10世纪以后，公地、公民制解体，皇权式微，社会动乱，武士阶层随之崛起。1185年，关东源氏和关西平氏两大武士集团相争，前者胜，控制中央政权权。1192年，源赖朝从朝廷取得“征夷大将军”称号，在镰仓置幕府，武士贵族专权自此始，天皇形同虚设。1333年，镰仓幕府亡，政权复归皇室。
1335年，足利尊氏弟兄起兵镰仓，1336年，两度攻入京都，废后醍醐天皇，立光明天皇，设幕府于京都。1338年，北朝天皇授足利尊氏“征夷大将军”称号；1378年，第三代将军于京都室町街建新幕府，故名室町幕府。在室町幕府时代，日本形成了地方分权的封建政治形态。
1441年第十五代将军足利义照被部下所杀，日本进入“战国时期”，各地诸侯互相征战，原来地位很低的尾张国大名织田信长得以顺利地以武力进行了统一国内的活动。但其尚未完成统一，就于1583年被他部下叛将明智光秀围困在京都本能寺里烧死了。其后织田信长的部下丰臣秀吉在1590年完成了统一，但1598年丰臣秀吉死后，日本又重新陷入了诸侯争霸的局面。
到了1603年，德川家康消灭了各地的割据势力，取得了“征夷大将军”的称号，在江户设置了幕府，建立了德川家族的一统天下。在德川幕府统治下，日本名义上的首脑是天皇，但实权已落在德川家族的手中。当时幕府将军把持着全国最高土地所有权，直辖约占全国耕地总面积的四分之一，是最大的封建领主。并且，还掌握着全国的商业城市和矿山，垄断着对外贸易，控制了国家的经济命脉。在政治上，德川幕府名义上是“大将军”，实际上自称“大君”，对外代表国家，对内主持政府，独揽大权。最典型的是，幕府并不设在首都，而在江户办公，处理国家大事，往往白作主张，根本不把天皇放在眼里。
为了加强自己的统治，德川幕府任意掠夺土地，并把这些分封给270家叫做“大名”的封建领主。各地大名必须宣誓效忠将军，遵守幕后法规，听从调遣。大名的领地和统治机构叫做“藩”，意即幕府的屏障。并按亲疏关系，把200多个藩分为亲藩、内藩和外藩，将军依靠亲藩、内藩，对边远的外藩大名严加防范。
大名又把自己的领地分割成更小的单位分赐给自己的家臣，他们属于将军和大名之下，被称做武士。这些武士一般是职业军人，拥有佩刀的特权，杀死平民可以不受惩罚，是幕府将军统治人民的主要工具。
除此之外，幕府将军又按照“士、农、工、商”四民的次序将全国百姓进行分等。农、工、商被划在武士之下，受到等级身份制度的严格限制。另外，还有30多万被称做“非人”和“秽多”的贱民，他们被排斥在士、农、工、商之外，过着悲惨的生活。
为了更加巩固自己的统治，幕府一方面拼命鼓吹迂腐的儒家思想，尤其把宋朝理学家朱熹的演说定为国学，禁锢人民的思想，压制他们的反抗情绪；另一方面，推行闭关白守的“锁国”政策，不同其他国家建立任何关系，把整个日本严密地封闭起来。
德川幕府以为这样一来就可以长治久安了。可他万万没有想到，18世后期，随着商品经济的发展，出现了新兴的地主阶级和商业资本家，他们为了争得政治上的地位，摆脱封建统治，对幕府制度产生强烈的不满。而广大的人民群众不堪忍受苦难的生活，反抗的情绪也日趋高涨，接连爆发无数次农民起义和市民暴动。这些反抗斗争，严重地动摇了幕府的统治。
尽管德川幕府的封建统治是极为落后和不稳定的，但是依靠幕府的绝对支配地位和封建的人身依附关系，以及推行锁国的对外政策，使得幕藩体制得以安全运行了近两个半世纪。但历史的车轮不会因一国的落后而放慢前行的速度。封建保守、闭关锁国的消极理念和做法尽管可能发挥一时的作用，但从根本上不符合历史发展的进步要求，因此必然被日益进步和开放的国际潮流打得落花流水。
正当幕府惶惶不可终日之时，西方殖民主义列强大举入侵日本。1853年，美国海军将领佩里率领舰队两次闯进江户湾，迫使日本开港通商。幕府屈服于列强的炮火，连续与列强签订了很多不平等条约和关税协定，出卖国家主权和民族利益。大批农民和手工业者因为外货的倾人而纷纷破产，日本人民受到双重的压迫和剥削，处境更加痛苦。民族矛盾和阶级矛盾迅速激化，一场推翻封建幕府，争取民族独立的斗争迫在眉睫。
二、初掌朝政
1．尊王攘夷
开国之初的日本，幕府的昏庸无能以及一系列不平等条约的相继签订，使原本就十分严重的社会矛盾更加激化，各地农民起义和城市贫民的反抗斗争日趋激烈。在民族危机和内部矛盾的双重作用下，早已走到尽头的幕府统治被推到了历史的悬崖边。在这样的背景之下，一大批改革派武士挺身而出，为国家的命运奔走呼号，逐渐成为改革运动的领导力量。这些革新势力的代表人物包括吉田松阴、高杉晋作、大久保利通、西乡隆盛等，主要集中在长州（今山口县）、萨摩（今鹿儿岛县）、土佐（今高知县）、肥前（今佐贺县和长崎县）等西南诸藩。在他们的推动下，这些藩通过改革迅速崛起，逐渐成为能够与幕府对抗的强大力量，在后来的倒幕维新运动中扮演了主力军的角色。
起初，改革志士还对幕府抱有幻想，提出了“尊王攘夷”的口号，希望借助天皇的权威，改革幕府政治的落后状况，唤起人们抵御外侮的勇气和热情。但是随着精神权威天皇和政治权威幕府之间分立的加深，改革幕府的企图招致了幕府保守势力的反对和镇压。1858年9月，幕府大老井伊直弼突然采取行动，大肆搜捕、迫害尊攘派领袖，制造了所谓“安政大狱”事件，吉田松阴、桥本左内、越三树三郎等8人被处死刑，水户藩家老被迫“切腹”，皇室公卿4名被勒令“辞官”或“落饰”（出家），其他被迫害者近百人，“尊王攘夷”运动遭受沉重打击，并由此转入了低潮。
这一事件让许多尊攘志士在充分认清了幕府反动面目的同时，开始认真反思改革运动存在的一系列问题。正如在“安政大狱”中被捕的吉田松阴所说：今日之幕府、诸侯皆已为醉人，无扶持之术，非草莽崛起之人无所望矣。刑场上，他慷慨陈词：吾今为国死，死不负亲君。悠悠天地事，鉴照在明神。就义时，年仅29岁。
正当“尊王攘夷”运动陷入低潮之时，一些眼界开阔的改革派志士通过对世界形势的深入了解，慢慢认识了日本与西方的差距所在，领悟到只有推翻落后的幕府统治，走学习西方、富国强兵之路，才能使日本摆脱被列强奴役的命运。在他们的竭力劝说下，改革派逐渐摒弃了盲目排外的思想，将斗争目标由“尊王攘夷”演变成“倒幕开国”，而西南强藩也成为倒幕运动的根据地。
2．倒幕运动
1865年12月，长州藩讨幕派高杉晋作率领以农民为主体的“奇兵队”击败保守派，夺取了藩政权。随后，萨摩藩讨幕派西乡隆盛、大久保利通等人也控制了藩权。不久，这两股力量结成讨幕联盟，成为全国讨幕运动的核心。他们一方面实行政治、经济改革，以调动农民、商人和中下级武士的积极性；另一方面，在军事上武装自己，购置大量的西方先进武器，与幕府军队抗衡。
同年12月，压制讨幕派的孝明天皇去世，不满15岁的明治天皇即位。这时，宫廷形势开始向有利于讨幕派的方向发展。1867年10月，萨摩、长州、安艺三藩讨幕派在京都召开秘密会议，决定利用年幼的明治天皇的名义武装倒幕。他们一方面扩充兵力，另一方面秘密同天皇取得联系，准备发动宫廷政变，把德川将军赶下台去。
明治天皇虽然年幼，可颇有见识，对幕府把持朝政也十分不满，当即答应与讨幕派联合起来，推翻幕府统治。于是，就写了一份“讨幕密诏”，交到大久保利通他们手里。
大久保利通等人接到密诏，欣喜若狂。紧接着，他们便召集讨幕派的重要人物，于1867年10月上旬的一天，在京都天皇宫中的一间书房里，商量具体的对策。
在此期间，幕府将军德川庆喜已听到风声，觉着形势对己不利，决定先发制人，主动辞职，以免与改革派正面冲突。
西南各诸侯不相信德川庆喜会轻易把政权交出，一眼就看出这是对方的缓兵之计。大家讨论一番，一致同意以武力解决问题，要给德川庆喜一个措手不及。
1868年1月3日，西南各诸侯率兵包围皇宫，解除德川幕府驻后宫警卫队的武装。他们簇拥着年少的明治天皇，召开御前会议，宣布“王政复古”，大权全归天皇掌握。明治天皇随即颁布诏书，决定建立由他领导的新的中央政府，并委派西乡隆盛和大久保利通这些改革派主管政事。
德川庆喜连夜逃出京都，退居大阪，集中了全部兵力，杀气腾腾地向京都进犯。他们打着“解救天皇，清除奸臣”的旗号，兵分两路，准备以钳形夹击京都。
大久保利通、西乡隆盛、木户孝允寿等人以萨摩、长州、安艺诸藩的武装，在京都附近的鸟羽、优见两地迎击幕府军。明治天皇亲自到阵前督战，大村益次郎率领的5000名装备精良、训练西洋化的政府军，早已占据有利地形，架起了巨炮，静等幕府军的到来。
与此同时，改革派还提出“减免租税”“四民平等”口号，把农民和商人都争取到自己一边，以壮大自己声势。并有许多市民找出土枪、土炮直接参战。幕府军气数已尽，德川庆喜仓惶撤退，逃到江户。政府军不给对方以喘息之机，跟踪幕府残军，迅即包围江户。德川庆喜看到自己的军队已经瓦解，江户的居民又不拥护自己，再战只有死路一条，于是决定放下武器向天皇投降。随后，政府军便开进江户，这样，统治日本长达200多年之久的德川幕府垮台了。
这场倒幕战争历史上称为“戊辰战争”。经过戊辰战争，日本彻底结束了延续700多年的幕府统治，打击了封建保守势力，清除了维新道路上的最大障碍。同时，改革派武士在新政府中的领导地位得以巩固和加强，为下一步明治维新的顺利进行创造了必备的条件。
3．定国号迁都
按照古例，男子16岁要行成人的冠礼，谓之“元服日”。但因上一年年底孝明天皇驾崩，睦仁在居丧期间，所以明治天皇的元服日，定在庆应四年的元月十五日。
元服那天，睦仁来到南殿北厢落座在一张大床上。由两名掌侍捧着宝剑与玉玺。宫廷总务头儿甘露寺胜长给睦仁剪了发，挽成一个发髻，包上头巾帻。再由式部卿献上冠戴，换掉童服，成人仪式就算结束。
为了祝贺元服，颁诏大赦天下，宽恕罪犯：惟独反抗君主者例外。而今平定了幕府，于同年8月27日，举行了即位大典，昭告国内外，成为了日本第122代天皇。
1868年，是庆应四年，因改元明治，也是明治元年。“明治”二字取自中国《易经》中“圣人南面听天下，向明而治”的句子。这似乎预示着一个沉寂多年的东方岛国将以新的面貌出现在世界历史的舞台上。从此，日本开始了“明治维新”的历史。
日本的年号是摹仿中国的制度而制定的。只要有祥瑞的征兆等因素，一个天皇可以容许变更多个年号。但是从明治天皇以后，一个天皇只限一个年号，即一世一元制。一世一元制提高了天皇的权威性。按照古代中国政治思想，皇帝可以支配时间，一代天皇如果年号不断变化会给人造成天皇政权不安定的现象，所以，一代天皇应只有一个年号，因此也可以用年号来代替天皇的称呼，例如明治天皇、大正天皇等。一世一元制象征着天皇政权的稳定。
明治天皇于1868年4月率公卿诸侯祭祀天地神祗，宣读了“五条誓约”：一、广兴会议，万机取于公论；二、上下一心，大展经纶；三、公卿与武家同心，以至于庶民，须使各遂其志，人心不倦；四、打破旧来之陋习，立基于天地之公道；五、求知识于世界，大振皇基。《五条誓文》昭示了推行公议政治、开明进取的施政纲领和方针。尽管其中明显包含了封建保守思想，但其历史作用更为突出，它为日本走上资本主义强国之路指明了基本的方向。
这五条誓文，每一条都洋溢着清新蓬勃的朝气。尤其是第四条“打破旧来之陋习”，以及第五条“求知识于世界”，更显示出日本这个国家，自从1853年佩里叩关之后，经过15年的思考与摸索，终于觉悟白己样样不如西方，而下决心拜西方为师的谦虚态度。如果没有这样的觉悟与谦虚，日本不可能在很短的时间内，从亚洲各国中脱颖而出，成为唯一与西方列强并驾齐驱的东方国家。
在宣读《五条誓文》的同时，还向全国发布了天皇的亲笔诏书，进一步清楚地表明了新政府的远大抱负。诏书宣称：“朕与百官诸侯相誓，意欲继承列祖伟业，不问一身艰难，亲营四方，安抚汝等亿兆，开拓万里波涛，布国威于四方。”这一番豪言壮语不仅代表了天皇个人的心声，也代表了整个日本民族的呼喊。
所谓“开拓万里波涛，布国威于四方”，既反映出民族意识高涨的日本国民奋发进取的精神面貌和渴望国家强大的迫切心态，同时也表达了他们对于国际强权政治现实的理解以及扩展势力和影响的勃勃野心。白此以后，这一主张基本成为了日本对外政策的主导思想，并且在明治年代之后，为大正、昭和两代天皇所沿用。
在当时的多数日本人看来，唯有实力和强权才是最重要的。正如木户孝允所说：“皇国兵力不足以与西洋强国相匹敌，兵力未整之时，万国公法固不可信也。以公法为名向弱国谋利者不鲜也。故余日：万国公法者，侵夺弱国之工具也。”正是基于这样的认识，明治初年，日本就相继出兵台湾（1874年），并吞琉球（1879年），还把侵略的矛头指向同自己有着相似遭遇的朝鲜（1875年）。
明治天皇接受西乡隆盛、岩仓具视等维新派人士的建议，决定把国都由京都迁到江户去。那里才是日本真正的中心，后来改名东京，从前的将军府邸扩建成为皇宫。此一举措，在日本近代历史上受到极高的评价。
德川幕府执政的数百年间，天皇受到幕府的监视，一步不能离开京都。甚至连皇宫也不允许出，长年累月就生活在不足一平方日里（1日里约等于3900米）的圈子里。有这样一个故事：后水尾太上皇想去参拜山城、大和神社佛寺。配备在禁中的武士高木伊势守提出了异议：“请先报告幕府，征得同意后，您再去。”太上皇大怒道：“我又不是去策划坏事，不过是想去寺庙朝拜。太上皇希望这样做，却遭到臣下的阻挡。实在太无理了！”“臣下不懂得深奥的道理。只是领受了关东（即幕府）之命令，一定要保卫皇宫。如果太上皇要强行外出，臣下只好挡住去路阻止您。万一您仍要破坏规定外出，臣下不惜甘冒逆贼的恶名，也会朝着凤辇射箭！”
太上皇没有再往下说。天皇也罢、太上皇也罢，三百年从来没有出过宫门一步。