图腾崇拜的残余是最为古老了。印加人崇拜一些被认为是神圣的草、木和动物。动物主要有美洲豹，还有南美兀鹫、大鹰和猿。某些村社地区以动物命名。植物的宗教化身，首先是玉米神和马铃薯神，因为这两种农作物在印加人的生活中起了重大的作用。
瓦卡崇拜也是最为普遍和较原始的宗教。瓦卡崇拜同祖先崇拜联系极为密切，它把氏族祖先神演化成公社土地神和一般地方的保护神。瓦卡就是崇拜圣地和圣物，或者说是崇拜能引起人们崇敬之心以及能使人联想起传说中的历史事件的地点。如山岳岩石、河流、湖泊、泉水和山洞等等。有的地方被看做是一个部落或村社的起源地，因此，人们经过此地时，都要唱哀歌进行祈祷。有些瓦卡崇拜已成为一种习俗而保持至今。如一条道路上的某一处被认为是地方神的所在地点，行人经过该地时就把一块石头加在多年堆起的石头堆上，以求地方神保佑行人一路平安。还有些地方，如桥梁、河流、岩石，或传说中英雄首领的墓地，也成为瓦卡崇拜的对象。出现于约公元前4000年。苏萨（今伊朗的郐什）。棕釉绘陶器。高28.6厘米。譬如，库斯科附近山上的一些石头，被认为是曾变成人来帮助帕查库蒂打败昌卡人的圣物，所以，这些石头就成为受崇拜的神。库斯科的瓦纳考里小山上有一块奇形怪状的石头，人们认为它是传说中印加始祖的兄弟卡奇变的。这块石头也就成了印加青年们举行成年仪式的圣地标志。库斯科附近的帕卡里一垣普岩洞也被当做瓦卡崇拜，因为，它是传说中印加首领曼科·卡帕克的出生地。
印加人崇拜木乃伊之风也很盛行，这与崇拜祖先是密不可分的。人们常把木乃伊埋葬在用岩石凿成的坟墓里，木乃伊穿着盛装，戴着首饰，旁边放有日常用品以及食物和劳动工具。印加入对统治者的木乃伊崇拜尤为虔诚。所有印加王的木乃伊都被仔细地保存着。它们在庙宇里受到崇拜，在盛大节日时，祭司抬着它们去游行，以示神圣。印加人认为国王的木乃伊具有超自然的威力，所以，人们出征时常常把这些木乃伊抬到战场上，以示祖先之威，相信战争定会因此取得胜利。
大地母亲崇拜影响深远，根深蒂固。大地母亲叫帕查·玛玛。在奇楚亚语中，帕查就是土地，在今厄瓜多尔境内的印第安都落叫做“侬圭”。大地母亲崇拜是地方性的，在每个地方，人们都把大地母亲当做自然界的女主人，无论土地的收成、骆马的繁殖和经济的繁荣，都取决于她。在专门的节庆时，人们用玉米和马铃薯做成类似妇女的形状，来作为他们的保护神。
无论是图腾崇拜、瓦卡崇拜，还是木乃伊崇拜、大地母亲崇拜，它们都有共同的属性，都是地方性的原始宗教，是地方部落意识的体现，也是安第斯山各地区人民的潜在意识。它们在印加向统一帝国的转变过程中具有持久的影响力。
太阳神本是印加部落之神，后上升成为全国的主神。它在印加语中有几个不同的名字：因蒂、维拉科查和帕查马克。太阳神的形象一般是人形，面部如金盘，光芒四射。太阳神的三个名字反映了人们对它崇拜的不断政治化的过程。印加人传说中的祖先曼科·卡帕克是太阳神在太阳岛上创造出来的，是“太阳之子”，神的使者。他享有印加的称号，拥有最高权力。这是太阳神崇拜向王权神圣化方向发展的开端。
帕查库蒂增设新神的运动也可能是王权同地方贵族妥协的结果。相传，他征服了秘鲁卢林河谷的部落后，发现了一个巨大的部落神祗，它是人们朝拜的圣地。他懂得要巩固王权，特别是“萨帕”的大王之权，必须把这个圣地的神包括在自己的国教之中。因而，他给这个神取了一个克丘亚语的名字，并供养在宫廷神庙中。
印加人的太阳神崇拜与祖先崇拜有关。印加人广为流传的印加起源神话保留着祖先崇拜的痕迹。印加起源神话认为印加人的祖先是神，印加王朝是“太阳之子”阿亚尔四兄弟和玛玛四姊妹开创的。这四男四女是从库斯科东南35公里处帕卡坦普里地方（起源之地）出来的。他们决定寻找一块肥沃的土地，来建立代表他们的父亲和保护人的太阳王国。这四兄弟的名字分别表示不同的意思：阿亚尔·曼科是首领之意，阿亚尔·乌丘象征生长胡椒的国土，阿亚尔·奥卡是反叛和抗拒权威的人，阿亚尔·卡奇则象征有盐滩的海岸。四姊妹的名字也有不同意思：玛玛·沃利奥是生殖力旺盛的母亲和照料家庭的主妇，玛玛·瓦科代表有男子气概，勇于承担责任的妇女，玛玛·科拉是生长在东部森林中一种野草的名称，玛玛·拉瓦代表安第斯山区种植最多的农作物玉米。兄弟姐妹八人都将去瓦纳考里，在那里播种太阳赐予的玉米。神话传说认为，阿亚尔·卡奇是力气最大的人，他一路上用单刀开山劈岭，他的兄弟们因妒嫉他的巨大力量，设计陷害他。起初，卡奇中计被引进一个山洞里，接着一块巨石滚落下来，封住洞口。卡奇痛斥他兄弟对他的陷害，并祈求创造天地之神来援救他。后来，创造天地之神把他变成神鹰，让他从山洞中逃出，飞往瓦纳考里山顶上，还把他变成岩石。这岩石就是印加青年崇拜的最神圣的瓦卡之一。另一个兄弟阿亚尔·乌丘由于亵读圣物而被变成石头。这样，只剩下曼科和奥卡去库斯科了。他们有一根太阳神赐给的金杖，是开辟通向库斯科之路的圣物。在去库斯科途中，曼科多次试图把金杖插进地里，但毫无成效，并引起奥卡对曼科的蔑视和反叛。乌加里特石柱下显示，近东地区的天空之神巴耳左手持电叉、右手持权杖，脚下的流水和头上的角象征丰收。巴耳意为“主”，是叙利亚和迦南丰收之神的旧称。曼科耐着性子，任其弟嘲弄，直到这根金杖插进了地里，这就是适于人们生活和植物生长的湿润之地——库斯科。后来，曼科从地里拔出金杖，打破了奥卡的头颅，迫使他服从太阳神和曼科的意志。最后，阿亚尔·曼科同他妹妹玛玛·沃利奥结为夫妻，曼科成为库斯科的祖先和印加王朝的统治者，沃利奥则成为印加王朝的女祖先。印加起源神话通过库斯科的发现过程，展现了太阳神崇拜同祖先崇拜的密切关系。
印加人的太阳神崇拜与自然力崇拜也是紧密相连的。对于生活在安第斯山地区的人们来说，初升的旭日会创造出无比美丽的晴空，给人们带来美的享受，也会发出无限的光和热。给人们送上光明和温暖，这正是印加人祈求的赐予，他们多么希望大地永久处在璀璨的阳光照耀之下。黄昏时，太阳的余晖往往沉入浩瀚的大海，这十分自然的引起印加人依依惜别的心情。所以，印加人崇拜太阳是十分自然的选择。
库斯科中心广场和太阳神庙是举行宗教仪式和节日的狂欢之地。传说认为，库斯科是太阳神的儿子曼科·卡帕克的金杖插入的地方，是神和人的接触点，是吉祥之地。太阳神庙，名叫“科里坎查”，或叫“金宫”，堪称印加人建筑智慧的象征。据记载，这座太阳神庙是由一个大殿和周围几个小殿组成的。大殿占地400多平方米。西班牙史学家对这座大殿做了夸张但又是细致的描写：
“太阳神庙是在朝东的一块圣地上建造起来的，整个庙宇是经过精心修整和用平坦而巨大的石板砌成的。为了让空气流通，屋顶造得很高，用茅草盖成。还有一个很优美的祭台，大殿的四周墙壁从上到下全部镶上较厚的纯金片。所以，神庙得名为‘金宫’。在正面墙壁上有太阳神偶像，它是个绘有男子脸形，周围环绕着光芒和火焰的用黄金制成的圆片。它面朝东方，受太阳光照射时，放出万道金光。在太阳神偶像的左右两侧，按照古代习俗，在金御椅上供奉着历代印加王的木乃伊，远远望去，它们就像真人。大殿中央置有一个华丽的御椅，举行典礼时，印加王便坐在御椅上。”
大殿的外围有五个正方形小殿，第一个小殿用来供奉月神——太阳神的姐妹和妻子。小殿的每一件东西都是用纯银制成的，月亮神偶像是个绘有女子面容的银制图片。第二小殿供奉金星和七颗启明星，以及天国其他星星，故名为星房，像月亮神殿一样，里面的东西都是银制的。第三个小殿供奉雷神和闪电神。第四个小殿供奉彩虹，墙壁上绘有一个横跨的宽阔弓形，名为“马伊五”，它像神一样受到崇敬，有七种不同的颜色，绚丽多彩、光艳照人。第五个小殿是供祭司们使用的秘室。据说它的墙壁是用金银宝石装饰起来的，有很多是用黄金制作的偶像，后来被西班牙殖民者洗劫一空。
关于太阳神庙和“黄金花园”的描述有很大的夸张，但有一点是真的，这就是印加统治者驱使劳动人民建造金碧辉煌的太阳神庙，不仅是为了供奉他们的主神太阳神，而且也是为了巩固自己的统治地位。印加王把太阳神庙作为全国的宗教中心，并以太阳神的化身自居而号令全国。
印加人庆祝太阳神有四个宗教节日。第一个节日是春分时举行的叫“拉伊米”，是王室祭神之日。第二个节日叫“西图西”，在秋分时举行。这一天，克丘亚人半夜起床点火，然后去洗澡赎罪。第三个节日叫“拉伊米·因蒂，是在夏至时举行。这一天，全国都要供奉太阳神。清晨人们等候日出，并向初升的太阳欢呼致敬。仪式由印加王主持，朝臣、祭司和居民都要参加，并用骆马肉和玉米酒举行盛宴。最后一个节日，叫“阿莫拉伊”，冬至时举行，向太阳神献祭。国王在祭祀活动中占有重要地位。拂晓国王穿着太阳使者的服装，右手拿着印加军队统帅的标志——金长矛。他从萨克萨瓦曼堡出，跑下山坡，来到中心广场。四个王子挥舞长矛在那里迎候他，并等国王发布赛跑的命令，此举象征在整个国土上将驱除邪恶。四个王子每人在一条通向一个行政区的道路上赛跑，跑完1公里多的路程后，把长矛传递给另外三个人，这样依次传递，直到30多公里路程像接力赛一样跑完，最后一人把长矛插进地里，象征驱除邪恶。
印加宗教仪式的基本内容是供奉牺牲和祭典，祭典主要用海豚、骆马作祭品。在非常的场合下，例如庆祝新的印加王登基时，在发生地震、旱灾、传染病时，在发生战争和印加王出征时，则用活人作祭品。活人祭品主要来自战俘，或是被征服部落作为贡物送来的小孩。仪式神秘庄重，气氛恐怖，具有浓厚的迷信色彩。
就在印加帝国盛极一时的时候，西班牙殖民者的魔爪伸向这个古文明发祥地之一的库斯科。1533年11月5日，印加帝国宣告灭亡。
今日的库斯科已是一座驰名世界的历史名城，每年6月的最后一周，秘鲁人民都要在此欢庆盛大的民族传统节日“太阳节”。1980年2月至3月间在此召开的南美洲印第安人运动第一次代表大会上，库斯科被命名为“世界印第安人的首都”。