卓尼土司对辖区的苯教采取软硬兼施的策略，一方面派兵武力镇压，强行消灭苯教。第九任土司才旺东主（汉名杨朝梁）在位期间，“迭部一带百姓不信佛法……为了征服这一带的苯教（信徒），土司调用大军，将迭部的大小头领几乎全部灭绝，收服了上下迭部，并委派头人管理，树十善法律的范规，不久佛教在这里得到弘传”。另一方面又采取用佛教教义劝化、引导等手段使这一带的苯教信徒主动改宗藏传佛教．“因迭部地区苯教盛行，人性剽悍、耿直，若用国法政令，使其接受的条件还不成熟，因此利用对佛教的宣传，用‘十善法’来约束他们的言行举动及思想意识，首先在精神境界里达到统治的目的，使人们自觉地意识到行凶、妄为的恶果”。用佛教的教义进行劝化的效果并不理想，历代杨土司大力提倡的藏传佛教也在这里没有得到明显的大发展。卓尼第十任土司罗桑东主（汉名杨威）时．迭部各个部落又不服从杨土司的管理，因此杨威想彻底征服这些不可教化的人们（信仰苯教的藏民），在这里重新推行藏传佛教。于是他派兵征讨迭部，捕杀迭部的部落首领，将迭部全部收服。同时在当地大力传播藏传佛教格鲁派，用暴力手段强制苯教徒改信格鲁派。在车巴沟、申藏、迭当等地重点弘传藏传佛教，将“崇信鬼神、以活牲作祭祀的苯教强迫改奉格鲁派”。
清朝康熙末年以后。上下迭部地区全部成为卓尼杨土司的领地，第十代土司杨威依照旧制设旗管理，总共在这一地区设立22旗。这样就使杨土司的统治范围在原来22旗的基础上整整增加了一倍，“共辖四十四旗，五百一十六族（即部落），地跨洮、叠二州”。随着卓尼政教集团势力的扩大，许多苯教寺院不得不改宗格鲁派，即使没有改宗的其他苯教寺院。也必须按照规定接受卓尼禅定寺的管理和约束。当时隶属禅定寺的卓札五寺，即电尕上寺、电尕下寺、谢协寺、萨让寺、日盖寺都是苯教寺院，卓尼土司把卓札称为“rtavd·gs”，意为“拴马”，土司有什么悲欢哀乐之事，每一下属都要去拴一匹马，苯教寺院的改选、更换、任命都要得到卓尼方面的批准。由此可见苯教的发展此时受藏传佛教的制约和影响是非常大的。
三、拉卜楞寺建立后苯教的发展
拉卜楞寺建立后，藏传佛教在甘南开始全面大规模的传播、推广，这就使得苯教的生存和发展境况更是雪上加霜，从而导致甘南藏区苯教的加速衰落。拉卜楞寺筹建于清朝康熙四十九年（1709年），是我国藏传佛教格鲁派著名的六大寺院之一。拉卜楞寺是甘南地区藏传佛教传播的第二个据点，它的建立标志着藏传佛教势力在甘南继禅定寺之后的进一步加强，同时预示了苯教的发展前景将日趋暗淡。
从第一世嘉木样呼图克图开始到第五世嘉木样呼图克图圆寂，拉卜楞寺已经建成包括显、密二宗的闻思学院、续部下院、续部上院、时轮学院、医学院和喜金刚学院等六大学院、108个属寺和8大教区的大型寺院。拉卜楞寺通过宗教隶属、政治管理和武力征服等手段，将势力范围扩展到甘南藏区的每一个角落以及青海东南和四川西北的部分地区，甚至在遥远的内蒙古、北京、西藏也有个别属寺。甘南藏区形成以拉卜楞寺、禅定寺为核心的两大政教合一的寺院势力集团，藏传佛教也因此得以大规模的传播和推行。
在强大的藏传佛教浪潮的冲击之下，甘南藏区残留不多的苯教寺院纷纷改宗格鲁派。下面的这则民间传说中曲折地隐现着苯教后退、藏传佛教不断逼进的一些旁证。
在风景秀丽的碌曲则岔地方有一个名日贡曲合的村落，该地原来有一处苯教寺院。寺院一度香火极盛，后因藏传佛教的传人、信徒减少等原因，该寺逐渐衰落，最终成为废墟。有个叫松太万德的人占据了这一带村落，并在该寺院附近建起了一个居民点，这个地方因此被称为“贡曲合”，意为“废墟寺院”。民间传说的故事仅仅记载了事件发生的表面过程，却省略了实质性的原因，很显然是苯教徒在佛教信徒的逼迫之下改信了藏传佛教，致使苯教寺院废弃。从松太万德这个人的名字上可以看出，此人是一名佛教徒，“万德”（bande）是对佛教僧人的统称，他代表藏传佛教信徒占据了苯教村落。现存于夏河县甘加乡的甘南最大的苯教寺院一作海苯教寺也成为拉卜楞寺的108座属寺之一．拉卜楞寺虽然不直接管理当地政教事务．但还是受到名义上的“保护”，这就限制了苯教的正常发展。
）第四节甘南地区苯教的现状
经历了一千多年的历史变迁，甘南藏区的苯教虽然遭到严重削弱，但是苯教凭借着自身广泛的民间基础．在藏传佛教的夹缝中顽强地生存下来了。今天，尽管已经不能恢复昔日的盛况．但是苯教在甘南藏区仍然有一定的局部影响。
中华人民共和国成立初期甘南藏区有苯教寺院13座（其中迭部县12座、夏河县1座），它们都是经过激烈的佛苯斗争以后残留下来的。甘南藏区的13座苯教寺院（见表3—1）后来因为各种原因，其中的大部分寺院被毁。20世纪80年代宗教政策开放以后，有6座苯教寺院先后得以开放，其中迭部县5座、夏河县1座。
一、甘南地区现有的苯教寺院
（一）作海苯教寺
作海苯教寺也叫甘加则秀苯教寺，创建于11世纪中期，位于夏河县甘加乡境内，是一座规模较大的苯教寺院。寺名前加“则秀”二字是因为苯教有“顿秀、德秀、夏秀、哇秀”等修持派别，而“则秀”的修持效果比其他派别显著，因此该寺以修持这个派别而被称为“则秀”。以后历代的活佛和上师的名字前也大多数加“则秀”二字，甘加作海寺的创建者为“则秀”上师珠旺·顿尼夏普尔。作海寺的第一位喇嘛为该寺的创建者顿尼夏普尔。以后直到藏历第十胜生的大约500年内，没有见到有关该寺喇嘛传承的文字记载。甘加作海寺第一世喇嘛为则秀·曲吉加哇次成，第二世为则秀·曲吉次成维色，第三世为则秀·曲吉雍仲龙智布。现世喇嘛为写日布·丹贝达哇。
作海寺有大经堂1座，大经堂正面供奉有苯教《甘珠尔》157函、《丹珠尔》218函、《无垢威严》12函、《康欠本》16函等经卷以及寺院创始人顿尼夏普尔的塑像．另有一块舍利以及一些上师的佛骨供奉于一个银制佛龛内。大经堂两侧供有苯教始祖辛饶米沃的塑像，墙壁上绘有护法神像，中间还有坐椅、坐垫、靠背、伞盖、华盖、幢幡等，门楼和天窗上悬挂有半满璎珞、红黑旗旄等。大经堂正前方是一排转经筒，大经堂左前方修建有一座大佛塔。
1958年之前，作海苯教寺有大经堂1座、大佛塔1座、僧舍40多院，寺院内共有僧人50余人。1981年经过修复后重新开放，主要重新修建了大经堂和大佛塔各1座。作海苯教寺院内现有苯教师30人、喇嘛1人，僧舍30余院。本地的施主及信仰群众有1000余人，还有部分外地的信徒。寺院现有耕地30余亩，还有少量的牛，均由村民代耕代牧。寺院只收取少量的酥油和粮食作为租金。寺院苯教师的日常生活开支除了有少量的布施和念经作法所得收入外，基本上由自己的家庭负担。
（二）桑周寺
桑周寺坐落在白龙江北面的迭部县卡坝乡尼欠沟三个小山脚的汇合处。寺院左右两侧各有水面略微呈现红黄两色的红西加湖和黄西加湖，这是当地信徒崇拜的神灵湖。该寺隶属于四川阿西香仓雍仲桑周寺，寺名意思是“如愿成就寺”，大约始建于明朝洪武二十八年（1395年）。该寺第一世活佛名为加哇，现在已经
《甘加作海苯教寺》，见《甘南文史资料》第10辑，甘南州政协文史资料委员会编印。
《甘南藏族自治州州志》，1712页，北京，民族出版社，1999。
李顺庆：《苯教在甘南藏区的传播与发展》，载《西北民族研究》，1998（1）。
传到十五世，十五世活佛名为丹增加采，主持寺院各项事务。1958年前桑周寺有经堂1座，里面供奉、收藏有《甘珠尔》、《丹珠尔》和佛经佛像、古具法器。另外还有僧人茶房1座，僧舍33院，僧侣73人。后来桑周寺被关闭，1966年又毁于火灾。1981年重新开放，现在新建有经堂1座、茶房1座、僧舍41院，住寺僧侣60余人，其中活佛1人、法师3人，共有信教群众1000多人。
（三）恰日寺
恰日寺坐落在白龙江南岸的迭部县达拉乡岗岭村附近．始建于清朝同治七年（1867年），是由高吉村的部落首领崔伦主持创建的苯教寺院，是四川阿西仓寺的属寺。雍仲恰日寺先后由恩宝仁青、云忠、措彭、楚成、龙智西让、旦巴达尔吉、楚成智巧等苯教师主持，大约在1920年因火灾而焚毁，后来在距离原址不远处重新修建了经堂，随着宗教活动的恢复，1943年确立了次主为恰日寺活佛。
1958年前有经堂2座、茶房1座、佛殿与密殿各1座、昂欠1座、千佛殿1座，僧舍38院，僧侣61人，后来寺院被毁。1991年重新开放，新建经堂1座，僧舍13院，僧侣16人，现在正常进行宗教活动。
（四）乍日寺
乍日寺坐落在白龙江北面的迭部县尼傲乡尖尼沟境内．位于3个河滩村庄的中心位置。该寺建于明朝洪武二十一年（1388年），是由尊努布次力的侄子给格次九主持下将原有七处小寺合并修建的苯教寺，也是四川若尔盖县阿西仓寺的属寺。乍日寺原名旷黑寺，在明朝万历年问改称为乍日寺，意思是建在山根的寺院。在以后的近400年中，乍日寺由次九闹达、恩主、曹哇公雷、次九坚才、阿古、次成闹达、给格次九等人先后主持护理。
主要宗教活动有正月与十二月跳神鼓、诵经法会，三月有为期七天的九王活动，六月有祈愿法会等宗教活动。
1958年前乍日寺有经堂1座、上下各七间的大佛殿1座、小佛殿1座、僧舍78院．有活佛2人．僧侣117人。1983年重新开放，新建有迭部境内最宏伟壮观的大经堂1座，僧舍14院，住寺僧人13人，现在该寺叫做“雍仲美日寺”。
（五）纳告寺
纳告寺坐落在白龙江南岸的迭部县阿夏乡纳告村附近，最初建于唐朝乾符二年（875年），该寺是由香帕主持创建的，为四川更江寺的属寺。纳告寺最先由香帕主持，后来由赛闹旦智、仁青、次周若达、香卓彭措、加仁丹智、欧保仁青、洋召等活佛先后主持管理，1905年末世活佛雍仲坐床。
1958年前后，纳告寺有经堂1座，僧舍39院，僧侣50余人。寺院在“文化大革命”中曾经遭到破坏，1991年重新得到开放，现在有经堂1座，僧舍3院10余间，僧侣12人，信教群众600多人。
（六）拉路寺
拉路寺，全名为拉路寺·造仓桑恩蒙照达吉琅，坐落在白龙江北岸的迭部县电朵乡拉路村附近，占地面积大约100亩。该寺重建于1981年，是由1958年被毁的日盖、萨让、谢协三个寺院合并而建的苯教寺院，原来这三个寺院相邻而建。
拉路寺现有经堂1座，僧舍21院，僧侣30多人。活佛是四川若尔盖县人，有佛事活动时前来主持，平时居住在四川老家。该寺现在正常开展宗教活动，每逢正月十六举行法舞会，县城居民和附近的信徒前来观看。
迭部县另外7个苯教寺院有的被毁坏后没有重新建立起来，有的合并于其他苯教寺院，整个甘南藏区现在仅仅只有6座苯教寺院。