嘉庆帝看了这样的奏议，也有些犹豫起来。嘉庆心里清楚：纪昀虽是一位文臣，但他一生的功勋，满朝文臣无人可比。他几十年孜孜不倦，作出了杰出的贡献，按他的资历，早该升任大学士了。嘉庆元年十月，大学士出缺，嘉庆帝就想擢升刘墉、纪晓岚二人为大学士，但与太上皇乾隆一商量，太上皇不答应，提出由董诰担任大学士。这可能是因为刘墉、纪晓岚在内禅大礼时，贸然苦谏，硬把传国玉玺从乾隆手中“夺”了过来，惹得太上皇不愉快。嘉庆帝当时未能亲政，只好按父皇的意愿行事，在上谕中这样晓谕臣工：“大学士出缺已久，现在各尚书内若以资格而论，则刘墉、纪昀、彭元瑞三人俱较董诰为深。但刘墉向来不肯实心任事，即如召见新选知府戴世仪，人甚庸劣，断难胜方面之任，朕询之刘墉，对以‘尚可’，是刘墉平日于铨政用人全未留心，率以模棱之词塞责，不胜纶扉，即此可见。纪昀读书多不明理，不过寻常供职，俱不胜大学士之位。董诰在军机处行走有年，供职懋勤殿亦属勤勉，着加恩补授大学士。刘墉、纪昀皆当扪心内省，益加愧励。”刘墉确实有点玩世不恭、虚与委蛇，但于政事方面大事绝不糊涂。嘉庆是深深信任他的，因此他在嘉庆二年补授了大学士。
纪晓岚却一下子又被冷了六年，从兵部尚书、左都御史，又到礼部尚书，转来转去仍是平调。现在实录馆奏请为他议叙，嘉庆真有些为难了。
这天，嘉庆皇帝召见礼部尚书纪晓岚，问道：“卿于实录馆总裁任内，异常勤勉，实录馆奏请议叙。然有以过优的言者，朕当如何？”纪晓岚听皇上如此问他，确实感到新鲜，心想这事我自己怎么好说可与不可呢？于是不置可否地笑笑说：“万岁容禀，臣服官数十年来，从未收受过一分一毫贿赂，也没有人敢以苞苴相送；只是亲友中有请臣为其先代题主或作墓志铭的，即使以厚礼相送，臣也不作推辞。”嘉庆帝听了哈哈大笑起来，说道：“那么，朕为先帝施恩，有何不可？”君臣二人相视而笑。
嘉庆帝遂照原议批示优叙，这件事也便再无人反对。原来这“题主”一事，里面还有些名堂。
题主又叫点主，劳苦人家是没有这回事的，只有官宦人家和富有人家才有。官宦或富有人家一般都有家庙，也叫家祠或者祠堂。祠堂内都供着祖上的牌位，这个牌位便叫“神主”。
可是神主不是愿意什么时候立就立，而必须在死者发殡的时候，由孝子(或孝孙)把当地有功名的人请上六人或八人，其中一人充任“点主官”。这个点主官必须是在当中功名最高的，不过这功名不是说官的职位高低，而是指秀才、举人、进士、翰林的科举功名。
那什么才叫“点主”呢？就是用孝子的名义在牌位上写上：
“显考、某公讳某某之神主”；母亲则写：“显妣、某太君之神主”。不过“神主”的“主”字不写全了，写成“王”字。在赞礼的仪式中，由点主官用殊笔在“王”字上点上一点，就成了“主”字，这便叫“点主”。
“点主”没有白“点”的。因为是替孝子推恩，所以都有很丰厚的报酬。点主官在这事上谁也不推辞，多么丰厚的馈赠也要毫不谦让地收下，这在当时已为常礼。
纪晓岚是翰林出身，自然有很多人请他点主。他跟皇上说的，就是该收的我也不推辞这个意思。
纪晓岚为名臣名儒，德高望重，士林望之如泰山北斗，他又好行方便，所以求他作序记碑表的很多。他晚年的作品，除了御制诗文，最多的就是铭、记、序、传、跋以及书后等一些应酬之作了。这些作品，每每出手都超然不凡，但他自己的着述却不多。他的学术见解，多见于他为人所作的书序、书跋、书后当中，成为今人学术研究的重要参考。在他死后，由他的孙子纪树馨将这些作品的大部分收入《纪文达公遗集》。
在嘉庆七年，纪晓岚这位七十九岁的老臣，再次被谕令为会试正考官。正考官共有两名，另一名正考官是左都御史熊枚，副考官是内阁学士玉麟、戴均元。
在此之前，纪晓岚曾两次充任会试正考官，一次充任武科会试正考官。每次都谨慎从事，严于防范，没有出什么差错，录取了一批又一批具有真才实学的人。因而就担任正考官来说，他已是轻车熟路，可是事有偶然，没想到这次出了麻烦。
在尚未发榜之时，外边就有人传扬前几名的名字，并能诵出前列者的诗句，有人密告嘉庆皇帝，奏请查处泄密之人。嘉庆皇帝得知此事大为恼火，立刻派人追查，一时间风雨满城，参与此科会试的大小官员，无不人人自危。纪晓岚看这事麻烦不小，不管出在哪个人头上，他作为本科的正考官，那是罪无可逭，势必要株连进去。尤其让他担心的是，这一案查下来，说不清要株连多少人下狱。自己受累坐牢事小，让同僚们及其亲属获罪，自己更难做人。思之再三，最后拿定了主意。
这天皇上召见纪晓岚，查问科场泄密一事。纪晓岚跪下叩头，然后镇定自若地说：“皇上不必动怒，臣即是泄漏之人。”嘉庆素知纪晓岚做事恭谨，这种事断不会出在他身上，但听纪晓岚如此回答，很为吃惊，接下来问道：“老爱卿何故泄漏？”纪晓岚回答说：“圣上明鉴，这泄漏之事实出无意。为臣书生习气，见佳作必吟哦，或者记诵其句，然不知何人所作，心中憋闷，欲访知为何人手笔，则无意中不免泄漏。皇上果真动怒，纪昀甘愿领罪。但惟求圣上开恩，不要株连他人。”经纪晓岚这一说，嘉庆的怒气竟出乎意料地全部消了下去，随即撤回追查考案的大臣，一场风波就此平息了。
所有参与会考的官员，都对纪晓岚敬佩备至。
嘉庆以后，与纪晓岚同辈的人相继故去，消息传来，他都会十分伤感。如有朋友的子女、亲人请他撰写《墓志铭》或者挽联，他也慨然应允。在文章中或挽联中，他总是深情地回顾与传主交往的过程，情真意切地抒发对传主的怀念之情。如嘉庆五年(1800)九月，时任云南迤南兵备道的龚敬身卒，纪晓岚非常伤感，寄挽联曰：“地接西清，最难忘枢密院旁，公余茶话；思深南微，惜空流昆明池畔，去后堂荫。”挽联追溯了与龚敬的交谊，对他的逝世表示深深的惋惜和沉痛的哀悼。
晚年的纪晓岚显得孤寂，但遇到知音，他依然会伸出友谊之手。乾隆五十九年甲寅(1794)冬天，朝鲜冬至正史、判中枢府事洪良浩以职贡来京师。纪晓岚见其“器字深重”，知其为君子，而且，洪良浩还与自己同龄，彼此交往，一见如故。洪良浩虽为异邦之人，但对中国的传统文化非常熟悉。吟诗作赋，递相唱和，都颇为老道。他曾将其所着的诗文集赠送给纪晓岚，并向纪晓岚求序。
纪晓岚对他的诗文大加赞赏。称美其诗：“近体有中唐遗响；五言吐词天拔，秀削绝人，可位置马戴、刘长卿间；七言亮节微情，与《江东》、《丁卯》二集亦相伯仲；七言古体，纵横似东坡，而平易近人足资劝诫又多如白傅。酝酿深厚，葩彩自流，所谓诗人之诗异乎词人之诗矣。”(《耳溪诗集序》)对于其文，则曰“方圆自造，惟意所如。其寄托恢奇，上薄元结、孙樵、刘蜕；其清辨滔滔，出入于眉山父子。即一二小品，亦摆落公安、竟陵之窠臼，嵌崎磊落、别调独弹。其心思如水泻地，纵横曼衍；其气机如云出岫，宕漾自如。”
自此以后，纪晓岚与洪良浩结下了深厚的友情。两者虽天各一方，但彼此牵挂，千里神交，视为知己，经常互致问候。晚年时期，纪晓岚更加珍视这份友情。嘉庆元年(1796)，有朝鲜使者来华，纪晓岚向其询问洪良浩近况，并写了《寄怀洪良浩》一诗。诗曰：“金门握别惜匆匆，白首论交二老翁。圣代原无中外别，迂儒恰喜性情同。长吟消夜青灯下，远梦怀人紫澥东。两遇归鸿都少暇，缄情惟藉一诗筒。”嘉庆二年(1797)，又作《怀朝鲜洪良浩》，其中有“淼漫鲸波两地分，怀人时望海东云”、“鹤发剧怜皆已老，鱼书莫惜数相闻”、“矍铄倘能重奉使，待君同醉紫霞杯”等句，表现出了对洪良浩殷切的期盼及思念之意。此后，只要两国间有使者来访，他们彼此都会互赠礼物，互道寒温。
纪晓岚与洪良浩的这一段情谊，可谓中朝文化交流史上的一段佳话，值得浓墨重彩地写上一笔。晚年的纪晓岚虽年纪老大，但身负重任，依然恪尽职守。特别是嘉庆以后，曾多次充当会试主考官，重掌文柄，他与青年时期一样，怀抱着为朝廷选拔人才的信念，严肃认真地对待每一场考试及每一个考生。在嘉庆七年(1802)三月的会试中，纪晓岚充会试正考官。他在《壬戌会试录序》中写道：“臣等竭二十余昼夜之力，往来商榷，务核其真。虽识见梼昧，不敢自保其无讹，然黜伪崇真之念，则协力矢之，均未尝逾越尺寸也。”也正因为纪晓岚执如此严谨的态度，所以每一科都为朝廷选拔出了一大批英才。如嘉庆元年(1796)春天，纪晓岚担任会试正考官。老年重掌文柄，他十分激动。在《嘉庆元年丙辰典试春闱呈同事诸君》中写道：“春城桃李正芳菲，白首重来入锁闱。老马寻途才仿佛，飞鸿留迹尚依稀。十年风气殊新旧，千古文章各是非。渺渺余怀深怅望，唱名可竟得刘辉。”在这一科中，他录取了汪德钺、赵慎畛、龚丽正、汪守和等一批优秀人才。其中尤以汪德钺最为突出。纪晓岚在《题汪锐斋蕉窗读易图》一诗中写道：“会我典春闱，爱尔雄文陈。竟从万马中，得此千里骏。”其兴奋之情溢于言表。
晚年的纪晓岚官职越高，声誉日隆，对问题的认识越来越深刻，发表意见也更加直截了当。如嘉庆元年(1796)，爆发了声势浩大的白莲教起义。起义规模巨大，范围遍布于湖北、四川、陕西、甘肃、河南五省。义军冲州撞府，给清廷以极为沉重的打击。此事在朝廷影响甚大。纪晓岚在《平定三省纪略》的跋文中追溯白莲教起义的原因时写道：
“……知民气之悖悍，由于民志之怨讟；民志之怨讟，由于官役之侵蚀。封疆大吏或簠簋不饰，竟藉以增郿坞之藏；或洁已有余而诘奸不足，务持忠厚之论，使贪墨者益无所顾忌，铤而走险，此其故在官不在民也。”
纪晓岚在这里深刻地分析了白莲教起义的深层次的原因。他所提出来的农民起义“其故在官不在民也”的观点实际上将起义的原因归咎于朝廷的官吏，颇有“官逼民反”的意蕴。这一观点的提出，无疑是振聋发聩的。这也说明晚年的纪晓岚思想越来越深刻，直面现实的勇气也越来越强。由此可以窥视出晚年纪晓岚不再惶恐、不再刻意将自己用一层厚厚的茧壳包裹起来，作为封建知识分子的良心开始更多地得到表露。这无疑是十分可贵的。
嘉庆八年(1803)六月十五日，纪晓岚八十寿辰。
阅微草堂装饰一新，大门上镌刻着两副对联。一是刘墉题写的：两登耆宴今犹健；五掌乌台古所无。刘墉的这副联相当出色，将纪晓岚一生的两项殊荣写了进去，称赞了他在乾隆五十年、六十年两次出席了乾隆皇帝举办的千叟宴，并从乾隆五十年到嘉庆二年，五次专任或兼任都察院左都御史的殊荣，这种经历的人，在中国历史上也只有纪晓岚一人。
另一副对联是诗人、书法家梁山舟题写的：万卷编成群玉府；一生修到大罗天。颂扬纪晓岚完成了总纂《四库全书》的千秋伟业，成为一代文宗。此联与刘墉所题一联互为补充，相映生辉。
阅微草堂的门楼，坐落在草堂院落的东北角，向南开门，正临大街。由门楼进入，径直向里，是一条通向后院的长廊。进门向左，就是阅微草堂的前院。前院有一座假山，山下巧设一洞，名为“泄云洞”，可通向长廊。洞前一池花圃，花圃周围，梅、兰、竹、菊相间而生。假山西面有一泓清水，叫做“凝碧池”，凝碧池的北面，就是纪晓岚的三间书房，自西而东，依次名为“绿意轩”、“瑞杏轩”、“静东轩”。在这三轩的墙壁上，爬满了葱绿的藤萝。穿过瑞杏轩，是草堂的中院，北面是五楹瓦房，中间是客厅，西侧为寝室。房前有两株海棠，长得茁壮茂盛。穿过中间客厅，就到了草堂的后院，东侧有一株古朴的槐树，西侧有一株高大的梧桐，因此树下的房屋，又分别叫做“槐安国”和“孤桐馆”。从后院和中院，都可入东面的长廊，直抵草堂大门口，长廊内张挂着当时名人的书画，寿辰之前，纪晓岚将自己题咏宅邸的几首诗，请书法名家写成诗幅，装裱后张挂在廊内和室内。六月十五日这天，是纪晓岚的寿辰之日。一大早，嘉庆皇帝特命上驷院卿常贵到纪晓岚府上颁赐珍品，祝贺寿诞。纪晓岚感激圣恩，复折恭谢。
纪晓岚的亲朋好友、门生属吏纷纷前来祝寿。阅微草堂门前倾刻间变得门庭若市热闹起来。一时间，虎坊桥四面的大街上，车水马龙，挤得水泄不通。
刘墉、彭元瑞、朱珪、庆桂、董浩、刘权之、王昶、永庆、保宁、沈初等部院大臣们，皆在退朝之后，乘轿来到这里贺寿。
阅微草堂内，高官显宦，文人墨客，至于赶来贺寿的三、四品官员则不下几百人。不过这些人大多数是送完贺礼就回去，身份低微的官员还参加不了午间的盛宴，只有关系异常密切的才留得下来。否则，这阅微草堂怎么会容得下呢？
客人们上完贺礼及寿序等，一般要在瑞杏轩、绿意轩、静东轩热闹一下，品尝一些瓜果茶点之类，便一一告辞；亲朋好友和部院大臣人等，则被让到中院的客厅内治宴款待。
上午的来客中，有位宋玉树是上年的新科进士，住在虎坊桥北面的樱桃街上，离阅微草堂只隔几条小巷，不用乘车坐轿，就算步行一刻也就到了。但宋玉树走出家门时，街上已经挤满了大车小轿，费了好大劲儿，才挤到了阅微草堂。他的长褂早已被汗水湿透了。
宋玉树进了瑞杏轩，纪晓岚在瑞杏轩接待宾客。见里面已坐了二三十人，个个谈笑风声、喜在眉梢。便当着大家的面，拜见座师，献上贺礼。纪晓岚神采奕奕，满脸含笑地热情接待，他看宋玉树全身汗流浃背的，衣服都浸湿了，便问道：“你看浑身都湿透了，快坐下歇息，坐下歇息！尊府建在何处，一定很远吧？”“惭愧，惭愧！其实学生没走多远的路。寒舍即在恩师这阅微草堂的后面，只有一箭之地！”宋玉树一边说着，一边摇晃着手中的扇子。
“你的宅邸在这后面？为何从来没听说过。”纪晓岚用惊讶地语调问道。
“学生不才进京不足一年，尚未置办馆舍，只是在樱桃街小住一程。”
“噢？小住樱桃街！”纪晓岚吃惊地重复一句，眼睛狡黠地一夹，又笑道：
“酷暑盛夏，天气炎热。有劳足下赶来为我贺寿，多谢多谢！
且你这一来，为老朽解除了心中的块垒。”
宋玉树大惑不解，问道：“学生愚昧还请明示？”
“是这么回事。”纪晓岚收住笑容，正经说道：“我这里有个对句儿，许久以来就是找不出与其相配的下联。你这一来，启迪灵机，我突然想出来了。用你来对正巧合适。”
“用我来对？恭请老宗师赐教。”宋玉树更加莫名其妙。
纪晓岚捋一捋稀疏的短须，一本正经地说：“对呀！非你莫属。这个对句是‘宋玉树小住樱桃街’。”
当时，罗锅子刘墉拄着手杖乐呵呵地来到前面的瑞杏轩看热闹，正赶上纪晓岚与宋玉树说话，听了这后面一句，大笑着说道：
“不雅不雅。堂堂的文坛宗主纪大人，竟只会出此浅俗之语？”
刘墉知道纪晓岚是别有用心，又要开玩笑了，便笑眯眯地找位置坐下来，等候纪晓岚下面的话。
纪晓岚并不理采刘墉所言，自己只顾和宋玉树说话。