药品和农业化学品的产品专利但又提供了“信箱”申请制的成员）通过“信箱”申请获得市场独占权，则该成员应授予“信箱”申请者多达5年的市场独占权。这里的“多达5年”，是就协议的过渡期而言。如果有关国家在过渡期内最终规定了药品和农业化学品的产品专利保护，则有关的申请者在重新审查后可以获得自申请之日起20年的保护。
1995年1月1日，当世界贸易组织成立之时，印度没有提供对药品和农业化学品的产品专利保护。因此，按照TRIPS协议的有关规定，印度必须提供“信箱”措施。1995年初，印度政府发布了一项行政命令，对药品和农业化学产品提供产品专利的保护。美国贸易代表1994年4月29日发布的“特别301条款”审查报告即说：“作为实施世界贸易组织协议的一个部分，印度执行了TRIPS协议中专利‘信箱’的规定。”
然而，印度政府所发布的只是一项临时性的行政命令，正式的法律性的规定还有待于国会的通过。尽管印度政府向国会提交了有关的议案，但印度国会中的经济民族主义者坚决反对有关的议案，致使议案在法定的时间里未获通过。
这样，外国的药品和农业化学产品的发明者，就失去了申请产品专利的法律依据，也使得印度的法律制度与TRIPS协议的有关规定不符。
1996年4月29日，美国贸易代表发布当年度的“特别301条款”审查报告，再次将印度列入“重点观察名单”，并决定依据世界贸易组织的争端解决程序，就专利“信箱”问题发起与印度的磋商。审查报告说：“印度没有执行依据TRIPS协议70条之8和70条之9的义务。这些条款要求尚未对药品和农业化学产品提供专利保护的发展中国家，提供一个受理专利申请的‘信箱’，并且在这些产品获得专利以前提供多达5年的市场独占权。印度肯定了通过立法以执行TRIPS协议义务的意向。印度制定了行政性的TRIPS协议规定（随后就已失效），并提出了议案，但仍然没有对这些产品的专利申请提供法律依据。因此，贸易代表将依据世界贸易组织的争端解决程序，在近期发起与印度的正式磋商。”
1996年7月2日，就印度政府的某些法律、政策和做法是否可受贸易法“301条款”的制裁，美国贸易代表依据贸易法第302条自动发起调查。因为印度的这些法律、政策和做法会否定美国个人和公司就药品和农业化学品发明而获得专利权和市场独占权。由于印度是世界贸易组织成员，所调查的问题又涉及世界贸易组织的TRIPS协议，所以美国贸易代表依据1994年关贸总协定第22条、世界贸易组织《关于争端解决规则和程序的谅解》第4条和TRIPS协议第64条，正式要求与印度磋商。
由于磋商未达成协议，美国启动了世界贸易组织的正式争端解决程序。1996年11月20日，世界贸易组织的争端解决小组成立，受理美国提出的事由。1997年9月5日，争端解决小组提出报告，做出了有利于美国的裁定。1997年10月15日，印度就此裁定向世界贸易组织的上诉机构提起上诉。1997年12月19日，上诉机构肯定了争端解决小组所有的针对印度的主要裁决。1998年2月13日，在世界贸易组织争端解决机构的会议上，印度表示愿意在合理的时间里遵守争端解决小组和上诉机构的裁定。1998年4月22日，印度宣布将在1999年4月19日以前修订其法律。1998年5月8日，美国贸易代表确定，印度的某些法律、政策和做法否定了美国依据TRIPS协议应当享有的权利，但考虑到印度已经承诺承担世界贸易组织的义务，因而暂时不拟采取贸易法“301条款”所规定的制裁措施，并终止有关调查。同时，美国贸易代表又宣布，将依据贸易法“306条款”监督印度执行世界贸易组织的裁定。如果印度不遵守，美国贸易代表将诉诸“301条款”的制裁措施。
为了实施自己的承诺，印度政府在1999年初颁布了一项临时的行政命令，以满足TRIPS协议所要求的义务。1999年3月，印度国会又通过了“1999年专利法”，对有关的义务做了法典化的规定。这样，印度政府就最终确立了“信箱”专利申请的机制，确立了对药品和农业化学产品提供市场独占权的制度。但是，美国贸易代表仍然对印度新专利法中有关市场独占权的规定提出了一些严重关切的问题。只是在印度保证采取某些措施，以缓解某些规定的负面影响后，美国贸易代表才表示暂时不采取进一步的措施。但如果有问题的规定在将来被援引，损害了美国权利人的利益时，美国将保留采取进一步措施的权利。
纵观美国与印度在知识产权问题上的争端，二者之间的冲突似乎是硝烟弥漫，几起几落。印度对于来自美国的压力，尤其是药品和农业化学产品专利保护上的压力，似乎也采取了针锋相对的态度。关于药品和农业化学品的产品专利的保护问题，从1991年印度第一次被确定为“重点外国”起，一直延续到了1999年。美国对印度进行调查和解决争端的方式，既包括其贸易法的“特别301条款”及其相关的程序，也包括世界贸易组织的TRIPS协议和争端解决程序。在这场冲突中，印度先是失去了“普惠制”下某些产品的免税待遇，后又面临着世界贸易组织规定的制裁机制的威胁。一但遭受此种制裁，印度的损失将更为惨重。印度的经验似乎说明，在国际贸易争端中，单纯的经济民族主义和不顾其他的针锋相对并不有助于问题的解决。综合一个国家的全局利益，选择适当的解决问题的方式，并在必要时做出适当的妥协，似乎更为明智。
二、巴基斯坦
美国与巴基斯坦的知识产权争端，与印度类似，也是在药品和农业化学产品的专利保护上展开的。在1995年1月1日世界贸易组织成立之时，巴基斯坦的专利法只提供对于药品和化学品的方法专利保护，不提供产品专利的保护。但依据TRIPS协议，在世界贸易组织成立之时，巴基斯坦应当提供“信箱”制度，让药品和农业化学品的发明人可以申请专利并获得市场独占权。而且，如果药品和农业化学品的发明人在其他世界贸易组织成员获得了专利和市场独占权，并且也在巴基斯坦获得了市场独占权，就可以在巴基斯坦享有多达5年的市场独占权，直到发明人获得专利权为止。
在世界贸易组织成立后，作为成员的巴基斯坦并没有忽略自己应当承担的义务。1996年4月8日，巴基斯坦内阁批准了一个专利法修正案，其中包括“信箱”规定和其他扩大专利保护范围的规定。其中，关于“信箱”的规定将在国会通过后生效，关于扩大专利保护范围的规定将在2005年生效。但美国对此的解释是，应当立即将专利法的修正案提交国会通过，使之成为正式法律。
1996年4月30日，就巴基斯坦政府的某些法律、政策和做法是否可受贸易法“301条款”的制裁，美国贸易代表依据贸易法第302条自动发起调查。因为巴基斯坦的这些法律、政策和做法会否定美国个人和公司就药品和农业化学品发明而获得专利权和市场独占权。同日，依据1994年关贸总协定第22条和世界贸易组织《关于争端解决规则和程序的谅解》第4条，美国贸易代表正式要求与巴基斯坦磋商。
1996年5月30日，美国与巴基斯坦举行磋商。在磋商中，美国官员提出了巴基斯坦承担有关义务的建议，并在建议中详细罗列有关的问题。1996年6月28日，巴基斯坦向美国提交了对有关问题的回答。显然，双方在承担TRIPS协议的问题上存在着分歧。1996年7月15日，在世界贸易组织争端解决机构的会议上，美国提出了成立争端解决小组的要求。由于巴基斯坦采取了积极的行动，以执行TRIPS协议第70条的规定，美国没有提出进一步的争端解决程序上的要求。1997年2月4日，为了执行TRIPS协议第70条的规定，巴基斯坦总统签发了1997年第24号法令，确立了申请专利的制度和在某些条件下授予市场独占权的制度。
根据该法令，巴基斯坦将实施有关的规定，在2000年1月1日以前，让世界贸易组织成员的国民，可以就药品和农业化学品的发明，向巴基斯坦专利机构提出产品专利的申请，并以专利机构收到申请的日期为申请日。2000年1月1日以后，巴基斯坦将执行《保护工业产权巴黎公约》第4条有关“优先权”的规定，允许世界贸易组织成员的国民要求多达一年的优先权。此外，法令还规定，就申请中的产品，如果申请者在其他世界贸易组织成员已经获得专利和获准投放市场，并且在巴基斯坦也获准投放市场，则可以获得市场独占权。