蒙古统治阶层，土族、裕固族的先民也相继成为藏传佛教的信徒。藏传佛教对安多文化的渗透和影响是全方位的，首先表现在政教合一制度对安多文化的全面控制和藏传佛教寺院对安多藏族文化教育、文化传承的完全垄断上。
甘南地区在佛教传播的第一次高潮中就被纳入了传播的范围．佛教当时分别从中原地区和藏区腹地传人。由于文字记载资料的欠缺．现在已经无法确切地了解吐蕃王朝时期佛教在甘南地区传播的详细情况。现在有一则资料是记载于《洮州厅志》上，但《洮州厅志》编撰于清末光绪三十三年（1907年），记载时间与寺院创建时间超过一千年，中间间隔的时间有点太远。原文记述：“洮，古边地也，出城之域西二十步许，有寺焉，日‘竹当恰盖’，番名也。寺创于唐，自唐而宋，千年有余，其名不替，循故事也，迄至国朝洪武十六年，寺重修，改名重兴寺，敕赐也。”从寺名“竹当恰盖”基本上可以断定这是吐蕃人建立的一座佛教寺院。
从“后弘期”开始，藏传佛教更加深入地渗透到甘南藏区的所有地方。北宋时期，甘南大部分地域和大部分时期属于吐蕃唃厮哕政权管辖，由于唃厮哕政权大力提倡藏传佛教，所以这一时期甘南地区的寺院数量肯定不在少数。当时宋朝为了安抚这里的吐蕃余众，抓住吐蕃人“最重佛法”的特点也极力扶持佛教的发展，利用藏传佛教的教化功能来消弭少数民族的反抗意识，曾经专门拨款资助在西蕃境内大修各种禅院，当时甘南的洮州也建有禅院。
藏传佛教“后弘期”形成了许多派别，最重要的有萨迦派、噶举派、噶当派、宁玛派等，各个派别几乎在甘南都拥有信徒和建立的寺院。
（一）噶当派
噶当派是藏传佛教形成较早的一个教派，公元11世纪中期建立。“噶”字意思是佛语，佛语就是佛的言教，根据佛教的说法。佛的一切教诲都是用语言表达出来的。而“当”字则意为教诫、教授，即把佛的一切言教（显密经论）都看做是对学佛的僧人从日常行为到修法成佛的全过程的指示和教导。“噶当”全义就是“佛语教授”的意思。噶当派的创始起源于古印度佛教大师阿底峡，后来由他的弟子仲敦巴正式创立，仲敦巴的三大弟子继续发展，后辈继承者发扬光大而逐步形成和发展起来的一个宗派。噶当派提倡僧人修习应该循序渐进，特别重视戒律和寺院组织的作用。该派自从兴起后势力发展很快，寺院遍及西藏各地。噶当派曾经在甘肃的河西地区和洮岷藏区传播．但是发展范围不大，今天临潭县流顺乡境内的圆城寺（即后来的侯家寺）最初就是噶当派寺院，是由阿底峡的一名精通五明的弟子太赛仓彦所建，始建于南宋皇统六年（1146年）左右。后来改宗萨迦派，从此噶当派在甘南藏区逐渐消失。
（二）噶举派
噶举派是藏传佛教诸多宗派中的重要宗派之一，“噶”字的本意是指佛语，而“举”字则意为传承，因此“噶举”一词可理解为佛语传承或者教授传承。也有解释为口传传承的，这是因为“噶举”一词除了有佛陀教法之意外，还有表示“口传”的意思。噶举派重视师父口传、门徒心领的传授方法。特别注重对密法的实际修炼，而对密法的修习又必须通过口耳相传的方式来进行。此外，由于噶举派僧人的僧裙中加有白色条纹．学者又称其为“白教”。
噶举派有两个传承系统，直接从玛尔巴经过米拉日巴到塔布拉杰传承下来的这一支是塔布噶举；由琼波南觉开创的是香巴噶举。香巴噶举势力很小，在藏族的历史上影响不大，后来渐渐衰微。以至于泯灭无闻了。而塔布噶举则信徒很广，发展为四大支派、八小支派的众多派系。四大支派中的帕竹噶举建立过西藏帕竹地方政权，从这个支派中又分衍出来八个小支派，其中止贡噶举的影响比较大：由都松钦巴创立的噶玛噶举派影响最大，藏传佛教的活佛转世制度就由该派首创。黑帽系和红帽系是噶玛噶举派两个著名的活佛转世系统，它们与元、明中央政府关系密切。元朝时噶玛噶举派黑帽系在甘肃河西藏区传播，藏文史书记载，西夏国王特胡曾经派遣使者到西藏楚布寺迎请噶玛噶举派的创始人都松钦巴到西夏传法，都松钦巴因故不能前去，只好派遣他的弟子格西藏波瓦代替他前往，格西藏波瓦被西夏王尊为上师。当楚布寺兴建吉祥米聚佛塔时。格西藏波瓦代替都松钦巴送来了黄金、铜等物品。格西藏波瓦在凉州设立道场，讲解教义，弘扬佛法．后来又到西夏国都，翻译佛经，广建寺院，被西夏仁孝帝尊为上师。
公元1253年，忽必烈南征云南大理时，在康区的戎域色堆地方曾经会见过噶玛噶举派领袖噶玛拨希，要求他经常随侍左右，噶玛拨希没有答应。他从四川西部北上游方传教，经甘肃至内蒙．并在宁夏与内蒙古交界处修建了处囊朱必拉康寺，他还曾经在宁夏的灵州和甘肃的甘州一带传教。忽必烈继位后，追究噶玛拨希以前不愿留在他身边的过错，逮捕了他并流放到偏僻的边地。直到公元1264年，噶玛拨希才得到自由传教的允诺，在返回康区途中又在甘、青一带传教，致使噶玛噶举派势力在甘、青地区大增，成为萨迦派的强劲竞争对手。
噶举派在南宋宁宗（1195—1224年）时曾经在大夏河流域传播。相传，西藏希杰决鲁派教法的传承者——女僧人玛久拉仲和其弟子发愿在未来弘扬圣教，于是积蓄了许多经典、法器等伏藏。她亲自带领弟子以及侍从人员，携带伏藏，在南宋孝宗淳熙十一年（1184年）千里迢迢抵达安多雅尔莫合隆山沟（今甘南夏河县王格尔塘乡的德尔隆），在此处一座貌似布禄金刚腹部的岩洞内埋下了伏藏。之后，玛久拉仲和弟子一行显示种种神通后返回。从此这个山沟便称为“德尔隆沟”，至今德尔隆沟口有一面石崖仍然叫做“护法崖”。此后不久，止贡噶举派的久殿贡保（1143—1217年）的亲教弟子仁谦桑保、曹玉格年、宗喀道让三个瑜伽学者，为了传播止贡噶举派的教义而莅临安多地区，途中经郎木寺到达雅尔莫合隆，在当地进行静修坐禅。他们在原来是一处铁匠炭窑（今称迪德尔山）的地方建造了一座佛塔，在一座形如白海螺的山头埋下了许多伏藏，并在直合拉贡保山筑起了几个镇地石堆和“拉布则”（祭祀山神处）。三位学者驻锡期间，当地西果尔村的密乘瑜伽师年保拉杰拜在仁谦桑保的门下学习，他遵照上师的谕旨，于藏历第四绕迥水马年（1222年）在当年三大学者修持的故址，招集当地僧源，建造了一座小寺。这座小寺始称“德尔隆寺”。
年保的后裔中出现了许多出类拔萃的高僧和学者，他们世代管理着这座寺院。16世纪中期，年保·释迦坚参前往西藏朝觐，拜见了二世达赖喇嘛更敦嘉措，随后又到哲蚌寺学习格鲁派的教法。后来他返回故里，在藏历第九绕迥土马年（1558年）将帕旺静修院与达宗静修院合并于德尔隆寺，遂将该寺改为格鲁派寺院，建造了能容纳500名僧人的大经堂，人们称之为“年保经堂”，迄今遗迹尚存。明末清初，噶举派的其他寺院也纷纷改宗为格鲁派寺院，于是噶举派便在甘南藏区逐渐消失。
（三）宁玛派
宁玛派是藏传佛教形成比较早的重要宗派之一，该派僧人因为身穿赭红僧衣、戴红色帽子，所以汉族人俗称为“红教”。“宁玛”这个名称有古和旧两种意思。就古义而言，这一派自认为他们的教法是从8世纪来到西藏的印度僧人莲花生传下来的，这比西藏其他各派的起源要早300年左右，所以可以称为古老的一派：就旧义而言．这一派自称以弘扬吐蕃时期所译的旧秘咒为主。据此看来．宁玛派理所当然地成为藏传佛教诸多宗派中历史最为悠久的一支派别。然而，实际上宁玛派作为一支独立的宗派，也是在“后弘期”中逐步形成的。但从它的教法仪轨的历史渊源来看．宁玛派的确比较全面地继承了佛教“前弘期”传播下来的教法仪轨，而且还将这一教法仪轨得以不断地充实或完善，在藏传佛教诸多宗派中独占鳌头。
宁玛派信徒有两种，一种是出家的，一种是在家的。出家的称“根敦巴”，集中居住在寺院，有严格的戒律、严密的组织和一整套学经制度．除在学经内容、修持方法等方面有一定的特色外，依次接受出家、沙弥、比丘等戒行，禁止结婚，在许多共性方面与其他教派并无大的区别。在家的称“庆巴哇”，即在家志佛者，相当于一般佛教居士，须受近寺戒，承认守护佛教最基本五戒，定期参加宗教活动。按照甘南藏语的发音，宁玛派被称为“娘玛派”，信徒叫做“娘玛哇”。宁玛派注重密宗修持，以师徒、父子传承与分散发展为主。由于宁玛派经典传承不是很严格．加上宗教活动和发展信徒以分散为主，所以长期以来发展比较缓慢。
宁玛派很早就传人了河湟和陇右地区，“约在五代晚期至北宋早期就已经传人了今河陇地区，开藏传佛教各教派在今甘肃的传播之先河”。宁玛派在甘南的传播，根据《安多政教史》记载，是在吐蕃王朝晚期末代赞普朗达玛灭佛时。西藏僧侣辗转逃到安多地区的湟水、黄河、洮河流域，有僧人曾经修行于聂贡智噶尔（今夏河县甘加乡白石崖洞），然而寺院的创建见于同一史籍者已经延迟至北宋。另一则关于宁玛派的记载，“宁玛派在甘南最早建成的寺院是位于今临潭县流顺乡的叶尔哇寺。该寺由阿底峡大师、太赛仓彦的弟子建成并加持”。
宁玛派曾经在甘南分布非常广泛，卓尼禅定寺的前身就是一座宁玛派寺院，卓尼杨土司的祖先姜（些）地从四川长途跋涉来到卓尼，看见一座寺院，前去拜见，寺院住持喇嘛·洛桑巴丹“遂将这一红教小寺奉献于酋长。姜地便欣然接受请求，接管了这座小寺”。后来公元1254年八思巴派弟子格西喜饶益西在此建寺，喜饶益西尊奉八思巴的旨意，“首先将召干巴（安多地区早期红教法师）所建之罗桑巴堤处洛桑巴丹住持的红教寺改宗萨迦，移于相邻的新址”。
宁玛派由于戒律松弛，僧人活动比较分散，所以适合于相对偏僻的牧区，因此能够在甘南藏区长期存在。甚至到格鲁派兴起后，许多藏传佛教的宗派都已经改宗格鲁派了，但是还有相当一部分的宁玛派寺院和僧人继续保持他们的信仰。不少的藏族农牧民仍然继续信奉宁玛派。
（四）萨迦派
萨迦派是公元11世纪由西藏古老贵族昆氏家族所创立，以师徒相传和法王世袭传承至今，它的发展与衰落与元朝中央政府的兴衰有着密切联系。“萨迦”藏语本意为“灰色的土地”，因该派主寺修建在西藏萨迦地区，母寺称萨迦寺，教派为萨迦派。
有时把萨迦派通俗地称为“花教”，这是因为萨迦派的寺庙、经堂、围墙上除涂有黑颜色以外．有的从房檐到墙角还分别涂有白色和红色，所以人们便把萨迦派称为“花教”。萨迦派规定，僧人可以娶妻生子，但有子后就再不能接近妇女；并且从一开始就规定法位以家族世袭相传的形式延续，萨迦派政教权力全部集中在萨迦派创始人的家族手中。
萨迦派第四祖萨班·贡噶坚赞（1180一1251年）学富“十明”，享誉整个藏区。公元1247年，他在凉州和蒙古镇守西北地区的亲王阔端会见，共同商定了西藏归顺蒙古的条件，由萨班写了一封公开信，劝说卫藏僧俗各个地方势力接受归顺蒙古的条件。卫藏地区从此归属蒙古统治，实际上从此时加入祖国的版图，同时萨班也为萨迦派取得了在卫藏地区的政治、宗教领袖地位。从萨迦第五祖八思巴（1235一1280年）开始，萨迦派高僧一直担任蒙古以及后来元朝的帝师。通过元朝在政治和经济上的大力扶持，萨迦派在此后100余年一直在藏区各个宗派中占据统治地位，萨迦派的宗教影响和势力也传遍了整个藏区。
公元1254年，西藏萨迦派第五祖八思巴应忽必烈的邀请赴京，途经卓尼时，看见当地山清水秀，林木茂盛，四面山势巍峨壮观，就命其弟子格西喜绕益西在此建寺弘法。格西喜绕益西尊奉八思巴之命，将原来的宁玛派小寺改为萨迦派寺院，并于公元1295年加以扩建，建成了吉祥密集佛殿、佛塔，同时在殿内雕塑了释迦牟尼像，这标志着萨迦派卓尼大寺正式建立。元朝时萨迦派在政教两方面都占统治地位，因此，卓尼禅定寺在元代势力极盛，后来的卓尼土司借助萨迦派的势力不断发展壮大，禅定寺也凭借土司势力的支持而得到了长足的发展。卓尼土司玛索干布（即杨威）时期发展到鼎盛，“这时聚集于卓尼大寺的僧侣数目，将近万人”。由此可见当时卓尼大寺的发展态势。当然这里所说的“万人”，不是卓尼大寺一个寺院的僧人数目，也包括下面所属寺院的僧人。由于卓尼大寺得到杨土司的世代支持，因此当时甘南境内的许多小寺院纷纷投靠卓尼大寺，充当它的属寺，“万人”实际上是整个卓尼大寺和它的属寺所有僧人的数字。从此以后直到拉卜楞寺建立．卓尼大寺一直是甘南地区藏传佛教的中心。